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在中西方城市发展历史和城市规划理论的充分认识基础上，吴良镛教授结合北京的实际情况，以可持续发展为基础，遵循城市内在发展规律，在北京旧城和其他城市规划建设长期研究的基础上，首先提出“有机更新”理论，丰富了城市更新理论。
城市更新起源于产业革命，距今200余年，经历了大规模城市改造、结构和功能调整、中心城复兴和“社区规划”等阶段。英国社会学家易·霍华德(E·Howard)倡导“田园城市”理论，为有机更新理论与实践奠定了坚实的基础。20世纪60年代后，许多西方学者从不同角度对城市更新运动进行反思。在有机更新理论的影响下，芬兰籍美国建筑师沙里宁(E·Saarinen)提出“有机疏散城市结构”理论。沙里宁认为城市是由许多“细胞”组成的，需通过对生物和人体的认识研究城市，这个观点与有机更新理论依据相同。而日本丹下健三、黑川纪章主张采用新技术，改进生活设施，成为“新陈代谢派”代表，建议注重历史传统的新旧关系，实现保护城市历史风貌和城市更新的辨证统一。“新陈代谢派”理论主张人与自然共融，以人的全面发展为宗旨，协调处理在城市发展进程中出现的人与自然、人与文化、城市与乡村等发展关系，为城市有机更新理论研究奠定基础。
在西方城市更新理论研究的影响下，我国的建筑学家们也进行不断地探索。吴良镛教授主持北京菊儿胡同住宅改造规划(1987-1991)时率先提出并试验了有机更新理论，这项规划明确提出“有机更新”的思路，即：（1)质量较好、有文物价值的住宅予以保留，房屋部分完好者给以修缮，已破败者拆除更新；（2)住宅区内道路保留胡同式街坊体系；（3)新建住宅形式实行单元式和四合院式相结合，探索“新四合院”体系。该思路在1987年的北京市菊儿胡同住宅改造工程中得到实践，也取得举世瞩目的成功。吴良镛教授在《北京旧城与菊儿胡同》一书中总结：“所谓‘有机更新’即采用适当规模、合适尺度，依据改造内容与要求，妥善处理目前与将来的关系——不断提高规划设计质量，使每一片的发展达到相对的完整性，这样集无数相对完整性之和，即能促进北京旧城的整体环境得到改善，达到有机更新的目的。”（引自《北京旧城与菊儿胡同》）城市有机更新理论最早由吴良镛教授提出，他主张由城市到建筑、由整体到局部是一个有机联系，需同生物体一样和谐共处，认为应按照城市肌理，遵循城市发展规律和内在秩序开展城市建设，依据城市改造内容和要求，运用适当的规模、合理的尺度，妥善处理好城市当前和未来的关系，探求城市的更新，实现可持续发展，不断提高城市规划水平，使城市改造区域的环境与城市整体环境相协调，达到有机更新目的。城市有机更新理论的提出是对城市更新理论的继承和发展，运用有机更新理论的北京“菊儿胡同”更新实践得到大家的赞誉和关注。
“有机更新”理论最初源于生物学的概念，经过不断的发展和演变，广泛运用于各领域的理论和实践。城市有机更新是对城市发展引起的不适应一体化城市的地区，进行必要的更新与改建，从而满足城市居民工作和生活等方面的需要。例如老旧住宅小区既有建筑物的客观实体、空间环境、游憩环境、视觉环境、生态环境和文化环境等，老旧住宅小区更新属于城市更新范畴，应充分吸收城市有机更新理论营养。城市有机更新对老旧住宅小区更新的启示有：
(1)老旧住宅小区更新过程中要强调改造对象和城市布局的有机协调；
(2)合理科学规划用地，提高城市空间密度；
(3)保持传统邻里街坊的骨架，保持交往的距离和公共空间；
(4)增加路网密度，完善步行体系；
(5)从历史传统中寻找空间原型，传承与整合居住文化；
(6)通过城市设计，使住区形态既统一又有变化；
(7)通过混合满足需求，对经济活力予以肯定；
(8)完善街道空间，引导居民户外交往。