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自称为淮右布衣、出身于平民而做天子的朱元璋，在得了势称帝建国之后，最惹他操心的问题：第一，怎样建立一个有力的政治中心？建在何处？第二，用什么方法来维持他的统治权？
明太祖在初渡江克太平时（至正十五年六月，1355），当涂学者陶安出迎：太祖问曰：“吾欲取金陵，何如？”安曰：“金陵古帝王都，取而有之，抚形胜以临四方，何向不克？”太祖曰：“善！”
至正十八年（1358），叶兑献书论取天下规模：今之规模，宜北绝李察罕（元将察罕帖木儿），南并张九四（吴张士诚），抚温、台，取闽、越，定都建康，拓地江、广，进则越两淮以北征，退则画长江而自守。夫金陵古称龙盘虎踞，帝王之都，借其兵力资财，以攻则克，以守则固。
部将中冯国用亦早主定都金陵之说：洪武初定淮甸，得冯国用，问以天下大计。国用对曰：“金陵龙盘虎踞，真帝王之都，愿先渡江取金陵，置都于此。然后命将出师，扫除群寇，倡仁义以收人心，天下不难定也。”上曰：“吾意正如此。”
参酌诸谋士的意见，经过了长期的考虑后，以至正二十六年（1366）六月拓应天城，作新宫于钟山之阳，至次年九月新宫成。
这是吴王时代的都城。同月灭吴张士诚，十月遣徐达等北伐。十二月取温、台，降方国珍，定山东诸郡县。
至正二十八年（1368）正月吴王称帝，改元洪武，汤和平福建，四月平广东、河南，七月广西平。八月徐达率师入大都，元帝北走。十二月山西平。洪武二年（1369）八月陕西平，南北一统。四年（1371）夏明升降，四川平。十五年（1382）平定云南。二十年（1387）元纳哈出降，辽东归附，天下大定。在这个长时期，个人的地位由王而帝，所统辖的疆域由东南一隅而扩为全国。元人虽已北走，仍保有不可侮的实力，时刻有南下恢复的企图。同时沿海倭寇的侵轶也成为国防上的重大问题。在这样的情形之下，帝都的重建和国防的设计是当时朝野最瞩目的两大问题。
基于天然环境的限制，东南方面沿海数千里时时处处有被倭寇侵犯的危险，东北方面长城外即是蒙古人的势力，如不在险要处屯驻重兵，则黄河以北便非我有。防边须用重兵，如以兵权付诸将，则恐尾大不掉，有形成藩镇跋扈的危险。如以重兵直隶中央，则国都必须扼驻边界，以收统辖指挥之效。东南是全国的经济中心，东北因国防关系，又必须成为全国的军事中心。国都如建设在东南，则北边空虚，不能防御蒙古人的南侵，如建设在北边，则国用仍须仰给东南，转运劳费，极不合算。
在政治制度方面，郡县制和封建制的选择，也成为当前的难题。秦、汉、唐、宋之亡，没有强藩屏卫是许多原因中之一。周代封建藩国，则又枝强干弱，中央威令不施。这两者中的折中办法，是西汉初期的郡国制。一面设官分治，集大权于中央，一面又封子弟，使为国家捍御。这样一来，设国都于东南财赋之区，封子弟于东北边防之地，在经济上、军事上、统治权的永久维持上都得到一个完满的解决。这就是明太祖所采用的折中政策。
明太祖定都南京的重要理由是受经济环境的限制。第一，因为江、浙富饶为全国冠，所谓“财赋出于东南，而金陵为其会”。第二，对是吴王时代所奠定的宫阙，不愿轻易弃去。且若另建都邑，则又须重加一层劳费。第三，从龙将相都是江淮子弟，不愿轻去乡土。洪武元年（1368）四月取汴梁后，他曾亲到汴梁去视察，觉得虽然地位适中，可是四面受敌，形势还不及南京。而在事实上，则西北未定，为转饷屯军计，不能不有一个军事上的后方重地，以便策应。于是仿成周两京之制以应天（金陵）为南京，开封为北京。二年（1369）八月陕西平。九月以临濠（安徽凤阳）为中都，事前曾和廷臣集议建都之地：
上召诸老臣问以建都之地，或言关中险固金城天府之国。或言洛阳天地之中，四方朝贡道里适均。汴梁亦宋之旧京。又或言北平元之宫室完备，就之可省民力。上曰：“所言皆善，惟时有不同耳。长安、洛阳、汴京实周、秦、汉、魏、唐、宋所建国。但平定之初，民未苏息，朕若建都于彼，供给力役悉资江南，重劳其民。若就北平，要之宫室，不能无更作，亦未易也。今建业长江天堑，龙盘虎踞，江南形胜之地，真足以立国。临濠则前江后淮，以险可恃，以水可漕，朕欲以为中都。何如？”群臣称善。至是始命有司建置城池宫阙，如京师之制焉。
在营建中都时，刘基曾持反对的论调，以为“凤阳虽帝乡非建都地”。八年（1375）四月罢营中都。
洪武十一年（1378）以南京为京师。太祖对于建都问题已经踌躇了十年，到这时才决定。可是为着控制北边，仍时时有迁都的雄心。选定的地点仍是长安、洛阳和北平。当时献议都长安的有胡子祺：
洪武三年（1370）以文学选为御史，上书请都关中。帝称善，遣太子巡视陕西。后以太子薨，不果。
他的理由是：天下形胜地可都者四。河东地势高，控制西北，尧尝都之，然其地苦寒。汴梁襟带河、淮，宋尝都之，然其地平旷，无险可凭。洛阳周公卜之，周、汉迁之，然嵩、邙非有郩函、终南之阻，涧、瀍、伊、洛非有泾、渭、灞、浐之雄。夫据百二河山之胜，可以耸诸侯之望，举天下莫关中若也。
皇太子巡视陕西在洪武二十四年（1391）。则太祖在十一年（1378）定都南京以后仍有都长安之意。皇太子巡视的结果，主张定都洛阳：太祖以江南地薄，颇有迁都之意。八月命皇太子往视关、洛。皇太子志欲定都洛阳，归而献地图。明年四月以疾薨。
郑晓记此事始末，指出迁都的用意在控制西北：国朝定鼎金陵，本兴王之地。然江南形势终不能控制西北，故高皇时已有都汴、都关中之意，以东宫薨而中止。
《明史》记：太子还，献陕西地图，遂病。病中上言经略建都事。
是则假使太子不早死，也许在洪武时已迁都到洛阳或长安了。又议建都北平：逮平陕西，欲置都关中。后以西北重地非自将不可，议建都于燕，以鲍频力谏而止。
何孟春记鲍频谏都北平事说：太祖平一天下，有北都意。尝御谨身殿亲策问廷臣曰：“北平建都可以控制边塞，比南京何如？”修撰鲍频对曰：“元主起自沙漠，立国在燕今百年，地气天运已尽，不可因也。南京兴王之地，宫殿已完，不必改图。传曰：‘在德不在险也。’”
明太祖晚年之想迁都，次要的原因是南京新宫风水不好。顾炎武记：南京新宫吴元年作。初大内填燕尾湖为之，地势中下南高而北卑。高皇帝后悔之。二十五年（1392）祭光禄寺灶神文曰：“朕经营天下数十年，事事按古有绪。维宫城前昂后洼，形势不称，本欲迁都。今朕年老，精力已倦。又天下新定，不欲劳民。且兴废有数，只得听天。惟愿鉴朕此心，福其子孙。”
由此看来，从洪武初年到二十四年这一时期中，明太祖虽然以南京作国都，可是为了控制北边的关系，仍时时有迁都的企图。迁都到北边，最大的困难是漕运艰难，北边硗瘠，如一迁都，则人口必骤然增加，本地的粮食不能自给，必须仰给东南，烦费不赀。次之重新创建城地宫阙，财力和人力耗费过多。懿文太子死后，这老皇帝失去勇气，就从此不再谈迁都了。
洪武二年（1369）四月编《祖训录》，定封建诸王之制。在沿边要塞，均置王国：明兴，高皇帝以宋为惩，内域削弱，边圉勿威，使胡人得逞中原而居闰位。于是大封诸子，连亘边陲。北平天险，为元故都，以王燕。东历渔阳、卢龙，出喜峰，包大宁，控塞葆山戎，以王宁。东渡榆关，跨辽东，西并海，被朝鲜，联开原，交市东北诸夷，以王辽。西按古北口，濒于雍河，中更上谷、云中，巩居庸，蔽雁门，以王谷若代。雁门之南，太原其都会也，表里河山，以王晋。逾河而西，历延、庆、韦、灵，又逾河北，保宁夏，倚贺兰，以王庆。兼殽、陇之险，周、秦都圻之地，牧垧之野，直走金城，以王秦。西渡河领张掖、酒泉诸郡，西扃嘉峪，护西城诸国，以王肃。此九王者皆塞王也，莫不敷险
，控要害，佐以元戎宿将，权崇制命，势匹抚军，肃清沙漠，垒帐相望。
在内地则有：周、齐、楚、潭、鲁、蜀诸王，护卫精兵万六千余人，牧马数千匹，亦皆部兵耀武，并列内郡。
洪武五年（1372）置亲王护卫指挥使司，每府设三护卫。护卫甲士少者三千人，多者至万九千人。王国中央所派守镇兵亦得归王调遣：凡王国有守镇兵，有护卫兵。其守镇兵有常选指挥掌之。其护卫兵从王调遣。如本国是险要之地，遇有警急，其守镇兵、护卫兵并从王调遣。
守镇兵之调发，除御宝文书外并须得王令旨方得发兵：凡朝廷调兵须有御宝文书与王，并有御宝文书与守镇官。守镇官既得御宝文书，又得王令旨，方许发兵。无王令旨，不得发兵。
扼边诸王尤险要者，兵力尤厚。如宁王所部至“带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫骑兵皆骁勇善战”。
洪武十年（1377）又以羽林等卫军益秦、晋、燕三府护卫。时蒙古人犹图恢复，屡屡南犯。于是徐达、冯胜、傅友德诸大将数奉命往北平、山西、陕西诸地屯田练兵，为备边之计。又诏诸王近塞者每岁秋勒兵巡边，远涉不毛，校猎而还，谓之肃清沙漠。诸王封并塞居者皆预军务，而晋、燕二王尤被重寄，数命将兵出塞以筑城屯田，大将如宋国公冯胜、颍国公傅友德皆受节制。洪武二十六年（1393）三月诏二王军务大者始以闻，由此军中事皆得专决。一方面又预防后人懦弱，政权有落于权臣和异姓人之手的危险，特授诸王以干涉中央政事之权。
诸王有权移文中央索取奸臣：若大臣行奸，不令王见天子，私下傅致其罪而遇不幸者，到此之时，天子必是昏君。其长史司并护卫移文五军都督府索取奸臣，都督府捕奸臣奏斩之，族灭其家。甚至得举兵入清君侧：如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命。天子密诏诸王统领镇兵讨平之。又怕后人变更他的法度，把一切天子亲王大臣所应做和不应做的事都定为祖训，叫后人永远遵守。洪武二十八年（1395）九月正式颁布《皇明祖训条章》于中外，并下令后世有言更祖制者以奸臣论。由此诸王各拥重兵，凭据险厄，并得干涉国事，在军事上和政治上都握大权，渐渐地酿成了外重内轻之势。
分封过制之害，在洪武九年（1376）叶伯巨即已上书言之。他说：先王之制，大都不过三国之一，上下等差，各有定分，所以强干弱枝，遏乱源而崇治本耳。今裂土分封，使诸王各有分地，盖惩宋、元孤立，宗室不竞之弊。而秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀诸国，无不连邑数十，城郭宫室亚于天子之都，优之以甲兵卫士之盛。臣恐数世之后，尾大不掉，然后削其地而夺之权，则必生觖望，甚者缘间而起，防之无及矣……愿及诸王未之国之先，节其都邑之制，减其卫兵，限其疆理，亦以待诸王之子孙。此制一定，然后诸王有贤且才者入为辅相；其余世为藩屏，与国同休。割一时之恩，制万世之利，消天变而安社稷，莫先于此。
书上以离间骨肉坐死。其实这时诸王只建藩号，尚未就国，有远见的人已经感觉到不安的预兆了。到洪武末年诸王数奉命出塞，强兵悍卒，尽属麾下，这时太祖衰病，皇太孙幼弱，也渐渐地感觉到强藩的迫胁了。有一次他们祖孙曾有如下的谈话：先是太祖封诸王，辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庆、肃九国皆边虏，岁令训将练兵，有事皆得提兵专制便防御。因语太孙曰：“朕以御虏付诸王，可令边尘不动，贻汝以安。”太孙曰：“虏不靖，诸王御之；诸王不靖，孰御之？”太祖默然良久，曰：“汝意何如？”太孙曰：“以德怀之，以礼制之，不可则削其地，又不可则废置其人，又其甚则举兵伐之。”太祖曰：“是也，无以易此矣。”
太孙又和黄子澄密谋定削藩之计：惠帝为皇太孙时，尝坐东角门，谓子澄曰：“诸王尊属拥重兵，多不法，奈何？”对曰：“诸王护卫兵才足自守，倘有变，临以六师，其谁能支？汉七国非不强，卒底亡灭。大小强弱势不同，而顺逆之理异也。”太孙是其言。
即位后高巍、韩郁先后上书请用主父偃推恩之策：“在北诸王，子弟分封于南；在南，子弟分封于北。如此则藩王之权，不削而自削。”当局者都主削藩，不用其计而靖难师起。
明太祖在位三十一年（1368—1398），皇太子标早卒，太孙允炆继位，是为惠帝（1399—1402在位）。明太祖诸子第二子秦王樉、第三子晋王棡均先卒，四子燕王棣、五子周王橚及齐、湘、代、岷诸王均以尊属拥重兵，多不法，朝廷孤危。诸王中燕王最雄杰，兵最强，尤为朝廷所嫉。惠帝用黄子澄、齐泰计谋削藩：泰欲先图燕。子澄曰：“不然。周、齐、湘、代、岷诸王，在先帝时尚多不法，削之有名。今欲问罪，宜先周。周王，燕之母弟，削周是削燕手足也。”
定计以后，第一步先收回王国所在地之统治权，下诏“王国吏民听朝廷节制，惟护卫官军听王”。建文元年（1399）二月又“诏诸王毋得节制文武吏士”。收回兵权及在王国之中央官吏节制权。洪武三十一年（1398）八月废周王橚为庶人。建文元年四月湘王柏惧罪自焚死，齐王榑、代王桂有罪，废为庶人。六月废岷王楩为庶人。
燕王智勇有大略，妃徐氏为开国元勋徐达女，就国后，徐达数奉命备边北平，因从学兵法。徐达死后，诸大将因胡惟庸、蓝玉两次党案诛杀殆尽，燕王遂与秦晋二王并当北边御敌之任。洪武二十三年（1390）正月与晋王率师往讨元丞相咬住太尉乃儿不花，征虏前将军颍国公傅友德等皆听节制。三月师次迤都，咬住等降。获其全部而还，太祖大喜。是后屡率诸将出征，并令王节制沿边士马，威名大震。二十四年（1391）四月督傅友德诸将出塞，败敌而还。二十六年（1393）三月冯胜、傅友德备边山西、北平，其属卫将校悉听晋王、燕王节制。二十八年（1395）正月率总兵官周兴出辽东塞，自开原追敌至甫答迷城，不及而还。二十九年（1396）率师巡大宁，败敌于彻彻儿山，又追败之于兀良哈秃城而还。三十一年（1398）率师备御开平。太祖崩后，自以为三兄都已先死，伦序当立，不肯为惠帝下。周、湘诸藩相继得罪，遂决意反，阴选将校，勾军卒，收才勇异能之士，日夜铸军器。建文元年七月杀朝廷所置地方大吏，指齐泰、黄子澄为奸臣，援引祖训，入清君侧，称其师曰“靖难”。
兵起时惠帝正在和方孝孺、陈迪一些文士讨论周官法度，更定官制，讲求礼文。当国的齐泰、黄子澄也都是书生，不知兵事，以旧将耿炳文为大将往讨。八月耿炳文兵败于滹沱河，即刻召还，代以素不知兵的勋戚李景隆。时燕王已北袭大宁，尽得朵颜三卫骑而南。景隆乘虚攻北平，不能克，燕王回兵大破之。二年（1400）四月燕王又败景隆兵于白沟河、德州。进围济南，三月不克，为守将盛庸所掩击，大败解围去。九月盛庸代李景隆为大将军。十二月大败燕兵于东昌，燕大将张玉战死，精锐丧失几尽。三年（1401）燕兵数南下，胜负相当。所攻下的城邑，兵回又为朝廷据守，所据有的地方不过北平、保定、永平三府。恰好因惠帝待宫中宦官极严厉，宦官被黜责的逃奔燕军，告以京师虚实。十二月复出师南下，朝廷遣大将徐辉祖（徐达之子，燕王妃兄）出援山东，与都督平安大败燕兵于齐眉山。燕军谋遁还。惠帝又轻信谣言，以为燕兵已退，一面也不信任徐辉祖，召之还朝。前方势孤，相继败绩。燕兵遂渡淮趋扬州，江防都督陈瑄以舟师迎降，径渡江进围南京，谷王橞及李景隆开金川门迎降，宫中火起，惠帝不知所终。燕王入京师即帝位，是为成祖（1403—1424在位）。
成祖入南京后做的第一件事是对主削藩议者的报复，下令大索齐泰、黄子澄、方孝孺等五十余人，榜其姓名曰奸臣，大行屠杀，施族诛之法，族人无少长皆斩，妻女发教坊司，姻党悉戍边。方孝孺之死，宗族亲友前后坐诛者至八百七十三人。万历十三年（1585）释坐孝孺谪戍者后裔凡千三百余人。即位后的第一件事是尽复建文中所更改的一切成法和官制，表明他起兵的目的是在拥护祖训和问惠帝擅改祖宗成法之罪。由此《祖训》成为明朝一代治国的经典，太祖时所定的法令到后来虽然时移事变，也不许有所更改。太祖时所曾施行的制度，也成为有明一代的金科玉律，无论无理到什么地步，也因为是祖制而不敢轻议。内中如锦衣卫和廷杖制，最为有明一代的弊政。为成祖所创的有宦官出使专征监军分镇的制度，和皇帝的侦察机关东、西厂。
锦衣卫和东、西厂，明人合称其为厂卫。锦衣卫是内廷的侦查机关，东、西厂则由宦官提督，最为皇帝所亲信，即锦衣卫也在其侦查之下。
锦衣卫初设于明太祖时，是皇帝的私人卫队。其下有南、北镇抚司，专治刑狱，可以直接取诏行事，不必经过外廷法司的手续。锦衣卫的主要职务是“察不轨妖言人命强盗重事”，专替皇帝侦察不忠于帝室的叛逆者，其权力在外廷法司之上。洪武二十年（1387）明太祖曾一度取消锦衣卫的典诏狱权。到了成祖由庶子篡逆得位，自知人心不附，兼之内外大臣都是惠帝的旧臣，深恐惠帝未死，诸臣或有复国的企图，于是重复锦衣卫的职权，使之活动，以为钳制臣民之计。另一方面又建立了一个最高侦查机关叫东厂。因为在起兵时很得惠帝左右宦官的力量，深信宦官的忠心，赋以“缉访谋逆妖言大奸恶等”的职权。以后虽时革时复，名义也有时更换（如西厂、外厂、内行厂之类），但其职权及地位则愈来愈高，有任意逮捕官吏、平民和任意刑讯处死的权力。
靖难兵起时宦官狗儿、郑和等以军功得幸，即位后遂加委任。有派做使臣的，如永乐元年（1403）遣内官监李兴出使暹罗，马彬出使爪哇诸国。三年（1405）遣太监郑和出使西洋。有派做大将的，如永乐三年之使中官山寿率兵出云州觇敌。又因各地镇守大将多为惠帝旧臣，特派宦官出镇和监军，使之伺察，永乐元年命内臣出镇及监京营军。出镇的例如马靖镇甘肃，马骐镇交趾；监军的如王安之监都督谭青军。由是司法权和兵权都慢慢地落在宦官手中。宣德以后，成主多不亲政事，内阁的政权也渐渐地转到内廷司礼监手中去了。在外则各地镇守太监成为地方最高长官，积重难返，形成一种畸形的阉人政治。英宗时的王振、曹吉祥，宪宗时的汪直、梁芳，武宗时的刘瑾，神宗时的陈增、高淮，熹宗时的魏忠贤，思宗时的曹化淳、高起潜，莫不窃弄政柄，祸国殃民，举凡军事、外交、内政、财政、司法一切国家大政，都由宦官主持，甚至阁臣之用黜都以宦官的好恶为定。他们只图私人生活的享乐，极力搜括掊敛，榨取民众的血汗，诱导皇帝穷奢极欲，大兴土木祷祠，对外则好大喜功，生衅外族，驯至民穷财尽，叛乱四起。外廷的士大夫与之相抗的都被诛杀、放逐，由此朝廷分为两党，一派附和宦官，希图富贵，甘为鹰犬；一派则极力攻击，欲将政权夺回内阁，建设清明的政府。阉人和士人两派势力互为消长，此扑彼兴，一直闹到亡国。
廷杖也是祖制的一种，太祖时曾杖死工部尚书薛祥，鞭死永嘉侯朱亮祖父子。以后一直沿用，正德十四年（1519）以南巡廷杖舒芬等百四十六人，死者十一人。嘉靖三年（1524）群臣争大礼，廷杖丰熙等百三十四人，死者十六人。内外大臣一拂宦官或皇帝之意，即施廷杖，由锦衣卫执行，打而不死者或遣戍边地，或降官，或仍旧衣冠办事。宣宗时又创立枷之刑，国子祭酒李时勉至荷枷国子监前。直到熹宗时魏忠贤杖死万燝，大学士叶向高以为言，忠贤乃罢廷杖，把所要杀的人都下镇抚司狱，用酷刑害死，算是代替了这一祖制。
锦衣卫、东西厂和廷杖制原都是为镇压反对势力，故意造成恐怖空气，使臣民慑于淫威不敢反侧的临时设施。一经施用，大小臣民都惴惴苟延，不知命在何日。太祖时朝官得生还田里，便为大幸。皇帝的威权由之达于顶点。这三位一体的恐怖制度使专制政体的虐焰高得无可再高，列朝的君主也有明知这制度的残酷不合理，但是第一为着维系个人的威权，第二因为这是祖制，所以因仍不废。英宗以来的君主多高拱深宫，宦官用事，利用这制度来树威擅权，排斥异己，虽然经过若干次士大夫的抗议，终归无效。一直到亡国才自然消灭，竟和明运相终始。
成祖以边藩篡逆得位，深恐其他藩王也学他的办法再来一次靖难，即位之后，也采用惠帝的削藩政策，以此收诸藩兵权，非惟不使干预政事，且设立种种苛禁以约束之。建文四年（1402）徙谷王于长沙，永乐元年（1403）徙宁王于南昌，以大宁地界从靖难有功之朵颜、福余、泰宁三卫，以偿前劳。削代王、岷王护卫。四年（1406）削齐王护卫，废为庶人。十年（1412）削辽王护卫（辽王已于建文元年徙荆州）。十五年（1417）谷王以谋反废。十八年（1420）周王献三护卫。尽削诸王之权，于护卫损之又损，必使其力不足与一镇抗。到宣宗时汉王高煦，武宗时安化王寘鐇、宁王宸濠果然援例造反，遂更设为厉禁，诸王行动不得自由，即出城省墓亦须奏请。二王不得相见。受封后即不得入朝。甚至在国家危急时，出兵勤王亦所不许。只能衣租食税，凭着王的位号在地方上作威作福，肆害官民。王以下的宗人生则请名，长则请婚于朝，禄之终身，丧葬予费。
仰食于官，不使之出仕，又不许其别营生计，“不农不仕，吸民膏髓”。生齿日蕃，国力不给，世宗时御史林润言：天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石。以山西言，存留一百五十二万石，而宗禄三百一十二万。以河南言，存留八十四万三千石，而宗禄一百九十二万。
不得已大加减削，宗藩日困。枣阳王祐“请除宗人禄，使以四民业自为生，贤者用射策应科第”，不许。万历二十二年（1594）郑靖王世子载堉请许宗室皆得儒服就试，无论中外职，中式者视才品器使，从此宗室方得出仕。国家竭天下之力来养活十几万游荡无业的贵族游民，不但国力为之疲敝不支，实际上宗室又因不能就业而陷于贫困，势不能不作奸犯法，扰害平民。这也是当时创立“祖制”的人所意想不到的。
成祖削藩的结果，宁、谷二王内徙，释诸王兵权，北边空虚。按照当时的情势，“四裔北边为急，倏来倏去，边备须严。若畿甸去远而委守将，则非居重取轻之道”。于是有迁都北京之计，以北京为行在，屯驻重兵，抵御蒙古人的入侵：太宗靖难之勋既集，切切焉为北顾之虑，建行都于燕，因而整戈秣马，四征弗庭，亦势所不得已也。銮舆巡幸，劳费实繁。易世而后，不复南幸，此建都所以在燕也。
合军事与政治中心为一，以国都当敌。朱健曾为成祖迁都下一历史的地理的解释。他说：
自古建立都邑，率在北土，不止我朝，而我朝近敌为甚。且如汉袭秦旧都关中，匈奴入寇，烽火辄至甘泉。唐袭隋旧都亦都关中，吐蕃入寇，辄到渭桥。宋袭周旧都汴，西无灵、夏，北无燕、云，其去契丹界直浃旬耳。景德之后亦辄至澶渊。三治朝幅员善广矣，而定都若此者何？制敌便也。我朝定鼎燕京，东北去辽阳尚可数日，去渔阳百里耳。西北去云中尚可数日，去上谷亦仅倍渔阳耳。近敌便则常时封殖者尤勤，常时封殖则一日规划措置者尤亟。是故去敌之近，制敌之便，莫有如今日者也。
建都北京的最大缺点是北边粮食不能自给，必须仰给东南。海运有风波之险，由内河漕运则或有时水涸，或被“寇盗”所阻，稍有意外，便成问题：今国家燕都可谓百二山河，天府之国，但其间有少不便者，漕粟仰给东南耳。运河自江而淮，自淮而黄，自黄而汶，自汶而卫，盈盈衣带，不绝如线，河流一涸，则西北之腹尽枵矣。元时亦输粟以供上都，其后兼之海运。然当群雄奸命之时，烽烟四起，运道梗绝，惟有束手就困耳。此京师之第一当虑者也。
要解决这两个困难，第一必须大治河道，第二必须仍驻重兵于南京，镇压东南。成祖初年，转漕东南，水陆兼挽，仍元人之旧，参用海运，而海运多险，陆运亦艰。九年（1411）命宋礼开会通河，十三年（1415）陈瑄凿清江浦，通北京漕运，直达通州，而海陆运俱废。运粮官军十二万人，有漕运总兵及总督统之。十九年（1421）迁都北京后，以南京为留都，仍设五府六部官，并设守备掌一切留守防护之事，节制南京诸卫所。
永乐元年（1403）以北平为北京。四年（1406）诏以明年五月建北京宫殿。十八年（1420）北京郊庙宫殿成，诏以北京为京师，不称行在。在实际上，自七年（1409）以后，成祖多驻北京，以皇太子在南京监国。自邱福征本雅失里汗败死后，五入漠北亲征。自十五年（1417）北巡以后，即不再南返。南京在事实上，从七年（1409）北巡后即已失去政治上的地位，十九年（1421）始正式改为陪都。
迁都之举，当时有一部分人不了解成祖的用心，力持反对论调：初以殿灾诏求直言，群臣多言都北京非便。帝怒，杀主事萧仪，曰：“方迁都时，与大臣密议，久而后定，非轻举也。”
仁宗即位后，胡濙从经济的立场“力言建都北京非便，请还南都，省南北转运供亿之烦”。于是又定计还都南京，洪熙元年（1425）三月诏北京诸司悉称行在。五月仁宗崩，迁都之计遂又搁置不行。一直到英宗正统六年（1441）北京三殿两宫都已告成，才决定定都北京，诏文武诸司不称行在，仍以南京为陪都。
成祖北迁以后，三面临敌，边防大重。东起鸭绿，西抵嘉峪，绵亘万里，分地守御。初设辽东、宣府、大同、延绥四镇，继设宁夏、甘肃、蓟州三镇，又加上太原、固原，是为九边。每边各设重兵，统以大将，副以褊裨，监以宪臣，镇以开府，联以总督，无事则划地防守，有事则掎角为援。失策的是即位后即徙封宁王于江西，把大宁一带地，送给从征有功的朵颜三卫，自古北口至山海关隶朵颜卫，自广宁前屯卫西至广宁镇白云山隶泰宁卫，自白云山以北至开原隶福余卫。而幽燕东北之险，中国与夷狄共之，胡马疾驰半日可抵关下。
辽东广宁、锦义等城自此与宣府、怀来隔断，悬绝声不相连。又以东胜孤远难守。调左卫于永平，右卫于遵化而墟其地。兴和为阿鲁台所攻，徙治宣府卫城而所地遂虚。开平为元故都，地处极边，西接兴和而达东胜，东西千里，最为要塞。自大宁弃后，宣、辽隔绝，开平失援，胡虏出没，饷道艰难，宣德五年（1430）从薛禄议，弃开平，徙卫于独石。后来“三岔河弃而辽东悚，河套弃而陕右警，西河弃而甘州危”，国防遂不可问。初期国力尚强，对付外敌的方法是以攻为守，太祖、成祖、宣宗三朝皆大举北征，以兵力逼蒙古人远遁，使之不敢近塞。英宗以后国力渐衰，于是只以守险为上策，坐待敌来，诸要塞尽弃而边警由之日亟。正统十四年（1449）瓦剌也先入寇围北京。嘉靖二十九年（1550）鞑靼俺答入寇薄都城。这两次的外寇都因都城兵力厚不能得志，焚掠近畿而去。崇祯十七年（1644）李自成北上，宣府和居庸的守臣都开门迎降，遂长驱进围北京，太监曹化淳又开门迎入，明遂亡。由此看来，假如成祖当时不迁都北京，自以身当敌冲，也许在前两次蒙古人入犯时，黄河以北已不可守，宋人南渡之祸，又要重演一次了。