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全面系统干预提供了有关计划、设计、问题解决和评估的新方法。它运用了一系列系统隐喻，鼓励人们对组织面临的困难情景进行创造性思考。这些系统隐喻通过“系统方法论的系统”框架同各种系统方法论联系起来。一旦确定运用哪一个隐喻最能反映组织的问题后，就能选择合适的系统干预方法。事实上，全面系统干预本身就是一种方法论，或者说是元方法论，它将系统隐喻和系统方法论结合起来，是对系统方法论进行选择的方法论 [115] 。
全面系统干预的基本原理是“评论式的系统思考”（Critical System Thinking，简称CST），这是系统运动的新发展。CST立足于互补主义、社会逻辑感知和人类福利的解放 [114] [115] 。
全面系统干预有三个阶段（见表2-10），分别是创造、选择和执行。
表2-10 全面系统干预方法论的三个阶段 [115]
创造阶段的任务是用系统隐喻来组织思想，帮助管理人员对他们的企业进行创造性的思考。选择阶段的任务是选择与创造阶段结论相匹配的系统干预方法。执行阶段的任务是运用特定的系统方法论，研究组织中的问题，提出改进的建议，进行协调一致的干预 [115] 。
上述三个阶段在实际的使用过程中往往是不断迭代进行的，它们形成一个问题解决的系统干预循环，使现实世界不断得到优化。