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从耶稣会士的角度来看，南京教案最大的影响是在他们等待中国官方怒气消退的过程中，几乎与初创的新教徒社团断绝了联系。耶稣会士记载，截至1623年，也就是他们离开杭州的那年，他们见证了中国的基督教徒维持初创教会的状况。传教士们赞扬皈依者们的“勇气和毅力”，描述了他们是如何坚持信仰并帮助暂时被扣押的神父的。
杭州和上海的天主教徒主要靠传教士组织他们的活动及其相关事务，而京城的天主教徒却没有这么幸运。在北京和南京，成立于1609年和1610年的一些小型社团就成为凝聚天主教徒的重要机构。耶稣会士重新回到北京时得知，当地的天主教徒“一直”保持着定期聚会，“在约定的日子聚会，讨论圣事以便能保持他们的信仰”。
在南京，教徒们被分成小组，每个小组都有自己的小礼拜堂。他们在主日集会，曾德昭（Alvaro Semedo，1585—1658）记载到：“祈祷之后，他们举行讨论并相互激励保持美德。”
耶稣会士们看到这些小组能够十分有效地保护刚刚成立的社团，就继续在吸收了新教徒的地方鼓励成立这样的小组。
然而，正如在分配圣餐中扮演了关键角色一样，近代早期天主教传教士发挥了重要的作用，他们在与新教徒保持联系方面也做了很多努力。在南京教案的风口浪尖，这些传教士充分利用了担任他们的助理、为教区传授教义和担任通讯员的中国人。由于这些人能“在任何时候出去而不被人注意，”阳玛诺（Manuel Dias the younger，1574—1659）说，他们能将圣餐带给病人或那些不能见到传教士的人。虽然如此，他还是注意到，当情况紧迫的时候，“例如当天主教徒生命垂危之际，他们想要忏悔或者接受另一些圣餐时”，神父就会在夜幕之中躲进密封的轿子里到天主教徒的家里去。
随着时间的推移，杭州的耶稣会士从他们的据点向其他地区扩张得越来越多。1618年初，罗如望带着另一名神父和两名中国助理，到江西省“探视和照管”那里的天主教徒，并在建昌安身。同样地，在利玛窦去世前的最后几年，曾经住在北京的费奇规在一个“离北京有两天行程”的小镇上度过了一些时日，并在沈
还在南京时去那里照料天主教徒，主持洗礼。其他耶稣会士也离开杭州去山西、湖广和广东等地。
南京教案爆发三年后，耶稣会士感到他们的这轮磨难即将结束。沈
因卫道正统而仕途通达，很快就升迁了，1620年他擢升为礼部尚书。此后，虽然直到去世（1624年），沈
都一直是耶稣会士的威胁，但是，由于他和其他晚明的官员大都忙于对付新出现在中国北部地区的麻烦，已经没有精力来处理这一小撮西方人惹出的“小”问题。确实，他们对1620至1621年间发生在山东的白莲教起义的镇压，很快重新点燃了南京方面对天主教的迫害之火。
对于明朝政府来说，一个更大的挑战是满族入关（始于1618年，1644年占领北京城）。在满族人攻占辽东半岛（离皇城只有几丈远的地方）后不久，恐慌情绪与相关谣言就传遍了整个中国。一名耶稣会士写信给他的欧洲朋友说，据一群1618年逃到澳门被吓坏了的中国商人说，“连塔塔的马都吃人，抵御这些战马的十万中国大兵瞬间就四散而逃”。
显然，耶稣会士对这些满族人的袭击别有一番看法。他们说，这显然是神圣正义的显现。澳门的王丰肃大胆地说，万能的上帝“想要给这个国家一顿鞭笞，因为它犯下了许多罪行，尤其恶劣的一项是将福音的传播者驱逐出境”。
凑巧的是，新的军事威胁与一系列自然灾害同时发生，加重了大明王朝内部流行一时的焦虑氛围。除了饥荒与地震，1618年11月，中国上空还出现了两颗彗星。感受到广东省府官员的紧张情绪，澳门学院的李玛诺说，这些征兆会给在华“传教事业带来好处”。他还就此详细地说明，“中国人很快会将灾难归因于国内的动乱，比如现在对天主教义的禁止”。
由于大明王朝局势混乱，政治经济状况也很糟糕，耶稣会士对他们的在华传教的事业似乎又充满了信心。
1619年7月22日，金尼阁安全返回澳门，给中国教区带来了信心。他带来了欧洲对中国教区组织、人事和物质上的支持。对于金尼阁来说，他幸运地赶在中国和日本天主教事业遭到迫害的最坏消息传到之前到达了欧洲，他带着对中国传教事业乐观前景的期望返回欧洲，完全不知沈
的攻击已发生。再次来到中国的他带着七位新传教士、教会补给的钱财、给中国天主教徒的一批圣物、给中国同盟官员和皇帝的昂贵礼物以及用来吸引文人的一批珍贵的欧洲藏书下了船。最重要的是，从葡萄牙、德国和意大利招募的传教士和他们一起组成了一个负责中国教区此后四十年工作的团队：伏若望（João Fróis，1591—1638）、费乐德、瞿洗满（Simão da Cunha，1587—1660）、傅汎际（Francisco Furtado，1589—1653）、汤若望、邓玉函（Johann Terrenz Schreck，1576—1630）和罗雅谷（ Giacomo Rho，1592—1638）。
金尼阁还带来了罗马耶稣会总部的命令，即在东亚教区之间施行行政划分。从1619年开始，中国教区就从凋败的日本教区获得了更大独立性，更名为中国副省。
由于中国传教士人数较少，缺少教会学院一样的中心基地，并只能依靠外来资助，因此，它并非一个完整意义上的副省。虽然，这一变化使得中国教区有了一个新的管理者——中国副省会长，但这两个亚洲教区并未被完全分开。日本和中国教区的传教资金也仍然不分彼此，由葡萄牙政府和欧洲商人建立的亚洲海关机构管理教会的捐款和海关税收，在1600年以前供“亚洲教区”使用，但之后情况就变得复杂起来。
图三 金尼阁像
中国副省的建立使中国教区内部更具凝聚力，这种状况一直延续到18世纪。由于取得了中国教区直接管理权，中国教区后续发展的道路被铺平了。这一新组织设有一位高级长官——副省会长，他将依靠许多参谋（一般是四到五个高级耶稣会士），遵照耶稣会的“章程”运作教区的事务、分发供应物资和工资、视察传教士据点以确保每位耶稣会士的生活，同时，开列对每位传教士进行评价的人事清单以作为他们人事晋升的参考文件。第一位被任命为副省会长的传教士是罗如望，然而，他在1623年前往新建教区的途中去世，这一职务便移交给了阳玛诺。这些人都受视察员，也就是范礼安的继任者领导。他们住在澳门，一般都是从东亚地区的资深传教士中挑选出来的。
中国从日本教区独立出来的消息，对于从日本教区被驱逐到澳门的、濒临绝望的成员们来说，是另一个巨大的打击。龙华民和其他在华耶稣会士提高了行政效率，日本的同仁们却感觉到了背叛。考虑到南京教案，也考虑到维护他们合作的需要，日本耶稣会士谴责中国传教区的独立，他们认为此举太过鲁莽而且潜藏危险，还认为这显然是那些鲁莽而没有经验的、被快速提职的耶稣会士干出来的事。根据“这一教会省所有长老”的意见，维埃拉（Francisco Vieira）写到，教区的分割将会“完全毁灭中国教区”。
由于耶稣会的日本教区被逐渐肢解，只留下一个给养丰厚的学院，学院里面的传教士很沮丧，中日这两拨耶稣会士之间的摩擦开始对中国教区的事业产生阻碍。
而中国耶稣会的高级官员和澳门的视察员则感觉到是时候放开手脚大干一场了，在40年集体传教经验的基础上，他们为中国教区作了新的规划。1621年，他们颁布了很多规定，明确了中国副省所有成员——从最高长官到助理的各项责任。可以说，该规定的内容涉及各个方面，从开展贸易以支持教区工作，到正确书写中国汉字，到神父应如何蓄发诸项细节。中国副省会长的责任也被开列其中，规定了他什么时候要听从视察员或日本教省领导关于人事和财务诸事务命令。另外，规定还开列了住院主管如何管理房子、分配食物以及关照全体房客的精神生活。他们敦促独居的传教士学习当地的风俗习惯以避免引发丑闻，并告诉他们要维持常规的工作。而助理的职责，则是与他们社区的天主教徒保持相敬如宾的和谐关系，并用问答法教新教徒。这些规定迫使耶稣会士研发了一种教授新传教士中国语言和思想的系统。
这套1621年颁发的中国副省规定，还包括统一耶稣会士传播天主教方法的一些建议。他们统一了教牧工作的一些标准，包括在农村教区传教的适当方法，葡萄牙礼拜日历的用法，教授皈依者受洗名正确发音的方法。该规定解决了一个较大的争议，统一了运用科学知识来传播天主教和为教区辩护的认识，这也是罗马、澳门和中国耶稣会士谈判的结果。
根据北京传教士熊三拔的描述，耶稣会士在关于他们是否应该花一些时间编书或进行世俗问题的讨论上产生过很大分歧。这一争辩爆发的导火索，是关于数学和道德（而不是天主教教义）在北京教区的适当地位的讨论。由于非常熟悉沈
是如何利用西方天文学思想攻击天主教义的非正统性的，一群澳门神父，如在日本副省的会长瓦伦丁·德·卡尔瓦略（Valentim de Carvalho，1559—1630）和视察员维埃拉等都认为，利玛窦的政策只是分散了中国人的注意力，对于传教事业的推动作用不大。北京的另一名耶稣会士——庞迪我则复议他们的观点，认为这类活动不适合宗教组织成员。利玛窦不在了，维护天学而不是天主教的任务就落在了龙华民和其他资深的在华传教士肩上。尽管有一些人抱怨，龙华民还是鼓励耶稣会士用数学、地图学和伦理学来吸引中国人接受天主教。
而且，他还得管理北京那些互相嫉妒、互相诘难、难以对付的下属。根据熊三拔的描述，阳玛诺的《天问略》（关于天国的讲义，1615）一书在附录中总结了伽利略的《星空使者》（1610）的部分内容，在一场关于哪些人应该住在北京教区的两间房子里的争辩后，阳玛诺讽刺了利用数学传教的策略。
在最后的裁定中，阿奎维瓦总长官选择了中立，他认为可以利用科学知识传教，但不应因此花费传教士全部的时间。
这套规定也表明了中国副省在华传教的集体态度是如何逐步形成的。1621年，中国耶稣会士对已经成为中国礼仪之争的关键问题——“耶稣会的态度”，尤其是他们对于作为世俗哲学的儒学的处理方法，以及他们对于祖先崇拜的态度做出了决定。由于深谙要使中国天主教徒懂得正统与“迷信”之间的界限需要几年、甚至几十年时间，耶稣会士们决定逐步提升对新教徒的精神要求。例如，新近入教的天主教徒官员“暂时”被允许参加儒家仪式，因为这些只不过是他们“表达对于圣贤的感激”。而当他们很虔诚以后，便被告知要远离祭拜祖先之类的仪式。耶稣会士也同意不告诉新转化的中国天主教徒欧洲天主教的全部精神义务诸如遵守设宴与斋戒等，“以便不使我们的圣典成为他们的负累”。
为了使传教士能继续在晚明社会合法工作，1621年的规定允许他们继续推广“天学”或“西学”，也就是西方的学问。最重要的一个许可，就是可以用中文出版书籍。在欧洲，耶稣会士的作品都要经历一个详尽的修订过程，还需要接受罗马教廷宗教裁判所和皇家审查员的检查。由于没有能够懂中文的人监督，经过内部审查后，传教士就能出版他们的作品了。
通过不断控制在中国印刷品上的天主教形象使他们翻译的天主教版本成为近代早期中国人易于理解的版本，耶稣会士做了很多工作。
最后一点，中国副省制定的法令还有规避未来迫害的机制。南京教案后仅五年时间，出台的这些律法保障了这个受过良好教育的传教团体能够抵制外部的攻击。虽然耶稣会在华传教士允许中国的助理问答教义、有权为新天主教徒施洗，但是，他们也命令传教士检查新教徒是否已经熟悉基本教义。考虑到极少数中国天主教徒的沮丧情绪会反复干扰传教事业，1621年的规定特别警告耶稣会士不要转化过多的天主教徒，免得中国教区无法承受。这一点是让人大为惊讶的。
通过平衡教区有限的人力和财力资源，主管们希望中国副省避免犯只增加受洗者而牺牲正常灌输教义的错误。