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四月二十九日，加藤清正、锅岛直茂率领日军第二军团抵达忠清道的忠州，与小西行长、宗义智等人率领的日军第一军团会合，共同商议进兵攻占朝鲜首都王京的计划。
宗义智把王京地图拿出来给加藤清正看，加藤清正发现地图上有个叫司马门药廛路的地方。由于小西行长是药商小西隆佐之子，加藤清正一向看不起他的出身，这个时候就趁机抓住“药廛路”这几个字大做文章，故意戏弄小西行长说：“你攻取此路如何？”
小西行长一下子就听出了言外之意，知道加藤清正是在挖苦他，但他刚想要发作，就被锅岛直茂笑着给制止了。加藤清正又对小西行长说：“太阁殿下（丰臣秀吉）令我和你隔一天就互为先锋前进，你为何违背这一命令？自今日起，我们便隔日互为先锋，比比谁强谁弱。”
小西行长拒绝道：“已经迫近朝鲜都城，不如分路而进，速速将其攻克。”
加藤清正见小西行长摆出了拒绝的姿态，又拿他的出身挖苦道：“违背军令，贪图个人私利，怎么看都是商人作为！” （以上对话出自《征韩伟略》）
小西行长听了大怒，想要刺死加藤清正。经过锅岛直茂、松浦镇信的调解，小西行长才停止和加藤清正争吵。最后，两人选择妥协，决定分道进兵王京：第一军团从忠州北进，经由骊州，从东大门入侵王京；第二军团从忠州西进，经由竹山，从南大门入侵王京。 （《丰臣秀吉朝鲜侵略关系史料集成 ·第一卷》）
五月二日戌时（晚上7时至晚上9时），小西行长、宗义智等人按照既定路线，攻陷朝鲜都城王京。加藤清正、锅岛直茂晚来一步，于五月三日进入王京。之后，宇喜多秀家率领的日军第八军团也于五月六日、七日进入王京，毛利吉成等人率领的日军第四军团、黑田长政等人率领的日军第三军团，以及小早川隆景、立花宗茂等人率领的日军第六军团，亦相继进入王京。 （《吉野甚五左卫门觉书》）
五月上旬，日军制订了占领朝鲜八道，并在各道征收兵粮的计划。日军计划派遣到各道的人手和预计征收的兵粮数目如下：
（出自《高丽国八州之石纳觉之事》）
日军制订的这个分兵入侵朝鲜八道的计划，被称作“八道国割”，意图是征服朝鲜全境，征收足够的军粮，将朝鲜作为入侵大明的前线基地。
五月十一日，在王京待命的日军开始按计划分道进兵。日军第一军团（小西行长、宗义智、松浦镇信、五岛纯玄、大村喜前、有马晴信）、第二军团（加藤清正、锅岛直茂、相良赖房）、第三军团（黑田长政、大友义统）北上入侵京畿道。日军第四军团（毛利吉成、秋月种长、高桥元种、岛津义弘、岛津丰久、伊东祐兵）从别路进发，经京畿道的杨州、永平、麻田，入侵江原道。（ 《丰臣秀吉朝侵略关系史料集成 ·第一卷》） 第六军团（小早川隆景、小早川秀包、立花宗茂、高桥统增、筑紫广门）、第八军团（宇喜多秀家）暂时留守王京。
朝鲜方面，自国王李昖弃守王京、渡过临津江北逃后，都元帅金命元率领20余将、1000余军士，固守临津江北岸，防止日军越江杀向国王避难的行在。然而，在这生死攸关之际，金命元却捏造战绩，于五月十二日驰启朝鲜朝廷，伪称：他在临津江南岸的碧蹄等处设下埋伏，斩获了许多日军；京城都检查使李阳元也率领李镒、申恪等 10 余位将士、5000名军士，驻守在大滩，准备收复王京。
朝鲜上下听到这些假消息后，感到很高兴，认为国王过不久就可以回銮。在王京已经陷落的情况下，朝鲜朝廷对前途流露出了异常乐观的态度。
五月十三日，京畿道巡查使权征驰启朝鲜朝廷，声称日军因孤军深入，腿脚肿了，气力没了，请都元帅金命元不要错失时机，趁机进剿日军。朝鲜诸将官人云亦云，纷纷传言日军已经不行了，连路都走不动了。朝鲜国王李昖深信其说，遂降旨金命元，责令他进兵讨伐日军；又起用韩应寅为诸道都巡查使，令其统兵5000人，即刻出发讨伐日军，不用受金命元节制。 （《壬辰日录》）
五月十四日，日军第一军团、第二军团、第三军团相继抵达临津江南岸，隔着临津江，与在北岸的朝鲜军对峙。据西荆的《西征日记》记载：“朝鲜人张阵于江之西，吾军在江之东，东山而西平原也。敌屯于五处，多者四五千，少者一二千许也，备兵于江岸如连珠，至四五里而不断。”
由于朝鲜军在北岸严防死守，日军一时间未能越过临津江。与朝鲜军隔江对峙的小西行长和以其女婿宗义智为主的对马岛势力，为了打破僵局，想要写信劝降朝鲜政府，他们命令通晓汉文的从军僧侣西荆，以宗义智家臣柳川调信的名义撰写书信，试图投送给朝鲜军。这封信的原文是这么写的：
日本国差来先锋秘书少监平调信，谨启
朝鲜国某大人足下：
臣先是奉使于贵国，于再于三，诉廷下者，今日之事也。虽然贵国不容臣之言，故及今日之事。非不祥，亦宜也。今吾殿下起干戈者，不敢怨于贵国，唯为报怨于大明也。伏愿还国王之驾于洛阳，讲和于大明，则臣等所欲也。然和之不行者，独非贵国之罪，可谓天命矣。亮察，惶恐不宣。 （《西征日记》）
在这封信中，小西行长和宗义智对朝鲜强调的主要信息是：首先，丰臣秀吉出兵的目的，不是对付朝鲜，而是征讨大明；其次，柳川调信此前出使朝鲜，已经将这一消息透露给了朝鲜，但朝鲜不听，以致今日有此兵祸；最后，柳川调信他们也不想和大明打，因此请求朝鲜国王回到王京，替日军向大明讲和，以期结束战争。
书信写好之后，小西行长、宗义智就派人前去投送。但是日军第二军团的加藤清正与小西行长关系不好，此时他仍在江岸上指挥军队与朝鲜军对射，所以小西行长、宗义智派出的使者不得通过，无法送出信件。五月十五日，加藤清正军暂时解阵退去，信件才终于有机会送出。小西行长、宗义智试图将加藤清正的退兵动作曲解为日军为议和而表达的诚意，便再次让西荆以柳川调信的名义起草了一封信，派人送交给朝鲜军。该信原文如下：
日本国差来先锋秘书少监平调信，谨启
朝鲜国执事足下：
臣今日来于此，退吾军者无他，为讲和也。军士在渡口，则贵国人疑之，故先退兵矣。臣先是屡使于贵国，陈以成败之事，贵国不听臣之言，今也至败亡。盖吾殿下假道于贵国，复怨于大明，去岁审告贵国通信使，臣亦达书于廷下。虽然贵国藩臣梗边，以不通吾道路，加之动干戈，于是乎吾军击破之。遂到尚州，奉书于廷下，不敢赐回教，却闻国王已出洛阳矣，于是诸将之兵入洛阳。由是观之，夫灭朝鲜者，朝鲜，非日本也，亮察亮察。臣窃虑之，还国王之驾于洛阳，以讲和于大明，则贵国之策莫良焉。如此则解吾军阵，待命于畿外者必矣。若疑之，出质子为证。然则日本之与大明和亲，贵国亦复国。不然贵国长失国，亦未可知也。伏愿足下熟计之，今日在江边，以待回翰（函），速送之，自爱不宣。 （《西征日记》）
在这封信中，小西行长、宗义智再次强调，丰臣秀吉出兵的目的是借道朝鲜入侵大明，这事去年已经告知了朝鲜通信使；但日军渡海到朝鲜后，朝鲜不让日军通过，所以才对朝鲜动兵。现在朝鲜国王回到王京，替日军与大明讲和，是最好的对策。如果朝鲜国王愿意这么做，日军肯定会退兵到王京外待命；如果朝鲜怀疑日军的诚意，可以先交出朝鲜王子作为人质，这之后日本就会与大明和亲，朝鲜也会复国，否则就会长久地失去国家。
朝鲜军虽然收到了这封信，但不肯轻易妥协，他们回信给日军，称即便是战死在江边，也不会议和。五月十六日，小西行长、宗义智在了解到朝鲜军的态度后，又命令西荆起草了一封信，托人寄给临津江北岸的朝鲜军。这封信是直接用小西行长、宗义智两人的名义发出的，内容为：
再启，昨日呈愚书以陈讲和之事，贵国不信之，亦宜哉。吾军经万里风波之难、江山之险，直入洛阳。今也无故而欲讲和，贵国不信之，亦宜哉。臣为贵国解之。
吾殿下欲假道而击大明，虽诸将奉命来于此，不欲自此经数千里入大明，是故先与贵国和亲。而后为借贵国一言，以讲和大明也。贵国亦以一言大明，讲和于日本，则三国平安，良策莫良焉。诸将免劳，万民苏甦，是吾诸将之议也。殿下亦不欲与贵国绝交，贵国失邻好之道，拒吾军，故吾军亦动干戈而已。
臣虚受贵国大职，岂忘鸿恩乎？奉国命，以先诸将，因不获止也。今也倾尽肝胆，陈缕缕，足下察之。尚不信之，则是亦可也。传行长、义智两人一纸之书，自爱不宣。 （《西征日记》）
在这封信件中，小西行长、宗义智向朝鲜军强调的要点是：丰臣秀吉想要借道朝鲜侵略大明，日军诸将虽然奉命出征，但其实并不愿从朝鲜长途跋涉数千里去攻打大明，因此想先与朝鲜讲和，再通过朝鲜与大明讲和，使日军诸将免于外征之苦。
朝鲜军收到这封信后，表示出了愿意谈判的态度。他们回信给日军，称无法擅自做主，要先禀报承政院，再作答复，让日军等待三天。小西行长、宗义智对此表示同意，下令休战。
五月十八日，朝鲜诸道都巡查使韩应寅奉国王李昖之命，抵达临津江北岸督战，朝鲜军的兵力为之增加。从韩应寅抵达战场的时间来看，此前朝鲜军答应与日军谈判，可能是借故等待韩应寅的援军，是缓兵之计。
韩应寅一意主战，他一来，就准备率领全军渡过临津江去击破日军。但士兵们认为军士远来疲惫，器械也未准备好，敌人的情形亦不清楚，便劝他暂时停止进兵。韩应寅不听劝告，斩杀了数名提出暂缓进兵的士兵。庆尚道助防将刘克良是一名老将，有着丰富的战场经验，他也认为不宜轻举妄动。但是比刘克良官阶高的守御使申硈却主张渡江，认为刘克良是在动摇军心，想要斩杀刘克良。感到被羞辱的刘克良愤愤而出，率领自己的部属率先渡江，杀了数名日军巡逻兵。随后，申硈渡江赶来。
临津江南岸的日军未曾料到朝鲜军会破坏停战协定，渡江来袭，只得仓促应战。
但消息传到临津江后方的坡州，坡州日军很快就派来了援军，使用日军擅长的铁炮攻击朝鲜军。日军得到增援后，朝鲜军不敌日军，瞬间便告崩溃。刘克良急呼申硈，想要退军，但是申硈还没来得及回应，就已经死于乱军之中。刘克良绝望之下，下马坐在地上，弯弓射向日军，箭镞用尽之后也被日军杀害。残兵溃卒们奔逃至江岸，但日军紧追不舍，挥刀乱砍，朝鲜士兵或引颈受戮，或投江自杀。在北岸的朝鲜都元帅金命元、诸道都巡查使韩应寅看到这种情景，感到非常畏惧。
临津江日军受到朝鲜军袭击的消息传到王京后，留守的宇喜多秀家等部队也准备派出援军北上驰援，但刚离开王京11.8公里，就收到了前线的捷报，于是又都退回了王京。 （《西征日记》《宣祖昭敬大王修正实录》）
临津江之战后，朝鲜军士气消沉，人心涣散。五月二十七日，一部分日军在临津江下流乘坐小船，做出要渡江的动作，以试探北岸的朝鲜军。朝鲜军副元帅李薲（pín）非常恐惧，连一支箭镞都未射出，就带头先逃了，这造成朝鲜诸军全部崩溃，最终弃守临津江岸这道天险，遁窜北逃。日军仅凭恐吓，就造成了朝鲜军的瓦解，顺利渡过临津江，在北岸登陆。 （《壬辰日录》）
五月二十九日，小西行长、宗义智等人率领日军第一军团，加藤清正、锅岛直茂等人率领第二军团，黑田长政、大友义统率领第三军团，一路向北推进，攻陷了京畿道的重镇开城。 （《高丽日记》） 至此，朝鲜都城王京、松都开城、西都平壤，三都中已有两城沦陷于日军之手。六月一日，小西行长、宗义智换了一个人代笔写信，派人投送给朝鲜军，试图再次劝降朝鲜政府，但没有得到回应。
此后，加藤清正、锅岛直茂率领日军第二军团，按照之前制订的“八道国割”计划，经由别路入侵咸镜道。小西行长、宗义智等人率领第一军团，黑田长政、大友义统率领第三军团，经京畿道继续北进，进发至平安道，列阵于大同江南岸。在大同江北岸的，是朝鲜国王李昖当下避难的行在平壤城。由于日军不知大同江的深浅，又没有船只，所以暂时不敢贸然渡江。
六月九日，小西行长、宗义智继续投书给朝鲜军，发出与朝鲜议和的信号，并邀请曾接待过对马岛使者的朝鲜礼曹参判李德馨不带一兵一卒，乘船来大同江与日军会谈。窘迫之下，李昖只能同意日方的要求，于当日派遣李德馨至大同江与日军会谈。在这次谈判中，日方派出的使者是景辙玄苏、柳川调信。他们二人此次出面，并没有如同之前屡次投送给朝鲜的信中所说的那般，要求朝鲜为日本与大明议和进行斡旋，而是向朝鲜提出了日军在一开始就坚持的“假道入明”。
日军对“假道入明”的具体阐释是什么？朝鲜史料中有两种不同的说法。据《宣祖昭敬大王实录》记载，景辙玄苏、柳川调信要求朝鲜方面“开吾向辽之路”，意思是日军要经朝鲜入侵大明。而据《惩毖录》《再造藩邦志》记载，日方对朝鲜提出的要求，是要经朝鲜进入大明，去向大明朝贡。笔者认为，《宣祖昭敬大王实录》的记载比较符合实情，因为此前小西行长、宗义智派人投送给朝鲜的信中，已经说了日军的本来目的就是经朝鲜入侵大明。而且仗都已经打到这种程度了，日军也不可能再拿“日军要去朝贡大明”这种借口来糊弄朝鲜政府。
在大同江会谈中，景辙玄苏、柳川调信改变了此前在信中要求朝鲜替日本与大明议和进行斡旋的论调，而是重新提出了“假道入明”。这样的变化，证明了日军在此之前投送给朝鲜军的那些信，其实并不是他们的本意。那些信，只不过是日军在战争面临僵局的时候，试图打开僵局、劝降朝鲜政府的一种手段。无论如何，由于话说不到一块儿，李德馨与景辙玄苏、柳川调信的大同江会谈，最后以失败告终。
六月十一日，小西行长、宗义智再次投书给李德馨，要求朝鲜与日本议和。这一次，信件的口吻比之前强硬了很多，也更直接干脆，不再说什么日军想要与大明议和，请求朝鲜帮忙说话，而是直接表态让朝鲜王族交出质子渡海到日本，才可与日本议和。可见，之前日军在信件中表现出的客套，不过是他们伪装出来的。
同一天，朝鲜国王李昖弃守平壤城，向北方的宁边逃窜而去。李昖离开之前，留下都元帅金命元、左议政尹斗寿、吏曹判书李元翼守平壤城，并叮嘱他们在晚上偷袭大同江南岸的日军。到了这天晚上，金命元、尹斗寿、李元翼遵照李昖的嘱咐，派遣武官出身的金弥率领江边士兵百余人，渡江袭击敌营。当时日军正在睡觉，没有及时反应过来，被金弥率领的朝鲜军射杀数百人、夺获130余匹马。但当朝鲜军将要渡江回到北岸时，来接应的船只却没有全到，有30多个士兵被日军追上，溺死在了江中。 （《宣祖昭敬大王实录》）
六月十三日晚上，金命元等人在平壤城上望见对岸的日军守备松懈，认为可以故伎重施，再次乘夜掩袭。于是金命元挑选精兵，令平安道宁远郡守高彦伯统兵渡江。当高彦伯领兵渡过大同江时，已是六月十四日的清晨，他见日军还在营帐中没有起身，便率军突击日军第一军团宗义智的阵营。趁着日军惊慌之际，朝鲜军张弓搭箭射杀日军，夺获了300多匹马。宗义智的前队将领杉村右吉郎智清、竹冈节右卫门二人，立刻指挥他们的军队抵抗朝鲜军，结果不敌，杉村右吉郎智清当场殒命。情急之下，宗义智亲自指挥手下军队与朝鲜军激战，并亲手杀死了几个朝鲜士兵。这时，日军第三军团的黑田长政也驰至江边，来支援宗义智。朝鲜军认为日军人多势众，就退回到江边，想要渡过大同江回到北岸。但是船上的水手太过慌张，不敢开船渡江，导致许多朝鲜士兵被日军逼迫至江中溺死。剩下的朝鲜士兵则渡过一条叫王城滩的浅滩，回到北岸。日军一开始不知道大同江的深浅，所以不敢贸然渡江，这下终于知道有浅滩可渡。
于是在这天晚上，日军第一、第三军团大摇大摆地由浅滩渡过大同江北上。负责守江滩的朝鲜军没放一支箭镞，就吓得逃走了。日军渡江以后，怀疑平壤城有备，不敢贸然动手，只是逡巡不前。但平壤城中的金命元、尹斗寿等人早已经吓得丧失斗志，他们连夜弃守平壤，开城门而逃。为了不让日军得到城内的人口和武器，他们把城内的朝鲜士民全部驱赶出城，又将军器、炮火沉入平壤城风月楼的小池当中。 （《朝鲜阵记》《惩毖录》）
朝鲜军弃守平壤的次日，小西行长、宗义智等人率领日军第一军团，占领了空无一人的平壤城，获得积蓄在城内的数万石粮食。至此，朝鲜都城王京、松都开城、西都平壤，全部沦陷于日军之手。