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我们认为，系统隐喻是连接组织问题情景与方法论的桥梁。在运用系统思考时，人们面临的主要困难是如何选择不同的方法来解决系统问题。可供选择的系统方法论有很多，如运筹学、系统分析、系统工程等 [113] [114] 。上述每种方法在一定的条件下都很有效。但是对于管理者来说，要如何在事前知道何种方法有效，就必须先对一些重要的系统方法论进行分类，先建立一套“系统方法论的系统”体系，用系统隐喻来分析问题的情形，采用两维分类法来理解这些隐喻及其相互关系并用来指导对方法的选择 [113] [114] 。
首先，我们可以用系统及参与者的政治方面对问题进行二维分类。系统维度可分为简单和复杂两类，政治维度可分为一元、多元和强制三类。问题的分类就是将这两个维度结合起来的结果，它们分别是简单一元、简单多元、简单强制以及复杂一元、复杂多元和复杂强制这六种类型。其中，每一个问题都具有自己独特的背景，意味着需要六种解决方法，这就提供了对系统方法论分类的依据 [113] [114] 。
按照上述的问题分类方法，结合前面提到的系统隐喻，系统方法论按照六种问题情景可用图2-5来归纳。该图突出体现了不同系统方法论的应用范围，因而形成了一个系统方法论的系统，为以系统思考为基础的“问题解决”提供了有力的系统分类和方法论选择依据 [113] [114] 。
图2-5 问题情景类别及其对应的系统隐喻和系统方法论 [114]
在上图中，简单一元系统问题对应为机器隐喻，复杂一元系统问题对应有机体或神经控制隐喻，它们都归属于团队系统隐喻范围；简单多元系统问题有可能像简单一元系统一样表现为机器隐喻，复杂多元系统问题可能表现为文化、有机体或神经控制隐喻，但此时它们都归属于联盟系统隐喻范围；而简单强制和复杂强制系统问题一般都表现为监狱系统隐喻，团队、联盟以及监狱隐喻都属于政治隐喻范围，但为了更加符合中国人的语言习惯，我们下文的政治隐喻仅指监狱隐喻。
此外，从系统方法论来看，软系统方法论主要是针对复杂多元系统问题及联盟隐喻的，当复杂多元系统和联盟隐喻向复杂强制系统与监狱隐喻转移后，对应的系统方法论应该是利益协调软系统方法论。但是，由于大部分系统都不可能表现为单一的系统隐喻——例如像企业这样的复杂系统往往会同时具有多元的联盟隐喻和强制的政治隐喻特征，只不过会依表现程度不同区分为主导和辅助隐喻而已——因此，软系统方法论和利益协调软系统方法论并不是完全孤立使用的，他们经常会相互交织在一起。企业在实施知识管理的过程中，部门之间以及员工之间知识共享的壁垒是普遍存在的现象。这时候，企业必须采用利益协调的方法来促进知识管理的推行。此时，企业所表现出来的系统隐喻实际上就是政治隐喻，在知识共享制度的设计和执行上带有一定程度的强制色彩。