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浮游植物与浮游动物具有复杂的关系。一般而言，浮游植物是水域生态系统的初级生产者，浮游动物是消费者或次级生产者，在自然水体中，一般浮游植物生物量与浮游动物生物量成反比，即浮游动物生物量高峰出现在浮游植物生物量峰值之后，反映出浮游动物摄食浮游植物。但是，一些浮游植物通过产生克生物质抑制浮游动物摄食，如小球藻分泌小球藻素抑制大型溞摄食。
有利方面：
1.水产动物如鱼虾的天然饵料，如鳙主食浮游动物。
2.水质的指示生物，如原生动物指示肥水。
3.在水中活动，摄食浮游植物，促进物质循环。
4.水产经济动物育苗活饵料。鱼类需轮虫、卤虫、枝角类、桡足类等。
5.海流的指示生物，如箭虫等。
6.污染的测试生物，如大型溞、网纹溞生物测试和原生动物的PFU法［利用聚氨酯泡沫塑料块（polyurethane foam unit）采集水生微型生物的一种方法］。
有害方面：
1.剑水蚤侵袭鱼卵和鱼苗。
2.剑水蚤是一些寄生虫的中间寄主。
3.耗氧，影响冰下生物增氧越冬，如犀轮虫。
4.毒素危害人类。如海蜇毒素危害人类生命，中缢虫可形成赤潮。
浮游生物与其生活的水环境相互影响、相互作用。水环境中的各种理化因子如pH、营养盐、温度的变化会直接影响浮游生物的生存、生长、繁殖。浮游生物也会对水环境产生影响，如浮游植物大量繁殖会产生水华，使水体透明度降低，溶解氧含量减少，生物多样性降低，给水域生态系统带来一定的破坏。另一方面，浮游植物还能通过光合产氧、吸收二氧化碳、吸收氮磷等营养盐、吸附重金属、去除有机物等改善水质。
底栖生物是水域生态系统的重要组成部分。一方面，生活于水底区的底栖生物对水质产生很大影响，如底栖藻类能光合作用产氧，但是底栖动物消耗水体溶解氧，有的种类通过摄食沉积物有机质和滤食浮游植物而改善水质。另一方面，水质也会影响底栖生物的存活、生长和繁殖。
不同的水体对底栖动物是有明显的影响的。如在富营养的水体中，底栖动物的多样性明显降低，某些寡污型种类就会减少甚至消失，那些耐污型种类会增多，如霍甫水丝蚓、大红德永摇蚊等。不同水深的水体，底栖动物的种类组成和现存量也是不同的。一般底栖动物的现存量与水深之间存在负相关关系。较深的水体中，底栖动物的现存量相对较低；水草（尤其是沉水植物）较多的水体中，底栖动物的现存量往往较高。另外，水体中放养鱼类的种类及数量对底栖动物的种类组成和现存量影响也较大。如底层鱼类放养较多，会导致底栖动物的现存量降低。
另外，不同的底质环境对底栖动物的影响也是不同的。如底质的粒径、孔隙率和空隙大小对底栖动物都有显著的影响。底栖动物群落在大卵石和砾石中较稳定，物种丰度和密度在大卵石、砾石和小卵石中较高，粗沙中较低，细沙中最低。底栖动物的数量在不同的底质类型中的分布一般为：淤泥＞粘泥＞硬泥。
水生大型植物生活于水环境当中，与水产养殖有密不可分的关系，主要体现在以下几个方面：
1.水生大型植物通过光合作用为水中的养殖动物提供溶氧，也就是说，水生大型植物光合作用是水中溶氧的重要来源之一，如菹草，在水温为20℃时，其光合产氧速率为2.5mg/（h·g）。
2.某些水生大型植物可以作为养殖动物的饵料，如菹草、眼子菜等都为草食性鱼类的优良饵料。
3.水生大型植物为水产经济动物提供生活和繁殖的场所，如聚草能为鲤、鲫、团头鲂等鱼类提供繁殖场地，水草可为鲤、鲫等产黏性卵鱼类提供重要的孵卵物。
4.水生大型植物能有效地改善水域生态环境，某些水生大型植物能从水中和底泥中吸收大量的养分。如凤眼莲对氮的净化可达9.92kg/（m 2 ·a），对磷的净化为2.94kg/（m 2 ·a）。同时，水生大型植物与浮游藻类有相互克制的特性，如水草发育比较好的水体不易发生藻类水华，从而改善水体理化条件和生物组成，有利于水体的生态平衡。
5.水生大型植物能够起到防风固堤的作用，水生大型植物的根系能够很好地固定底泥，减少底泥扩散，提高水体的透明度，从而达到改善水体的目的。