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到1600年5月，利玛窦已经为自己赢得了一个西儒，或者西方学者的身份。他已在南京居住了两年，依然渴望着拜见北京那位最大的官——中国皇帝。范礼安给他下达新命令要求他再次北上时，他已经做好了准备。实际上，当时已经有8名耶稣会士（包括两名中国助理）进入晚明中国境内，这位视察员此举并没有很大的危险。根据利玛窦的评估，他或多或少地感觉搜集并携带着最珍贵的欧洲礼品前往京城，赢得新的官员朋友的时机已经成熟。利玛窦在庞迪我（Diego de Pantoja，1571—1618）——这位1597年到达澳门的西班牙人，以及两名中国助理——钟巴相和黄明沙的陪同下出发了。这队人马中还有一位不可或缺的当地随从，一名受人尊重的宫廷官宦。凭借利玛窦良好的名声，他扫清了许多反对耶稣会士前往北京的其他官员和朝廷宦官设置的障碍。尽管有禁止非朝贡使团体系的其他外国人独自访问都城的命令，利玛窦还是继续北上了。由于要非法入京，利玛窦在天津被扣押了，万历皇帝为了感谢他进呈的时钟和一组油画，随即下了一道圣旨将他释放了。
这第一次的皇恩意味着万历皇帝默认了他的表现，经过后面一系列的心照不宣的默认，最后，传教士获准定居北京。
耶稣会士1601年1月到达京城，利玛窦保护传教团战略的核心目标实现了。在皇帝的钦许下，这名耶稣会士在北京安顿下来，耶稣会在中国的名声也随着利玛窦本人的声望逐渐提高起来。利玛窦被朝廷接受的重要性是毋庸置疑的，他迅速成为京城的一位名人，这对在华传教团的安全和未来的事业扩张，具有至关重要的意义。利玛窦和庞迪我一安顿下来，就有成群结队的官员和文人前来拜访，都对他们带给皇帝的异域奇货好奇不已。根据来自京城的第一批报告，传教士们通过展示“太阳比地球大，而月亮更小”的事实取悦了一位礼部（礼仪部，负责包括外事工作在内的机构）的官员。另一位官员被利玛窦的“论友谊”所打动，前来拜访他，并主动提出帮他们在招待外宾的客栈外找到一处居所。
利玛窦的同事庞迪我仅凭他的蓝眼睛就扩大了传教士的影响力：“中国人觉得它们特别神秘，一般都说我的眼睛能找到宝石之类的东西……甚至说我的眼睛里写有字。”
耶稣会士在京城声名鹊起，对于传教士在南部省市取得合法地位也至关重要。利玛窦被皇帝接受的消息一经口头或者书面途径在他的文人朋友圈中传开，在南京、南昌和韶州的传教士运气就开始好转起来。遭到当地官员的质疑时，他们就提起他们的同事利玛窦的大名。例如，龙华民1605年在韶州接受当地官员审讯时，就向这个省级官员提及他与利玛窦的交情，这位高级官员一听说利玛窦，知道他受到了朝廷的召见，就命令地方官员放过这位传教士了。
见就命令地方官员放过这位传教士了。尽管利玛窦的名声不能使耶稣会士们免受所有的攻击，像1607年南昌地方官员的判决就支持了一群将天主教贬为异端邪说的文人，但它绝对减少了一些。
除了为已经建立起来的传教会据点提供保护，利玛窦和庞迪我在京城安家也使得耶稣会的传教事业在地理上得以扩张。由于耶稣会士在北京的朋友网络不断扩大和官员们在庞大的中国官僚机构之间频繁迁调，关于传教士和他们福音的信息很快就传遍了王朝的各个角落。一群群参加会试、每隔三年就进京赶考的考生，也给利玛窦提供了很多帮助。这些文人渴望得到他写的关于“天学”的书。
他们中有些人选择信仰天主教，并恳请耶稣会士陪同他们一起赴任。
在17世纪初，要满足中国文人这样的恳请并不容易，因为在中国内陆的传教士人数不多。即使如此，利玛窦还是亲力亲为，在晚明权力中枢所在地找到了一个栖身之所，并尽其所能地把传教团和中国官僚体制捆绑在一起，编织一张广大的笔友、同盟和皈依者的社交网。但是，他们为这种与中国官制互动的模式也付出了一定的代价。天主教徒官员被重新任命到一个没有神父的地方，对传教士而言，就可能意味着失去了相当大的一群皈依者。正如罗如望在送别一位皈依了的军官举家从南京迁往河南时所说的，“我们又少了一个传教区。”
利玛窦在北京的成功是一把双刃剑，这一点历史学家还未充分认识到。学者们通过强调他到达京城的重要性，充分地认识到他最重要的贡献，却没有意识到他带来的出其不意的后果。尽管北京耶稣会居所规格很高，在确保其他传教站点安全方面也起到了关键的作用，但是，它在中国政治中心的地理位置使利玛窦和那些后来为朝廷工作的耶稣会士无法为他们集体努力所要达成的宗教目标——将中国人转化天主教徒——做出应有的贡献。由于大多数在北京的传教士需要花费大量的时间和中国文人交往——包括研讨源于利玛窦数学家和天文学家名声而产生的各种科学项目，他们花在传播福音上的时间就相对较少。这不是说耶稣会士认为他们的圣职和世俗的义务互相排斥，而是说，如果仅仅把眼光集中在朝廷传教士的话，很容易以偏概全地理解耶稣会的传教事业。一个长久以来充斥在华耶稣会历史的观点，即过分地强调利玛窦和他在北京的后继者的重要性，几乎完全忽略了苏如望、罗如望、龙华民和郭居静的工作，而他们忙于在其他耶稣会据点传播天主教。
欧洲人在明朝宫廷的冒险所产生的巨大效果，使北京耶稣会士声名远扬。然而，他们的声望毕竟是要根植于现实的。为了支持利玛窦的主张，他们认为耶稣会士应该在朝廷什么也不做，包括任何劝诱改宗的工作，因为他们在北京的头几年的主要任务是提高声望，而如果那么做了，就可能损害“我们信仰的好名声”，或者也许更重要的“传教士的声誉”。
他们的基本活动主要是接待客人和娱乐访客、撰写关于学术和宗教的论著。除了创作介绍天主教基本教义的小册子《天主实义》（天国之主的真实意思，1603），利玛窦还写了其他作品，包括从诸如埃皮克提图（Epictetus）之类的经典作家那里引用的参考资料《二十五言》（二十五句话，1605），以及一套记录他与中国文人辩论的散篇集——《畸人十篇》（关于非同寻常人的十篇散文，1608）。他的所有作品都得到了中国文人的帮助，这使他的文字叙述初步具备了优雅的文风。
正是由于他们的欧洲科学和技术知识，北京的耶稣会士才在晚明的文人圈中声名远扬。利玛窦曾师从罗马著名的耶稣会士、数学家克拉维乌斯（ChristophClavius，1538—1612），并经常与之讨论科学问题。虽然，从现代意义上说，利玛窦和他在朝廷的继任者都不是“科学家”，但是，他们在欧洲耶稣会学院所受的教育给了他们传授天文学、数学以及自然哲学的基础知识。毕竟，耶稣会学院的课程包括诸如亚里士多德、欧几里得和萨克罗博斯科之类的经典知识。随着这类科学知识对北京据点和整个中国传教团的作用越来越大，耶稣会士们开始花更多的时间学习科学知识。在他和徐光启（1562—1633，1604年的进士）以及李之藻（1565—1630，1598年的进士）一起研究一系列数学命题的时候，利玛窦第一次把传教事业与中国人眼中的科学联系起来。他们一起翻译了欧几里得的《几何要素》（《几何原本》，1607）。这些努力对于中国传教团是如此重要，以至于到1613年耶稣会士可以向他们欧洲的上司坦率地报告说，北京据点的独特性在于他们致力于“使耶稣会在这个国度的合法化”，因此，耶稣会的神父们较少致力于传教，而要专注于“数学和此类的事情，事实已经证明，这些才是实现传教目的的恰当工具”。
尽管北京的耶稣会士的确企图在京城组建一个天主教社团，北京的皈依者却比其他城市要少。利玛窦承认，尽管他很努力，这里“受洗人员的数量远远达不到预期”。
而另一位耶稣会士声称，虽然“北京本地人很难被转化”，但那些已经皈依的天主教徒却十分投入。
由于转化新教徒的工作不多，神父们便尽其所能地把本应属于教牧的时间用来为新教徒提供集中的精神指导。传教士如此努力的一个结果是天主教在华传教会的第一个教友社团及早地诞生了。我们清楚的是，这样一个团体是受到当时儒家或佛教组建社团潮流的影响，由一个名叫卢卡斯李（Lucas Li）的中国天主教徒自发组建的。而利玛窦通过为他提供了当时在欧洲流行的圣母联谊会的相关信息，为这个团体的成立提供了指导。该团体在1609年9月8日（圣母玛利亚的诞辰节）宣告成立，为当地天主教徒提供了活动的场地和强化虔诚信仰的精神支持。
这种新的敬虔形式得到了广泛认可，因此，第二年一个名叫“圣母会”的善会也在南京成立，以便这个南部都城的皈依者进行敬虔活动。
利玛窦入驻北京的消息强化了耶稣会对于入华传教团的期望，同时，传教士在中国获得成功的谣言也传遍天下。17世纪初，利玛窦等人的报告和亚洲沿海欧洲人口头的夸张说法都使罗马人相信，许多重要的中国官员都受洗成了天主教徒。这些谣言中，最荒谬的一个居然说中国的万历皇帝本人已接受了天主教——这明确预示着将有大批中国人皈依天主教，臣服于罗马。然而，根据利玛窦和其他传教士的信件，在澳门的耶稣会主管对中国传教团的现实状况还是比较了解的。耶稣会在华传教20年的努力成效一般。虽然，凭借他们的声誉耶稣会士已在两个都城建立了据点，并在两个省会城市也建立了据点；他们在统治阶层中已名声远扬，和高级官员建立了重要的友谊。然而，他们自己也承认，耶稣会士1605年公布的中国天主教徒少于千人。
与耶稣会在日本所取得的成就相比，中国传教团的低产令人担忧。日本传教区的天主教徒已经成千上万，包括来自武士阶层的大批信徒。毕竟，宗教团体也要考虑他们的经济收支状况。
在派遣了第一位视察员去视察中国南部传教据点的情况后，澳门的耶稣会副省教区进一步纠正了对耶稣会在中国传教成绩的过分吹嘘。深谙利玛窦不能离开北京亲自去检查其他同事的工作，范礼安将这项任务交给了另一位来自葡萄牙的高级耶稣会士李玛诺（Manuel Dias the elder，1559—1639），他曾担任过澳门学院院长。李玛诺被任命为韶州、南昌和南京据点的主管，负责视察中国新教徒的数量和品质。
1604年，李玛诺对这些据点进行首次巡视后，向罗马的耶稣会领导报告，中国实际上只有很少的“重要”皈依者。即使那些带着家属一起接受了洗礼的中国官员加起来，也数量有限。关于谣言的传播情况，李玛诺向他的上司保证，他只报告这里“实际发生的事情，而不是在华传教士将会做哪些事情”。尽管他的确发现，在寻访期间有新成立的天主教社团频繁举行圣事，李玛诺还是意识到，要使传教事业更深地扎根于此，中国传教团需要付出更多的努力。至于中国皇帝，他既不是“天主教徒，也没有意愿成为天主教徒”。无论如何，李玛诺这样评价谣言，“如果这是上帝的旨意，它就将会发生”。
了解到晚明王朝的传教士成绩如此不佳的严峻状况，耶稣会在澳门的领导本来计划取消在中国传教的工作，然而，因为忙于日本传教区的事务而未及实施。日本传教区在1600年已经有30个根据地，123名耶稣会士，90名神学院学生，还有很多宗教团体。
在日本传教区，不仅要关心严肃的世俗问题，还要应对血腥的镇压。1587年，丰臣秀吉颁布了首部反对天主教的法令后，又过了十年，日本的天主教徒和他们的传教士开始遭到迫害。
耶稣会的管理层投注在日本的关注远远超过了对中国的投入，这使得利玛窦、孟三德和李玛诺很难再获得平民百姓的捐款，或者吸引新的传教士到中国传教。在华耶稣会士恳求他们的欧洲同事到中国传教，而不要因为听说日本的奇风异俗就打消在中国工作的念头。李玛诺坚持认为，应该让这些未来的新传教士知道中国“几乎跟欧洲一样，因为他们吃同样的肉和粮食，坐在高高的椅子上，睡在帆布床上，诸如此类”。
然而，对于那些要申请成为传教士、热情洋溢的年轻耶稣会士来说，这种文绉绉的宣传显然不如日本传教士大无畏献身殉道的故事更具说服力，而那是17世纪早期的中国传教团所不具有的一种吸引力。
把赌注押在中国传教团的范礼安并没有为此而焦虑。1604年，也就是在他去世前两年，这位视察员做出了一系列对于存续中国传教团事业来说具有深远影响的决定。也许，最关键的就是把中国传教团的管理权从澳门学院院长那里移除了。这一决定，意味着中国传教会会长（利玛窦）将直接对耶稣会印度副省的领导负责，这一步旨在将中国从日本传教区的阴影中解放出来，并赋予中国教区更多的自治权。
当范礼安派出一群神父——意大利人王丰肃（ Alfonso Vagnone，1568—1640）和两个葡萄牙人黎宁石（Pedro Ribeiro，1570—1640）和费奇规（Gaspar Ferreira，1571—1649）到南京开始学习中文时，他再一次推动了中国传教事业的发展。
范礼安还派了一位代理人前往罗马，代表东亚传教团的利益进行交涉。这位神父要拜见耶稣会总会长和葡萄牙助理（会长的助理，处理与葡萄牙相关的事务，负责葡萄牙、巴西、印度、和后来的日本及中国副省），并请求将日本和中国传教会从印度副省的控制中分离出来。在罗马的时候，这位范礼安的代理员一边向耶稣会总会长和教皇描述着中国传教团传教事业的“巨大希望”，一边随这个前景提出请求以获取捐助。此外，他还要访问马德里，去恳求西班牙腓力三世（Philip III）和葡萄牙理事会给予更多的经费支持。
范礼安担任耶稣会亚洲教区的最高长官三十多年，直到1606年去世，他为中国传教团所做的规划和决定展示了其高瞻远瞩的领导才能。尽管他的死不能被看做中国传教史上绝对的分水岭，但是却预示了在1579年他命令罗明坚学习中文以后耶稣会的中国传教事业能走多远。到17世纪第一个十年后期，在利玛窦带领下的、以西方学者姿态展现在世人面前的一群耶稣会士在中国已是一个闻名的群体。他们分布在四个城市，随着越来越多猎奇者前来追捧，他们变得越来越闻名遐迩。尽管比他们希望和预见的人数要少很多，他们的宗教福音也开始吸引一些追随者。与其他的传教区相比，在中国赢得天主教徒需要时间、金钱和奢侈品上的大量投资。而且，即使付出许多努力和投资，结果也仍然不能确定。然而，耶稣会有兴趣将努力进行到底。这就是范礼安和他的罗马上司让利玛窦多年来致力于中国思想的学习并取悦中国文人的原因，他们愿意等待，看看他们的耐心是否最终会有回报。由于并不愿意被取缔在中国副省的传教工作，耶稣会在华传教团将少得可怜的皈依者的报告藏而不发。事实上，中国传教团的基础比外人观察到的要强大。除了吸引晚明社会的最上层官员，耶稣会士为自己和自己宗教正名的努力已深深地渗入中国土壤。很快，这些努力就会结出更为丰硕的果实。