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评估指标的选取直接关系到综合评估的结论，任何一项指标都是从一个侧面反映评估对象的某些信息，决定选取多少、选取何种指标是评估工作最重要的一环。根据系统工程、运筹学的基本理论和研究工作的实践，在建立作战系统综合集成水平评估指标体系时，应遵循的原则是：
（1）完备性。应从满足我军打赢信息化条件下的战争及武器装备系统作战系统建设近、中、远期规划下的军事需求出发，对作战系统综合集成的各个方面进行综合考虑，以便能全面反映综合作战效能水平。
（2）客观性。确定的各个评估指标能真实地反映作战系统综合集成对系统能力影响的本质特性。
（3）科学性。由于影响综合集成建设水平的因素有许多，应分清主次，抓住主要因素，忽略次要因素，使得评估指标体系既相对简单，又不影响对作战效能评估的实质。
（4）系统性原则。指标体系应按照系统论观点，把指标体系作为一个有机的整体，从各个层次、各个角度反映被测评对象的特征和状况，体现对象的变化趋势，反映对象的发展动态。
（5）实用性原则。应充分考虑指标量化的难易程度和可靠性，并以计算数据作为基础。理论上再全面、再精致的指标体系，若没有实用性也等于形同虚设。
指标体系的建立是一个复杂的过程，基本要求有以下几点：
（1）指标设计要能涵盖对作战系统综合集成效应有影响的主要相关因素，并能够与作战系统的主要性能参数密切相关。
（2）指标设计要适用，达到定量化、部门化和行业化，尽量以定量指标为主，对定性指标尽量使其定量化。
（3）指标体系中各个指标之间一般不允许相互重叠、相互包含。
（4）指标设计要有效反映评估对象的本质特征。
（5）指标体系应尽可能简单，各个指标值便于计算。