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沪深交易所创设伊始均被界定为非营利性的事业法人，其宗旨是服务于金融市场，实行“公开、公平、公正”的交易，为企业筹集资金、引导社会资金流向、保护投资者合法权益、促进金融市场健康发展创造条件。在创建伊始，沪深两家证券交易所的运行架构既有类似之处，又存在一些设计差异。
两家交易所均在主管机构及所在地政府有关部门领导下，实行理事会领导下的总经理负责制。会员大会为交易所的最高权力机构，理事会为会员大会日常事务决策机构，向会员大会负责。监事会负责监管交易所业务、财务工作，向会员大会负责。设总经理1人，副总经理不超过3人，由理事长提名，理事会通过，报主管机关批准。
1990年沪深交易所开业之前，中国资本市场基本处于一种分散的无序自发探索阶段，股票发行不仅缺乏全国统一的法律法规
，而且缺乏统一的监管。为扩大发行，有些企业甚至采用参加抽奖、承诺所持股票能保本付息等手段促销股票，股票发行市场极为混乱。
随着1990年3月国家允许上海、深圳两地试点公开发行股票，之后两地分别颁布了有关股票发行和交易的管理办法，均明确地涉及证券发行这一行为。
上海和深圳，尤其是深圳的这一系列证券发行规定代表了中国有关政府部门试图规范再融资的早期努力。但可惜的是，由于处于萌芽时期的中国资本市场不仅整体上处于一种自我演进、缺乏规范和监管的状态，且多以分割的区域性试点为主，这些规范性努力在近乎疯狂的市场股票需求面前显得异常苍白，致使相应的证券发行缺乏明显的制度稳定性，并成为引发当时诸多市场风险事件的起因。
（1）上海。1992年之前，上海股份公司股票的公开发行多采用面值直接发行的方式，初期只要排队付款就能直接买到股票，此后陆续推出过有奖发行、排队抽签摇号等方式。从1992年起，上海改用无限量发行股票认购证的方式发行，最初仅限上海居民凭身份证购买（最初一本股票认购证30元），实行一次发行，全年有效，多次摇号抽签，凭中签号码认购股票，一本股票认购证可以反复中签。
（2）深圳。当1991年（9月）中国人民银行批准深圳11家上市公司发行2亿多元的A股之后，深圳市政府选择了“先集中发放11家上市公司新股认购申请表，再集中一次性抽签，中签者待上市公司招股说明书刊载以后分次到指定地点交款认购”的办法，整个发行不以资金为基础，而是以身份证为基础，每证领取一张认购申请表且几乎免费供应（只收1元成本费）。到了1992年，在确定计划为5亿元总面值的A股时，政府在多种建议方案中选择了发放认购申请表方案，集中发放500万张认购申请表，凭身份证领表，每张表在收费100元的基础上，明确一人可凭10张身份证领取10张申请表，对特区内外年满18周岁及以上居民一视同仁；中签率提高到10%左右，每张中签申请表可认购1000股新股。
随着1992年国务院证券委员会和中国证券监督管理委员会的设立，1993年之后沪深两地证券发行方式渐趋统一——1993年下半年开始，两市上市的公司普遍采用了在规定时间内无限量发售认购申请表的方式，部分公司的股票也采取了与银行储蓄存款挂钩和交易所竞价等方式发行。
沪深交易所成立伊始，其发行和上市实际上是分离的（换句话说，公开发行股票并不要求上市，可在柜台市场交易）——1990年挂牌上市的10家上市公司股票在20世纪80年代中后期就已向社会公开发行完毕，并存在柜台交易市场。这些公司在交易所挂牌上市更多地表现为从之前分散的柜台交易转向集中的挂牌交易。
与上海证券交易所并未按照市政府相关办法要求公开上市标准不同，在深圳市政府1991年颁布的办法中明确了，公司申请在深圳证券交易所上市除应具备公开发行的基本条件外，还应具备的条件有：（1）其主体企业设立或从事主要业务的时间（简称实足营业记录）应在三年以上，且具有连续盈利的营业记录；（2）实际发行的普通股总面值应在人民币2000万元以上；（3）最近一个年度有形资产净值与有形资产总额的比率应达到38%以上，且无累计亏损，特殊行业另定；（4）税后利润与年度决算实收资本额的比率（简称资本利润率）前两年均达到8%以上，最后一年应达到10%以上；（5）股权适度分散，记名股东人数在1000人以上，持有股份量占总股份的0.5%以下的股东，其持有的股份之和应占实收股本总额的25%以上。这可以理解为沪深交易所在创建之初上市制度是存在差异的。
进入1993年，随着证券发行额度审批制的实施，沪深交易所的发行和上市实现了“捆绑”，但两市的上市标准仍存在一定的差异。
沪深两家证券交易所依靠现代发达的科学技术，在开业不久即完成了由手工竞价到电脑自动撮合的转变，建立了全自动的电脑交易系统。但和深圳证券交易所创建伊始还实行口头竞价制度、后来转变为电子竞价不同，上海证券交易所一开始就采取了电子化的无纸化竞价交易。
从交易层面看，沪深证券交易最为关键的一个初始制度安排是涨跌停板制度（深圳界定为“涨跌停落”），但两市的交易制度具体安排有些不同。
（1）上海。上海证券交易所开市之初（1990年12月19日）的涨跌停幅度定为5%，1周和2周之后分别下调为1%和0.5%，股价的日间波动基本被完全抑制。
进入1991年，上海证券交易所在2月彻底取消了股票实物交割，4月将涨跌停幅度回调为1%；7月实现股票集中存放和无纸化交易；从9月开始，统一以成交量调控价格（实质是不光管价格还管流量）。
从1992年开始，上海证券交易所先逐渐针对具体的股票取消了涨跌停幅度和流量控制，实行自由竞价；从6月21日开始，全面放开股价，所有上市股票均实行自由竞价交易；12月初，确定股票买卖以每100元面额为一个交易单位，实行整数交易。
（2）深圳。深圳证券交易所以1990年的柜台唱价作为证券交易的发展起点。1990—1991年间，在深圳“老五股”陆续实现集中交易的基础上，从1991年6月开始以万科为起点取消涨跌停板制度，放开了股票价格波动。