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全国开始大规模日军战争罪行调查——各地指导检举日军罪行和调查罪证的法规——广东反映调查取证的困难——远东国际军事法庭会同中国战犯处理委员会到各城市调查取证——杨觉勇调查报告——战争罪犯处理委员会东北督导组工作报告——东南亚各国华侨控诉日军暴行——中国政府制止英国秘密调查组的活动
1944年11月8日，蒋介石发布行政院训令，要求有关单位给敌人罪行调查委员会以工作进行上之便利：“查敌人罪行调查委员会各委员，依该会组织规程之规定，系由各有关机关派代表参加。此非就各个私人之资格而为派充，其主旨在使各机关参加该项调查工作，以收众擎易举之效。各委员故应运用本职机关之职权以协助调查工作，各机关亦应以该项工作认为与其职掌有关，而予以协助上之便利。如关于调查表格之翻印、所属机关调查工作之督饬，以及其他事务方面之协助，庶几发挥各机关参加之作用。调查敌罪之艰巨任务，始克完成。”
在此之前，根据伦敦战争罪行调查委员会的要求，中国需要提供日军战争罪行的证据。但是搜集过程中发现，提交的证据多不符合法律要求。许多证据需要的条件和项目都空缺或不确切。为此，外交部拟定了一个标准化的《日寇在华暴行调查表》，印发各单位，请按要求申报。
抗日战争胜利后，根据国民政府制订的审判日本战犯的相关法规政策，在全国范围内开始了大规模的日军战争罪行调查。为了将战犯及时抓捕归案，在日俘、日侨返回国之前，国民政府指示各地政府和法院，向民间大量征集调查日本战犯的罪证。根据1945年10月行政院颁发的《敌人罪行调查办法》，各县市政府、国民党各级党部和各战区司令长官部协助，进行大规模的敌人罪行调查。
《调查办法》规定：各地方法院检察处、县司法处和兼理司法的县政府，一方面布告周知并接受人民的申诉报告，另一方面由各检察官、审判官直接进行调查取证。调查时要填写《敌人罪行调查表》，并附上人证、物证。其中人证一项为甲、乙两种具结文书。结文（甲）是受害者本人的申诉，陈述被害事实后，须注明：“以上所述，全系事实，并无虚伪。如上项敌人罪行将来可受法庭审判时，余愿居于告诉人或证人之地位。倘有虚伪，愿受诬告或伪证之处罚。”结文（乙）为见证人的证词，证词后须写明：“陈述前已告以具结之意义及诬告伪证之处罚，陈述后又令具结人阅览并向其朗读，经承认无异。”最后由具结人和调查人签名、盖章，写明年龄、籍贯、职业、住址。这样完备的证词，方具有完备的法律效力。
北京市档案馆现存3000余份1946年的证词，是当年河北高等法院调查取证的一部分。地域包括北平、天津、河北、山西。北京市档案馆1995年选编了762份证词，编辑《日军侵华罪证实证》，使我们得以了解当年的取证内容。
旧居北平的国民政府参军长商震将军，申报了自己在北平的三处房产分别被日本驻“华”大使楠本、宪兵队长内川占据的事实，并列出损失的家具等清单。具结文书（甲）为商震本人申诉：“余谨将被敌人罪行侵害之事实述如下：七七抗战，本人及家族随国府南迁。敌人侵占北平后，将南长街五十五号房及南长街内土地庙胡同十六号房强行占用，最后由敌楠本驻‘华’大使占住。盖此八年以还，查觉房屋家具等多被盗损，所有被害情形及损失物品另详附表。以上所述，全系事实，并无虚伪。”具结文书（乙）为参与调查的北平警察局长汤永咸出具的证词，证明商震的申诉属实。
日军宪兵的杀人、酷刑为证据中最多。北平市原卫生局长谢振平被敌人杀害之事实调查是北平市法院检察官薛世英主持的，各项事实都非常清楚：
罪行人
姓名 赤藤（名不详）（二十六年九月煤渣胡【同】宪兵队长）
松浦正秀（警务班军曹）
汐海茂（特务班长，又说警务班长）
被害人
姓名 谢振平 性别 男 年龄 四十五
籍贯 河北省束鹿县
被害时职业 北平市卫生局局长
被害时住所 平北新桥大头条二号
现在住所 遗族现住德内小新开路八号
罪行事实
日期 民国二十六年八月十五日
《日寇在华暴行调查表》
（调查人及填表人务须阅读注意事项）
调查者：
调查日期：
1．填表以确实为主；事实不明者，勿庸填写。
2．暴行人与证据二栏须详细填明，以备应用；如有证据附件，并应随表检送。
3．暴行人栏——如系集团暴行，可将暴行人等填入备注栏。
4．人证栏——包括本国人及外侨，除须注明表中项目外，更须附送目击者、目击事项及签名盖章等证明文件。
5．物证栏——须注明：（1）暴行人遗留物件，（2）有关敌国屠杀计划文件，（3）暴行照片，（4）其他证据等。
6．若人证物证栏不敷填写时，可另纸书明并送。
地点 北平煤渣胡同日本宪兵队
罪行种类 非法拘捕 非刑拷打 虐杀
备考
赤藤队长彼时系中尉或少尉阶级；汐海茂为班长，总揽大权，七七前即久居北平，为一中国通，性极阴险，杀吾同胞最多；松浦正秀身为军曹，暴戾任性，对吾爱国无辜同胞施以非刑。证人原有韩人金良铎，系同时被难者，前曾在本市警察局出具乙种结文，现已回国。
余谨将被敌人罪行侵害之事实，据实陈述如下：
民国二十六年八月十五日夜，日本宪兵在北新桥大头条二号将民父谢振平非法捕去，时民父正奉命照顾东四六条卫戍医院在卢沟桥作战受伤官兵八百余人。捕去后拘于煤渣胡同宪兵队，每日非刑拷打，追逼口供，气绝而复苏者不计若干次，终致内脏受损而咯血，全身皮肉臃肿溃烂，而残虐之敌非但不予治疗，反日给些许干腐食物果腹，卒因苦病交迫，卧病不起。直至十月中旬，竟于病中被暴敌杀害并掩尸灭迹。
以上所述，全系事实，并无虚伪。如上项敌人罪行，将来可受法庭审判时，余愿居于告诉人或证人之地位。倘有虚伪，愿受诬告或伪证之处罚。此结。
具结人姓名 谢培英 性别 男 年龄 三十二岁
籍贯 河北省束鹿县百福村人
职业 现任河北省政府建设厅技士
住址 住德内小新开路八号
陈述前已告以具结之意义，及诬告伪证之处罚。陈述后，又令具结人阅览并向其朗读，经承认无异。
调查人姓名 薛世英 性别 男 年龄 三十九
籍贯 山西 职衔 检察官
住址 本院
中华民国三十五年五月九日具结
结文（乙）具结人郑方中，为目睹谢振平受害证人。其结文也经薛世英检察官验证无误，并签署。后来北平军事法庭据此审判了罪行人汐海茂，并依法判处死刑。
市民谢景贤控告他经营的义兴绸缎庄被东城煤渣胡同日本宪兵队宪兵西村侵害的事实，结文（甲）叙述：
余谨将被敌人罪行侵害之事实，据实陈述如下：
于民国卅一年十月十一日上午九时，敌宪兵西村祥三偕翻译突来本柜，大事搜检，将所有存货查封，帐簿及信件搜集携代［带］，并将余逮至东城煤渣胡同日本宪兵队分室，每日威吓讯问存货若干、来货等情，并曾用轻力量电棒触身体，以取口供。于十一月十八日宣判，据云余等犯大东亚经济法，华北为兵站基地，所有中国人力、物力均有供献之义务；将存货没收，罚洋一百元释出，共计拘留三十八日。于十一月廿七日，由西村祥三率人用汽车将全部货拉走没收（计绸缎七百二十匹，约值现价法币四千万元）。
北平地方法院检察官康万化证实：“陈述前已告以具结之意义，及诬告伪证之处罚。陈述后，又令具结人阅览并向其朗读，经承认无异。”并备注：“本案于三十四年12月20日经宪兵十九团已将该罪犯西村祥三等捕获。又于35年5月13日在十一战区军事法庭审问该犯，时由被害人之代表人谢仲豪与西村祥三当庭对质，该犯已完全承认为证。”
有些证据，未能将主犯抓获，只能判处参与的从犯。天津地方法院检察官陈文泽调查的日军英租界宪兵队对平民金海祥施以酷刑的证据，结文（乙）为金海祥之妻潘云馨的陈述：
余谨将亲见敌人罪行之事实，据实陈述如下：
民国三十三年四月十五日，日本清水部队军曹西胁、小路、黑泽及翻译高铁侯、车均福、谢国华等六人到天津测候所将金海祥捕至清水部队，当日夜间即灌凉水，臂部被打高肿，第二、三次用刑比第一次尤甚，迫令承认与国民政府密通消息。过六七天被害人因受刑过甚身死，尸首全无下落。
检察官陈文泽证实：“陈述前已告以具结之意义，及诬告伪证之处罚。陈述后，又令具结人阅览并向其朗读，经承认无异。”
另据陈文泽调查的天津市民李循真、宋文林被日军天津清水部队宪兵队施以酷刑的举报证据，均指认日军军曹西胁正己为主犯。但是这些日本宪兵都没有捕获归案，只逮捕了翻译车均福（朝鲜籍），被北平军事法庭判处死刑。
还有一些案件，罪行人调查欠准确。如河北丰润县长李善继调查的平民李耀泉被害案，指证的日军罪行人为高贝胜、内田银之助。证人李孚洲（李耀泉之子）的结文（乙）陈述：
余谨将亲见敌人罪行之事实，据实陈述如下：
民国三十四年旧历四月二十四日，伪丰南办事处李处长荣三被八路军击毙后，当日宋家营镇驻屯军佐野部队到西葛各庄来剿八路军，并未拿获，村民四散，将村中财物抢夺一空。二十七日，丰南办事处顾问内田银之助偕同宣传科长王文清等到宋家营镇分驻所，由该所警官刘耀宸将李耀泉唤至分所，经内田银之助及高贝胜分队长审讯，经王文清宣布罪状，坐以通匪有据罪，将李耀泉活埋在西葛备庄庄西。
李善继县长签署证明后，备考：“查本件罪行敌人高贝胜系与敌人内田银之助共同实施。”
这显然不准确。高贝胜是日军华北特警6大队宪兵准尉，被北平法庭依法判处死刑。内田银之助是日军少将师团长，显然不可能与高贝胜同事。所以审判内田时，这些证据未予采信。
许多日军宪兵的重大罪行，由于罪行人无法确认，军事法庭也无法采用。如北平市警察局长陈焯调查的国民政府地下情报人员白守正被日本宪兵逮捕失踪案，其妻白张氏的结文（乙）陈述：
余谨将亲见敌人罪行侵害之事实述如下：
愚夫白守正曾毕业于北平陆军测量学校，历任开封地政局测量队长、河北省建设厅工程师等职。民二十五年，调充北平市工务局技佐。翌年，七七事变发生，屡欲逃往后方，奈日人监视严密，终未成行。继被迫派伪工务总署北平工程局服务。伊时感报国无机，日夜不安。延至三十一年秋，适其友李肃侯（任冀中站长）、孔庆艾（北平谍报组长）、王飞鹏（石门谍报组长）等奉命在北平一带组设电台谍报等机关，愚夫即参加，暗充中校通信员职务。白天至伪署佯应差事，入夜与李站长等密秘工作，如此经有年余。不幸至三十二年四月间，被派赴固安县监修永定河堤，以北平西郊密设电台事泄被捕，押入北平煤渣胡同日宪兵队三日，继解至太原日宪兵队。即复行拷问同谋人员，屡加非刑，均未说出（以上系据同时被捕李站长之妻自太原逃回所云）。此后愚夫下落迄无所闻。彼日人残暴性成，对谍报人员尤甚，想愚夫亦难幸免。
这是日军宪兵破获北平地下电台和谍报组织的重大案件。但是白守正被捕后，先后遭受北平和太原宪兵队的审讯，都没有狱中证人的旁证，因此是谁逮捕、杀害的白守正，都无法证实，这样的证据因罪行人不明，无法采用，是很大的遗憾。
在河北高等法院调查的日军罪证中，凡能举报日军罪行人姓名的，绝大部分是常驻一地的宪兵、特务。而日本军队在侵略华北地区犯下的重大罪行，因部队番号、责任人情况不明，往往无法追究其罪行。特别是日军在八路军抗日根据地多次“扫荡”的罪行，也没有在北平军事法庭审判中体现。例如1941年1月15日日军佐佐木部队在河北丰润县潘家峪村制造的大惨案，曾由丰润县司法处审判官卜玉琦在1946年5月调查后，呈报北平河北高等法院。三份结文（乙）系村民潘树凯、潘树子、潘歧轩证词，潘树凯结文全文如下：
罪行人
姓名 佐佐木信三郎 官职或职业 部队长
所属部队或机关名称 北支派遣军极二九〇二部队
官长姓名 田浦 官职或职业 联队长
被害人
姓名 潘国柱等
性别 男335口 女472口 小孩367口 共1174口
籍贯 丰润县
被害时职业 农 被害时住所 潘家峪村
罪行事实
日期 民国卅年一月十五日 地点 潘家峪村
罪行种类 第一条谋害与屠杀——有系统之恐怖行为
暨第十八条肆意破坏财产等罪行
余谨将亲见敌人罪行之事实，据实陈述如下：
敌寇北支派遣军极二九〇二佐佐木部队长佐佐木信三郎，于民国三十年一月十五日拂晓，率驻丰润县左家坞新庄子、杨家店子、铁厂等处敌寇各部队，将民村潘家峪包围，屠杀民父潘国柱等男女老幼计一千一百七十四口，烧毁房屋一千九百七十五间，杂粮五千四百石，劫掳及烧死马骡驴牛共一百二十三头，猪羊共六百四十只。确合敌人罪行种类表第一条谋害与屠杀有系统之恐怖行为，暨第十八条肆意破坏财产等罪行。
以上所述，全系事实，并无虚伪。如上项敌人罪行，将来可受法庭审判时，余愿居于告发人或证人之地位。倘有虚伪，愿受诬告或伪证之处罚。此结。
具结人姓名 潘树凯 性别 男 年龄 廿四
籍贯 丰润 职业 农
永久住址 潘家峪
陈述前已告以具结之意义，及诬告伪证之处罚。陈述后，又令具结人阅览并向其朗读，经承认无异。
调查人丰润县司法处审判官卜玉琦
中华民国三十五年五月卅日具结
潘树子的结文控诉屠杀其父潘万庆，潘歧轩的结文控诉屠杀其母潘李氏，均由卜玉琦证实，签署具结。
当年冀东抗日根据地政府调查的潘家峪惨案的详情是：潘家峪是中共冀东抗日根据地的堡垒村。1939年初，李运昌、吴德、焦若愚等在潘家峪开会，组建冀东军分区。此后，军分区机关、丰滦迁联合抗日县政府、印刷厂、被服厂、军工厂等都设在村里。为此，日军曾多次对潘家峪进行扫荡。1941年1月25日晚（农历1940年腊月28日），驻唐山、丰润、滦县等16个据点的3000多名日军、1000多名伪军，在日指挥官佐佐木的率领下，包围了潘家峪。他们进村后，逼着全村1500多人先到村边西大坑集中，逼问八路军的去向。又把群众驱赶到村中的潘家大院（地主潘会林的住宅），把大院封锁起来，用步枪、机枪向赤手空拳的群众疯狂扫射，并放起了大火。大屠杀一直延续到次日下午7点钟。全村有1230人被杀害，33户被杀绝，96人受伤，全部财物被抢劫一空，1235间房屋全被烧毁。全村幸存者只有300多人。
河北潘家峪惨案
惨案发生后，冀东军分区领导人李运昌等来到潘家峪，悼念死难亲人，处理后事。幸存的潘家峪和附近村庄青年组织起来，成立“潘家峪复仇团”。1942年7月18日，复仇团与八路军冀东军分区十二团战士在迁安县甘河槽设伏，与日军激战5个小时，全歼150名日本官兵。潘家峪惨案的直接策划者——驻丰润日军指挥官佐佐木也被击毙。
日军制造的另一起大“扫荡”惨案是高庄子惨案。1941年11月21日，日军在密云县高庄子大量屠杀平民。据密云县警察局长王志宽的调查，村民刘寿云写了结文（乙），叙述如下：
余谨将亲见敌人罪行之事实，据实陈述如下：
民国三十年十一月二十一日，驻县日军胄二九九六部队中佐柿本贯一率领日军三百余人行至高庄子、东白莲峪、西沟门等村，即下令放火烧房，同时见有村人即开枪射击，亦有掳去。杀死者有高庄子村民高凤元、高清海、高玉起、高李氏、徐温氏、徐小四、徐增祥、徐小三、王成振、王庆海、王成浴、高玉山等十三人，西白莲峪村民郑成祥、王绍贤、王绍志、崔景海、张起亮、高玉国、郑小三等七名，西白莲峪沟门村刘福全、刘福绵、赵和、郑寡妇、王成斌、王成宽、郑多山、赵光珠、王成发、赵光珍、高清有等十二人，共三十二名。烧毁民房一百九十四间，计高庄子村民高凤元八间、高清海五间、高玉起三间、徐明十一间、徐温氏十一间、徐增祥十一间、王成振二十四间、王庆海七间、高玉山五间，西白莲峪郑成祥十五间、王绍贤十五间、崔景海十间、张起亮六间、高玉国八间。白莲峪沟门刘福全三间、刘福绵二十七间、赵和十三间、赵起三间、郑寡妇三间、王成斌三间、王成发三间，各户衣被、食粮、家俱亦均被烧在内，其他二十里附近民房亦均被焚烧，因之被冻饿而死亦不下二百余名。统计数目因治安不良好，现尚难以统计，似此行为实属惨无人道。
以上所述，全系事实，并无虚伪。如上项敌人罪行，将来可受法庭审判时，余愿居于告发人或告诉人之地位。倘有虚伪，愿受诬告证之处罚。此结。
具结人姓名 刘寿山 性别 男 年龄 四十七岁
籍贯 河北密云 职业 农
永久住址 高庄子附近西白莲峪
陈述前已告以具结之意义，及诬告伪证之处罚。陈述后，又令具结人阅览并向其朗读，经承认无讹。
调查人姓名 王志宽 性别 男 年龄 四十岁
籍贯 平谷 职衔 密云县警察局局长
住址 密云县城内政府街十四号
中华民国三十五年 月 日具结
密云警察局长王志宽调查的日军柿本贯一部队犯下的罪行有七起：
一、彭耀堂诉1941年9月21日，日军在朱家峪沟门、朱家峪、上马厂三村将村民商连生等29人，姓名不详者29人，共58名，带到下营村尽数屠杀，埋一大坑内，焚烧民房450间。
二、刘岐山诉1941年9月21日，日军在白马关口孟思郎峪，将金鸡沟村民刘凤瑞等13人及井儿峪村民刘文生等20人，共33人捆至下营村尽数杀死，焚烧房屋107间。
三、彭耀堂诉1941年9月22日，日军在白马关口孟思郎峪沟门村，将村民彭大奎等35人驱赶到一空场内，用机枪扫射，尽数杀害。
四、郭玉麟诉1941年10月11日，日军在赶河厂村掳走青年9人。抗战胜利后2人从营口返回家乡，其余郭家礼等7人均在营口、安东监狱被折磨致死。
五、王鑫庭诉1942年9月30日，日军驻塘子庄士兵三人将其逮捕毒打。
六、郭玉麟诉1942年10月15日，日军将白马关一带划为无人区，所过村庄大肆焚烧。在孟思郎峪沟门村将其店铺35间烧毁，并将看房店员刘栓子杀死。
上述七篇证据结文，反映日军驻密云的柿本贯一部队在1941年华北大扫荡时期，对密云古北口、白马关一带的八路军游击区进行了残酷的屠杀平民、焚烧房屋和劫掠罪行。被害人姓名、身份都很明确，可谓证据确凿。
从北京档案馆公布的证词来看，调查范围多集中在北平、天津、保定等河北境内的城市，事实以日军屠杀百姓、烧毁破坏房产财物、抢劫、酷刑、拘捕虐待、勒索征发、劫掠劳工为主。而犯罪人员也多集中在当地驻守的日军军官和宪兵。需要指出的是：由于当时政治形势的原因，华北广大的农村，特别是共产党领导的抗日根据地都未列入调查范围。日军在华北进行的多次大扫荡和战争罪行，除了上述的潘家峪、高庄子等地，在这些罪证中很少反映。这就使取证的范围和数量大大低于实际存在，难以达到全面客观的覆盖。
这些举证，大多数无法明确指出犯罪人的确切姓名和身份，以致无法采用。记者采访第十一战区军法监部白一震处长，据他说：“战犯多为各法团、各机关或民众检举者，已有数名开始审讯。然其中检举者只提战犯姓字而不记其名，故罪行一时不能十分明了。往往仍须追问原检举者，经侦查后始能以其罪行明确者定罪。”
武汉行营军事法庭成立后，在报纸上刊登公告，希望党政军各机关认真检举日军罪行，并鼓励民众检举告发。并规定以下注意事项：
1．告诉人或告发人：受害人或其亲属，得为告诉人。第三人或其他机关团体之负责人得为告发人。告诉、告发对于追诉战犯有同等之效力。
2．被告人：日军官长、士兵或其他侨民，非基于军事上之必要，而肆残暴或图私利，不法侵害官民，或破坏物资，构成犯罪者，不论其为本人实施或纵使部属为之，均系战争罪犯，得列为被告。
3．申诉书：告诉、告发人应以书面记明左列各点，但对于被告之姓名、住址、兵种、番号无法记载者，得免于记载，由本行营调查之。被告他住或已遣送回国者，由本行营追回究办。
4．受理机关：凡在本行营区域内之战犯，均由本行营军事法庭受理。但得由告诉、告发人就近向军政司法机关提出申告书状。
为了落实证据的搜集和举证工作，武汉行营军事法庭制订了《湖北搜集战罪证据计划》，责成有关单位分工负责：
一、下列战罪应迅速搜集其证据
（甲）破坏和平罪
从事侵占武汉及湖北各县市之侵略战争之罪证据，由行营参谋处搜集之。
（乙）违反战争法规及习惯罪
1．侵害人民生命身体财产之罪证，由省市警察局分别搜集之。
2．军事占领期间有僭夺主权之行为，如建立省市伪组织及其控制改权之嘱托顾问方式暨企图奴化占领区居民等罪证，由省市政府分别搜集之。
（丙）违反人道罪
战时对于民众之杀戮灭种、奴役、放逐等不人道罪证，由省市警察局搜集之。
二、下列各项战罪证据及主持搜集机关分列如下：
1．计划准备发动罪行之计划书、命令或其他公文——行营参谋处。
2．足以证明罪行之日记函件及其他私人文书——日俘管理员。
3．足以证明罪犯思想主张或行为记录之著作（可向旧书铺搜集）——省市警察局。
4．足以证明罪行之画报及照片——省市党部及青年团。
5．足以证明罪行之报纸——武汉日报、华中日报。
6．敌人使用酷刑所用之刑具（包括日犬或其照片）——行营视察室及省市党部调查处。
7．被害者之遗骸集体坟冢或受伤者之伤痕照片——武汉市区公所。
8．医师及有关方面之调查书、报告书或证明书——汉口卫生局市之医院。
9．战俘或战犯之口供书、自首书或报告书—军事法庭日俘管理处宪兵团战犯拘留所。
10．非人道武器之破片或战利品——警备总司令部稽查处。
11．见证人之见证书或陈述书——武汉地方法院检查处及各宪兵调查机关。
三、凡被害人、被害人之亲属、罪行目击者、参加罪行者或参与罪行计划者，应由各调查机关予以登记。
四、敌宪兵队之罪证，由宪兵团及警务处搜集之。
五、敌各种特务情报机关及经济统制（如经济检查班）之罪证，由行营视察室、省市党部调查处及宪兵团及警务处搜集之。
六、施行毒化政策之罪证，由保安司令部教育所、武汉市政处、汉口市政府搜集之，并由武昌地院首席检察官提讯伪汉口市长、伪警察局长及其他有关汉奸，并取具笔录。
七、实施奴化教育之罪证，如伪教科书等，由省教育厅及汉口市政府教育科搜集之。
八、本计划另行限期完成之。
对于韩、台籍战犯，汉口当局也下令检举：“汉口日德侨民管理处，近奉令以各地之韩、台籍俘虏中，多数原改用日人姓名，充任日军职务，恶迹昭著。嗣以日本投降后，乃又改为韩、台人原有姓名。当局为彻底查捕计，严密察查，并准人民检举告发，予以逮捕，按战犯讯办。希各界人士注意，迅予检举，以便当局依法捕讯而儆奸顽云。”
徐州方面，1945年12月21日，国民革命军第三战区司令长官顾祝同率部进驻徐州，设立徐州绥靖公署。1946年2月15日，徐州绥靖公署成立审判日本战犯军事法庭，1946年4月1日开始对外办公正式审理案件。4月19日，顾祝同签发快邮代电——《为我人民在作战期内曾遭日本宪兵及军民惨害甚多仰转饬径向军事法庭呈控由》（法战字第022号），全文如下：
徐州市政府公鉴：查在华日本宪兵及其军民于抗战期内无恶不作，我人民遭其酷刑惨杀，死亡与失踪者难以数计。现本署审判战犯军事法庭业于四月一日组织成立，在本市中正路十五号开始办公。凡我被害人或其家属以及各界人士如举出犯人姓名、地点、详细事实暨搜集犯罪证据径向该庭呈控，即予法办。除分电外希转饬广为宣导为要。
广州行营“为使各界民众便于检举指控日籍嫌疑战犯暴行，特将全部日战犯六百余名摄制照于二十四日起在行营军法处门前公开张贴，并设密告箱及检举表，凡曾被日军侵害或目击其暴行者，均可指控。”为了落实群众的举报，1946年6月，广州行营参谋处组织战争罪犯调查总队。广州市内23个警察分局，每分局内设一个战争罪行调查分队，由各分局长兼任队长。行营政治部组织5个分队，共有28个分队担任广州市区日军战争罪行调查工作。周边各县每县成立一个分队，由县长兼任队长，开展调查。
考虑到日本宪兵是民众举报的主体，南京市宪兵司令部于1946年1月5日发布《人民检举告发日本宪兵罪行办法》，规定：
第一条 宪兵南京市区司令部（以下简称本部）遵照中国陆军总司令部拟定日军宪兵处理办法，检举日军宪兵战争罪犯，特订定本办法。
第二条 凡本国人民于日伪窃据期内，曾被日军宪兵非法侵害者，依本办法向本部告诉，其获悉他人受侵害者，亦得向本部检举告发。
第三条 前条之告诉、告发，经本部调查属实后，即予依法报请主管机关按战争罪犯办理。
第四条 依本办法而为告诉、告发者，应将日军宪兵罪行、部队、番号、官兵职级、姓名、被侵害事实经过、时间、地点详细陈明，并检同证据，□备正式书状，呈递本部听候调查。
第五条 告诉或告发人应于书状内将真实姓名、住址详细注明，其不在市者，并应于状内陈明委托市内代收传唤，及通知书件处所。
《办法》重点列举了日本宪兵罪行16条：“1．残杀或伤害人民身体及康健者，2．强奸妇女者，3．放火及决水者，4．掳掠妇孺者，5．强迫婚姻者，6．抢劫财物者，7．滥施逮捕羁押非刑拷打者，8．施放毒药者，9．欺诈取财者，10．掳人勒索者，11．毁损财物者，12．强占房舍迫走居民者，13．巧立名目横征暴敛者，14．强拉夫役牲畜及强封舟车者，15．挖掘坟墓或毁损尸体者，16．其他有侵害人民各项法益之罪行者。”除此之外还有“日军宪兵对于地方古迹名胜，重要文件宝物之毁弃、损害或掠夺盗窃者，得依本办法检举告发”。该《办法》由陆军总司令何应钦批准，南京宪兵16团负责执行。这些条款是根据日本宪兵种种罪行的实际情况制定的，比前面规定的38条罪名更为集中和便于操作。
上海的调查举报工作在军事法庭未成立前，由地方法院负责受理。据上海地方法院检察处1946年2月底统计：谋害与虐杀并有系统之恐怖行为1060案，强奸2案，对平民施以酷刑10案，流放平民1案，强迫平民从事有关军事行动之工作4案，故意轰炸不设防地区1案，抢劫8案，没收财产67案，肆意破坏财产10758案。共计11889案。
到1946年5月上海军事法庭开庭前，群众举报的案件已达30638案。其中对平民实施酷刑78案，不人道待遇26案，强征民众为军29案，强奸16案，屠杀3192案，滥施轰炸7案，没收财产195案，肆意破坏财产27059案。
但是，各地的调查取证工作并不顺利。据1947年8月《广东高等法院检察处工作报告书》反映，1945年9月法院接到政府命令，开始调查敌人罪行事件，但是各种表格到11月底才颁发到院。随后高院通令各属地方法院加紧办理，但调查工作遇到种种困难。主要原因有：
1．沦陷区人民迁徙频仍，当时被害之人恒多他适。
2．人民习惯每易善忘，时过境迁，恒不愿举报。
3．被害地区辽阔，各处交通不便，难以普查。
4．调查旅费浩繁，表结用纸亦多，各地方法院限于经费，颇难措办。
报告说：“本院为排除以上各项困难起见，当谋一普遍策动之方。一面分函省政府、省党部、省青年团、省临时参议会等机关团体，通令各市县政府、各市县党部、各市县青年团、各市县临时参议会同时策动，协力调查。一面通令各地方法院检察官与各该县机关团体取得密切联系，并令各地方法院转令各区乡镇公所暨各保甲长等负责举报。必要时检察官亲往受害较巨之各区乡村庄，实地劝导，调查具报。至调查费用，准其据实列报，另造预算，呈请核发。经此督促后，各地方法院检察官纷纷亲往各地，实地调查。经调查所得之表结等，先后呈报到院。经初步审核后，分批转呈察核。先后得12批14567件，其由各属地方法院径行呈部者，计5285件。”
这个报告具有代表性，可以想见当年调查取证工作的艰辛。尤其是战争罪行的取证最为困难，因为在战争期间，受害一方很难确认日军的番号，更难以确认日军的身份和姓名。战争期间失踪者下落不明，难以确定生死。施暴的敌军由于调动迁移，异地申诉也很难寻找元凶的下落。当年的战争罪行调查不可能将日军罪行全部查清，没有达到预期的目标。
所以，当1946年4月十个军事法庭相继开庭时，法官和检察官都感到搜集的证据不足。特别是已经关押的日军战犯，许多人尚未搜集到足够的证据。武汉行营法庭开庭时，刘泽民庭长曾对记者发表谈话，呼吁“审讯日本战犯需要官民合作”。他说：“该庭仅由高等法院派庭长一人、审判长一人、检察官一人，另由行营军法处派三人组成，人员极为有限。而调查日军犯罪证件，因日军作战时部队调动频繁，且日军在投降前，将各种犯罪证件毁灭。如大孚银行楼下之牢狱及武昌斗级营之营妓区，残害我同胞，各种证件甚多。现则多已泯灭，调查极为困难。该庭即将开始审讯工作，业已布告在案。而受审同胞向该庭检举者甚少，殊为可惜。”刘氏并谓“军事法庭犹如一只小船，行于大湖之上，欲将湖内每一只鱼的过去行为（即喻日战犯暴行）调查清楚，殊为不易。希望受害同胞及各界人士协同进行，始能将此巨大任务完成，雪我死难及受害同胞冤仇。”
据广东高等法院检察处工作报告称：1945年底，南京部派专员毕乃蹇来广州督导，指示各地检察机构搜集日军证据。工作展开后，到1946年3月，各地调查所得表结汇总共12批，14567件。各地法院直接呈报南京的证据，计5285件。“查各表结中，累计较多之敌人，计有104师团长官未藤知文、安藤利吉等19名。于去年（1946）3月19日，日俘行将遣返回国之际，开列名单，电话前军事委员会广州行营，致核办理。已将所列日军104师团长官未藤知文一名逮捕。”“又敌人在广州附近之增城、从化、东阳三县所施暴行重大事件，为集体屠杀，滥施毒刑等，复令各地法院检察官重行调查，并取表结，合订一册，于上年（1946）5月20日军事委员会、行政院战犯罪行调查小组由组长柴子尚率领到粤搜集敌人罪证时，经已提供参考。”
1946年4月底，东京远东国际军事法庭即将开庭，审理日本甲级战犯。但是罪证提取的情况不能令人满意。特别是受日本侵害时间最长、范围最广的中国，提供的能够为法庭采用的有效证据不多。为此，远东国际军事法庭检察长季南深表关切，1946年3月在梅汝璈法官陪同下来中国访问，督促进度。为广泛调查日军罪证，提高中国方面证据的质量，远东国际军事法庭于1945年5月派专人来华，会同中国战犯处理委员会成员到各重点城市调查取证，并对各地罪行调查工作进行指导。为了配合这项工作，国民政府军事委员会和行政院在4月9日发出通令：“查日本侵华十五年，荼毒罪孽不可胜计。凡破坏和平、执行战争之祸首元凶及在中国战区悖逆公约、违反人道之战犯，自应依法严惩，以申正义。兹就远东国际军事法庭检察官来华之机，特派战犯罪证调查小组柴子尚等五员，会同该处美籍调查官克劳莱等前往南京、上海、徐州、北平、郑州、南昌、武汉、长沙、衡阳、桂林、广州、福州、台湾各地，搜集战犯证据及指导处理战犯事宜。合行检发《远东国际军事法庭调查罪行纲要》暨《战犯罪证调查小组搜集战罪证据标准》各一份，以资依据。除分令外，仰即遵照并商同暨转饬有关单位充分准备，于该小组到达时，适切提供并予以工作便利为要。”
《通令》中提到的军事委员会、行政院战犯罪行调查小组，由组长柴子尚及南京政府军令部、军政部、司法行政部和外交部代表，陪同东京审判罪行调查组成员远东国际法庭检察官克劳莱、温德士上校一行7人。双方汇合后，5月11日在上海举行联席会议，听取罪行调查进展情况，督促各法庭搜集证据。上海军事法庭庭长刘世芳汇报情况后，提出以下问题：“1．量刑之标准，中央未予明定，判决时不无困难。2．军事法庭人员仅廿余，而审理案件太多，感到人力不够。3．各方面所送战犯名单所列罪行，事实太简单，不足为起诉之根据。全国各地处理战犯办法不统一，建议召开全国性之处理战犯会议，以求统一办法。”军政部唐表民答复了问题，表示：“依处理战犯程序，须中央审核列入战犯名单者，始可逮捕。惟依《战犯处理办法》第4条之规定，地区军事当局根据人民控诉，经查实者，可用紧急逮捕权予以逮捕。”
对此，指导组提出了调查罪行的各项方式：“每至一地，先与各有关机构联络，告知如何搜集及督促尽快搜集敌人之罪证。分别直接采访重要人证物证。如徐州有大屠杀事件，则访问身受其害者目击经过，请写一报告。如有被日寇残杀之万人塚者，则摄影作证。如亲历卢沟桥事变之秦德纯将军，可请秦将军起草一事变经过，以为日战犯挑动战争之证据。此外如与各有关机构举行联席会议，及鼓励人民直接向法院控诉敌人罪行等。而将此项调查搜集之得罪证，分别提供与远东国际军事法庭及我国内各军事法庭。搜集罪证与检举战犯，绝非报仇性质。其主要目的在于根绝日本之侵略势力，凡违反战争法奸淫掳掠、虐待无辜人民者，及违反世界和平者，如掀起此次世界大战之计划、阴谋、指挥者，均为战犯。为维护世界之永久和平及使日人自知侵略乃错误之举，故必须搜集罪证公开审讯，并宣布其战罪。”
对上海的调查检举罪证工作，督导组指出：“现上海区内由地方法院登记调查之罪行，自去年11月起至本年4月底止，共有30600余件。但能指出罪犯姓名者仅有2000余件。其余未能指出姓名者，则由调查犯罪时间、地点，在此时此地之日本司令长官为谁，即由谁负罪行责任。截至目前，司法行政部接获各级法院送来之罪行报告，已办理分送调查检举者，有万余件。尚未办理者有10万余件。即将成立战罪室，专理是项案件。凡查有确实罪行根据者，即行逮捕，交军事法庭审问执行。惟中国人道德观念极重，如遇强奸等耻辱事件，不肯向外宣扬。故现在向当局告发者，要打一极大折扣。而能确定指出人名者更少，或告发之罪犯有姓无名。致对逮捕方面，极为困难。据小组估计，全国直接遭受日寇杀害者有二千万人，直接受害者有二万万人，占全国人口之半数。故希望全国人民协助该项检举敌寇罪行，以迅速完成战犯审讯工作。”
中央社记者李明从会议上获悉，搜集战犯罪证的工作远未达到预期的成绩，急需加大力度。报道说：“军委会行政院战犯罪行调查小组抵沪已一周，经与各有关方面接洽，战犯罪证已获一部分。定17日飞广州，转赴桂、汉、平等地，急需调查敌人罪证，并督促战犯处理事宜。沪地方法院接受人民控诉敌人罪行案，截至4月底共30638件，均已转呈司法行政部核办。另第一绥靖区司令部军事法庭，经人民告发及各机关移送战犯案件共45件，其中2件战犯属意大利籍。45案中23件已起诉，惟人犯逮捕到案者仅26件。此刻羁押日籍战犯共63人，5月11日解押战犯拘留所之前日军133师团长野地嘉平少将，为最近入狱者。目前不仅战犯罪证罪行有待搜集，有待检举，由于日侨之即将遣送完毕，及战后人民之流动迁徙，时日久远，罪证更易湮没。罪证罪行之搜集检举工作，实刻不容缓。记者昨日参观日军罪恶渊薮之日军宪兵司令部（即淞沪警备司令部现址），日宪兵投降前，已将凡足资为暴行之证据，毁灭无遗。昔日暗无天日之水牢，现已改建为汽车房。”
5月18日由上海飞抵广州，在会见广州行营主任张发奎后，对广州法庭进行督导，并转赴桂林、汉口、长沙、衡阳等地取证。然后又先后飞到武汉、北平、沈阳督导并取证。在武汉，柴子尚少将称：“武汉陷敌八载，敌人罪行累累。甚盼各界能协助搜集敌人罪证，俾使各战犯获得适当膺惩。”
为了配合东京审判，调查组给各法庭发了《远东国际军事法庭调查罪证纲要》。要点如下：
一、抗战前日本对华阴谋侵略之计划准备与挑衅行为
二、抗战发端之战争责任
1．1937年7月7日卢沟桥战争
2．1937年8月14日上海战争
3．1937年南京战争
4．1943年11月间上海暨其他城市之事件
三、德日于发动或进行侵略战争之各种合作行为
1．德结束参加对华战争前予日本之诸帮助
2．德国在华活动与其驻日外交使节间之联络关系
3．德日合作中斯布尔之作为。（子）于其来人伪宁大使前。（丑）战争期内彼曾任中国伪宁大使时之作为。（寅）战争期内彼任德国驻日大使时之作为。
四、违反战争法规、国际条约与协定之战罪行为
1．毒气之使用
2．细菌战
五、对人民之暴行
1．南京之强奸与大屠杀
2．日军在其他城市之类似罪行。（子）应担负责任之指挥官。（丑）罪行之性质与范围。（寅）罪行之期间。（卯）受高级指挥官指使赞同或允许暴行之证据。
六、对战俘之虐待
1．非人道虐待战俘之确证
2．虐待之程度与范围
3．高级指挥官颁布待遇战俘方法之命令
七、日本侵华机构
1．兴亚院
2．华北开发公司
3．东亚省
4．日本控制在华诸侵略机构之程度与日本政府之控制方法
八、鸦片麻醉毒品
1．受日本势力影响后贸易增加之情形
2．日本统治下中国伪政府实施毒化之情形。（子）增加之情形。（丑）实施之情形。（寅）此种毒品贸易与日政府联络之关系。（卯）蒙疆之组合。
九、其他藉以形成日本侵略战争之诸事实，及其他打击人道良心之罪行，而应归咎于高级指挥官者。
战争罪行调查的时间范围：自“九一八事变”前后至日军缴械为止。
《日本战犯罪证调查小组搜集战罪证据标准》内容如下：
需要搜集的证据：
子、物证——应予搜集
（一）计划准备发动罪行之计划书命令或其他公文。
（二）足以证明罪行之日记函件及其他私人文书。
（三）足以证明罪犯思想主张或行为记录之著作。
（四）足以证明罪行之书报及照片。
（五）敌人使用酷刑所用之刑具。
（六）被审者之遗骸、集体坟冢或受伤者之伤痕照片。
（七）医师或有关方面之调查书、报告书或证明书。
（八）战俘或战犯之口供书、自首书或报告书。
（九）非人道武器之破坏或战利品。
（十）见证人之见证书或陈述书。
丑、人物——应予登记。
（一）被害人
（二）被害人之亲属
（三）罪行目击者
（四）参加罪行者或参与罪行计划者
寅、凡属有证据价值者皆应搜集之
关于这次巡回调查和指导，外交部专员杨觉勇有详细的《战犯罪证调查工作报告》。主要内容如下：
关于调查巡视时间：
“职奉派参加调查战犯罪证工作，前后二月，计可分为三个阶段。
第一阶段系陪同远东国际军事法庭调查官克劳莱（Crowley）检查官莫乐上校（Col. Morrow）及塞顿律师（Col. Sutton）等搜集各种有关战罪文件阶段。
第二阶段系参加军事委员会行政院战犯罪证调查小组偕同远东国际军事法庭美方代表温德上校（Col. Winder）及克劳莱调查官、拜南少校（Maj. Bynum）等赴上海、广州、桂林、衡阳、汉口、北平等地搜集罪证及督导战犯处理阶段。
第三阶段系陪同远东国际军事法庭塞顿上校（Col. Sutton）等搜集证人至东京作证之阶段（六月八日离京）。
第一阶段工作，1946年4月5日乘专机赴沪，经南京直至4月26日回渝，工作二十余日。
远东国际军事法庭人员来华时，曾拟《远东国际军事法庭调查罪证纲要》及《应搜文件单表》67项。根据《罪证纲要》，调查组先后到战俘管理处、第一补给区司令部卫生处、陆军病院、中央电影制片厂、中央宣传部对日文化工作委员会、外交部驻沪办事处、市政府等处搜集证据。除美方直接搜得者外，经杨觉勇交美方者计有暴行照片16张及有关书籍5本。
根据美方开来的67项文件单表，杨觉勇等各处搜集，并经外交部驻沪办事处陈主任等协助，抄送文件38件。其余29件大部分系较难觅得或不属本部范围，且不易向其他部门索取，故未能悉数抄送。此项文件，抄件已由莫乐上校带回东京。
第二阶段工作，规模和调查范围都比上次扩大。战犯罪证小组系由外交部、军政部、司法行政部、军令部等各派代表组成。军委会、行政院4月9日发布通令，会同远东国际军事法庭代表乘美方专机，分赴全国各地调查敌罪证据，并督导战犯处理。
小组成员，中国方面有：
组长：国防部柴子尚高级参谋。
司法行政部：马志振专员。
外交部：杨觉勇专员。
军政部：唐表民高级法官。
军令部：邓良士参谋。
美国方面有：
远东国际军事法庭代表温德上校（Col. Wender）
克劳莱调查官（Crowley）
拜南少校（Maj. Bynum）。
5月9日中方小组代表齐集上海并开始工作。而美方专机迟至12日才到上海，因修理一再迟延，18日始开始飞赴广州等地。东京国际法庭定于6月3日开审东条等28名主要战犯，季南检察长来电指定调查地点为穗、桂、衡、长、汉五地，后因长沙机场不能降落改飞北平。所有罪证必须在开审前送达东京。美方代表为执行命令，将各地工作时间一再缩短，以致行程仓促，实际采访之时间至少。5月26日下午回沪，即着手整理所获证据及资料，6月4日完成任务回南京。
调查期间的主要行程有：
5月11日：赴第一绥靖区司令部、港口司令部、警备司令部、军事法庭战犯拘留所及市政府。
13日：赴宪兵23团，战俘管理处等地。
14日：赴江湾日本宪兵集中营，接见山崎直吉宪兵上校等。又赴陆军病院战俘管理处。
15日：赴第一补给区司令部、卫生署、军械处、日侨管理处。
16日：赴第三方面军连络组，讯问田中彻雄等日俘。
17日：讯问落合甚九郎中将及山崎直吉宪兵上校等。
18日：飞赴广州，访广州行营张发奎主任及高等法院。
19日：在行营开联席会，下午分赴军事法庭战犯拘留所，讯问田中久一中将及女间谍奥幸子等。
20日：下午飞桂林。
21日：赴七星岩视察毒气遗迹，下午飞衡阳，晚间开联席会。
22日：晨赴葛光才师长等处直接采访。下午到汉口，视察武昌日宪兵集中营。
23日：晨续开联席会。下午赴中统局、武汉日报、华中日报，并至中孚银行日宪兵队刑室。至宪兵12团讯问日本宪兵多人，并取供词10余件。
24日：飞抵北平。
25日：下午赴敌伪产业处理局经济部特派员公署，军事法庭及战犯拘留所，讯问经济巨犯宫本正义及特务茂川秀和上校等人。
26日：飞回上海。即着手整理所得资料。
5月27日—6月3日：整理资料后交美方检察官带回东京。
关于这次调查征集的证据和成果，杨觉勇写道：
这次战犯罪证调查小组工作目的有二：一为搜证工作，一为督导战犯处理工作。而搜证工作尤为此次工作之中心。远东国际军事法庭已决定于6月3日在东京开审，28名主要战犯名单中15名系由中国提出。因此充分搜集该主要战犯工作，殊属重要。而我国各军事法庭亦将陆续开审，特别需要有力证据作为判刑之后盾。小组在出发前，即将《远东国际军事法庭之调查罪证纲要》译成中文，另拟《日本战犯罪证调查小组搜集战罪证据标准》，随同通令颁发全国各地。
在各地，小组即根据上开《标准》，用各种方式，例如请求各机关将已有之证据交来，小组向人民直接采访，或同重要战俘战犯谈话搜集战俘战犯之供词等，俾能搜集大量罪证。计获60件，包括照片、敌人日记、作战命令、信件其他文件书籍，我国官方调查报告，统计表，罪行调查表及结文，资料目录以及1200余件战俘战犯谈话供词在内。所有搜得之罪证已稍加整理后交美方运至东京，以备急用。小组回京后，亦经各处陆续送到证件多种，亦已随时检交国际法庭代表矣。
关于战犯之检举：
战犯之检举，其路径有三：一为人民告发，大部分为普通战犯。二为中央圈定者，大部分为重要战犯。三为地方当局径行检举后补呈中央核定者。
此次小组因有督导战犯处理之责，故对各地人民告发及径行检举事详加调查。所了解的情况如下：
（一）上海方面。据上海地方法院检察处办理敌人罪行调查一案件统计表：人民控诉登记案件有30638件，有被告姓名者仅2000余件，其中较普通之罪行为：毁屋间数——30400，谋害、屠杀——3191，肆意破坏财产——27054。
可知人民之控诉，悉期待其所损失财产之赔偿，此或鼓励人民控诉之一方法。
上海方面受理人民告发者，为各级法院。而其他检举调查工作则无一机关负责，因此小组请第三方面军战俘管理处召集联席会，负责办理。此外尚有日宪兵1720名，由我宪兵23团调查中。
（二）广州方面。人民控诉由广州呈司法行政部者，计11批13795件，由外埠呈司法行政部者约300余件。其中较重大之案件计有：
（1）增城县龙径水陆空刑场案。
（2）从化县最大之焚毁案件计9件。
（3）从化毁家屠杀20人案。
（4）从化凤县朱氏被轮奸，欧阳满秋被屠杀案。
根据广州地方法院所编之敌军各部队罪行分类表计算，敌人罪行最普遍者为屠杀与谋害，肆意破坏财产，对平民施以酷刑、抢劫、没收财产、强奸等案。
广州行营曾于去年12月成立战犯调查组，办理战犯处理工作。曾得日本宪兵392人全部照片，陈列公园内，请人民认出罪行凶手。虽未奏效，仍不失为检举工作之一重要步骤。
（三）桂林方面。除已呈报司法行政部者外，尚有人民告发459件，包括抢劫417件。肆意破坏财产23件。屠杀、使用毒气各1件。强奸2件。杀害21件。
日寇1944年10月侵入广西以来，敌骑遍73县、1市，蹂躏八月有余。所谓洗村、剥皮、灌水、生祭、强奸、烧物、拉夫、抽血、掳掠、阿片等，无恶不为。尤以七星岩案为惨，我第391团约800烈士均牺牲在敌人手中。
桂林社会处动用30余万元，专门从事调查工作搜集敌罪证据，但检举者不多，所有日俘已悉数遣送至其他地区。
（四）衡阳方面。地方当局急于救济灾民，对于检举战犯工作尚未顾及。据云，衡阳原有房屋45000余座，日军退出后完整者仅5座，修理后可使用者200余座，人民被害者达14万余，内因被奸杀而死者6万余人，无从调查者8万余，耕牛被杀6万余头，现仅剩2万头可供使用。今衡阳灾民遍野，饿殍载道，死者病者到处可见，每日饿死七千，故敌罪检举工作无法进行。
（五）武汉方面。湖北省各县司法机关敌人罪行调查数计有1683件，人民告发其详如次：
武昌：88，汉口：67，天门：445，随县：80，应山：10，通山：59，江陵：224，远安：5，荆门：9，松滋：522，麻城：37，宜昌：5，南漳：132。
根据湖北高等法院调查，较普通之罪行为：
谋害屠杀：48，肆意破坏：52，人质处死：18，抢劫：10，施以酷刑：9。
根据湖北保安司令部报告，接收烟土已达二万五千余两，敌人毒化我国之用意可一目了然。因此曾会同汉口地方法院首席检察官郑大纶，拟《湖北搜集战罪证据计划》，加紧调查工作。此外尚有日宪兵二三百余人集中在武昌，正由宪兵12团加紧调查中。
（六）北平方面。河北方面对敌人罪行之调查似刚刚开始，现已查知有罪行人姓名或番号之案件仅220件，计屠杀62，将人质处死44，强迫人民从事军事工作7，对平民施以酷刑61，流放平民13，肆意破坏财产15，没收财产11，拘留人民予以不人道之待遇5，抢劫2，轰炸不设防地点2，轰炸（河北高等法院）。
杨觉勇作为最早从事战犯罪证调查的官员，通过以往的工作和实地调查，深感此项工作的艰难。国民党当局在日本战俘遣返和战犯调查逮捕工作中，已经暴露出人浮于事、效率低下、徇私舞弊等腐败作风，直接影响了战犯处理工作的质量和进度。在报告的后半部分，他详细总结了战犯调查工作中的问题和教训，非常实际，也非常深刻：
查职自去年六月参加战罪工作以来，约达一年，深感工作推动之困难。而此次奉派参加实际搜证及督导工作，尤感我国战犯处理推动之困难。仅由此所得言之，最普遍之缺陷已可列举三十余条之多。
A．检举工作
（1）战犯名单过慢。迄今仅发下九批，总数不过千余人。
（2）港口司令部仅消极的根据战犯名单扣押，未能有积极的调查。
（3）战俘管理处亦未能运用《战犯处理办法》第三条及第四条第二项之规定，积极检举。
（4）一般有关机关对于战犯之注意不够，仅仅顾及“遣送”。
（5）利用战犯之检举而舞弊者，不乏其人。例如非战犯而以战犯为名扣押，获贿后释放者。明知为战犯，而获贿后使其潜逃者亦不少。又例如上海战犯岁川满雄等因有阿片十万两及金条之故，遂被各方注意，成为各机关（尤其某研究所及某管理所）争夺之对象等，不胜枚举。
（6）约在一百余万日侨日俘中，检举战犯，实有赖于调查工作之成功。而其中最重要者，亦即易于着手者，莫过于人民之控告。而人民控告一旦被地方法院等接受后，地方法院等未能将被告人姓名等录下，进行调查，仅将人民控诉表呈送司法行政部，以致司法行政部积案达十四万件之多。而地方当局则又束手旁观，影响检举工作之进展颇巨。
（7）地方当局对于战犯往往不能有正确认识，甚至将非战犯之汉奸等亦一并扣押。
B．逮捕工作
（8）战犯名单中同姓同名者多，姓名不大清楚。
（9）全国逮捕日本战犯数目不及二千，数目太少。
（10）因化名而得潜逃之战犯颇多。
（11）各军事机关没能负责逮捕。
（12）各机关间之联系不够，不但未能合作，且因种种原因（如（5）岁川满雄之例）磨擦颇多，影响逮捕工作。
C．拘押工作
（13）衡阳饿殍载道，而日本战俘待遇特缓甚至有以“侵略财”购买大量补品营养品，在拘留所中享受者。
（14）战犯之管理颇不合理，以监狱规则为蓝本者不多。各种战犯皆混合押在一齐，自由交换意见及情报，影响侦察工作不小。
D．侦察工作
（15）侦察工作特别松懈，负责人员没能利用一切机会进行侦察（例如审汉奸求线索）
（16）检察官一人不够。例如广州战犯809名，检察官一人实无法应付。
（17）侦察工作需费颇巨而各检察官无专款运用。
（18）进行日犯侦察，需要大批干练日文人材，而各军事法庭甚至无一合格之日文翻译。
（19）进行侦察需要各地间有联系。例如广州之田中久一中将在华北亦曾作战，如缺华北方面之资料，则不能完全对田中之罪行有一完整之调查。
（20）战犯名单中之罪行事实过于简单。
E．审讯工作
（21）迟迟不开审，审判进行过慢
（22）检察官有无不起诉之权，现尚无确定方针。
（23）战犯处理不但应根据国内法，尤应根据国际法。而一般法官对国际法知识不够。
（24）适用法规问题未能有通盘指示办事及办法。
（25）量刑标准亦无规定。
F．搜证工作
（26）敌人已湮没大部分罪证。
（27）各地未能将见证人做一登记及分类，更未将重要证人查出。
（28）接收人员未能注意保存罪证，一般人员对于此类工作亦缺充分之理解。
（29）东京主要战犯之罪证，实应由中央发动全国搜集始克奏效。地方当局对地方性战犯既未办好，当然不能对全国性或国际性战犯加以注意。
（30）各方面发表之有关文件及条约集之编集工作不够。
针对以上各点，杨觉勇报告指出，由此“可知我国战犯处理实不无改进之处”，故就此次视察所得，列陈检讨意见供参考。
A．检举工作
（1）简化战犯检举过程。过去战犯名单之拟具，必需经过“司法行政部—战犯处理委员会—外交部—远东分会—军令部”之过程。辗转需时颇久。查远东分会虽系一重要机构，但以我国处理战犯之现状观之，则先检举后再送远东分会，实为一贤明之举。如是检举过程简化为“司法行政部—战犯处理委员会—军令部”，时间上可省略冗烦而不必要之手续。
（2）加速检举人民控告中之日犯。人民控告已在司法行政部积压者不下十四万件。而日俘遣送则将在六月底完成。故如不加速检举逮捕，则日俘回国后逮捕战犯反需假麦帅之手，不无困难。故应请司法行政部（将）积压之十四万案件（中）被告姓名迅速登记，列入战犯嫌疑犯名单。根据上海之经验，三万件人民控告案中，有被告姓名者仅二千余案。故十四万案件或可得战犯九千名，又征诸战犯名单中可能逮捕之比例观之，则或可能逮捕一千余名。如是全国逮捕数目除宪兵外或能增至三千名。
（3）促使港口司令部及敌侨管理处等机关积极展开调查工作。添设调查人员，增加经费，并令各警备司令部、绥靖区司令部、行营等积极援助，最好设一专门调查机构。
（4）严惩舞弊。鼓励检举告发舞弊，加强各机关间之联系，互相合作，互相监督。
B．逮捕工作
（5）鼓励指定机关根据战犯处理办法第四条第二项径行逮捕嫌疑犯后，补报中央列为战犯。
（6）战犯名单尽量将姓名、籍贯印清以便逮捕。
（7）加紧内部调查工作。深入日俘之中，发见化名潜逃者，实一重要工作，此亦日俘管理处重要工作之一。
C．拘押工作
（8）狱房应以战犯之性质合理分配，不应混杂收容。
（9）应使战犯拘留所对于教育工作同等重视。
D．侦察工作
（10）检察官应视当地之需要增至五人，并应有助理员协助侦察工作。
（11）检察官应同时注意搜集战犯日记、书籍等材料，更可从审问汉奸口供中获一有力线索。
（12）检察官应从全国各处要求送来有关资料，因日本战犯往往非仅在一地犯罪。
（13）战犯名单中之罪行事实应尽量充实内容。
E．审讯工作
（14）检察官不起诉之权应集中在战犯处理委员会。查战犯名单之列举权在战犯处理委员会，而根据战犯处理办法第四条第二项之径行逮捕，亦应事后向处理委员会补报呈核。检举权等于在战犯处理委员会之手，故不起诉权亦应在战犯处理委员会之手。况且经常接触战犯者，舞弊之机会亦多。以我国逮捕战犯之少，如再轻易应许当事者不起诉，则我国战犯更加减少矣。
（15）应由主管部订一量刑标准，适用法规及国际条约等有关处理战犯之手册。
F．搜证工作
（16）见证人应登记（人民控告）分类，并应将重要证人列出，经常联系以便随时应用。
（17）通令各处重视搜证工作。
（18）战犯处理委员会应有一小组委员会专司主要战犯罪证搜集工作。
（19）派出第二第三等小组，督促指导搜证。
杨觉勇报告最后的结论部分，他指出：
谨查战犯处理之工作其目的有二：
一、法律上，违法者惩。
二、政治上，教育日本人民。
我国处理战犯之现状，由上开二项目的观之，如有人评之为“尚无头绪”亦非酷评。
我国自九一八以来受侵略达十五年之久，全国精华大半受敌寇蹂躏，敌人罪行之惨酷则又笔舌难尽，远超出人类理解智可能理解之外。我国百姓受难者岂谨能以千百万计。固然我国对日宽大政策可使罪行较小者有自力更生之机，然区区一二千之战犯焉能称为合理？况且罪行大者已逃，所拘者仅罪行较小者耳，焉能称为公平？根据此次接见一千三百余名日俘之经验，尤加深此种感觉。
查其原因，最主要者不外缺少调查侦察及搜证工作。如调查侦察及搜证工作办好则我国不但能大量检举战犯且能运用调查侦察及搜证之所得，使日本人民明了日本侵华战争之反动性，使日本人民知悉日本军阀之惨案，以达成我战犯处理之终究目的。
总而言之，刻下战犯处理工作之最大障碍在调查侦察及搜证工作之缺少，实应由主管部门认真负责也。
杨觉勇的《报告》，内容丰富，见解深刻，建议缜密、切实，表现出中国审判工作人员在短短一年中，水平有了很大的提高。从原来的不了解国际审判为何事，尽快适应国际法规，上升到紧密结合中国的国情和实际情况，对审判工作有了全盘考虑和谋划。他们沿途看到各地在取证、逮捕、侦讯、战犯管理等方面存在的一系列问题，必然向各地司法、审讯机构提出建议和改进措施。这次调查组的巡回和指导，给各地法庭很大的帮助。特别是在各地军事法庭开庭之前，显得尤为重要。
东京审判是国际反法西斯阵营对日本侵略者的集体审判，从国际法的高度，汇集了各国司法工作者的集体智慧。这对中国审判日本战犯有直接的借鉴和指导作用。在巡视过程中，指导小组又结合中国的实际情况，使各地审判人员开阔了眼界，提高了调查取证的水平。调查组重申了国民政府颁布的《战犯审判条例》规定的日本战犯38项罪名，指示各法庭登报公开，让民众依此举报。新制订的《远东国际军事法庭调查罪行纲要》和《日本战犯罪证调查小组搜集战罪证据标准》也公开登报，让各地执法者和人民群众更明确具体地了解了举证的目标和方法。对即将开始的审判日本战犯工作，是一个重要的推动。
调查组的巡视和督导，对各地的罪证调查工作起到了重要的督促和指导作用。各地军政机关都很重视，并采取了积极的措施推进工作。5月21日在广州举行联席会议，行营主任张发奎亲自主持。广州方面出席会议的有军事法庭庭长刘贤年、省府代表余鸿英、市府代表李锡恩、警局代表郭诗祥、行营代表汤炎光等。会议通过议案多项。关于日本战犯罪证编辑整理，当场确定了分工：经济侵略罪行证据由经济部特派员，奴化教育罪行证据由教育特派员与中宣部特派员，奸淫烧杀酷刑罪行证据由高等法院及地方法院，非法政令之罪行罪证及侵害民权财产罪行罪证由省府民政厅、警察局，非军事关系之破坏罪行罪证及军事罪行罪证由行营，集体屠杀及逮捕罪行罪证由军事法庭，分别负责办理。
上海方面是巡视组督导的重点，在巡视结束后，军委会、行政院联合调查组组长柴子尚决定留在上海，加强对日本战犯的取证和调查工作。同时命令羁押的1700余名日本宪兵暂缓遣返，等待侦讯。到1946年9月，抗战胜利已逾周年，但日本战犯仍未全部审讯完毕，尚有大批日军宪兵羁押在江湾收容所，等待民众检举。为加强检举工作，9月20日上海抗战蒙难同志会组织王微君、戚再玉、陈奋克等96人，乘车到江湾高镜庙战犯管理处进行公开检举。这里是国防部战犯管理处第一收容所，关押日本宪兵300余人。当时他们全部集合站立在广场上，由受难者巡视指认。经过一个小时的指认，当场有田中初义、望月久雄等21人被检举。管理处当即将这批战犯移送军法处候审。
上海民众指认日本战犯
1946年8月，邹任之少将率领战犯处理委员会东北督导组到东北巡视调查，也取得了很多成绩。东北受日本侵略奴役时间长达14年，最后是由苏联红军解放。国民政府对东北情况了解甚少，苏联红军又将日本关东军军官押往苏联，需要外交解决。邹任之在管理和审查日本战犯方面经验丰富，在巡视督导过程中，也有很多的感受和建议。回到南京，他写了一个《战争罪犯处理委员会东北督导组工作报告表》，主要内容如下：
督导组成员：组长邹任之，国防部代表孙念君、邓良士，军政部代表毕乃誉，外交部代表张希良。
督导任务：一、宣达中央对日遣送侨俘及处理战犯政策。二、加强遣送侨俘工作，彻查必要留用技术人员，以清除日本侵略势力。三、阐扬正义公理，惩处战争罪犯，以根绝日本侵略思想。四、处置日籍潜逸滋乱人犯。五、汇集日本侵略暴行罪证，调查同胞受害事实，以激发民气，荡涤奴化教育遗毒。
东北处理战犯业务概况：
一、东北行辕未到沈阳前，由东北保安司令长官部根据陆军总司令部于1946年1月公布的检举战犯罪行及办法，通令所属，督促军民尽量检举。截至1946年8月，捕获战罪嫌疑犯103名。
二、东北行辕驻北平时，曾设军事法庭。后移锦州。到沈阳后始设机关，截至1946年9月底，受理战犯案件190宗。已起诉31案，在侦查中有70案因缺乏罪证尚未开审。
三、东北行辕战犯拘留所亦于行辕到沈阳后成立。到8月修葺竣工，可收容200人。
四、长春于本组到后成立战犯调查委员会，积极检举战犯、调查罪证。
五、东北战罪嫌疑犯沈阳拘留205人，长春拘留90人，共295人。
督导经过：
一、本组于8月10日到沈阳后，分别访问各有关机构，听取处理战犯情形。13日拜访东北行辕主任熊式辉，传达中枢使命。熊主任提出三点意见：
1．东北战犯处理政策不明，又无战犯名单以资依据处理，颇感渺茫。
2．东北尚潜伏未缴械日军约28万，检举战犯应注意勿影响受降。
3．中央所颁处理战犯法令收奉不全，且有费解之处。
本组答复：
1．东北与关内处理战犯政策并无二致。检举程序亦系由下而上。中央根据地方申报核列名单，颁发执缉。
2．处理战犯为联合国共同政策，与受降及邦交不生影响。
3．法令疑议在所难免，本组任务即在协助行营解除业务困难。
上述意见熊主任同意，决定于8月16日在行辕召集党政军团机构举行联席会议，讨论处理战犯、加强遣返等问题。经决议成立战犯调查委员会，以推展处理战犯工作。
二、本组于8月27日赴长春，先后至吉林、松花江、锦州、锦西、葫芦岛等地督导。除开会商讨检举战犯与征集证据外，调查之重点案件如下：
1．沈阳、安东、吉林等地思想大检举。
2．哈尔滨事件。
3．东边道大讨伐。
4．敦化地区大扫荡。
5．陈翰章事件。
6．1230大检举。
7．抚顺平顶山惨案。
8．关东局警察厅罪行。
9．万宝山惨案。
10．毒化政策。
工作检讨：
一、东北截至1946年8月底，收复区域仅有辽宁、吉林、辽北等省30余县。因行政区域有限，故战犯检举尚未普遍施行。
二、东北行辕移沈阳后业务繁忙，处理战犯无暇兼顾。
三、东北同胞劫后余生，无意检举战犯。
四、苏军进入东北，对日战犯及战俘均运西伯利亚，影响我国处理战犯至巨。
五、战犯处理法令颁发有先后，各机关奉行程度有差异。
六、东北行政机关职员中不乏曾受日人奴化教育或充任伪职之辈，民族意识薄弱，故对战犯并不热心检举。甚至主要干部及首长曲解法令，高谈亲善，多有暗中庇护情况。
七、东北行辕审判日本战犯军事法庭及战俘拘留所成立太迟，复以行辕军法处干涉行政，致战犯专责机构无法推展业务。
督导组意见：
一、在长春增设审判战犯军事法庭及战犯拘留所各一。
二、沈阳审判战犯军事法庭及战犯拘留所酌予扩充，并宽筹经费。
三、明令确定审判战犯军事法庭及战犯拘留所受军事法庭之指挥监督。
四、军事法庭行政及审判应完全独立，行辕军法处不得再干涉或变更其处分与判决。
五、已送战犯拘留所嫌疑犯非经不起诉处分或判决无罪，并经呈核批准，不得任意释放。
六、军事法庭审判官与检察官以不同时兼任其他职务为原则。如系兼职，其本身职务应另派员代理。
回到上海之后，调查组在报纸上公布了重点调查的日本侵占东北期间的11项重大罪行材料：
1．沈阳“大检举”：民国廿年十二月上旬，沈阳南侧苏家宅附近、铁岭、开原、大石桥等地，有义勇军破坏铁路事件发生。日军驻沈阳宪兵队长森田少佐指使其部属于沈阳市内外大肆搜捕，连续二周之久。共遭逮捕者四百余名。经审讯后认为有130余名犯罪，内中包括党政人员、宪兵军官等。其中有党人谭甘于夜间越狱逃出，同行者约70人。于是日军乃迁怒于未逃出者，酷刑拷打后，并滥捕家属及关系者达400人，酷刑致死者约160名。
2．安东“大检举”：民国廿一年四月，安东县警察局指导官日人士町者，于户口调查时发现可疑信件，将党人高某拘捕。于是实行检举抗日分子，并波及沈阳、营口各地，被捕者共达1500余人，其中生还者仅十余人。
3．吉林“大检举”：九一八后，北平东北党务办事处负责者刘嗣中派刘静岚、郑之宽等至吉林，与该地党人互相联系，组织抗日救国会。民国廿四年二月初，因汇款问题，被伪满吉林警察厅发觉。当时被捕者60余人，内有毓文中学校长李光汉等4人，均于严刑下死于狱中。其他均被判徒刑，至民国廿六年释出。然已精神失常，身体残疾。又民国廿三年五月，吉林盘山县境王殿臣率众欲破坏铁路，机密泄露，被日军逮捕，罹难者达数千人。
4．哈尔滨事件：民国廿六年十二月，哈尔滨之爱国志士数十人，与松黑一带义勇军约期举事。于哈尔滨北侧之松浦，受汉奸董某密告。滨江警察厅动员检举下，搜杀殆尽，无一幸免。此即所谓1231事件。
5．东边道“大讨伐”事件：民国廿三至廿五年，廿七至廿九年，日军于东边道两次大讨伐，受害者约6000余人，焚烧村落、房屋不计其数。当时日军中有小越中佐者，专嗜杀人，被其手刃者约160人。
6．敦化地区“大扫荡”：民国廿五年冬，日军开始敦化至镜泊湖地区之大扫荡。指挥官月野中佐等烧村杀人，惨绝人寰。受害者多至三四千人，村舍成墟，灾民遍野。且时值隆冬，受冻馁而死者更莫能计其数。
7．陈翰章事件：民国廿年夏，吉林中学教师陈翰章被迫起义，闻风响应者达四五千人，活跃在吉林中部山林地带。日军大举讨伐，陈部力不能抗，多死于难，退入苏境。翌年春复出击，曾劫夺敦化及明月沟等地伪军之武器。后因受敌伪军之追击，退至敦化东面大荒沟地方，弹尽粮绝，陈受伤自杀，所部大部被屠杀。
8．1230大检举事件：民国卅年十二月卅日，敌伪于东北全境发动大检举，被检举者总数达355名。后交伪满司法部处理。起诉者193名，不起诉者87名，判处死刑者9名，无期徒刑18名。详见伪满司法部刑事司康德11年6月编印之《一二三〇事件之概貌》一书。
9．抚顺平顶山惨案：民国廿一年阴历八月十五日夜，唐聚五部义勇军进攻抚顺矿区，曾由平顶山经过。因煤矿之栗家沟工人卖店，主事人管诚一段借被劫盗名义，勾串当地日军警宪及煤矿日人等，集合平顶山千金寨东山，于十六日下午2时，集中平顶山西侧山崖之西山全体村民350户、约5000余人，举火焚烧，并以机枪扫射，复冲入西山，于乱丛中，以刺刀刺杀。重伤未死者60余人，得生者40余名。关于此案，东北保安司令长官部最近已捕获与本案有关之战犯唐田繁、高桥庆雄、西山茂作及柘植丰等4名。
10．关东州警察局之罪行调查：据《关东局施政卅年史》（昭和十年版）第24章第5节“满洲事变与关东局警察官检举反满抗日分子及宣抚工作记”载：东北之政治匪、思想匪、宗教匪等25万，在日军实施对反满抗日分子大剿灭时相继拘捕正法。内中刊载逮捕人犯姓名、逮捕年月甚详。
11．万宝山惨案：万宝山惨案于民国廿年春开始，亦为日本侵华主要案件之一。其经过情形，历史上均详载记之。近悉此惨案之祸首郝永德，即事件发生时利用韩人以扩大事件者，已被我新六军督查组捕获，送交长春警备司令部军法处讯问中。
就全国的日本战犯罪行调查和审判工作来说，东北地区处于落后。因为东北是处于苏联占领之下，到1946年3月，国民党政权才从苏军手中接管东北。而共产党在东北已经到处建立根据地，国民党的活动范围仅限于沈阳、长春、锦州几个城市。战犯的逮捕和调查工作都无法开展。本来东北被日本占领14年，日军罪行累累。但是关东军大部分将领和伪满政权人员都被押往苏联，战犯所剩无几。为此，南京派出邹任之率领的督导组，到东北进行调查和指导，对东北战犯审判工作的开展，是有推动作用的。9月5日，东北战犯调查委员会即登报开展工作，他们把长春拘押的90名战犯嫌疑人名单登在报纸上，广泛征求罪证。从邹任之的报告中，我们可以看到东北形势的复杂，也可以看到国民党方面对审判工作开展不力，弊端漏洞很多。
据调查组翻译邬伯祥回忆，在东北，邹任之还有两个调查任务，一是关于日本在北满边境地区的所谓满蒙开拓计划，二是关于日本关东军扶植伪“满洲国”政权的意图。他得知溥仪、溥杰曾南逃通化，后来在沈阳机场落入苏军之手，带往苏联。伪满皇室的女眷则滞留国内。邹任之要调查日本关东军扶植伪“满洲国”政权的意图，需要了解伪满皇室人员的情况，特别是溥杰夫人嵯峨浩的下落。
抵达长春数日后，调查组便发现了嵯峨浩的行踪：她化名滨口，身份是日本开拓团的家庭妇女，带着6岁的女儿嫮生躲藏在哈尔滨。混迹于等待遣返的日侨中。邹任之随即将情况转报南京国防部，国防部同意在她出国之前加以截留。当时东北日侨遣返的惟一港口是葫芦岛。于是邹任之在葫芦岛守株待兔，等待嵯峨浩前来。
调查组之所以关注嵯峨浩，是因为1937年，经由关东军提议，嵯峨浩嫁给溥仪惟一的弟弟溥杰。事实上，这是日本阴谋吞并中国东北计划中的一个重要环节。溥杰与嵯峨浩的“日满亲善联姻”，就是先将这位日本皇族女子嫁给溥杰，所生的后代就有了日本皇族血统，可算是日本皇族的分支。到那时，东北理所当然地成了日本的一部分。为了配合计划进行，日本关东军制订了“帝位继承法”。据嵯峨浩回忆，“1937年3月，我们的婚约发表时，关东军炮制出了《帝位继承法》准许皇帝的兄弟继承帝位，这是因为溥仪皇帝没有后嗣，他们策划由溥杰在必要时继承帝位”。
1946年9月中旬，邹任之带领小组人员到了葫芦岛。嵯峨浩在离开哈尔滨前，国民党情报人员已送来了她的最新照片以及遣归的日期。火车到葫芦岛，邹任之已在车站等候。嵯峨浩随调查组住进港口司令部的招待所，接受了一周调查。经过交谈，发现她知道的“内幕”消息并不多，她是被作为政治斗争工具的，本质上是典型的日式家庭主妇。既然邹任之奉上司命令扣留了她，作为“人质”必须将她带到上海。嵯蛾浩在《流浪的王妃》中回忆：“一个在上海任战犯管理处处长的邹任之少将，自称是从上海来领人的。”邹任之带嵯峨浩回到上海，把她安排在江湾高境庙的上海战犯管理处内。南京方面听取汇报后，同意遣返嵯峨浩回国。
调查日军罪行还延伸到了海外。东南亚各国华侨纷纷向中国驻当地使领馆控诉日军暴行。各使领馆源源不断地将这些材料报告外交部。
1946年3月12日，中国驻仰光总领事馆给外交部代电称：
案奉三十四年六月二十一日钧部代电：略以急需日人对华侨暴行资料，其责任应由高级军政人员负责并有确证者，尤为重要。饬将是项资料迅以搜集、呈报等因。遵即于七月十日通告全缅华侨周知，并通函各重要侨团代为搜集，汇呈本馆，核转在卷。迄今案已四月有奇，本馆仅收得报告三件。其内容尤未述明负责之日本军政人员，更无任何证据。经多方搜查，以事隔过头终无果。奉电前因，除俟有续报者，当再汇呈外，理合检同尹荣、何梓能及苏成福三君之呈文抄件各一份，电呈鉴核为祷。驻仰光总领事馆
华侨何梓能的呈文，诉说他父亲遭日军杀害的惨状：
查日寇自霸占缅甸后，侨界遭其毒害生命至惨者，除杨李叶曾林五人外，以先君何贤诒为最。敌军入寇缅境，居留地政府下令疏散之始，先君以七十高龄之衰翁，全家老弱三十余名之牵累，数十年经营事业之处置，重重束缚，不能于急速间逃难返国。迨仰光沦陷，全缅将处于敌寇铁蹄之下。梓能以先君于侨界社会虽未享盛名，然于战事前后迭次购办公债一万元、国防公债五千元、航空救国捐四千盾、战时救灾大小各项筹捐共四万余盾，复任仰光航空交会财务三年，风雨如晦，力疾从公，于救国抗战事薄有微劳，恐为奸佞所暗算，且一家大小均不愿为日寇顺民，乃为仰光失陷之前，仓惶朴被，随侍先君率同家人，逃难于中缅第一谬（thagetmgo）县属之甘麦（kame）小乡村中。没姓隐名，与难侨百数十人混杂于土人群众中。又因敌宪搜罗救国分子，侦骑四出，每欲得而甘心。以致流离迁徙，无一刻之安者，三年来如一日。去年三、四月间，方庆盟军胜利在即，缅土重光有日。正与先君计议奔投于盟军旗帜之下，使先君得所庇护，过其风烛余年。遂料当时甘麦地方二十里以内，日寇犹作困兽之斗，铁骑纵横。梓能与家人等既为敌军冲散，而先君因步履艰难，中途落后，遂为日寇所执。事后闻敌先诬先君为自恃年老为盟军充特务的罪名，拷打榜掠，体无完肤。先君后以毒刑难受，知无生理，乃破口大骂：‘敌无人道，杀一老人何补于敌势之穷途’云云。以足益触敌怒。竟于去年五月一日，缚先君至准当（Qyandaung）地方，以刺刀乱戳，而至毙命。梓能闻耗，冒万死至遇害地点。见先君尸体血肉模糊，几不辨识，但能认其身穿之衣服耳。乃饮泣吞声，草率殓葬，后寻觅家人妇子。至日寇屈膝投降后，相偕返仰（光）。伏查先君于战前以独资经营仰光恒昌号等店铺共五家，资金总额不下九十万盾。自制房屋遭损坏，家器私蓄被劫掠，约其二百余万盾。此皆先君数十年辛苦经营、艰难缔造的结晶，均于此次战祸与先君而俱尽。
侨民苏成福诉说其父被日军杀害的呈文说：
侨民父苏友来，年四十二岁，素居吉桃埠经营商业。平时对于公益义举，莫不踊跃输将。事缘日寇南侵，家产被抢，一旦荡然。民以父一生之积蓄一旦而倾空，每念及此，抱恨无穷。嗣后无论日寇任何压迫，决不屈复。日寇以民素为该埠侨领，不与合作之态度，遂生杀害之狼心。事为西历一九四五年七月间，无故竟将民父捉拿至宪兵队内。先严刑拷打，妄指为我国间谍。随后并命自行开掘土穴，即施以极刑。其手段之惨酷，诚世人所未睹。闻当时主刑日寇系吉桃埠宪兵队队长铃木少尉。似此冤沉海底，而罪魁逍遥法外，民以父子至亲，何堪缄默。今幸盟军无复旧观，重见天日。吾国府派驻仰光总领事，必为侨民谋幸福，解侨胞痛苦与沉冤。谨呈吾驻缅仰光总领事，为民伸此不白之冤。
因呈文中有日军罪犯姓名，驻缅甸领馆备注：“此案本馆已向缅甸政府交涉惩办罪魁中。”
驻菲律宾首都马尼拉总领事馆总领事段茂澜1946年11月8日呈外交部报告称：“本馆自恢复馆务以来，对于日人在菲对我侨胞暴行之调查，除拟具表格，通告被害侨胞家属填报被难经过外，曾商请国民党驻菲总支部，负责协助调查并搜集有关资料及佐证。自奉钧部电后，本馆即屡次催促总支部将所查资料汇集缴馆，以便呈报。现该总支部尚未能及时汇缴，兹将本馆调查所得及被难侨胞家属所填表格，计二千六百九十份。连同美军战时罪行审查处有关华侨被屠杀报告译文一份汇集奉呈，敬恳察核。嗣后本馆倘有陆续收到同期表格，一俟总支部所集资料缴到后，当即一齐寄上。”
报告后附呈
一、被难侨胞调查表二千六百九十份分订三十四册
二、日寇在菲暴行见证者名录乙份计二纸
三、美军罪行审查处有关华侨被屠杀之报告译文一份计七纸
这些证据，后来在东南亚各法庭的审判中，对指控日本战犯起到了一定的作用。
对日军罪行的调查，涉及国际间各国的合作。1946年5月，英国情报部门在上海秘密设立第九战犯调查队，搜集英国侨民在上海遭受日军迫害的情报和有关证件。这些工作需要得到中国政府的许可和配合，英国驻华大使馆照会中国外交部：
英国大使馆兹向外交部致意并声述：查下列事件，系关于控诉日本战犯事，请转洽主管当局外交部备悉。上海方面，现经中国当局之同意，设有英国第九战犯调查队。其目的在协助调查战争罪行，特别害及英国人民事。兹查有一案，该队一如在华之英国公众，特为关切。英人郝尔敦氏，当一九四三年八月间，在上海极司菲尔路，被日宪兵以不人道手段，将其残酷致命事。此案有关证件，已由英国驻沪总领事于一九四五年十月间送交上海中国当局。该战犯调查队自亟待将此案并多数之其他等样暴行罪犯，绳之以法。因此之故，请大使馆转达中国主管当局以下各项申请：
（一）关于上述之郝尔敦案证件文卷，移交该队，以便从事根查有关战犯。
（二）此案内任何罪犯，在华境缉获者，移交英国当局在香港审讯。关于此层，该队说明此项处置，中国当局业在以前各案中予以同意，只须有关罪犯经查明对中国人民并无罪行者。
（三）该队之职员许其进入上海日本宪兵营地。
国防部第二厅获悉此事后，认为此事涉及中国主权，1946年8月30日致电外交部：“一、（英国使馆照会）中称日宪残害英人威廉郝尔登氏一案之有关文件，已交送上海中国当局。请转函查告系何机关接收。二、虐待英人之日人，应请依法检举，附送罪证，送交贵部转请审判。俟确实查明对我方无罪行者，可再行引渡。但应依外交程规办理。三、请准许进入上海日宪兵侦察、逮捕有关罪犯一节，歉难照办。四、英国第九战犯调查队是否已得我方正式同意？以上希即查照办理为荷。”
然后，国防部第二厅审查了英国第九调查队的情况，发现他们在上海的活动并未获得中国方面的批准。1946年10月1日致电外交部：“据战犯管理处代电：英国第九战犯调查队在沪成立系经何机关许可，饬查明具报。奉此查英国第九战犯调查队系隶属于东南亚联合军司令部战犯合作事务处，总部设新加坡。第九队派驻上海，队址在英国大使馆内，事前并未经中国任何机关许可。奉令前因，理合备文呈复。仰祈鉴核等情，相应电请查照为荷。”
据此，英国情报人员的行为并不合法。外交部命令其驻沪办事处调查，1947年1月7日驻沪办事处密电汇报：
外交部次长钧鉴：密。关于英国在沪设立第九战犯调查队活动情形并查明英籍附敌分子逮捕我秘密工作人员移解日方情形案，经本处转准淞沪警备司令部，嘱查复英国第九战犯调查队之活动情形等由，经饬上海市警察局查复去后。据报称：查英国第九战犯调查队之英文名称系British War Crime Investigation Commission，总部于一九四五年十一月十二月间设于新加坡，专司调查日人在战时对英籍臣民所施之罪行。下分各支队，分设于香港、缅甸、上海等地。上海支队之负责人为Linjor R. Gibbons，办事处在外滩三十三号英领事馆。据悉：上海支队仅办理一案，即关于前工部局警务处正巡官郝敦（Inspector Hutton）于一九四三年在本市日人所设之集中营中因受刑致死事。而被牵涉之印人Kartar Singh，最近该印人被判二年半徒刑。又悉该调查队之工作似已完成等情，经据电复国防部第二厅在案，兹准来电相应复请查照等由。查关于英籍附敌分子逮捕我秘密工作人员移解日方情形，本处尚未获得确实情报。除与有关机关取得联系，再行密查外，理合先行报请鉴察。职陈国廉。
外交部驻沪办事处又委托上海市政府代为调查此事。上海市政府调查后通报外交部驻沪办事处，陈国廉再次密电外交部次长：
据警察局报称：闻上海英方秘密情报机关属英领馆，在外滩。以英人民族性之审慎，对外素抱静默主义，内部情形不易探悉。惟闻前英陆军一上尉戴资达尔Teatdall，于太平洋战争爆发1943年，被日寇拘禁集中营。后因欲探得日方虐待战俘情形，故曾伪称愿代日寇工作，以便胜利后作证法庭质对日寇。至于前工部局警务处英籍职员曾于一九三八年至一九四一年间曾逮捕我方秘密工作人员移解日方一节，闻系事实。惟当时上海公共租界已在敌伪包围中，苟延残喘。加以英伦三岛时正遭逢德军急剧烈之战略轰炸，自顾不暇，故对远东方面，始终对日寇抱妥协政策。最具体之说明，即系滇缅路之暂时封锁。当时公共租界警务处名义上虽仍为英人主政，事实已听命日寇。日寇亦不愿撕破假面具，每遇逮捕我方秘密工作人员时，必先会同警务处警员，然后移解日方。当时协同日寇逮捕我秘密工作人员者，多系特别间（Special Branch）之警员。其中英籍员警较多，则系事实。又查彼等工作似多为被动，曾在上海煊赫一时之英籍员警，在日寇威胁下，当时亦忍气吞声，仅于二三知己闻谈中，偶露不平之意而已等情。前来相应，据情电复，即希查照等由，谨电报请鉴察。职陈国廉。
调查证明：英国警务当局在上海处于“孤岛”时期，与日方有过交易和妥协，并危害过国民党在上海的地下工作人员。外交部认为事情重大，但英国是中国的盟国，又不便揭破内幕。外交部于1947年9月16日向蒋介石呈报：
沪市英国秘密机关调查战犯案，我已略请英方对战犯之逮捕及审讯加以避免。报请鉴察。案奉钧座府军代电，抄发上海英当局派遣附敌分子充任调查战犯人员之报告一件，饬核议具报等因，谨查：
（一）原报告所称沪市英方秘密机关调查战犯，系指英国第九战犯调查队。本部前准英国大使馆略称该队在沪成立等情，当经略复：该队未经我方允许设立，所有有关逮捕及审讯战犯等活动，应请加以避免等语。并另电上海市政府，对该队行动密切注意。
（二）原报告所称前英陆军上尉戴资达尔Tetadall自愿协助日人工作及前工部局英籍职员逮捕我国秘密人员移解日方一节，经饬据本部驻沪办事处复称：顷准上海市政府查复，戴资达尔于太平洋战事爆发时被日人拘禁集中营，后因欲采得日方虐待战俘情形，故曾伪称愿代日寇工作，以便胜利后作证法庭。至前工部局英籍职员虽曾于一九三八至一九四一年由日方会同逮捕我方秘密工作人员，然彼等之工作似多为被动等情。
本案所可注意者，为英国在沪设立第九战罪调查队，惟关于战犯之逮捕及审讯，即经本部略请英方予以避免。该队其他活动在不侵害我国管辖权之限度内，似可不加追究。奉电前因，理合备文，报请鉴察。
在东京审判的大框架下，有关各国都是互相配合、互相帮助的。在调查罪证、引渡、互通情报等方面做了很多工作，对中国政府审判日本战犯有一定程度的支持。但是，这些协作不能侵犯中国的主权，不能在中国再搞“治外法权”那一套。在英军私自组织秘密调查组一事，中国政府是坚持了原则的。所以，英国调查组的行动，后来不了了之，没有向中方提出更多的要求。
