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日本先遣军团制订了“八道国割”计划后，便开始分兵入侵朝鲜各道。小西行长、宗义智等人率领第一军团入侵平安道，加藤清正、锅岛直茂等人率领第二军团入侵咸镜道，黑田长政、大友义统率领第三军团入侵黄海道，毛利吉成、秋月种长等人率领第四军团入侵江原道，福岛正则、长宗我部元亲等人率领第五军团入侵忠清道，小早川隆景、立花宗茂等人率领第六军团入侵全罗道，毛利辉元率领第七军团入侵庆尚道，宇喜多秀家率领第八军团占领京畿道。
除了入侵平安道的日军第一军团之外，其余军团入侵朝鲜各道的具体经过，由于不在主线历史的叙事范围之内，所以长期以来为人忽略，没能得到详细的记录。为此，笔者将在下文中以空间为界，分开叙述这些军团的作战经过。
首先叙述日军第二军团的作战经过。六月十日，加藤清正、锅岛直茂率领日军第二军团从黄海道的宝山驿出发，向东北方向的咸镜道进兵。由于不认识进兵的具体道路，加藤清正在途中抓获了两个朝鲜人，要求他们作为向导，带领日军第二军团进入咸镜道。一个朝鲜人推辞说不认识路，结果立刻就被杀死，另一个人当即被吓得连连答应带路。 （《宣祖昭敬大王修正实录》）
六月十七日，加藤清正率军翻越黄海道与咸镜道交界的老人岘，抵达咸镜道最南部的安边。他写信给在日本名护屋大本营的长束正家（丰臣政权的五奉行之一），提到了自己的计划：从咸镜道一直打到兀良哈（日本人对女真部落的称呼）。次日，锅岛直茂也领兵越过老人岘，抵达安边，并就地掠夺兵粮与酒肉。 （《普闻集》）
由于咸镜道是朝鲜李氏王朝专门用来流放罪犯的地方，因此这里集聚了很多对朝鲜政府不满的人。日军的到来，对他们来说无疑是“解放”，这些人很快就成了叛民。因此，日军在咸镜道南部并没有遭到什么抵抗，这里在极短时间内被日军纳入了支配之中。咸镜道北部，差不多也是同样的情况，明川、吉州的叛民为了迎接日军的到来，甚至将朝鲜王子临海君、顺和君在咸镜道北部避难的消息写在纸上，用牌子挂在路边，以此告知日军。
六月二十二日，加藤清正和锅岛直茂分配了在咸镜道南部、北部的势力范围。加藤清正将南部的安边作为大本营，锅岛直茂将南部的永兴作为大本营。南部的德原、文川、高原、永兴、定平、洪原这六座城池，由锅岛直茂的家臣驻守；南部的北清、利城、端川，北部的城津、吉州，这五座城池由加藤清正的家臣驻守（。 《锅岛直茂谱考补》）
六月二十九日，加藤清正从咸镜道南部领兵北上，准备经咸镜道北部发兵女真部落聚居区，顺便在进兵途中搜捕避难的两位朝鲜王子。同一天，锅岛直茂将大本营从永兴移到咸兴，他虽然没有北上，但是派出了家臣成富茂安、后藤家信、龙造寺家晴、藤经众，让他们跟随加藤清正去征伐女真部落。
七月十八日，加藤清正率军翻越咸镜道南北部交界的摩天岭，进入咸镜道北部。在北部地区最南端的城津城附近，有一处叫作海汀仓的仓库。在这里，加藤清正遭遇了忠于职守的北道兵使韩克諴（xián）率领的关北六镇
军士的抵抗，双方发生激战。韩克諴的目的是保卫摩天岭以北的整个咸镜道北部不受日军侵犯，他率领的骑兵是朝鲜为防御女真部落侵略而专门培养的，可以说是朝鲜最精锐的骑兵部队。因为他的部队擅长骑射，且周围地形又很平旷，于是“左右迭出，且驰且射”，一度将加藤清正率领的日军打得“不能支”，将其逼退到了海汀仓内。（
《惩毖录》
）
战至傍晚，朝鲜士兵又饿又疲，想要稍事休息，等日军自己从仓内出来，再一举歼灭。然而韩克諴不听劝告，指挥军队包围了海汀仓。日军急于应对，连忙搬出海汀仓内屯聚的粮食，堆积在四周，作为防御工事，以避免受到朝鲜军的弓箭攻击；又利用空隙之处发射铁炮弹丸，打死了很多朝鲜士兵。据《惩毖录》记载，日军的弹丸不但能打穿目标，一发弹丸甚至能打死三四个人，而朝鲜军又排列得很密集，因此大败，韩克諴只能收拾败兵逃到了附近的山岭中。
当时，朝鲜王子临海君、顺和君二人避难在咸镜道北部的镜城，当他们得知韩克諴在海汀仓战败的消息后，从镜城一路仓皇北逃，一直逃到了咸镜道最北部的会宁，这里已经是朝鲜与女真部落交界的地方了。两位王子还打算继续向北逃跑，想要不顾生命安全逃入女真部落。但是镇守会宁的朝鲜士兵密谋叛变，他们把守住城门，不让两位王子逃出城。次日，会宁镇抚鞠景仁发动叛乱，他自称大将，以500骑兵包围客舍，生擒了两位朝鲜王子和他们的妃嫔、侍女，还有陪同王子一同到咸镜道避难的宰臣金贵荣、黄廷彧、黄赫以及他们的家属。抓捕到这些人以后，鞠景仁很快就写信给加藤清正，向他表示了投诚之意，并直言朝鲜王子已经被捕，请加藤清正亲自前来接收。
七月二十四日，加藤清正应鞠景仁之邀，领兵来到会宁，他将军队结阵在城外，自己坐在一抬轿子内，让人抬着进入城内。当他见到被鞠景仁俘获的朝鲜王子和臣僚一干人等全都被绳索捆绑住的时候，对朝鲜叛臣如此对待自己的主君很是看不下去，当即责备他们道：“此乃汝国王之亲子及朝廷宰臣，何困辱至此？”
说完，加藤清正就下令为两位朝鲜王子松绑，并供给他们颇为丰厚的饮食，但仍将他们作为人质，留在军中严密监视。另一方面，加藤清正又重用鞠景仁，拜他为判刑使，相当于朝鲜的节度使。
之后，加藤清正率军渡过图们江，按照既定计划北上，入侵图们江对岸的女真部落。他进入女真部落的目的，是想经由此地入侵明朝。在进入女真的势力范围后，日军目之所及，只有空旷的田野，没有稻谷，土地上生长了许多高大的罗汉松。这里的部落没有君主，每个村立有一个村长，各自设置栅垒。加藤清正利用日军的兵力优势，攻破了女真部落的几个小型城堡，又一路放火前进。日军所到之处，女真部落的民众全部逃散一空。加藤清正见没有粮食可以掠夺，在抓捕到两个女真人后，便准备撤兵回到咸镜道。 （《韩阵文书》） 就在这个时候，女真部落对加藤清正发起了疯狂的报复作战，给加藤军造成了极大伤亡。《宣祖昭敬大王修正实录》记载：“胡人四起邀击，（加藤军）士卒多死伤。”
由于作战失利，加上兵粮不继，加藤清正败退回咸镜道。期间，咸镜道北部的地主们不但没有趁机痛打落水狗，反而纷纷捉拿各个城池的长官，将他们缚送给日军，向加藤清正表达恭迎之心。最早发动叛乱的是镜城的户长鞠世弼，他捉拿了负责守卫镜城的判官李弘业，将他交给加藤清正，以喜迎“王师”。
之后，稳城的品官姜信等人也发动兵变，绑了稳城府使李洙，作为投降日军的献礼。在钟城，府使郑见龙见势不好，直接弃城而逃，品官南千寿等人接管此城后，直接投靠了日军。 （《关北纪闻》） 而先前在海汀仓之战中败给加藤清正的北道兵使韩克諴逃入了女真部落，但是女真部落拒不接纳他，将他送回到了咸镜道北部的咸兴百姓家。结果韩克諴立刻就被咸镜道叛民捕获，交到了加藤清正那里。
有了叛民的配合，加藤清正在退兵路上没有遇到任何抵抗，他一路经过钟城、稳城、庆源、庆兴，沿着海边的峡路行走，退兵到了镜城。稍事休整后，加藤清正从镜城继续南下，在吉州留下数千兵力，使家臣加藤安政在此留守。他自己则带上俘获的两位朝鲜王子，回到在咸镜道南部的大本营安边。为了安定咸镜道北部，实行间接统治，加藤清正分别任命了一些投靠日军的咸镜道叛民为首领，让他们替日军镇守稳城、庆源、钟城、庆兴、会宁、富宁、镜城、明川这八座城池，任命的官职有“刑伯”“礼伯”等称谓。
尽管咸镜道成了叛民的温床，但不是所有咸镜道之民都愿意接受日军的统治，总会有人站出来反抗日军。咸镜道北部有一名叫郑文孚的评事官
，日军入侵后，他为躲避叛民的搜捕逃窜到了深山荒野之中，差一点就死了。后来，郑文孚又逃到了他的学生池达源家中，池达源住在镜城海边最偏僻的地方，是理想的避难之所。又过了一段时间，西北堡万户高敬民从流亡的朝鲜政府那里带来消息，说天朝兵马（明军）将要到达朝鲜，朝鲜朝廷已经宣判咸镜道为“逆窟”，平倭后要立即进行讨伐。这个消息让咸镜道的叛民们非常紧张，也让怀有反抗日军之心的咸镜道人士感到振奋。
于是，池达源与崔配天等人偷偷召集乡校的学生，以及武士当中的有识之士，集结到郑文孚麾下，他们推举郑文孚为咸镜道义兵将领，一下子就汇聚了数百人。镜城前万户姜文佑听说后，也投靠了郑文孚。义兵们经过商议，决定出兵袭击镜城，攻打被加藤清正任命的镜城守将鞠世弼。
鞠世弼当时正意气自若地在镜城进行治理，他仓促间听说城外有义兵来袭，立即下令关闭城门，并登上城门与义军对峙。姜文佑在城外对鞠世弼晓以祸福，反复劝说他投降。鞠世弼知道不敌，心中动摇，最后他放弃抵抗，开城投降了义兵，并奉上了官印。郑文孚进城后，对义兵下令，不要问责投降日军的旧犯，并使鞠世弼领兵如故；又向镜城南北传发檄文，通告镜城兴起义兵、需要招募义士的消息，进一步扩大抗日的队伍。
义兵在镜城的胜利传开以后，咸镜道北部各地有志抗日之士先后前来投靠郑文孚，使郑文孚的义兵队伍进一步壮大。其中，钟城武士金嗣朱、镜城人吴璞，各自率领精兵前来应募。原先有幸免于被叛民抓捕，逃窜到荒山野外的咸镜道官员与军官们，闻讯后也都先后来投靠郑文孚，如钟城府使郑见龙、庆源府使吴应台、庆兴府使罗廷彦、高岭佥使柳擎天、军官吴大男等。
由于咸镜道北部的很多地方官纷纷进入镜城，郑文孚就想把他的大将一职让给郑见龙。但是郑见龙不敢承担这么大的责任，推辞着不肯接受。儒生们也都纷纷劝说郑文孚，称本来就是以义兵为名起兵，所以不必以官职高低决定大将，且郑文孚出任大将实属众望所归。经过众人的劝说，郑文孚才勉强接受了。
之后，郑文孚集结3000兵力，又组织精锐骑兵作为先锋，交由柳擎天率领。留守吉州的加藤清正部将加藤安政听闻义兵在镜城兴起的消息后，派了100多人北上，在镜城西面侦察情报。姜文佑等人见状，立刻开城门突击，杀死10多个人，剩下的日军士兵全都逃散而去。 （《宣祖昭敬大王修正实录》）
郑文孚的兴起，使加藤清正在咸镜道北部的统治遭到了极大的威胁与挑战。而在咸镜道南部，义兵同样挑战着锅岛直茂在当地的统治。原来，锅岛直茂的军队大肆掠夺朝鲜农民的粮食，实行苛政，引起了朝鲜农民的极大反感，于是有人就想要组建义兵进行反抗。
十月，一个叫金应副的儒生找到了躲藏在三水别害堡的咸镜道最高行政长官—咸镜道巡查使尹卓然，请求征召义兵，对日军发起反攻。但尹卓然怀疑金应副是日军的走狗，并不相信他。另有一个叫李希禄的儒生潜入日军阵营侦察形势，他回来后面见尹卓然，力称人心向国，可击敌军，并向尹卓然推荐了武科出身的咸兴人柳应秀、李惟一、朴中立、郑海泽，说他们可以作为义兵大将。尹卓然这下才打消怀疑，起用柳应秀等人。柳应秀得到任命以后，进入咸兴郡北方的高迁社，数日之内就招募到了数千义兵，又斩杀了三名党附锅岛直茂的叛民，并出兵袭击锅岛直茂的大本营咸兴，以及锅岛军控制下的高原、洪原、永兴等郡。 （《丰臣秀吉朝鲜侵略关系史料集成 ·第一卷》） 十月十一日，义兵与锅岛直茂的部将成富十右卫门、江口与三左卫门交战于永兴郡，江口与三左卫门战死。 （《锅岛直茂谱考补》）
锅岛直茂非常着急，在他看来，对付义兵刻不容缓，于是立刻派人向安边的加藤清正求援。加藤清正指责锅岛直茂对咸镜道南部的支配不够彻底，只让家臣寺田笹之助带了60人去帮助锅岛直茂。锅岛直茂将加藤清正派来的援军与锅岛军合兵一处，派往咸兴郡西面的歧川，准备镇压义兵。
柳应秀听闻日军出动，便把义兵大部队抛在后头，独自率领数千步骑突进。进兵途中，柳应秀遇见了锅岛军的先锋，一番交战后斩杀了对方34人，剩下的锅岛军不敢抵抗，全部逃回阵地。随后，义兵大部队跟了上来，与锅岛军隔着歧川相互对射。日军对着义兵放铁炮，义兵则对着日军放箭。有一个锅岛军将领指挥麾下士兵挥动日本刀进前搏战，结果被义兵放箭射杀。而柳应秀的战马也被日军铁炮射中，倒在了地上。但是柳应秀毫不退缩，反而“气益壮，战益力”，亲手杀死了违抗命令不出战的一名士兵，以此振奋己方士气。义兵士气得到鼓舞后，分出一部分兵力，绕到锅岛军背后，使锅岛军惊惧而逃。不过由于太阳已经落山，义兵并没有穷追锅岛军。次日，义兵听到锅岛军的大本营咸兴城内传出了阵阵哭声，猜测是由于在前一日的会战当中死了许多人的缘故。 （《宣庙中兴志》）
接着，李惟一和生员韩敬商来到咸兴东北方向的德山洞（地名，不是真的山洞）招募义兵，一共招募到了3200多人。一行人与锅岛军在德山馆遭遇，义兵斩杀了四五十个日本士兵，并将砍下的首级送到三水别害堡，交给咸镜道巡查使尹卓然验视。尹卓然大喜，认为日军不足忧虑，没什么可害怕的，于是便任命咸镜道南兵使成允文为大将、庙坡权管白应祥为咸兴判官，统领官军、义兵讨伐锅岛军。
成允文出阵黄草岭下，锅岛军闻讯后大举而来，成允文派出白应祥、柳应秀迎战，挫败了锅岛军的先锋部队，并将日军一路追击至歧川西面的洪岛。但就在这里，锅岛军却突然开始大喊大叫地拼死抵抗，让咸镜道的官军、义兵死伤惨重，退兵到了歧川东南位置的独山。虽然战败，但官军、义兵的声势还是很大，锅岛直茂不得不再次向加藤清正请求派兵增援。 （《宣庙中兴志》）
然而由于义兵的兴起，不仅锅岛直茂在咸镜道南部的统治岌岌可危，加藤清正在咸镜道北部的统治也同样摇摇欲坠。先前，郑文孚招降了加藤清正任命的伪镜城守将鞠世弼，因此顺利入据镜城。等城内的局势安定下来后，义兵们便纷纷向郑文孚请命，要求出兵讨伐日军。于是郑文孚通过占卜，选择了一个吉利的日子，准备在那一天出兵。
到了这一天，郑文孚将要动身时，义兵们又请求先诛杀留在城内的鞠世弼等叛贼。郑文孚对此表示同意，下令诛杀了鞠世弼等13个投靠过日军的叛民，这让义兵们非常振奋。随后，郑文孚将檄文传达到北关六镇（稳城、庆源、钟城、庆兴、会宁、富宁），号召各镇的有志抗日人士组建武装力量，诛杀与日军合作的叛民首领。在他的号召下，局势大为转变。会宁的儒生申世俊最先响应郑文孚，起兵斩杀了由加藤清正扶植的伪会宁守将鞠景仁，由此光复会宁，此后其余各镇也都陆续光复。
经过义兵的群起反抗，日军在咸镜道北部的实际支配据点，就只剩下北部最南端的吉州、城津、岭东馆栅城。吉州的加藤军为报复义兵，到城外各地烧杀抢掠，其中一支军队在吉州东北方向的明川进行抢掠。郑文孚听说后，就率领义兵从镜城南下，抵达吉州的南村，截断了这支加藤军的退路。在明川进行抢掠的这支加藤军，只好迂回到吉州城东面2公里外的长德山下，想经由这里回到吉州，结果郑文孚带领义兵率先占据了长德山的山巅。山下的加藤军为了突破封锁，争先恐后地登山，并用铁炮仰攻山上的义兵。然而郑文孚麾下的义兵将领柳擎天催促铁骑从高处疾驰而下，瞬间就冲垮了加藤军的队伍，致使加藤军大败。另一名事先埋伏在西边山底的义兵将领高敬民，立刻发炮阻截加藤军。加藤军敌不过义兵，只能退到山涧、小谷之中。郑文孚没有放过他们，指挥义兵将加藤军团团围住，准备将其聚歼。但是到了晚上，突然下起了很大的雪，义兵们都非常冷，没有战下去的力气了，只能暂时停止攻击。
次日天亮以后，义兵在山涧、小谷之中进行搜捕，一共斩获了600多颗首级。待在吉州城的加藤军知道后，吓得紧锁城门，不敢出战。郑文孚不依不饶，又指挥义兵将吉州城围住。加藤军为打退义兵，在吉州城的城楼上对着城下的义兵施放铁炮。义兵在铁炮弹丸的威胁下不能接近城池，只好暂时撤退，但是仍然在距离城池稍远的地方将城池四面围住，不让城内的加藤军有出城砍柴的机会。
此时，在咸镜道北部最南端的岭东馆栅城，还有另外一支加藤军的驻守部队。这支加藤军在郑文孚与吉州加藤军交战的时候，出兵焚烧、抢掠附近的临溟村。十二月十日，郑文孚解除了对吉州城的围困，南下攻打这支加藤军。随后，双方交战于临溟村西边的双浦，义兵的骑兵部队疯狂驰突加藤军，致使加藤军惨败，被义兵砍下了60多颗首级。 （《宣祖昭敬大王修正实录》）
对于义兵骑兵部队蹂躏加藤军的场景，朝鲜史料《义旅录》记载道：
十二月初十日，又战于吉州双浦。我军以铁骑疾入，冲突其阵。倭兵一番放火后，不及措手，皆辟易散乱，我军遂乘胜大破之。
著名的朝鲜国宝《北关大捷碑》也同样对当时的情景有栩栩如生的记载：
十二月，又战于双浦。战方合，偏将引铁骑横冲之，迅如风雨。贼失势，不及交锋，皆散走。乘胜，又破之。
历经长德山之战、双浦之战后，吉州、岭东馆栅城两地的加藤军，坚守不出，不敢再轻易出城。郑文孚取得了优势后，很快就指挥义兵分别包围两处。 （《宣祖昭敬大王修正实录》） 加藤清正、锅岛直茂两人在咸镜道的统治，由于义兵的反抗，遭到了极大挫折。