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在华传教的头几十年中，耶稣会士逐渐认识到与中国官员建立友谊的价值，但是，他们来中国是皈依教徒的，而不是来交朋友的。从战略的层面来看，他们知道，如果能将他们的精英盟友转化为天主教徒，他们的宗教福音和整个在华传教事业都会得到很大的好处。然而，他们并不能保证，这些中国官员朋友随后就一定能改变其信仰。利玛窦和他的同事非常清楚，有一些中国官员对“天学”或来自上天的很多学问感兴趣，感兴趣的程度甚至超过了他们自己。例如这四个人：徐光启（1604进士）、李之藻（1598进士）、杨廷筠（1557—1627，1592进士）、王徵（1571—1644，1622进士），都是通过了会试的官员。在他们中间，李之藻和徐光启都曾做过很高级别的朝廷大臣，徐光启晚年曾任尚书职。对于耶稣会士而言，最关键的其实是这些人都入了天主教，分别接受了保禄（Paulo，1603），凉庵（Leão，1610），弥格（Miguel，1611）和斐理伯（Felipe，1616）的。
他们刊刻为天主教教义辩护的书籍和西学文献，发展与耶稣会士的友谊，成为中国传教事业的主要保护人和推动者。
除了要赢得政治保护，利玛窦结交官员盟友还有另一个目的。他想让乐于四处游弋的中国文人将天主教装进行囊，将其带到中国的各个角落。而第一批精英皈依者就是他理想的宗教传播人选。像所有其他官员一样，这些人也只是京城某一时间段内的居民而已。作为政府官员，他们将来也要在京外的省份任职；作为孝顺的儿子，他们要遵照习俗在父母去世后返乡守制。由于他们拥有较高的社会地位，他们接受了天主教这种事情便显得更有影响力，因此，耶稣会士们不能轻易放弃陪同他们游历的机会。他们从在北京建立传教据点开始，便与明廷内部的节奏同步起来。幸运的是，17世纪第一个十年结束的时候，他们随官员盟友们赶赴各地任职，抓住了扩大传教地区的绝佳时机。
1608年，徐光启的父亲去世，耶稣会士的第一个机会到来了。根据中国礼制习俗，徐光启必须返回故乡上海为亲其父守制三年。得知利玛窦无法离开北京，他便要求利玛窦的某个下属来沪，并称或许可以支持他们创建一个新的住院。同年9月，郭居静应邀从南京来到上海，在那里停留了两个月，接受猎奇者的拜访。来访者有许多徐光启的文人朋友，以及一些平民百姓、佛教徒和道教徒。郭居静发现当地人“聪明又快乐”，而且，城里人比周边的乡下人“狡猾”。
尽管耶稣会上海传教团最终皈依的天主教徒数量达所有中国教徒的三分之一多，但是，郭居静首次进入上海，所收获的成果是有限的。他吸收了42个新的皈依者，用他的原话讲，“对于这么大一片土地而言，这算是很少的”。为了解释他少得可怜的收获，他承认说，在诸多障碍中，最大的障碍是“中国人对我们的怀疑和恐惧无处不在”。
1608年，耶稣会在上海安置一个传教团的计划落空了，但他们仍致力于开辟新据点，目标设定在南京以外的江南地区的某个地方。等了三年，直到杨廷筠和李之藻极力邀请，他们才进驻杭州这个离上海有四天行程的、相对繁荣的城市。李之藻和杨廷筠都是杭州人，他们也愿意为耶稣会士提供支持和保护。为了强化传教士在江南沿海地区的传教工作，利玛窦将金尼阁（Nicolas Trigault，1577—1628）——一位来自尼德兰南部的新传教士和一位中国助理派去会见郭居静。然而，他们不幸沾染疾病，被迫返回南京。1612年，郭居静和另外两个同伴来到杭州，为这个据点打下了坚实的基础。这样，传教士就完成了利玛窦在新的地区创立传教据点的战略核心目标。他们还创立了一个小的宗教社团，通过这个社团与有影响力的中国官员建立联系，传教士便获得了合法性和抛头露面的机会。
一经与晚明文人复杂的社会关系联系起来，耶稣会士就不可避免地受他盟友的公众身份所影响。由于传教士宣传了天主教教义这种中国当地知识分子并不熟悉的知识，江南文人（正如批评家一样）中出现了同情天学的人。受杨廷筠和李之藻声望的影响，成群的访客络绎不绝地拜访这些首批来到杭州的耶稣会士，听他们讲课。这些官员都是有名的天学拥戴者，相应地，郭居静和他的同事所教的东西越复杂，杨廷筠和李之藻就越喜欢。但是，这种形式也使传教士们有所失，因为和他们的东道主花太多的时间聊天，必然就没有太多的时间开展传播福音这一主要工作。因此，耶稣会士拒绝了李之藻最初提出的在他的府中划一套公寓供给他们使用的建议，反而在外面租了一套房子。“我们害怕”，林斐理（Feliciano da Silva，1579—1614）写道，“李之藻进士让我们翻译哲学书籍会影响传教工作，毕竟，那才是我们前来的首要目标和成果”。
在推广天学的过程中，这些中国官员或含沙射影地或公开地批评中国宗教传统的举动激化了耶稣会士和佛教、道教僧侣之间的矛盾。在晚明时期贵族和官员慷慨捐助天主教事业的江南，欧洲传教士与精英阶层中富有的成员之间新近建立起的友好关系激起了僧侣们的愤怒。
不仅如此，自从利玛窦得出第一个关于“和尚”和“道士”的不利结论，耶稣会士就在他们出版的关于本土宗教的作品中，毫不吝啬地恶言谩骂佛教和道教僧侣。由于这一撮有名的文人为这样带有“攻击性的”作品题写了序跋，传教士的作品便拥有了更多的读者。耶稣会士肯定很喜欢这样直面宗教事务争议的机会，尤其还有中国官员给他们做后盾。利玛窦的继任者龙华民坦言，杭州根据地的建立就是这一斗争的组成部分之一。当佛教僧侣四处散播天主教传教士会放弃他们的皈依者返回南京的言论时，他们觉得有必要留在这里了。
1610年5月，利玛窦去世，但是他的声誉却继续为传教区带来积极的影响。在利玛窦弥留期间，一群群访客前来探望，其中包括一些耶稣会传教士如他的助理庞迪我和熊三拔（Sabatino de Ursis，1575—1620）。这位在华传教事业的开创者的影响力又大大地提高了。在一些传教士和中国官员朋友的帮助下，他们向万历皇帝递交了请愿书，请求在北京附近赐给利玛窦一块墓地。
他们的请求不仅得到了批准，布告还高度赞扬了这位杰出的外国人。虽然，中国政府赐给客死中国的外国大使一块葬身之地和发布大同小异的悼词早已成为惯例，但是，耶稣会士则认为既然皇家赏誉，他们就能在王朝内部四处广播天主教了。耶稣会士们认为，皇家这一态度表明，他们在北京已牢牢地站稳了脚跟，因为他们现在能够模仿儒家文化的礼仪守护这位前辈的坟墓，为他们继续在此居留找到了充足的理由。因此，一名来自日本传教区的老传教士——陆若汉（João Rodrigues，1561—1633）曾荒谬地认为，利玛窦“死后比活着时做出的贡献更大”。
学界倾向于将利玛窦的去逝看作是在华传教团创立阶段的结束。然而，这样一种观点夸大了这位杰出的耶稣会士和中国传教事业之间的整体联系，分散了大家在利玛窦将领导权顺利移交给龙华民这一事件上的注意力，模糊了1610年以后传教士数量迅速增长这一事实。
仅在1613年，新来了四位传教士，使在华欧洲传教士的人数增加到十五人。作为利玛窦的兄弟们，这第二代传教士团体将继续进行利玛窦开创的工作，并从已获得的赞扬和保护中获益。
领导权的变化给中国传教团带来了新的能量和思想，也调整了利氏传教策略的重点。学术追求是利玛窦的强项与其传教策略的重点，而第二代团体传教策略的重点则稍微倾斜于传教士在中国副省进行劝诱改宗事业的努力。换句话说，利玛窦死后，天主教教友社团的扩张就成了耶稣会士最关心的问题。从在华传教团送回欧洲的官方报告，此期记录的皈依者人数首次超过了一千人。
中国有多少天主教徒？这个问题一直以来就使耶稣会士的在华传教事业饱受干扰，因为许多旁观者将皈依人数作为衡量他们传教事业成功与否的唯一标杆。中国的总人口从明末的大约2.6亿增长到清初的约3.1亿，如果用入教人数这个标准来衡量，中国传教事业完全失败了。
为了衡量中国传教团的真实动态，有必要采取手段测量中国不同地区耶稣会传教规模的相对大小。然而，几乎所有的相关信息都来自于传教士的笔端。如果看接受审查的那种报告，天主教徒的数量记载差异性很大，尤其是相对于欧洲的目标读者规模的比例而言。耶稣会内部的通信中的数量估算相对保守。在更加公开的文件中，例如，传教士写给欧洲耶稣会学院在用餐时间阅读的年度信件中，有更大的数字。更大的数字出现在印刷较好的报告中，因为这些报告的发行有三个目标，即启发读者，提高耶稣会的声誉和吸引虔诚平信徒的财务捐助。
把史料性质考虑在内的话，我们能定期估算出耶稣会教友社团的大小。他们只报告每年受洗的人数，而不是天主教徒的总数量。而且，耶稣会的资料很少记录叛教者的人数，而这些数字也是传教团规模大小的有机组成部分。钟鸣旦企图通过汇编出版史料和手稿中提供的总数来跟踪中国教徒数量的增长状况，不管怎样，他确证了这些年天主教徒的人数是成几何倍增长的：从1606年的1000名到1610年的2500名，再到1615年的5000名。
尽管跟在日本吸收的天主教徒人数，或者后来在中国报告中记载的人数和快速扩张的速度相比还是比较少的，澳门、印度总督府和天主教的欧洲仍然都在热切地等待来自大明王朝记录的数字会有进一步的增加。