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在改革开放探索阶段，行政审批制度的改革基本上是配合着建立社会主义市场经济的目标来进行的，主要是适应市场经济的特征来转变政府职能，将权力下放给企业，政府作为弥补市场失灵的看得见的手，承担市场不愿意提供或者无力提供的公共服务。总体来看，改革行政审批制度的目标主要是为了服务市场经济的发展，其理念表现为整体推进重点突出的放权让利。原始的行政审批制度的种种弊端使得企业无法摆脱政府的束缚走向市场，政企分离难以实现。如果政府在企业生产活动的每一个环节都实施管制，设立行政审批，那么企业就缺乏活力，过高的审批门槛和复杂的审批程序严重影响着社会投资积极性和企业的良性发展。市场经济是企业自主经营、商品自由流通的经济，这就要求政府取消和下放不必要的政府行政审批权，或者将一些合适的行政审批转变为行政备案，这样才能让利给企业，也可以减少很多不必要的政治成本。
第一阶段我国行政审批制度改革要解决的关键是要为行政审批权划定出明晰的边界。明确哪些事项是可以依靠市场力量自主调节的，哪些是需要设定行政审批程序而交由政府管制的。政府的角色仅仅是在市场或企业不能够自行解决问题的时候鼎力相助。因此，这就要求重新调整政府与微观经济组织的利益关系，不符合政企分开和政事分开原则、妨碍市场开放和市场公平竞争以及现实中难以发挥有效作用的行政审批，要坚决予以取消；可以用市场机制代替行政审批的，要坚决通过市场机制运作。
这就明确了改革的中心是搞活以企业为代表的微观经济，围绕着政府向企业放权让利的内容而展开，行政性分权与经济性分权结合在一起，具有明显的过渡性和渐近性。1979年国务院提出对国有企业的自主经营权进行改革，同年7月国务院颁布了《关于扩大国营企业经营管理自主权的若干规定》 《关于国营企业实行利润留成规定》等诸多文件，给予国有企业一定的自主权，规定凡是实行独立经济核算并且经营有盈利的企业可以实行利润留成制度，并要求按照规定选取少数企业试点。
1978—1979年，在四川、北京、天津、上海等地方进行“扩大企业自主权”的试点，一方面给企业更多的生产、销售、劳动人事、技术改造、中层干部任免等方面的自主权，另一方面引入企业利润留成制度。到1979年年底，全国扩权试点企业扩大到4200家，到1980年发展到6600家。这些企业占全国国营企业总数的16%、产值的40%和利润的70%。商业系统扩权试点企业8900个，占据商业系统独立核算单位的50%。
1981年，为了加快经济结构调整步伐，政府扩大了企业自治试点范围。在此期间，政府不仅为试点企业的生产经营设置了行政审批权，还根据行政审批严格划拨了利润。这使得企业缺乏激励机制，运营效率低下。直到1983年，才实施了“利税改革”，允许所有税后利润留给国有企业。企业自负盈亏，独立生产，避免了行政审批带来的随意性和不连续性。1984年10月，国务院贯彻落实“简化管理和权力下放”的精神，批准了《关于改进计划体制的暂行规定》，并提出适当缩小行政强制性规划的范围，规定除了重要的与国民经济和民生有关的经济活动需要指导性计划，所有其他经济活动都以经济调整为主要管理手段。同时，国家计委还下放了投资审批权。1984年，将1000万元的生产性建设项目和技术改造项目的资金限额提高到3000万元，非生产性建设项目的审批权下放到各个省市。投资审批权的下放促进了企业的转型升级。所有地方和企业都使用预算外资金和自筹资金投资固定资产，而不是仅仅依靠行政审批来减少财政拨款。除了增加投资权限外，还允许企业自主制定生产经营计划，在原材料采购、产品价格、产品销售、组织机构、劳务组织和人员、员工工资奖金方面享有一定自主权。在联合作战方面，独立运作的力量进一步扩大。公司法的颁布为行政审批权的下放提供了法律依据，
也使行政审批制度得到了法律保障。
总体来说，这一时期的改革主要是调整政府和企业的利益关系，“放权让利”，引入奖金和企业利润留成制度，以刺激企业和职工的积极性。
1984年，党的十二届三中全会通过了《中共中央关于经济体制改革的决定》，标志着中国开始进入以城市改革为重点的总体经济体制改革的阶段。增强企业活力是当时经济体制改革的中心环节，《决定》明确指出“要使企业成为真正的相对独立的经济实体，成为自主经营、自负盈亏的社会主义商品生产者和经营者，具有自我改造和自我发展能力，成为具有一定权利和义务的法人”
。1984年，在明确国家与企业利润分配的基础上，在坚持公有制为主体原则的前提下，我国开始试行企业股份制。通过发行股票筹集资金，由多方投资者共同组成董事会，其中国家要达到控股地位。这样一来，股份制企业既不是单纯的国有企业，也不是单纯的集体企业，更不是单纯的联合体，而是社会主义经济组织的一种新形式。这对实现企业所有权与经营权分离、转化企业经营机制、促进对外开放和引进外资方式的发展、提升经营效率等方面具有重大意义。
上一阶段的“利改税”并没有成功为企业创造一个公平的经营环境和合适的经济激励。数据显示，利改税之后，从1985年8月到1987年3月，工业企业的利润严重下滑。
在此背景下，国务院在1986年进行承包经营责任制试点的基础上，于1987年5月决定在全国普遍推广“承包经营责任制”，实行厂长负责制。承包形式多种多样，其中包括“两保一挂” （即保上缴利税和技术改造、上缴利税与工资总额挂钩），大约有三分之二的企业承包期在三四年以上。新一轮的承包制改革是在扩大企业各方面经营自主权的基础上实行相对完整的企业经营承包，此时除了企业的利润指标仍旧由承包合同加以规定外，其他原来由行政部门下达的指令性计划指标已经大部分被取消，企业可以相对自主地做出生产、销售、劳动人事和收入分配的决策。这说明改革的目标是把企业转变成一个相对独立的经营者。由于企业激励机制发生的改革，国营企业拥有了更多的自主经营权。尤其是投资体制的改革，将依靠国家计划和压缩财政拨款的行政审批改为各地方、各企业利用预算外资金和自筹资金进行固定资产投资。除了普遍推行的承包制以外，股份制和租赁制也作为一种解决政企分开问题、转变企业经营机制的办法而被尝试。
审批是计划经济条件下保障政府在社会资源配置中占据主导地位的管理社会经济的主要手段和方式。改革开放对我国政治环境、经济环境和社会环境的改变，一方面要求政府职能从直接管理向间接管理、宏观管理转变，从直接提供服务向制定行业标准、法律标准，监督市场运行转变；另一方面，行政审批制度也需要适应新的经济环境和国企改革的实际需要，遵循客观经济规律，减少政府冗杂的、不规范的行政干预，以便最大限度地发挥市场机制的作用。具体而言，政府应当进一步取消和下放行政审批权，最大限度地放权给市场，充分发挥市场活力与政府监管的作用。
计划与市场关系的逐步明确，促使国企改革从尝试性的政策调整阶段进入了政策制度的创新阶段。1992年10月，党的十四大明确指出，我国经济体制改革的目标是建立社会主义市场经济体制，要围绕社会主义市场经济体制的建立加快各领域经济改革步伐。1993年，党的十四届三中全会通过了《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，第一次搭起了社会主义市场经济体制的基本框架，明确指出了我国经济体制改革面临的新形势和新任务。《决定》指出国有企业的改革方向是建立“适应市场经济和社会化大生产要求的，产权清晰、权责明确、政企分开和管理科学”的现代企业制度，要求通过扩大对外开放，转换国有企业的经营方式，建立现代企业制度，使企业成为自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的法人实体和市场竞争主体。同时，也为其他相关配套措施的改革提供了思路，如个人收入保障机制和分配机制以及社会保障制度、教育体制、城乡规划等改革。该《决定》上承1984年以来的股份制企业改革，下启社会主义市场经济体制框架下建立的现代企业制度，具有划时代的意义，为国企改革提供了思路，指明了方向。
（一）国有企业战略性改组与国有经济布局调整
1995年9月，党的十四届五中全会明确指出：“要着眼于搞好整个国有经济，通过存量资产的流动和重组，对国有企业实施战略性改组。这种改组要以市场和产业政策为导向，搞好大的，放活小的，把优化国有资产分布结构、企业结构同优化投资结构有机结合起来，择优扶强、优胜劣汰。”截至1997年年底，在抓大的方面，国家集中抓的1000家重点企业，确定了分类指导的方案；在放小的方面，各地坚持“三个有利于”标准，不搞一刀切，采取改组、联合、兼并、股份合作、租赁、承包经营和出售等多种形式，把小企业直接推向市场，使一大批小企业机制得到转换、效益得到提高。山东诸城、四川宜宾、黑龙江宾县、山西朔州、广东顺德、河南桐柏、江苏南通、福建宁德等许多地区在探索搞活小企业方面先行一步，收到了较好的效果。此外，一大批新型的民营企业从自身发展的实际需要出发，参与国有企业改革；通过兼并、收购、投资控股、承包、租赁、委托经营等改革举措，将非公有制经济的管理理念和管理方式融入国有经济运行，为大量的国有资产注入新的活力。特别是党的十五大肯定股份合作制和提出调整所有制结构后，各地国有中小国企改革的步子加快，改制企业的比重迅速上升。
（二）股份制和公司制试点的推进
早在1986年股份制试点的政策建议就被提出了，但当时是为了落实政企分开、激发企业活力、促进企业转型升级而针对少数有条件的大中型全民所有制企业提出的。1992年国务院颁布了《股份有限公司规范意见》 《股份制试点企业财务管理若干问题的暂行规定》等11个法规条例，意在引导多种企业试行股份制，促使股份制企业试点走向广泛化和规范化。1994年，为了落实《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干重大问题的决定》的精神，国家经贸委、体改委会同有关部门，选择100家不同类型的国有大中型企业，进行建立现代企业制度的试点。随后，全国各地根据本地区的实际情况，先后选定了2500多家国有企业参与现代企业制度试点。
本着“产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”的要求，这些试点企业在清产核资、明确企业法人财产权基础上，逐步建立了国有资产出资人制度，建立了现代企业制度的领导体制和组织制度框架，初步形成了企业法人治理结构。1997年，国有企业开始按照公司法的要求进行规范公司制和股份制改革。经过一年的实施，在全国2343家现代企业制度试点企业中，共有84.8%的企业实行了不同形式的公司制，法人治理结构已初步建立。在现代企业制度试点企业中，改制为股份有限公司的有540户，占23%，改制为国有独资公司的909家，占38.8%；尚未实行公司制的国有独资企业有307家，占13.1%；其他类型企业有47家，占2%。1999年，党的十五届四中全会通过《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》，提出“公司制是现代企业制度的一种有效组织形式，公司法人治理结构是公司制的核心。股权多元化有利于形成规范的公司法人治理结构，除极少必须由国家垄断经营的企业外，要积极发展多元投资主体公司”。在《决定》精神的指引下，国有大中型企业尤其是大型骨干企业开始大力推进公司制和股份制改革，积极推进主辅分离、改制重组和主业整体上市，进一步加强和改善公司的治理结构。