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随着利玛窦被葬在北京，中国官员天主教徒开始公开支持江南地区的传教士，耶稣会士那种随时会被驱逐的恐惧感减轻了。中国传教团的新任主管龙华民在1612年写给耶稣会总会长（以及所有其他读到或听到他话的人）的年度信件中，夸张地说，传教士将永远不会被从中国驱逐出境。
像在耶稣会学院讲授逻辑学的教员一样，龙华民给出了三个理由说明为什么他的这种预见“非常有可能”发生。首先，利玛窦死后，庞迪我和熊三拔被允许留在北京，继续利玛窦的事业。由于他们因数学和技术知识而受到赏识，龙华民总结说，“皇帝喜欢我们在中国”，并且“总有愿意帮助和保护我们的官员”。这位耶稣会在华传教团的主管给出的其他理由，则基于他对耶稣会在中国的社会地位相当自信。他认为他了解中国的政治，并强调了明朝的统治者不会驱逐了解朝本朝社会的外国人。根据陕西省的穆斯林商人入华九年后不被允许离开中国这一事件，龙华民说，耶稣会已经在中国驻留了三十年，一定不会被驱逐出境。最后，他断言，至少这么多年在华的经历已经使耶稣会士对中国人的“品味和幽默”有了良好的敏感度。龙华民说，这一论断的证据可以从传教士们有许多“真的了解、热爱和喜欢”他们的中国朋友看得出来。他信心十足地得出结论，即使发生了迫害事件，那也只会阻碍传播福音，最坏也不过是“把我们从一个地方派到另一个地方，或者把我们关进监狱，但他们不会把我们驱逐出中国”。
尽管龙华民如此自信，耶稣会士们仍然面临着自16世纪80年代以来就一直困扰他们在华传教的一个现实问题，即他们与澳门的葡萄牙人的关系往往受到影响。为了传教事业，他们必须确保不管是信件还是钱和人手都能够被在澳门的葡萄牙人源源不断地送进中国。然而，在韶州居住了十四年后，龙华民清楚地意识到，澳门的商人和广州官员之间的关系是紧张的。他知道，这些官员害怕葡萄牙人的走私活动以及他们与日本的联系。显然，对于明朝皇帝来说，对付欧洲人是一件复杂的事情，因此，他们对这个难以管束的贸易区实施尽可能多的控制。不破坏他们的居住地，但也不允许葡萄牙人更多地进入中国内陆，这是那些最熟悉华南情况的官员倾向的选择。澳门的殖民者拥有很多船只，并毫无顾忌地与让中国官员讨厌的商人经商往来，这一定程度上使中国官员感到了焦虑和怀疑。龙华民感受到了这种气氛，向他的上司报告说：“全中国都害怕葡萄牙人”。
尚不清楚龙华民是否知道1612年两广总督起草了一个计划要严格限制澳门周围沿海地区的活动，以及在北京引起的相关争议。也很难确认有多少中国官员对耶稣会士与葡萄牙人在17世纪头15年的关系有把握。
但是，1611年龙华民在北京时，徐光启告诉他有些官员曾三次控诉耶稣会士是“来自澳门的人”。当龙华民问他是否应该清楚地说明他们与澳门的关系时，徐光启建议他不要说，否则，传教士将会失去一切。然而，徐光启也宽慰他们说，即使知道他们依赖澳门，通常状况下，许多中国官员对此也都会睁一只眼闭一只眼。
最后，龙华民指示他的部下要谨慎对待，尽可能避免去澳门，在公开场合也不要表现出与那个殖民地有任何瓜葛。由于相信只要足够警惕，就可以避免明朝当局“对我们关闭大门”，阻止更多传教士进入中国的情况发生，1613年龙华民返回广东。
然而，由于害怕官方强烈的反对和普遍的敌意，当年他就从韶州撤到广东紧邻江西界的一个城市南雄避难。
由于耶稣会东亚传教组织的行政结构，当中国耶稣会士试图跟葡萄牙人保持距离时，他们发现这几乎是不可能。一方面，他们依靠日本传教团的财务支持（尽管这些经费也是不可靠的）。中国传教团是日本教团的行政附庸，这意味着，它的正式业务必须得到澳门和长崎主管的批准。在中国传教团的创建阶段，利玛窦和龙华民遇到过很多需要立即决断的情况，然而，他们在耶稣会体系中作为下属的地位使他们无法自主决断。在范礼安那里得到了很崇高的尊重，才使他们的事务彰显于中国之外的耶稣会官员，但是，这位调解员已经在1606年去世了。
1612年，在面临严峻的政治局势时，龙华民觉得中国传教团唯一的出路就是跟日本副省教团脱离关系。为了这个目标，他任命金尼阁为代理员，并于第二年派他去罗马执行任务，请求耶稣会总会长将东亚传教区一分为二。关于这位代理员和日本副省的问题，龙华民未能从日本方面得到任何回应，受挫的他选择了直接跟耶稣会最高层领导对话，以便能从日本的恶劣影响中走出来。如果真得实施龙华民的计划，耶稣会总会长必须了解中国传教区的真实情况（从内部去看），并创立一个新的副省。
这一举动，必然伴随着天主教总会要以如此的方式资助中国传教事业，这样它才能真正切断与澳门的联系。换句话说，这位代理员被派返欧洲的目的，就是要得到欧洲天主教会的资助并对耶稣会在华传教活动进行宣传。
通过派出金尼阁，龙华民也想表明，如果中国传教区隶属日本传教区而不能独立的话，他和他同事在华传教的事业是受阻的。他大胆地表示，尽管多年来受到长崎上司的忽视，中国传教团却已经发展了五个传教据点，并“能够在其他省份轻松地再开辟另外五个”。
通过强调他对耶稣会士在中国地位的信心，龙华民进一步强调了他分立中国传教副省的想法。与他在南雄所感到的安全感不同的是他对日本教省所面临危险的担忧，他大胆判断，“在日本并不确定”会有一个光明的未来。果然，两年之后，就发生了德川幕府时代对耶稣会传教士的血腥迫害。
正如龙华民对日本教区不稳定状况的预测，1614年德川秀忠（Shogun Tokugawa Hidetada）颁布禁令，把所有天主教神父从日本驱逐出境了。在华传教士与他们在中国以外的上司进行沟通本就困难，现在又多了一群来自日本的流亡耶稣会士。澳门学院成了流亡中日本传教区的总部。这样一来，龙华民和他的同事所关心的问题就被搁置一旁。截至1615年夏天，郭居静写到，由于日本和澳门的动乱，中国传教区的五个据点和十八名耶稣会士都“未得到管理，得到的供应也更加糟糕”。在写给耶稣会总会长的一封信中，他回应了龙华民的想法说，“如果我们的顶头上司做出决断的话，中国传教区会好得多”。
日本耶稣会士被驱逐的事件也刺激了在华传教士，他们重新确认了自己在中国留驻的条件。假定他们的日本同行是因其最致命的弱点——与日本诸侯们的关系很脆弱而惨遭驱逐的话，龙华民提议，中国传教士应直接向万历皇帝上书，强化与其的良好关系。由于害怕那些被他称为“撒旦大臣”的中国官员们也会像日本人那样将在华传教士驱逐出境，龙华民和他的同事讨论了如何得到更清晰的确认——他们可以留在大明王朝。龙华民计划向万历皇帝进呈一套奢侈的欧洲奇货，和一本天主教义概要类的书籍（包括一封陈述传教士如何不带任何煽动性企图的陈情书），然后，等待着某种形式的承认。
但是，虽然龙华民从南部的澳门找问题，而在北京找解决的方案，他却没有意识到在大明王朝的政治心脏地带正酝酿着传教士和中国官员之间的一场麻烦。因此，当南京礼部侍郎沈
（1565—1624）对耶稣会士发起攻击时，他们毫无戒备。为了解释发生于1616年到1623年间的所谓“南京教案”（有时也叫做南京大迫害），当时的中国文人和欧洲传教士耗费的笔墨并不比现代的西方和亚洲学者们少。只是近来，历史学家才对这些既是陈述者，又是事件主角们的观点有所理解。
对于耶稣会士来说，这些事件是灾难，当时他们的文章清晰地反映了他们对于中国传教区命运的担忧。相反地，在他们的中国反对者看来，传教士就该遭到嘲笑和鄙视。他们也给传教士们取了很多贬损性的名字。然而，如果透过表面，从耶稣会事业长期的发展状况来看，沈
的攻击对于传教区来说似乎并非致命的。这些攻击似乎并没有起到多大效果，最多不过是暂时阻碍了耶稣会在华传教事业的发展。
中国反对者最初对南京耶稣会士的谴责很多，指责他们非正统，没有继承孔夫子的世界观，或者说他们颠覆了中国的传统文化。依中国的法律来看，传教士们很容易变成被攻击的对象。的确，传教士以往轻率地将自己装扮成来中国学习中国哲学的外国文人。当努力用世俗的技能和知识吸引中国人以达成传播宗教目标的同时，他们也模糊了界限。正因如此，他们才干扰了中国官员的视线，能够在他们的管控下继续传教。他们时不时撰写的护教文字亦模糊了他们的异域血统。耶稣会士们如此努力地使他们的语句符合中国学者的口味，以至于改变了很多欧洲风格，这给许多文人读者甚至一些皈依了的中国官员这样的印象——天主教教义与孔夫子的思想只是稍有不同。
正如1616年耶稣会士在南京——当时跟北京一样也还是都城——发现的那样，尽管这一策略一度获得成功，但它不是万能的。传教士们感到，在没有同事重新任职北方朝廷的情况下，他们在南京也能像在一座省会城市一样独立生存。然而，如果关于耶稣会士佯装成中国人形象的本质被揭露出来的话，灾难就会在反对势力强的地方发生，这并不奇怪。
尽管晚明政治腐败，万历皇帝疏于政务，江南地区的党派之争十分猖獗，像沈
这样在南京任职的中国官员还是仍能有效地、强制推行他们的儒教正统论。这位礼部（负责维护正统行为，并管理外国人事务的部门）高级官员的行动，是中国文人在晚明政治局势各种反应中的一种。对像徐光启和杨廷筠这样的中国人接受天主教的焦虑，使得当时一些学者更强调正统儒教，或鼓励佛教复兴。
耶稣会士曾经被视为这些人的盟友：这些人似乎构成了文人党派的竞争对手，是天学的追随者，或者似乎在诱惑普通老百姓喜欢诸如白莲教运动的非正统儒教徒。尤其是当传教士变得更加对抗佛教和尚，或者当他们内心滋生出不安全感而对中国精英阶层表现出不恰当的傲慢时，他们引起了官方的注意。
1616年夏，沈
递交了他的第一本奏章，谴责两个南京的传教士。历史学家们对于他此举的动机颇有争议，但是，似乎他主要是想展示维护公共领域正统礼仪的一种正确方式，也很可能是因为沈
对于某些耶稣会士、天主教义以及他们的官员朋友怀恨在心。他指责传教士在北京和南京非法居留之举“有损帝王之尊”，这可以在已找到的三份文件中看到。
值得回顾一下的是，当此前20年利玛窦第一次到南京时，他的官员朋友曾警告过他说，外国人不能在南北任何一个都城居留。
沈
用正统儒教语言中的套话指责了耶稣会士对晚明中国的各种威胁。最重要的是他们占星的奇谈怪论有腐蚀中国传统的威胁。
此外，他们通过模仿中国文人的装束和举止，模糊了中国人和外国人之间的差异。他们不顾禁令，秘密召开团体会议，他们通过行贿赢得皈依者，他们迷惑老百姓，搞炼金术，他们担任澳门葡萄牙人的间谍，他们在南京皇宫附近和明朝开国皇帝坟墓附近居住，他们煽动叛乱，他们为了同样的目的在其他省份非法取得住所，他们还从皇帝那里盗用“天”和“大”来描述他们的上帝和他们的家乡。
沈
认为，重新树立儒家正统的最好方法，就是将耶稣会士从都城驱逐出去，谴责他们的恶劣影响，抚平他们对社会秩序造成的伤害。北京礼部一收到他的奏章，就命令市政当局抓来这批外国人和他们的头儿。截至9月24日，23名当地天主教徒就被监禁于南京，同时被捕的还有王丰肃和谢务禄（álvaro Semedo，1585—1658）以及两名中国助理。尽管有徐光启写的奏章，以及北京耶稣会士为王丰肃和谢务禄的辩护，1617年2月3日，皇帝下旨，给这些耶稣会士以及他们在北京的教友——熊三拔和庞迪我戴上脚镣手铐，关进囚车押送到广州，然后送往澳门，遣返回西方。至于他们在京城的居所，北京和南京的房子，都被拆毁了。销售拆房所得木材的钱被用来为孔庙装上圣像，以及给文莱的一位皇帝建造坟墓，沈
解释说，这样做便可以表示对朝廷的敬意和对中外之间正确关系的尊重。
其他各省的耶稣会传教士一听说他们在两个京城的这4位同事的命运，就跑到中国天主教徒的家里躲藏起来。驱逐令公布后，各省的天主教住院也被查封了。其实，沈
权力范围所限，或者他反教的意志和动机主要是针对北京和南京的耶稣会士，对两个京城之外的传教士攻击力度并不大。然而，由于害怕进一步的恶劣后果，留在内陆的耶稣会士不得不转为地下活动。鉴于龙华民早期所做的无罪辩护，他们并未被驱逐出大明王朝。然而，耶稣会在澳门的主管却看到另一个巴洛克悲剧在他们眼前开始上演，几乎可以与日本教区正在上演的悲剧比肩而立。 1617年，在评论耶稣会士在中国和日本特别曲折的命运时，视察员维埃拉（Francisco Vieira，1555—1619）写道：“我们在中国拥有的5所房子和5个教堂，以及在日本拥有的120多间教堂都是为主服务的，今天，却没有一间房子或一个教堂供我们集会和进行自由呼吸。”
尽管南京礼部侍郎沈
给了朝廷耶稣会士致命一击，中国官员天主教徒的影响力却已足够保护中国教团。当沈
谴责欧洲人时，杨廷筠、李之藻和徐光启却在忙着印刷为天学辩护以及宣扬天学的文献。在名为《鸮鸾不并鸣说》或“猫头鹰与凤凰不会一起唱歌”（1616）的小册子里，杨廷筠驳斥了天主教类似于白莲教或无为运动的异端邪说。
在他们家乡的江南地区，除了采取措施阻止颁布反对传教士的相关禁令外，这些中国教徒还主动提出要保护他们。为避免像大多数日本耶稣会士自己离开了日本那样的状况发生，视察员下达了“除了被抓捕和被捆缚，传教士不许无故离开中国”的命令。传教士们于1618年秘密地转移到了杨廷筠在杭州的宅邸。
在随后的5年中，虽然沈
仍然当权，在中国驻留的14位耶稣会士（8位欧洲传教士和6位中国助理）一直低调活动着，正如一位耶稣会士所说，以“避免给我们的迫害者朝我们吠叫的另一个理由”。