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万历十八年九月一日，丰臣秀吉从关东归阵，回到京都。两个月后的十一月七日，朝鲜通信使一行人在京都的聚乐第谒见丰臣秀吉，奉上朝鲜国书。丰臣秀吉认为朝鲜使者是来表示臣服的，因此态度非常傲慢，接待朝鲜使者的仪式十分潦草，连宴席专用的器具都没有准备，只用浊酒和大饼招待对方。
宴会开始没多久，丰臣秀吉忽然走入内厅，换了一身便服，抱着他一岁的儿子丰臣鹤松出来，然后在接见朝鲜使者的大厅中悠闲散步，旁若无人。在座的日本人一动都不敢动，只是低着头。过了一会儿，鹤松突然尿在了丰臣秀吉的身上。秀吉这年已50多岁，他老来得子，对这个儿子异常宠爱。他不但没有生气，反而笑着招来侍女给鹤松换尿布，一点都不在乎使者的感受。 （《惩毖录》）
宴会结束后，朝鲜使者告退，一行人到达和泉的堺港等待丰臣秀吉答复朝鲜国王的国书。丰臣秀吉由于宗氏的伪报，认为朝鲜此次来京都，是来向日本低头臣服的，他可以理所当然地号令朝鲜了。因此，丰臣秀吉在答复朝鲜的国书中，强调自己是太阳之子，有一统天下的天命，同时表示他有意征服大明，在日本、朝鲜、大明三国留下芳名，并要求朝鲜作为日本征讨大明的急先锋。十一月中旬，丰臣秀吉的这封国书送交到了在堺港待命的朝鲜使者处，只见上面写着：
日本国关白秀吉，奉书朝鲜国王阁下：
雁书薰诵，卷舒再三。抑本朝虽为六十余州，比年诸国分离，乱国纲、废世礼，而不听朝政。故予不胜感激，三四年之间，伐叛臣、讨贼徒，及异域远岛，悉归掌握。窃案予事迹，微陋小臣也。虽然，予当于托胎之时，慈母梦日轮入怀中。相士曰：“日光所及，无不照临。壮年必八表闻仁风，四海蒙威名者。其何疑乎？”
依有此奇异，作敌心者自然摧灭，战则无不胜，攻则无不取。既天下大治，抚育百姓，怜愍孤独。故民富财足，土贡万倍千古矣。本朝开辟以来，朝廷盛事，洛阳壮丽，莫如此日也。夫人生于世也，虽历长生，古来不满百年焉。郁郁久居此？予不屑国家之隔山海之远，一超直入大明国，易吾朝风俗于四百州，施帝都政化于亿万斯年者，在方寸中。
贵国先驱而入朝，有远虑无近忧者乎？远邦小岛在海中者，后进者不可许容也。予入大明之日，将士卒临军营，则弥可修邻盟也。予愿无他，只显佳名于三国而已。方物如目录领纳，珍重保啬，不宣。 （《江云随笔》）
丰臣秀吉在答书中，露骨地写下“易吾朝风俗于（大明）四百州”，侵吞大明的野心昭然若揭。朝鲜使者看到这封国书以后，认为十分不妥。正使黄允吉等人与负责接待他们的日本僧人景辙玄苏进行交涉，要求改掉国书当中的“阁下”（指丰臣秀吉对朝鲜国王的蔑称）、“方物”（指丰臣秀吉对朝鲜所赠礼币的蔑称）、“入朝”（指丰臣秀吉认为朝鲜派遣使者来日本朝见）三词。
景辙玄苏写了一封信向朝鲜使者道歉，推托是撰写这封国书的人用词失误，他同意将“阁下”改为“殿下”，“方物”改成“礼币”，但不同意改掉“入朝”等词。景辙玄苏解释说，“入朝”是“入朝大明”的意思，没有其他特殊含义。副使金诚一认为景辙玄苏这么说是在糊弄人，便屡次致信景辙玄苏，要求改变这一文辞，但景辙玄苏坚持不肯改写。正使黄允吉、书状官许筬认为多一事不如少一事，既然景辙玄苏说“入朝”是“入朝大明”的意思，那么本意应该就是如此，让金诚一不要再争论了。 （《隐峰野史别录》《宣祖昭敬大王修正实录》） 于是，对丰臣秀吉这封国书的争论就停了下来。
万历十九年（日本天正十九年，1591年）一月二十八日，在景辙玄苏、柳川调信的护送下，朝鲜通信使从对马岛渡海回到朝鲜釜山浦。但等朝鲜通信使回国之后，宗氏一族就图穷匕见，不再对丰臣秀吉的本意进行掩饰。宗氏致信朝鲜，提出日本借道朝鲜南边进犯大明，并要求朝鲜作为日军的向导，与日军一起行动。而当时的大明，是朝鲜的宗主国。因为这一层关系，面对日本提出的要求，朝鲜表示拒绝，认为日本虽然是“友邦”，但大明是“君父”，朝鲜身为“堂堂礼义之邦”绝对不可能做出如此不忠不义之事。 （《朝鲜通交大纪》）
但是另一方面，朝鲜朝廷也为是否将倭情奏报给明廷而感到烦恼和不安，他们担心明廷会怀疑日本与朝鲜是有预谋地联合在一起的。朝鲜政府内部的东人党和西人党围绕这一议题争论不休。
同年六月，宗义智再次自对马岛渡海到釜山浦，他告诉朝鲜戍边将领：“关白欲攻大明，贵国地方当骚扰。贵国若能报明国，使讲和通好，可以免患。 ”（《朝鲜军记》《宽政重修谱》）
宗义智这番话，明显是在提醒朝鲜，丰臣秀吉将要起兵攻打大明，并且会波及朝鲜。但他同时又想用外交手段避免战争发生，于是就想让朝鲜传话给大明，让大明向日本乞和，这样就可以免除兵祸。宗义智这么做，主要原因恐怕是对马岛十分依赖与朝鲜的贸易，并不愿卷入战争。
不过，大明显然不可能对日本做出请和姿态，而朝鲜朝廷也没有对宗义智做出答复。在釜山浦停留十余天之后，宗义智知道朝鲜无意妥协，既不愿作为日军入侵大明的马前卒，也不愿通报大明向日本乞和。于是，他只好渡海回到对马岛，并火速赶去京都，将朝鲜的态度报告给丰臣秀吉，又献上朝鲜地图。丰臣秀吉听了宗义智的报告以后，觉得有必要先对朝鲜动武。 （《朝鲜阵记》） 此后，宗义智逐渐安排人手撤出住在朝鲜釜山浦的日本侨民，以免他们卷入战争。
两个月后的八月五日，丰臣秀吉的爱儿鹤松夭折，这给秀吉带来了很大的心理打击。为摆脱失落的情绪，让自己从悲伤中尽快走出来，丰臣秀吉加快了对外侵略的步伐。第二天，他招来相国寺的僧人西笑承兑，表明了自己要征讨大明的意志，计划次年三月出兵。 （《鹿苑日录》）
同时，丰臣秀吉又让西笑承兑和另外一名僧人惟杏永哲起草文书，要求明白告知明朝，日本将要对其用兵。丰臣秀吉的属下们都劝说丰臣秀吉在纸上写好话，以麻痹明朝，达到出其不意攻其不备的效果。但丰臣秀吉认为这种手段非常下作，与砍断正在睡觉之人的头颅没有什么区别，他坚持将出兵大明的意图写明白，让明朝事先做好警备，堂堂正正地与其一决胜负。 （《看羊录》）
一名叫许仪后的福建人，当时定居在九州岛的萨摩，是岛津家的御用医师。他听到丰臣秀吉将要出兵入侵大明的风声后，就将他知道的情报详细写在信上，准备托人报告给明朝。许仪后的邻居也是个华人，但他对祖国没有许仪后这样深的感情，知道许仪后的动作以后，就偷出信件交给了丰臣政权五奉行之首的浅野长政。浅野长政随后又报告给了丰臣秀吉，于是许仪后便被抓捕到了秀吉面前。左右皆劝丰臣秀吉立刻杀了许仪后，但是丰臣秀吉却表现得十分大度，对众人说：“彼是大明人，为大明告日本事，理无不可。且出人不意，实非吾心。使大明豫为之图，未为不可。况自古帝王，尽起草昧，使大明知吾素贱，亦非害事。”
做出这番姿态后，丰臣秀吉就释放了许仪后，对他置之不理。而对举报许仪后的那名华人，他则怒斥道：“汝亦大明人而敢诉大明人，汝乃凶人也。” （《看羊录》）
之后，许仪后顺利托来日贸易的华人海商将信件送到了福建地方政府，通报了丰臣秀吉有意用兵的情报，使明朝开始有所戒备。 （《全浙兵制考》）
在了解到丰臣秀吉决心对大明用兵以后，被丰臣秀吉当作子嗣养大的肥后国大名加藤清正非常兴奋。他写信给自己的家臣加藤喜左卫门，表示准备从大明拜领20个“国”，指示加藤喜左卫门要充分准备好铁炮、弹丸、长刀、长枪，加紧造船。 （《涩泽荣一氏所藏文书》） 肥前国大名锅岛直茂同样希望从大明获取领土，他积极调度战争资源，向领地内的商人购买了6600斤烟硝 。（《锅岛直茂谱考补》）
丰臣秀吉感于自己年事已高，可能不会再有子嗣，为了巩固政权，延续统治，便在八月二十三日将关白之职让给了外甥丰臣秀次。之后，他被日本人称为“太阁”，但是朝鲜人、明朝人仍然称呼丰臣秀吉为关白。
九月二十四日，丰臣秀吉下达了出兵朝鲜、进攻大明的军令：
朝鲜既遣使归服，师至，勿掳掠。若或改图，岂敢抗前行？至于汉土，文弱成习，不能当我武必矣。加藤清正、小西行长、黑田长政等以九州之兵为先锋，毛利辉元与同族及四国将士为次队，其余逐次航海。而本州使尾张中纳言、会津少将留守，以护帝都，建伽蓝。夫龙虎之将，熊罴之士，飚击而进，电掣而过，战胜攻取，前歌后舞，四百余州，可措顾而定矣。然事有次序，先从朝鲜进兵，建行营于名护屋。大斾亲临，指挥军事，以垂无前之伟绩于万世，岂不快哉？ （《旧记杂录后编》）
这份军令表明，丰臣秀吉的主要目标是征讨大明，并没有下死命令攻打朝鲜，只是让日军经由朝鲜入侵大明，并让日军登陆朝鲜以后不要进行掳掠。丰臣秀吉之所以这么做，是因为他多少还是受惑于对马岛宗氏此前搞出的外交伪报，认为朝鲜已经遣使表示臣服，所以仍给朝鲜留了一定余地。但同时，丰臣秀吉也采取了灵活手段应对突发情况，他表示如果朝鲜不转变为臣属日本的立场，那就先打朝鲜，再从朝鲜进兵攻打大明。
万历二十年（日本天正二十年，1592年）一月五日，经过一番战前总动员，丰臣秀吉将大部分兵力集结在肥前的名护屋，开始部署征明日军。
对于此次动员的具体兵力，有《松浦丛书》《前关白秀吉公御检地帐》《太阁记》《天正记》等多种不同版本的记载，具体如下表所示：
留守日本兵力部署
（单位：人）
① 仙石秀久在《松浦丛书》《前关白秀吉公御检地帐》《太阁记》中皆属于“名护屋在阵众”，但在《天正记》中却属于“御前备众”。
② 木下延俊在《松浦丛书》《前关白秀吉公御检地帐》《太阁记》中皆属于“名护屋在阵众”，但在《天正记》中却属于“御前备众”。
渡海侵朝兵力部署
（单位：人）
① 池内宏的《 文禄庆长之役·正编第一 》抄错《天正记》，误作20000人。
① 池内宏的《 文禄庆长之役·正编第一 》抄错《天正记》，误作300人。
② 池内宏的《 文禄庆长之役·正编第一 》抄错《天正记》，误作3000人。
日军兵力合计
（单位：人）
无论哪一份记载最接近事实，我们都可以明确地知道丰臣秀吉计划留守日本的兵力约为10万人，用来外征的兵力约为20万人，全部兵力加在一起有30万人之多。这样的动员规模，在日本战国时代可谓空前绝后。也就是说，丰臣秀吉统一日本以后，孤注一掷地将全部实力拿到国际上去搏命。30万的兵力，承载的是丰臣秀吉巨大无比的野心。
在部署外征兵力的同时，丰臣秀吉为保证日本国内的稳定不会因外征受到影响，下达了如下几条命令，要求日军将士遵守：
一、但凡从军者，即便是船手，也应给予 6 个月的军粮。 （《严岛文书》）
二、在军者，不得在日本侵犯、掠夺他人。就算是偷了一文钱，也要处以斩刑。 （《加藤文书》）
三、不得强买，不得争斗。 （《萩藩阀阅录》《太阁记》）
四、如有士兵恶意纵火，就将其抓捕，移交给官吏。如其逃走，就问责其主。 （《加藤文书》）
五、在渡口巡逻的士兵，如果要借用民屋，必须给予雇金。名护屋到大坂之间，每一里就设两名飞脚（ 传信的使者）传命。 （《太阁记》）
六、沿途的农民、商人，营生如同平日，违者有罚。 （《萩藩阀阅录》）
对于日军在朝鲜的行为，丰臣秀吉也下达了军令进行约束，据《加藤文书》记载：
一、任何人等，都不得有侵犯、掠夺之事，违者处斩。
二、禁止纵火，违者处斩。
三、不得对百姓做非分之事，违者处斩。
丰臣秀吉之所以下达看似对朝鲜仁慈的军令，并不是因为他宅心仁厚，而是延续了当时的习惯而已。战国时代的日本还没有民族国家的概念，一国大名出兵侵略他国时，如甲斐国大名武田信玄入侵信浓国时，他手底下的士兵通常将信浓居民当成外国人看待，经常会发生抢劫烧杀的暴行，进而影响征服行动本身的成败与成功后在当地的施政。为了缓解这一问题，抱有征服目的的日本战国大名有时会在外征前制定军令，严格约束士兵们的行为，让他们不得肆意妄为。除非是战国大名纯粹想在其侵略之国进行破坏，才会以下令的形式允许这种行为存在。
举一个很显著的例子。嘉靖四十五年（日本永禄九年，1566年）二月，越后国大名上杉谦信出兵侵略常陆国，他抱着纯粹破坏敌国的目的，允许士兵们大肆破坏，掳掠贩卖对方的人口。 （《别本和光院和汉合运》） 但到了三月，上杉谦信抱着征服的目的出兵下总国时，就一改前态，特地制定军令约束士兵，要求不得在下总制造暴行。 （《舟桥乡大神宫文书》） 而从另一方面来说，战国大名约束军队在外的行为，也是为了凝聚军队的战斗力，使精力不分散在破坏上，本质上还是在为侵略行动服务。