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企业环境的改善离不开政府的改革，而紧密联系着企业与政府的行政审批制度改革则又是改善企业发展环境的一项重点工作。1997年5月深圳市开始行政审批制度改革调研。1998年开始第一轮改革。1999年2月，深圳市召开了市政府第二届111次常务会议，审议通过了《深圳市审批制度改革若干规定》（以下简称《规定》，见篇后附件）。1999年2月，深圳市政府以83号政府令发布《深圳市审批制度改革若干规定》，并开始实施。同年3月2日深圳市政府召开了关于审批制度改革的新闻发布会，时任常务副市长李德成宣布《深圳市审批制度改革若干规定》正式实施。过去为了逃避审批制度的管制，有很多政府部门打出其他一些概念，如论证、同意等，这些概念比较模糊，从1999年之后，深圳市政府开始定义审批、批准、许可、资质认可、同意等性质相同或者近似的行政行为，防止了以往许多概念对审批项目改革产生的不良影响。在行政审批制度的浪潮中，深圳市领先全国。随后，在深圳市的大胆探索略有成效的背景下，行政审批制度改革的风潮逐渐席卷全国。
深圳在全国率先开启的行政审批制度改革本身就是一次改革创新，在长期的改革进程中也取得了许多突破性进展。在上一轮审批制度改革的基础上，深圳市于2001年10月又启动了第二轮改革。在此次改革中，深圳市政府重点处理好放与管的关系，加强后续监管，主要实行了审监（审核）分离制度、社会举报制度、行政稽查检查制度、行政备案制度以及充分利用社会中介组织实施监管的制度等。对行政审批行为的监管，除了继续推行“三公开”制度、岗位交流制度、持证上岗制度、审批分级责任制度和重大事项集体决定制度以外，还健全完善了公文督办制度，保证行政审批部门和审批人员按照规定的时间和要求完成审批工作；建立了统一的行政解释制度，避免出现政策不统一、处理不规范、滥用审批权的现象；推行了行政过错责任追究制度，强化了审批责任制和相应的奖惩考核办法。
（一）审批与核准的规范化程度明显提高
审批规范化是指审批要有法律和政策依据。审批要有明确的程序规定，即审批要公布审批的依据、审批的条件、审批的环节、审批的时限等。《深圳市审批制度改革若干规定》对审批的规范化做了明确要求，根据这些要求，这次改革对拟保留的审批与核准程序进行了规定，使其规范化程度明显地提高。第一次审批制度的改革使深圳市政府原有的审批事项从723项减少为305项，比原来减少418项，减少57.8%；核准事项从368项减少为323项，比原来减少45项，减少12.2%；原有审批与核准审批共计1091项，拟保留628项，减少463项，其中取消263项，合并、调整减少200项，减少42.4%。
深圳的审批制度改革走在了全国的最前沿。
审批事项取消的主要原因包括以下三类：一是审批事项法律、法规依据不足或者已经不符合特区社会经济发展的实际需要；二是审批事项的设立和相关规定带有明显的部门利益倾向，容易导致相互推诿，办事效率低下；三是不利于市场经济体制的，属于企业、社会团体和个人的自主权，由下级政府管理更合适。取消市政府部门审批和核准事项后，深圳市政府拟采取由个人自主决定，实行公开招标、拍卖的方式，下放给下级政府或者其他部门，取缔审批等方法。这样一来深圳市的审批与核准的规范化程度明显提高，个人与社会与政府之间的分工明确，收效显著。
（二）改进了审批方式，提高了审批效率
第一，广泛实行部门内部“窗口办文”。以各个部门统一对外的收发文室为窗口，一个窗口进，一个窗口出，实现部门内部“一条龙”审批。据统计，审批和核准事项较多的21个部门，已经实行或即将实行“窗口办文”方式，以规范审批程序、提高审批效率、加强对审批行为的内部监督。
第二，对于确实需要市政府多个部门审批的事项，积极推进采用联合审批制或定期会签制。申请人只需要向一个牵头部门申报，由牵头部门组织联审即可。比如对于户外广告审批，工商、规划国土、城管、交管已实行定期会签制；对于开辟、调整公共汽车和长途汽车路线或车站，由市运输、交管、国土规划部门实行联审，并且此项内容下一步将继续改进和完善。
第三，实行社会咨询和社会听证制度。工商、运输两个部门在审批与公众利益联系密切的收费项目和公交线路、站台设置时，已试行社会听证制，充分听取社会各有关方面的意见尤其是公众的意见，然后再进行审批决策。这两个局拟在更多的项目和更大的范围内实行这项制度，其他一些与公众利益联系密切的审批部门也将推行这项制度，以促进政府决策的民主化和科学化。
第四，实行专家审查咨询制度。对于那些技术性、专业性比较强的验收、评审、许可等事项，邀请专家提供咨询、进行审查，以提高政府决策的科学性。卫生、科技、建设、计划、规划国土、环保、教育、水务等8个部门的23项审批和核准采用了这种方式，
以防止机构盲目审批、审批过滥、审批行为不规范的问题的发生。
（三）加强监督与协调，促进《规定》实施到位
1999年2月，《深圳市审批制度改革若干规定》 （以下简称《规定》）正式发布实施。为促进《规定》的有效实施，市政府审批制度改革办公室先后到审批事项较多的23个部门和单位及其下属机构，检查《规定》的落实情况，并就有关部门、社会公众和企业提出的问题，进行调查研究，协调解决。在具体做法上，坚持3个衡量标准：第一，依法确定审批事项，没有审批依据的，坚决取消；有审批依据的，依法进行规范；有多个审批依据的，按照法律、法规、规章、规范性文件的次序进行取舍。第二，坚持“三个有利于”标准，对于不符合深圳市发展实际、不利于深圳市社会经济发展的，即使是符合法律规范也要坚决取消。第三，以建立社会主义市场经济体制为总体目标，改革行政管理体制、管理内容和管理方式。
比如，深圳市公安局过去是审批和核准事项最多的部门，也是多年来社会反映行政审批存在问题较多的一个部门。这次改革，深圳市政府将该局作为重点部门来抓。《规定》颁布实施十多天后，一个企业向市审改办反映，市政府《规定》已经很明确，开办旅馆取消市贸发局和市公安局的审批，不再实行特营许可证管理，但市公安局治安分局仍在审批，有些公安分局和派出所还以旅店在本所管辖范围内为由，要求申请人向派出所报批。市审改办获悉这一情况后，马上与市公安局改革领导小组联系，要求公安局改革领导小组加大督察力度，不折不扣地执行市政府规定，市公安局有关部门及其基层组织立即停止了审批。
深圳市行政审批制度改革从1997年5月份开始，经历了三个阶段，给全国各个地区都提供了宝贵的实践经验和启发。
第一阶段：调查研究阶段。通过调查研究摸清了政府审批的状况。这个阶段深圳有许多做法值得借鉴。一是专门成立一个课题组，从由政府一些部门抽调的专门人员组成。二是成立了由市领导挂帅的审批制度改革办公室，领导调研的进行。三是认真组织调研活动。设计了一些调研程序和表格，如设计调查问卷，在问卷中设计一些调查题目，通过问卷的设计、发放、收集和整理，以及思考、讨论和研究，不仅切实掌握了审批的状况，更主要是清晰地判断了审批制度的弊端及危害，也增强了我国其他地方审批制度改革的毅力。
深圳行政审批制度改革的调查阶段是非常艰苦、艰难的阶段。首先，申报审批、核准事项、快速处理是一件很麻烦的事情。对此，审改办调研组的人员专门设计了申请批准表，其中列出了一些申报栏目：项目名称、批准的依据（中央、省、市相关文件）、审批条件、审批程序。时任审改办主任张思平同志专门召开了一次动员大会，以提高对此次大规模调查的重视程度。在内部沟通方面，审改办还召集各部门确定的联络员进行现场示范研究，说明如何填写申请表、模拟填写表格等。
报告的快速处理非常麻烦。在这方面，课题组的人员明白这次大规模调查的重要性。在内部沟通方面，审计署提出，催促申报材料的上交也是一件很困难的事情，许多部门是在多次催促下才将材料上报。有些单位总是说太忙一直推脱，没有办法如期上报材料，致使这项工作不得不根据单位的实际情况延长上交的时间。在此期间审改办人员不知做了多少工作。而对上报资料的分析整理的工作是非常艰苦细致的事情，也是非常麻烦的事情。调研人员需要审阅每一份资料，特别是要核实审批的每一个依据，这样就要翻阅许多有关文件，工作量相当大。另外，对相关审批事项的统计也是一个大工程。要统计出有依据的审批事项、缺乏依据或依据不足的审批事项、依据中央有关文件审批的事项、依据省里有关文件审批的事项、依据市里有关文件审批的事项，还要统计出有审批时限的事项、没有规定审批时限的事项、有审批程序规定的事项、没有规定审批程序的事项，要统计出需要两个以上部门审批的事项，等等。
可见，资料的分析整理工作是何等艰苦。前期工作虽然艰苦、细致、琐碎，但是为第二阶段的工作提供了重要的依据。
第二阶段：科学稳健地制订改革方案。经过反复多次的理论探讨，广泛地咨询、征求意见，制订出《深圳市政府审批制度改革实施方案》（以下简称《方案》）。《方案》对审批制度改革具有重要的指导作用。
第三阶段：扎扎实实地实施《方案》。这时，各部门根据《方案》的总体要求，制订本部门的改革方案，提出取消的审批、核准项目；对拟保留的审批、核准事项进行规范化。然后将各单位的改革方案提交审改办审查。审改办再提出修改意见。这个过程进行得很艰难。据说，每减少一项审批，都要做许多协调工作。审批事项的减少必然伴随的是部门或单位权力的减少或削弱，同时也会导致利益的减少或福利的降低，必然会存在一些内部、外部的利益冲突和反对改革的声音，同时也伴随着国际的潮流涌变，改革的阻力可以想象。但是深圳市力排艰难，终于在不懈的坚持下取得改革的重要进展，收获了丰硕的改革成果。