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17世纪30年代，中国大明王朝危机四伏，朝野内外一片混乱。根据当时留驻杭州的葡萄牙籍传教士何大化（Antonio de Gouvea，1592—1677）的记述，似乎上帝在惩罚人类的众多原罪，他使整个明王朝饱受艰难、困苦和灾难。在1636年来自中国副省的年信中，何大化曾经向欧洲的读者们介绍在华传教团所面临的危险。当时的明王朝盗匪四起，他们所到之处烧杀抢掠、纵横乡里。清军骑兵在关内大肆掠夺、横行霸道、为所欲为、危害乡民，并且恐吓那些腐败的明朝官员说，不久之后这里将会是大清的天下。各地起义军揭竿而起，奋力反抗腐朽的明末封建政权的压迫，战火过后，一片狼藉。目睹了起义军对自己同胞非人性的暴行，何大化写道：他们更像一群野兽。明朝政府军对这些威胁势力进行多次镇压，却多以失败而告终。经历过这些浩劫的教徒们，无不认为这些军队将领们更适合做文臣而不是武将。战败的消息一次次传来，崇祯皇帝束手无策，只能徒劳般地大设祭祀活动，祈求上天赐福，化解灾难。
大明王朝社会动荡、政权将倾，对于在华耶稣会士而言，这是机遇与挑战并存的时代。从17世纪20年代第一支清军部队入关，到17世纪 70年代建立起的大清王朝，多达半个世纪的朝代更替期，整个中国饱受战乱、饥饿、灾荒之苦。与此相反的是，在这个动荡不安的混乱时期，耶稣会的传教工作却经历了最为稳定的一个发展阶段。17世纪30年代初到50年代末，中国副省拓展了新的传教区域，转化了更多中国人成为天主教徒。在大明王朝倾覆之际，传教士们抓住机遇，不顾生命安危，为在华传教事业奠定了更坚实的基础。鉴于明王朝的瓦解，他们不畏当政者的威慑，勇往直前地坚持传道布教。
传教士与他们的教徒风雨同舟，在战火刚刚平息之时，努力把在战乱中被冲散的教徒重新聚集起来。作为一股微不足道的社会力量，在华传教士并未引起清军征服者的注意，在新王朝对其广阔的领土实行控制之前，他们又一次大大地拓展了自己的队伍。在这种动荡不安、危机四伏的社会背景下，他们首当其冲的任务便是：在清政府建立之前取得政治上的合法地位。为了实现这个目标，他们常入宫中举行弥撒，施行圣事。在屈指可数的几个传教士取得清军首领的充分信任后，他们得到了比在明王朝时更多的优惠。在清军政权的助推下，天主教在中国蓬勃发展，虽然力量还不太强，但已经在中国的宗教领域占据了一席之地。