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1623年，带着新的神父、新的物资供应以及恢复了的凝聚力和传教目标，耶稣会士返回了传教据点，中国副省的计划得以实现。前一年，沈
从尚书的职位退休，南京的迫害也结束了。这些对耶稣会士们来说，表示他们可以从杭州的藏身之处返回社区，并开始创建新的传教社区了。1623年4月，李玛诺写信给骆入禄（Jerónimo Rodrigues，1567—1628），宣称传中国教区四处扩张的时机已经成熟。对于如此多的耶稣会士出现在他们的“后院”，中国官员保护者们似乎变得不安起来。杨廷筠、李之藻和徐光启坚持让他们离开。据李玛诺说，因为谣传马上会使政府镇压江南的文人党派。“我们很引人注目”，李玛诺写道，“任何反对我们的人都会因他们包庇我们而反对他们”。
在送走客人的同时，耶稣会士的官员盟友提出了建议以帮助他们重新赢得尊重。他们建议采用利玛窦建立教区时最初的战略：一部分耶稣会士应该去北京立足，继续与朝廷高官建立良好关系。当权者的保护将迫使那些害怕上司权势的地方官员容忍在他们的管辖区活动的耶稣会士。为谨慎起见，其余的十八名欧洲人和五名中国传教士助理应该分散到各省，“获得某些地方或退休官员的庇护，再通过他们的交涉，赢得朋友”。
李之藻、杨廷筠和徐光启也在物质上支持这一新战略的实施。南京教案的余波消失殆尽后，李之藻上书天启皇帝（在位时间是公元1620—1627年），建议召集欧洲人到朝廷做抗击满族战争的技术顾问。李之藻称赞他们作为数学家、武器设计和制造专家的能力，并建议他们带上葡萄牙步兵和炮兵入京。
尽管耶稣会士起初因这一提议的尚武精神而犹豫不前，李之藻却断言，这一次冒险能给他们在朝廷赢得职权。阳玛诺和龙华民因此返回了北京，他们发现一股新的对“天学”和“上帝的教导”感兴趣的思潮逐渐兴起，这主要得益于李之藻和徐光启对耶稣会士的公开赞扬。金尼阁新招募的那些传教士抓住这个机会，穿着“文人礼服，留着长胡须和头发，扎着中国式的辫子”，从澳门溜进了中国大陆。
副省会长阳玛诺的任职时间是1623—1635年，在他的领导下，耶稣会士纷纷返回据点，重振旧业并开创新的据点。确切地说，一些新的据点在1623年以前就已经建立起来了，如1620年江西省的建昌据点，还有两年后耶稣会士在上海建立的一个新据点。由于耶稣会士与徐光启的门生孙元化（1581—1632，1612年中举）建立起笃实的友谊，孙元化在1621年皈依了天主教，并协助建立了另一个新的传教点。当孙元化邀请毕方济（Francesco Sambiasi，1582—1649）到他的家乡嘉定时，他为耶稣会士提供了一座庭院。
由于嘉定离上海很近，天主教社团也很小，17世纪20年代，中国副省耶稣会士就利用这个据点来培训新的传教士，教他们中文和儒家哲学。
在江南以外的地区，艾儒略（Guilo Aleni，1582—1649）跟随一位中国教徒到山西省去，在绛州建立了一个传教据点。1624年，王丰肃以另一个中国名字——高一志再次进入大明王朝之后，这一个北部天主教区逐渐成为中国副省最大的教区。离开中国北部后，艾儒略在他们多年的朋友叶向高（1562—1627）的陪同下前往福建省。得益于叶向高的威望，他在福州又开辟了一处根据地，开始在这个海滨城市布道。金尼阁1623年去西安拜访王徵后，前往河南，在开封建了一处居所。金尼阁在中国西部的行程也为在那座城市建立根据地打下了基础。
除了建起这几处新房子，耶稣会士也企图增加他们在这些地区的教徒数量。从杭州出发，他们在浙江省的农村为许多教徒施洗礼，以致整个小城的居民都加入了天主教，那里的天主教徒几乎都有皈依者们都有教名。
通过派遣传教士到各地去，中国副省急剧扩张了。到1626年为止，在华耶稣会士已建立了十个据点，这一数量达到南京教案前数量的两倍。
中国传教团的性质是如何受到中国副省地理扩张影响的呢？随着在华传教士在大明王朝辽阔的土地上分散开来，耶稣会对于每个在华传教士都给予了充分的信任，寄予了很大的希望。然而，在耶稣会不同的传教区，情况却很不一样。在欧洲耶稣会的学院或传习所，主管只要在场，他们的下属必须永远服从命令。在海外教区，情形大不相同。即使与南美或印度的耶稣会传教团相比，中国的情形也是一个比较极端的例子。为了给中国副省每个传教据点安排传教人员，在华耶稣会士大多不得不独居，或者只和另一名神父或助理住在一起。只有在北京和上海，通常情况下才有四个或更多一点的耶稣会士一起居住。虽然，传教士彼此间遥远的距离和缺少监管的状况意味着他们大多数得自食其力，但许多人是喜欢这种方式的。事实上，正如将会发生的一样，当分歧产生，最惹眼的就是耶稣会士面对面地发生冲突。这些时候，长官可以直接行使权力，但是，中国教会的结构导致各个教区的独立程度相对较高，长官想要遏制却常常徒劳无功。从这个意义上讲，中国副省的扩张是一把双刃剑。虽然，传教区域的扩张实现了耶稣会士要在全中国传播天主教的梦想，却也制造出一些管理问题。如果后来的主管想让他们的下属统一意见的话，就必须解决这些问题。
中国教区的迅速成长，也使在华耶稣会士维持他们充满希望的传教事业成为一个问题。首先，他们需要补充人员，需要欧洲定期输送年轻、健康的传教士入华。但实际上，从1614年开始，从东亚传入欧洲的坏消息便严重影响了中国副省的人力供应链，中国传教团依然处于日本教区的阴影之下。尽管金尼阁从欧洲带回来的人员一定程度上缓解了这一问题的严重性，但到17世纪20年代，按照欧洲的年龄标准，这批人已经不算年轻了。事实上，截至1626年，中国教区的十八名传教士中，有八位都超过了五十岁，五名超过了四十岁。
李玛诺将此严重情形向他的上司进行了汇报：如果没有新鲜血液，中国教区将会“不复存在”。六十四岁的李玛诺毫不含糊地描述：“我们几乎是老的老，死的死。”
对于中国副省来说，幸运的是一些传教士很长寿，例如，阳玛诺活到了八十五岁，龙华民活到了八十九岁。
为什么耶稣会士何以能够如此大面积地分散？经过印刷品的宣传，他们饱学之士的形象树立起来，这可能是主要的原因。由于知道他的同辈嗜好阅读，徐光启建议传教士印刷“30000”册著作，在中国散发。通过这种方法，他们能确保越来越多的中国文人了解他们的教义，帮助耶稣会士“赢得朋友和声誉”。出版物也能改变那些了解沈
诋毁传教士的奏章但却从来没有见过任何传教士的官员的看法。
因为徐光启的这个建议，17世纪20年代，耶稣会士进入了他们创作、出版最密集的一个阶段。艾儒略、傅汎际、阳玛诺、高一志和龙华民这些最知名作者的作品均在此期间出现，但是，几乎所有的在华耶稣会士都参与到了这项工作中。
杨廷筠、李之藻和徐光启对这一出版工程也贡献良多。他们撰写序跋，以证实欧洲人著作文辞不俗。李之藻帮助他们宣传1620年间在西安发现的天主教聂斯托里派（景教）石碑的消息。通过1625年出版的纪念碑碑文，耶稣会士希望通过早在八世纪的唐朝中国就接受了天主教证明天主教入华年代久远，以对抗诋毁者的谩骂。
其他合作的例子，还有杨廷筠刊刻了艾儒略创作的描述性的世界地图集《职方外记》（Record of Countries Not Listed in the Record Of ice，1623）。对于耶稣会士的传教事业来说，最重要的是，这本书包含很长一段关于犹太的描述，还有“几章是关于天主教这一神圣信仰的要点”的内容。
其他的出版物来自王徵，由于对机械工程很感兴趣，他跟邓玉函合著了《奇器图说》（ Illustrations and Explanations of Wonderful Machines，1627）。
在华耶稣会士也创作天主教教义和祈祷性质的文章，迎合他们新教徒的需要。这一阶段最重要的作品，可能是由龙华民主编、许多传教士共同创作而成的《天主圣教念经总牍》（Collection of Prayers for the Holy Teachings of the Lord of Heaven，1628）。这本书包括许多祷告文的译文，以及根据西班牙作家和神学家戈兰达（Dominican Lu- is de Granada，1504—1588）的作品改编的几篇散文。
为了回应李玛诺关于中国天主教徒需要一本指南以“知道”忏悔“什么”以及“如何”忏悔的请求，艾儒略写了他的《涤罪正规》（Correct Rules for Confession，1627）。其他文章解释了天主教的各种元素，包括弥撒的意义、圣者的生活、灵魂的性质，还有李玛诺所认为的天主教徒“知道的比他们应该知道的少”的事情。
艾儒略的文章《弥撒祭义》（Exlanation of the Mass，1629）、高一志的《圣人行实》（Lives of the Saints，1629）、毕方济的《灵言蠡勺》（On the Soul，1624），在企图逐渐满足中国教徒圣餐欲望的同时，有助于弥补他们精神方面的欠缺。
17世纪20年代，有了新的参考资料印刷品，耶稣会士还增加了中国教徒的精神实践并使之多样化。在传教扩张初期，他们在探索最适合中国文化类别新形式的过程中，激发教徒虔敬度的努力最为成功。例如，耶稣会士鼓励天主教徒成立慈善小组。他们深谙这是一种深深扎根中国社会的表现，非常易于与耶稣会士天主教世俗的虔敬相交融。王丰肃在山西的据点——绛州推广天主教慈善形式，作为他物质与精神布道的补充。段衮（圣名伯多禄，卒于1641年）组织了一个小组参加一名中国教徒的葬礼。虽然，耶稣会士声称，段衮是在听说欧洲的慈善团体，例如葡萄牙的仁慈堂（Misericordias）和意大利的公立银行（Monti di Pieta）后组织的这个小组，但其实他也很可能是从佛教徒或儒家士人那里得到的这一灵感。他为二十个可怜的天主教徒制作了孝服，这些人“手持点燃的蜡烛和法器”，进入当地的墓地。
这个小组的性质通过它的作用体现出来：由于中国人对其他宗教的排斥，天主教徒不得不发明新形式的虔诚敬拜与中国文化价值观相融合，例如办一个体面的葬礼。
将中国社会与天主教宗教实践相结合的另一个例子，就是传教士努力劝说妇女入教。通过印刷用简单语言写成的祷告书或教义手册，他们希望将天主教渗透到一个中国传统中对外国人不设限的领域——家庭生活中。为了达到这个目的，耶稣会士鼓励女教徒在与邻里一起干活的时候诵读祷告词。根据1626年来自副省的年信，绛州的女天主教徒在纺线、织布、叠衣服时不再聊天，而是“唱祷告词以减轻疲劳感”。结果，这一地区的小孩子也学会了教义。耶稣会士说，甚至“三岁半的女孩”都能“一字不漏”地记住他们的祷告词。取得这种进步所使用的工具包括了刚刚提到的祷告书和罗如望对话形式的问答集《天主圣教启蒙》（教育年轻人天主教，1619）。据耶稣会士说，祷告词与训诫在这些文章中的重复频率很高，足够使“上帝的律法教义家喻户晓，妇孺皆知”。
尽管耶稣会士比以往更卖力地传教，他们的行为却受到当时政治氛围的限制。当腐败的明朝在17世纪20年代对传教政策收紧时，传教士不得不控制他们的传教活动。尤其是在集中天主教徒做弥撒或祷告大会时，他们必须十分小心。对于此时高度敏感的官府来说，特别是在有着无数秘密团体和文人党派的江南地区，这种外国人和他们追随者的集会可能看起来像是要密谋造反。耶稣会士公开讲过，文人服饰与宗教仪式结合起来无疑会使他们更加可疑。而且，他们采用了曾被文人党派和宗教团体用过的“会”这个词来定义他们的祷告群。1625年，晚明朝廷就对东林党（一个有着道德教化的政治意图的较大的文人党派）进行清除，因此，也很有可能毁坏掉这一支持耶稣会士扩张传教事业的机制。
为了根除东林党和其他造反的私人团体，传教士报告说，天启皇帝禁止公众集会，禁止未经批准而印刷“关于道德、政治或经济政策的书籍，或者一言以蔽之，一切在这个国家内新的或奇怪的东西”。
即使耶稣会士已感到明朝政府矛盾迭出，可能顾不上压制他们，他们仍然选择了谨慎从事。即使当他们企图将中国教徒的信仰习惯导向多样化，他们还是暂缓了创建大型新团体的迫切想法，想等到官府疑虑的阶段完全过去再作打算。例如，在江西省的建昌，当费奇规建立了一个团体，他只把它叫做“玫瑰丛”，避免用“会”做名字。他还试图平衡天主教徒希望分享圣餐的热望与如何使天主教徒信仰更虔诚的棘手问题。团体成员要求每天念玫瑰经，从图示的《诵念珠规程》（Method for Reciting the Rosary，1619）中得到启发。按照欧洲天主教徒的方式，他们要每个星期六斋戒，每个月忏悔两次。那些受人尊敬的教徒每个月被邀请去享用圣餐一次。然而，作为防范性的举措，费奇规教导团体成员三三两两地结伴分散去教堂，“这样便不会被人看出有许多人来”。
17世纪20年代末，尽管中国副省的耶稣会士声称转化了比以往任何时候都多的教徒，但传教士人数有限、在地理上分散的广泛性以及财务资源紧缺等因素，当时受洗人数还是相对较少。确切地说，耶稣会士只有靠劝说的力量和他们作为官方人物的公众形象的影响力来赢得新的天主教信徒。他们许多在殖民地传教区的同仁，可以通过武力手段皈依几十个新的天主教徒，但在华耶稣会士却不能那样做，他们最多只能一次皈依一个家庭的所有成员。他们不能像他们欧洲的上司和支持者所期待的那样大肆宣扬福音的胜利，尤其是关于他们的官员同盟者及其皈依者已经有太多的争议。时不时地，耶稣会士的文章中会无意识地流露出他们由于成绩不佳而感到尴尬的情绪。在1628年的年度通讯中描述新建立的陕西省西安据点时，费乐德毫无隐瞒地报告曾德昭（原名谢务禄）与汤若望：“虽然我们知道他们给一些人施洗，但似乎人数较少，他们都不敢具体地写出来给我。”
在遥远的罗马和近处的澳门，耶稣会官员们愈来愈关心中国副省皈依者很少的问题。传教士报告中的天主教徒的总人数使许多外界人士认为，中国教区的工作还远不是一份宗教事业，而只是一场浮华的游戏，那里的耶稣会士穿着丝绸袍子化装成官员的样子，背弃了甘于贫穷的誓言。因此，他们要对这个年轻的中国副省进行一次视察。被派来执行这个任务的视察员班安德（Andrié Palmeiro，1569—1635），是一名在葡萄牙和印度有着多年传教经验的资深耶稣会士。1628年12月，他跟随一队葡萄牙士兵从澳门到了中国北部，协助明朝军队抗击满族人。虽然，班安德原打算不管那些该死的谣言，而去解决真正的内部问题，他却很好奇，想查出为什么“花费了那么多钱，经过这么多年的工作”，中国天主教徒还是这么少。
在视察了南雄、南昌、建昌、北京的据点以及江南的传习所后，班安德得出了中国传教事业状况的结论。他给耶稣会总会长穆奥·维特其（Muzio Vitelleschi，1563—1645）写信说：“事实是只有少得可怜的天主教徒，从如此多的传教士在此地花了这么多年的时间看来，真的是非常少。”按照他的估计，经过将近五十年的传教工作，中国天主教徒的总人数也达不到六千。但是，班安德不愿意将此归罪于传教士不够勤奋，或他们“经不住考验”。他辩护说：“他们辛勤学习和工作，寻找许多皈依天主教徒的机会，尽管如此，天主教徒还是很少。”
班安德认为，耶稣会传教中国的事业不够成功的原因是不易察觉的中国人的排外心理，从而导致潜在的皈依者们“害怕并回避任何外国人”。根据他的观点，耶稣会士与他们的中国官员盟友之间的关系不同于耶稣会及其欧洲支持者之间的关系。换言之，是中国与天主教欧洲之间巨大的文化差异妨碍了耶稣会士真正融入中国社会的。然而，班安德的这一断言并没有获得赞同的声音。反对认这一观点的人认为，如果他们这么排外，耶稣会士绝不可能在17世纪20年代末那么出名。如果他们未能克服那股排外情绪，他们也绝不会在1629年允许在北京的耶稣会士与李之藻和徐光启一起参与到改革中国历法的朝廷项目中去。对班安德这一断言更好的解释，也许应该是由于官方的镇压，外加17世纪前30年间明朝政府职能频繁的崩溃，共同造成了一种对未来不确定的氛围，从而导致许多人对在华耶稣会士忧虑不已。中国副省的耶稣会士必须耐心地等到重新恢复确定性，明朝覆亡而满族入侵者彻底胜利后，中国教区才可以顺利地扩张。
在他的行程接近尾声的时候，也就是1629年的夏天，班安德视察员召集中国副省的顾问们到杭州，接受在1621年规则基础上更新了的规则。这些法规涉及耶稣会士的各个方面，旨在为中国教区的未来指引道路。班安德安慰他们对于教徒人数过少的担忧。他知道“在传布神圣的福音中采取谨慎的态度”是有必要的，但是，他坚持认为耶稣会士应该避免“过度担忧”。他还告诫耶稣会士，不要与那些诋毁者或其他宗教领域的竞争对手为敌。“尽管这样做对于传布我们神圣的真理是有好处的和必要的”，他写到，“但是不要企图以谩骂的言辞谴责佛法及文人的儒教”。班安德说，耶稣会士无论如何不要通过让中国人相信天主教大致跟他们的本土宗教和哲学相似的方式掩饰天主教福音的独特性。相反，“他们应该谦虚而谨慎地指出中国人的谬误之处，以便他们带着新的意识，更快地接受我们所传播的真理”。
这位视察员决定命令他的下属强化天主教和儒教之间的差异。这一决定旨在掀起在传教士中积压已久的争议。利玛窦1610年去世以后的几年中，日本副省的耶稣会士开始通读他们中国同仁出版的作品。在日本语言和文化领域最前沿的专家陆若汉（João Rodrigues，1561—1634年前）的煽动下，耶稣会东亚区的会长开始研究用来指代天主教概念的中国术语。1613年至1615年间，陆若汉走遍了中国，视察了中国教区的各个据点，并与中国文人天主教徒进行交流。在一些访谈和对一些教友所允许的中国天主教徒的信教实践进行观察之后，他得出一个结论：中国的耶稣会士，即使不是主观上的意愿，却也在客观上支持了偶像崇拜。
陆若汉反对利玛窦及其后继者在大明王朝推广天主教的方式，认为他们使用了不可靠的、教条式术语。这些导致很多问题术语，包括“天”、“上帝”、“天主”、“天神”和“灵魂”。1616年写信给总会长阿奎维瓦时，陆若汉阐明了他的观点，他在中国的兄弟们由于忽视了亚洲哲学的微妙之处而犯了错误。他说，用来指代上帝的术语（也就是“天主”）非常“糟糕”，不是指代万能的上帝而是“中国人的一个著名的神”。陆若汉进一步指出，指代“灵魂”和“天神”的词语也是“恶贯满盈”的，传教士印刷的所有书籍，考虑到这些因素，都应该被烧毁。
避免歧义的唯一确定的方法，就是采用拉丁语词汇音译成汉语。在日本就是采取的这种方法，因为日本有着纯洁性与正统性的要求，以致他们将拉丁语或者葡萄牙语词汇音译成日语，而不采用有着歧义的日本本土词汇。对于日本皈依者来说，“上帝”就是“Deus”，以此名字接受受洗者的朝拜。同样的，日语的“灵魂”一词就是“anima”，“基督徒”在日语里就是“Kirishitan”。
紧随日本驱逐天主教事件而发生的中国南京教案，给了传教士一个更深入讨论具有争议性的汉语词汇的机会。被驱赶到澳门的四名在华耶稣会士对此意见很不统一。利玛窦的同事熊三拔和庞迪我就站在他的对立面，高一志对这些词汇的极力维护与陆若汉的极力反对亦形成鲜明对照。在视察员维埃拉和在澳门学院的日本副省成员的支持下，在华传教士于1618年被要求写道歉信。那时，此问题尚无最后定论，需要考虑到东亚教区间刚刚发生的分裂，并向罗马申请最后裁决。但无论怎样，一旦这些争议传到杭州的传教士那里，他们应该会站在支持中国语文经典的一边。
当班安德1626年到澳门担任视察员时，他发现在华耶稣会士之间的争论非常激烈。他们对于用词的分歧并不是一个诸如国籍之类的简单标准，而是来自对中文著作的不同解读。最重要的分歧，在于对指涉天主教上帝的“天”、“上帝”和“天主”几个词的看法。争论的焦点是，“天”和“上帝”的含义在古汉语作品中是否指涉物质天以外的东西，引申来说就是，中国人是否知道存在一个创造万物的上帝。这个争论传到欧洲，耶稣会总会长穆奥·维特其在1625年8月写给在华耶稣会士的信中表示，禁止其使用“上帝”一词。唯一被允许重新评价这个问题的传教士，就是他的新任视察员班安德。
为了解决下属之间的分歧，班安德1627年在嘉定召开了一个大会。但是，这一努力也是徒劳无功的。虽然，几乎所有的耶稣会士都同意，中国文献中的“天”不能指涉天主教的上帝，“上帝”一词就更加有问题。根据几个大家公认在中文上“最博学”的传教士，如高一志、艾儒略、庞迪我、金尼阁和费乐德的意见，经过仔细分析，表明“上帝”是可以接受的。何大化致闵明我（Navarrete）的信，广东，1669年12月3日，BA44-XII-40:164。但是，龙华民在对文人皈依者如杨廷筠和李之藻（他们对于传教士采用的超级存在的性质感到迷惑）进行一系列的采访后，发现这个词语还是具有模糊性，这使其他一些传教士觉得无法接受。
在陆若汉和丘良厚（Pascoal Mendes，1584—1640）的支持下，龙华民甚至坚持认为，“天主”一词含有偶像崇拜的涵义，也应该被禁止。
班安德平息用词争议的努力似乎太迟，悲剧还是发生了。嘉定会议的召开使这一分歧变得几乎不可调和。陆若汉甚至斥责费乐德“最热烈”地拥护“上帝”，使得班安德不得不强加给这位来自日本的翻译官一段时间的斋戒。陆若汉决定独揽此事，在广州出版了一本新的教义启蒙读本，采用了不同的词语来指代天主教概念。
争议的另一边，高一志对班安德对此事的处理并不满意。视察员报告罗马的耶稣会总会长说，他想将不服从处理的高一志召回澳门，但是，这一想法由于传教人力资源本就有限而搁浅了。
这场内讧到此并未结束，后来还引起一条命案。班安德发现，精神上不太稳定的金尼阁由于未能维护采用“上帝”一词而得了抑郁症，并最终于1628年自杀了。
最终，视察员班安德命令停止一切争论，用“天主”来指代“God”。“天”和“上帝”都要从耶稣会士的中文天主教词汇中删除。
班安德还毁掉了所有龙华民的报告以及陆若汉的教义手册，对金尼阁不体面的死亡保持了沉默，修订了那些含有歧义词语的出版物，企图消弭任何残留的传教士间的争议。确实，耶稣会士不能收回所有在三十年内已经发出去的书。为了将经过批准的内容融进耶稣会士所写的中文文章中，班安德鼓励他们开始出版新书。为此，他扩大了副省的许可范围，规定在中国修订和出版书籍不需要外界天主教会监管。
这些措施使中国耶稣会士很满意，至少在班安德视察五年以后——也就是1634年，中国副省的阳玛诺是这样表示的。意见一致的新局面又一次让在华耶稣会士充满了乐观主义精神，阳玛诺宣布，争议似乎完全得到了解决，“再也不会被再次提起，或者在很久以后才可能被再次提起”。
1629年，班安德对中国耶稣会士在华传教工作的再度首肯，对中国教区来说是个好兆头。在随后的两年中，六名新的传教士进入晚明中国，使在华传教士的总数达到26人。这其中，21人是欧洲神父，五人是中国传教士助理。
新加入的欧洲人员是方德望（Etienne Faber，1597—1657）、谢贵禄（Tranquillo Grassetti，1588—1647）、聂伯多（Pietro Canevari，1596—1675）、金弥格（Michel Trigault，1602—1667）和郭纳爵（Inácio da Costa，1603—1666）。金尼阁和邓玉函相继于1628年及1630年前后去世，使中国教区损失惨重，而新来的传教士则带来了新的资金和给养，使中国副省能继续发展下去。截至1631年，中国教区已有11个据点，横跨15个省中的八省：北京、绛州（山西）、西安（陕西）、开封（河南）、上海（江南）、嘉定（江南）、南京、杭州（浙江）、南昌（江西）、建昌（江西）和福州（福建）。耶稣会的教徒人数也开始增加，有报告称，有很多人要求受洗。1630年，费奇规称在建昌有260人受洗，而在上海地区，黎宁石记载至少有14个人受洗。
第二年，中国教区宣称总共有1786名新教徒，以班安德前面估计的全教区六千人的数量为标准，几乎增加了三分之一。
17世纪30年代早期，即传教士入华传教半个世纪后，耶稣会在中国的传教事业终于成熟起来。回顾自1616至1617年的危机之后发生的变化，曾德昭说中国教区的事务开始以一种“非常不同于以往”的方式进行起来。根据他的观点，早年的混乱状况是圣职人员必经的磨难：“就像一棵成熟的树，被修剪后才可以长出更加茂盛的新枝。”
传教士们加倍努力大胆传教，吸收了更多的天主教徒。他们通过参与历法改革项目（1629—1635）为皇帝效命，巩固了在北京的地位，也使他们能为中国政府谋福利并做出了不可或缺的贡献的名声更加引人注目。
耶稣会士从晚明朝廷得到的安全感和自信心也传递给分布于各省的教友，激励着这里所有传教士克服失去几乎所有的官员保护人后所面临的困难。虽然，中国官员教徒一再努力想要保护耶稣会的传教活动，他们终究纷纷逝去了。1627年，杨廷筠和叶向高去世。三年后，李之藻也去世了。孙元化陷入推翻朝廷的起义纠葛中，1632年被砍头。1633年，徐光启暗中帮助耶稣会士在南京重建据点，不久后也去世了。所有这些人，在三十年间，都用他们在朝廷、省府和出版物的影响力保护和培养了中国教区。随后的几十年里，这些官员的家乡如杭州、上海和福州，仍然是耶稣会的传教中心。虽然，这些显赫人物的后代子孙成了当地教堂的核心力量，但是，此后耶稣会士却很少吸纳其他高级官员为天主教徒了。
在一些现代学者的眼中，其他传教士未能劝诫尚书们或其他有权势的人物信奉天主教，是因为他们的能力不及利玛窦。他们既无外交才能，也没有智慧赢得高层文人的信赖。有一种论点试图考察不同国籍耶稣会士之间的优劣，认为在1623年之后，继任中国副省的葡萄牙籍传教士被“征服者心理”所影响，这妨碍了他们与后来的中国官员进行有意义的对话。
这一尝试是建立在另一个基础上的，即耶稣会士一直致力于转化精英，然而，“随着文人皈依者地位的下降，耶稣会士的传教侧重点也就随之改变了”。
关于耶稣会士未能使大量官员皈依，跟晚明的文化背景也不无关系。对于那些支持这一观点的学者来说，万历（大致从1590年到1620年）末年，出现了较能包容非传统思想的开放氛围，例如“天学”或儒释道混合而成的“三学”。在那三十年间，理想幻灭的中国学者更愿意“奋不顾身地投入”一种外国宗教，以寻求挽救儒教某些基本价值观的路径。然而，到17世纪30年代，正如小约翰·威廉斯（John Wills）——卫思韩所言，他们的最佳时机已经过去了。
但是，如果我们从一个不同的角度来看这个现象，则可以发现1633年的耶稣会士显然不再需要这些官员的保护。他们赢得有权势朋友的战略目标已经实现了，因为他们在中国精英眼中已经合法化。在中国教区的前五十年中，他们已在大明王朝立足，不再需要谄媚个别官员了。耶稣会士专注与当局者搞好关系，是为了保护其他的、在社会上不那么重要的皈依者，使这些人免遭潜在的伤害或迫害。传教士一旦在朝廷站稳脚跟，他们就专注于吸纳更可能入教的相对低级别一些的省府官员了。考虑到转化精英阶层有许多障碍，这一调整还是有意义的。尽管北京的耶稣会士能赢得继任皇帝的欢心，逐渐得到官方的认可，并担任钦天监监正，他们不再依靠别人提供保护，然而，随着大明王朝渐渐衰败，陷入混乱，满族军队在边境崛起，耶稣会士已经从需要明朝精英保护的对象变成了能够独立存在的一个团体。