利玛窦和其他的耶稣会士进入北京七年后,总结了他们在大明王朝的政治中心创建传教据点的收获,他们主要关心的是能否收获预期的回报。17世纪第一个十年结束的时候,利玛窦的预定目标似乎实现了,因为他皈依了几个握有权力的中国士人为教徒。他们不仅接受了天主教教义,还护送传教士到新的传教区去。
利玛窦的成就鼓舞了耶稣会士在中国传教的信心,但是,这并不意味着有了任何欢迎辞令或宽容的政令他们就的确深受欢迎,或者说就能够被中国社会真正接纳。事实上,传教士造访朝廷,增加了他们获得明朝最高层官员认可的风险。他们能否把中国盟友的友善情谊转变为他们渴望的皇帝的赦令还不得而知。可以肯定的是,耶稣会士跟一些平步青云的中国官员搭上了关系,然而,这些中国官员很多时候不得不随着政治风云变幻随波逐流。虽然,中国政治阻滞和机构腐化的社会环境为这些中国精英道德和精神上的复活提供了条件,有利于促进传教士的传教事业,然而,它们同时也强化了文人派系之间的斗争。作为洪大的权力斗争漩涡中的小人物,耶稣会士们在17世纪20年代遭受了一次重大打击,几乎被逐出中国。他们被驱逐出北京,被迫东躲西藏,在官员教友的保护下,才得以在1616—1623年间存活下来。
这一驱逐事件给了在华传教士一个巨大的打击,但是,也证明了他们的公关效果还不错,他们已经赢得了中国精英的有力支持。渐渐地,他们重新取回了传教据点并开创了新的根据地。从藏身处复出时,他们意识到在华传教事业的基础比他们预想的更坚固。自然地,他们便要求在耶稣会内部获得更大的机构独立性,也就是说,他们希望进一步从姐妹传教区——日本教区中分离出来。1619年,中国传教副省成立了,耶稣会士这一愿望得以实现。带着再次被激发的乐观精神,传教士们向新一代成员描述了一个积极的愿景。这种情绪的改变,随着北京传教士被任命参与改革王朝历法的工作得到了进一步的调整。这是往前迈出的坚实一步,因为将京城的耶稣会士正式纳入官僚体系,就等于默许他们的同事在中国副省采取更积极的传教策略。到17世纪30年代,不断加剧的外力入侵的威胁以及中国社会焦虑感为传教士在中国传播天主教的事业提供了肥沃的土壤。这些因素组合在一起,也意味着稣会士可以最终靠自己的力量站起来,走出中国官员朋友的庇护。