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四月十七日，朝鲜朝廷收到朴泓的边报，才知悉日军大举入侵的消息，举朝震惊。朝鲜国王李昖赶紧起用一批将领南下抵御日军，他任命李镒为庆尚道巡边使，下中路；成应吉为庆尚道左防御使，下东路；赵儆为庆尚道右防御使，下西路；刘克良、边玑为庆尚道助防将，刘克良守庆尚道的竹岭，边玑守庆尚道的鸟岭。接着，李昖又褫夺了庆州府尹尹任涵的官职，起用江界府使边应星为庆州府尹。 （《惩毖录》）
四月二十日，李昖任命柳成龙为都体察使、金应南为副使，职责是监督诸将作战；同时任命申砬为都巡边使
，作为朝鲜军的高级统帅与李镒等人的后援。在申砬率领8000人出发前，李昖召见了申砬，特意赐给他一把宝剑，授予他生杀大权：“李镒以下不用命者，皆斩之。”
另一方面，庆尚道巡边使李镒已奉李昖之命南下，他还不知道李昖已经把他的生死交付给了都巡边使申砬。当李镒领兵越过忠清道与庆尚道交界的鸟岭，进入庆尚道西北一隅的闻庆县时，才发现县城中已经空无一人，他只好从闻庆继续南下，经过咸昌，进至尚州。但尚州牧使金澥以迎候李镒为借口，逃入深山里避难，城里没有一兵一卒，只剩下一名判官，名叫权吉。
见到这种情形，李镒非常愤怒，将尚州没有兵力怪罪到权吉身上，想把他拽出庭外斩首。权吉向李镒苦苦哀求，说他会想办法征集兵力，于是李镒暂时放过了权吉。权吉经过一晚上的努力，搜遍了附近的村落，找到了数百人用来补充兵力，但这些人都是农民，没有经过训练。于是李镒在尚州开粮仓，吸引逃亡在外的百姓过来应征，又这般招来了山谷中避难的几百人。他把陆续招来的人编成军队，但这些人没有一个打过仗。
四月二十四日，日军第一军团的小西行长、宗义智等人在仁同11.8公里外的某处地方渡河，到达尚州东南方向的善山。 （《西征日记》） 晚上，开宁县（在善山西南方向）的一个朝鲜人匆忙赶到尚州，向李镒报告日军已经进入善山的消息。但是李镒却认为这是个假情报，报信之人想要动摇军心，欲要把他斩首。报信人叫嚷着对李镒说，不如先囚禁他，如果第二天日军没有到来，再杀死他也不迟。于是李镒就把报信人收监了，但始终没有对这个情报重视起来。这天晚上，日军第一军团屯兵于尚州8公里外的长川，逐步逼近李镒所在的尚州。由于李镒军中没有斥候，所以日军来了也不知道。
四月二十五日早上，日军暂未出现在尚州附近，于是李镒让人把开宁来的报信人从监狱里拉出来斩首示众。但李镒还是心有不安，很快就率领6000人离开尚州，驻兵于尚州北面的山川边，依山结阵，阵中竖起大将旗，做出迎击日军的姿态。在大将旗下，李镒披着铠甲，骑在马上。从事官尹暹、朴萀与判官权吉、沙斤察访金宗武等，下马侍立在李镒坐骑后面。
不一会儿，有几个身份可疑之人从林间出来，徘徊眺望一番后就回去了。朝鲜军怀疑这些身份不明之人是日军的侦察兵，但是他们顾虑到开宁报信人的前车之鉴，所以不敢把这些想法跟李镒说。这些身份不明之人，正是小西行长、宗义智等人派出的斥候。
李镒离开尚州后，从长川过来的日军很快就将尚州占据了，城中几处地方冒起了浓烟。朝鲜军望见后，李镒才派出军官挺豪前去侦察动静。挺豪骑着马，由两名士兵牵着绳子缓缓而去。一些埋伏在林中的日军士兵，用铁炮射中挺豪，随后割下了他的首级。挺豪是有名的朝鲜勇士，位于后方的朝鲜军看到他的死状后大惧，为之落胆。不久日军大至，前来攻打李镒结阵的山川，对朝鲜军施放铁炮，中者即刻毙命。李镒大惊，仓促间命令朝鲜军对日军放箭，但是箭矢射出十余步就坠落在地，根本射不到日军。而日军分为左右两翼，持军旗绕到朝鲜军背后，将其围住，不断对着朝鲜军放铁炮，炮声鼎沸。李镒知道情况不妙，骑马逃走，朝鲜军队因此大乱，各自逃命。突然，李镒想起了什么，策马掉头，让从事官尹暹、朴萀跟着他一起逃走。但尹暹不肯离开，对李镒说：“将何面目归拜主上乎？男儿到此，为国死，足矣。”
不愿逃走的尹暹独自坐在原地等待着命运的仲裁，最终惨遭日军杀害。判官权吉也在此战中身亡。庆尚道助防将边玑惊慌失措地逃走了，边玑麾下一名叫李庆流的从事官，找不到边玑，便发愤突入日军阵中，格斗而死。
根据日本史料《西征日记》的记载，日军在尚州之战中一共斩得朝鲜军首级300余颗。
作为败军之将的李镒非常窘迫，他被日军追赶得很急，为了不让日军认出自己，竟然狼狈到弃马而逃。逃跑途中，李镒脱下衣服、披散头发，随行的只有从事官朴萀和一个奴仆。
李镒一路狂奔，先是逃到闻庆县，接着又越过鸟岭，逃回忠清道。随行的朴萀不愿再跟着李镒逃命，便进入了山谷中，他对人说：“吾十八登状元，受国厚恩，今日失军亡师，将何辞以见吾君？”说完，朴萀便自刎而死，时年22岁。
李镒在尚州战败的消息传到王京后，对朝鲜王室的打击非常大，朝廷震惧，产生了想要迁都的想法。
大约是在同一时间，小西行长、宗义智等人在尚州抓获了一名通晓日语，叫作景应舜的朝鲜翻译。这个时候，他们估计朝鲜已经被日军的武力所震慑，就试图通过景应舜送信于朝鲜朝廷，以劝降朝鲜。但景应舜在赶路途中被日军第二军团的加藤清正杀害，导致小西行长、宗义智发出的议和信号未能传递出去。 （《惩毖录》《汉阴文稿》）
四月二十七日，小西行长、宗义智等人率领日军第一军团从尚州继续北上，攻陷闻庆县，县中百姓逃散一空。闻庆县监申元吉骑上一匹马想要逃走，但是被日军追上。日军让申元吉投降，但是申元吉不肯，还不停地咒骂对方。这激起了日军的愤怒，他们用非常残酷的手段斩断了申元吉的四肢，杀死了他。 （《庆尚巡营录》《朝野佥载》）
此前一天，被朝鲜国王李昖委以重任的都巡边使申砬受命南下。经过龙仁（属京畿道）时，申砬听说日军兵力很多，便偷偷向朝鲜朝廷上奏，流露出了很不乐观的看法：“贼势甚盛，实难防御。今日之事，不胜闷迫。”
王京的士人、百姓将申砬视作救命稻草，听到他的这番表态后，非常慌乱，白天、晚上都有人从城中逃走，寻找地方避难。
申砬继续领兵南下。到达忠清道的忠州后，他将大军留在忠州南面的丹月驿，自己只带了几个人，骑马赶到忠清道与庆尚道交界的鸟岭，去查看地理形势。
随行的从事官金汝岉劝说申砬据守鸟岭这一险要之地：“彼众我寡，难以争锋。宜守此险厄，伏峡中。俟贼入谷，然后乘高，左右射之。”
忠州牧使李宗张也持同一意见，劝申砬扼守鸟岭：“今贼方乘胜，而我在散地。扼险为上，野战非利。莫若据岭厄，多张旗帜、烟火以疑贼心，然后方可出奇制胜也。”
但是申砬认为鸟岭这个地方不能施展骑兵，他想要把日军引诱到开阔的平原上，以骑兵歼灭日军步兵，所以没有听从金汝岉、李宗张的意见，掉头回了丹月驿。在回去的路上，申砬碰上了从尚州败退回来的庆尚道巡边使李镒。一见到申砬，李镒就跪在地上，做出一副忏悔的姿态，请求申砬将他处死。
申砬扶起李镒，向他询问日军的情况。李镒回答说：“此贼非庚午、乙卯之比，又不若北狄（女真）之易制。”
李镒说的“庚午”是指公元1570年，“乙卯”则是指公元1555年。在这两年中，朝鲜发生了大规模倭寇袭击事件，不过这些入侵之倭最后都被朝鲜驱赶走了。这在《乱中杂录》中有记载：
庚午之贼，仅陷熊川数邑而败。乙卯之贼，陷达梁，杀兵使元迪，连陷康津等官，至灵岩败。
李镒将壬辰倭乱与发生在朝鲜的两起倭寇事件做了对比，认为此次动乱规模远远超过前两次，又说这次来的日本人比女真人还要难打。听了李镒的报告，金汝岉认为难以在平原上抵挡住日军，又劝申砬占据高丘，逆击日军，不然就直接退守王京，保卫京师。李镒附和金汝岉，也跟着劝说申砬：“今既不能据险（鸟岭）遮截，若交锋广野，万无能当之理，宁退守京城！”
申砬听了后，气得直骂李镒：“尔既败军，又复惊动军卒，法当斩！”
申砬虽然放了狠话，但还是决定让李镒戴罪立功，任命他和从尚州逃回来的边玑作为先锋。同时，申砬坚持己见，想要在平原之地迎战日军，遂放弃鸟岭天险。
回到丹月驿后，申砬领兵移屯于忠州城北的弹琴台，背靠达川江结阵，意图在此迎战日军。事实上，申砬挑了一个很糟糕的地方。弹琴台后有大江，前有水田，水草交杂，不但无法让骑兵驰骋，而且还让朝鲜军失去了退路。
四月二十八日寅时（凌晨3时至凌晨5时），日军第一军团的小西行长、宗义智等从庆尚道闻庆县出发，向忠清道进发。在经过鸟岭天险时，日军一度怀疑朝鲜军在山里设了埋伏，让人探视后，才知道空无一人，于是大摇大摆地向前挺进。当日午时（上午11正至下午1时），日军到达忠州，向申砬领兵布阵的弹琴台扑了过来。
申砬麾下有斥候将金孝元、安敏二人，他们侦察到敌情后，火速赶回来向申砬报告，称日军已经杀来了。朝鲜将士们知道后很是吃惊，士气大为动摇。申砬很生气，认为金孝元、安敏是在动摇军心，下令将二人斩首，但他心知必须做出应对，于是仓促间下令改变阵形迎战日军。结果在接下来的战斗中，朝鲜军完全不敌日军，被对方打得溃不成军。日军挥刀对朝鲜军乱砍，宛如割草一般，得不到一点像样的反抗。由于失去退路，许多朝鲜士兵在日军的逼迫之下跳进了身后的江水中，结果纷纷被溺死。
申砬惊慌失措，屡次想骑马突围而走，都没有成功，只好退到江边。在江边，申砬碰上了金汝岉，试探性问他是否有投降的想法。金汝岉笑着说：“我岂惜死之人乎？”说完，金汝岉与申砬一同奔赴敌阵，在马上拉弓引弦，射杀数十名日军士兵。但终究无济于事，当时朝鲜军队已经大乱，尸体堆积如山。申砬有一个侄子跟在军中，他临阵想逃，申砬非常生气，痛骂了自己的侄子，并抓住他的头，和他一起跳江自杀了。金汝岉也一样跳江自杀了。而李镒和尚州之战败北时一样，又一次临阵逃走。李镒从小路逃进山里，碰到三名日本兵，他拉弓射杀了其中一人，把另两人吓走了，这才得以渡江逃走，抵达了暂时安全的地方。
对于这次弹琴台之战，朝鲜史料《乱中杂录》说朝鲜军一共有6万人马，加上之前的尚州之战，朝鲜精兵在尚州、弹琴台两战被全部歼灭。但这个说法过于夸大，根据《朝野会通 ·宣祖纪》《湖西左邑志》的记载，朝鲜军在弹琴台之战中的实际兵力只有8000人。又据日本史料《西征日记》记载，日军在弹琴台之战斩得朝鲜军首级3000余颗、俘虏数百人。
可见，损失并没有6万人那么夸张。
四月二十九日，朝鲜朝廷收到了弹琴台的败报，朝鲜国王李昖召集大臣紧急开会，称他想要放弃王京逃走。一些大臣附和李昖的意见，认为李昖可以暂时先往平壤避难，再向大明请兵，以图收复失土。也有些大臣提出了反对意见，掌令权悏主张坚守王京，并不支持避难。都体察使柳成龙认为权悏这番话虽然是一腔忠诚，但是时势如此，眼下不得不避难，他主张将临海君、顺和君两位王子分遣到咸镜、江原二道，去招募兵力勤王，世子光海君则跟随国王避难。
李昖同意了柳成龙的意见，仓促间命令临海君前往咸镜道，前左议政金贵荣、尹卓然随行；又命顺和君前往江原道，长溪府君黄庭彧、前承旨黄赫、同知李塈随行。此外，李昖又任命吏曹判书李元翼为平安道巡查使（又称“监司”，朝鲜分道的最高长官），坐镇平安道；同时任命崔兴源为黄海道、京畿都巡查使，坐镇黄海道。 （《宣祖昭敬大王修正实录》《壬辰日录》《国朝宝鉴》）
四月三十日，天刚一亮，朝鲜国王李昖一行人就出逃王京。在逃亡途中，李昖和世子光海君骑马，王后乘轿子。这一天下了一整天的大雨，王后和妃嫔们到达王京西大门外的弘济院时，因为雨下得太大，轿子不利急行，都换上了马。在后方，朝鲜官员们痛哭着，冒着大雨徒步逃命。窘迫之际，从行的朝鲜王族、文武官员、扈从人数加起来，还不到100人。
傍晚，李昖到达临津江，准备登船渡江，一路北逃。侍臣们跪在地上，痛哭很久，边上的人都流下了眼泪，不能够抬起头。当时天色昏黑，没有一根蜡烛能够照明。到了深夜，李昖乘坐的船只才渡过临津江，抵达对岸的东坡。为了避免被北上的日军追捕，李昖下令将船只沉到江底，又令近江的百姓迁移房舍。逃亡的百官饥饿交加，散乱地寄宿在百姓家里。这一天，有近一半人没有渡过江。更凄惨的是，朝鲜国王、百官从王京出逃前夕，一些朝鲜奸民竟然涌入内帑库争取宝物。国王、百官出逃以后，乱民大起，焚烧了掌隶院、刑曹，造成了大规模的破坏。 （《宣祖昭敬大王修正实录》）
五月一日，李昖召见承政院都承旨李恒福，向他询问接下来的对策。李恒福回答道：“可且驻驾义州，若势穷力屈，八路俱陷，则便可赴诉天朝。”他的意思是，让李昖一直逃到与大明交界的义州（属平安道），如果连义州都保不住，那就只能逃入大明境内了。
左议政尹斗寿反对内附大明，他主张退守咸镜道：“北道士马精强，咸兴、镜城，皆天险之恃，可逾岭北行。”
李昖又询问都体察使柳成龙，想知道他的想法。柳成龙也反对内附大明，他对李昖说：“不可，大驾离东土一步，则朝鲜非我有也。”
李昖听了柳成龙的发言后，表态说他的真实想法是内附大明，但柳成龙还是不认同。
主张内附大明的李恒福觉得柳成龙是在针对他，便与柳成龙争辩起来：“臣之所言，非直欲渡（鸭绿）江也，从十分穷极地说来也。”
柳成龙反驳李恒福道：“今东北诸道如故，湖南忠义之士不日蜂起，何可遽论此事？”他认为北方的咸镜等道安堵如故，还没发生变故，而南方的全罗道义兵将不日蜂起，因此反对内附大明。
争执一番后，两人都退了出去。柳成龙非常恼怒李恒福顶撞他，并提出了内附大明的言论，因此责备李恒福：“何为轻发弃国之论乎？君虽从死于道路，不过为妇寺之忠。此言一出，人心瓦解，谁能收拾？” （以上对话出自《宣祖昭敬大王修正实录》）
李恒福听了，只好向柳成龙道歉。此时朝鲜人心崩溃，百官们全都拿不出什么好的主意。