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尽管国土综合整治已上升为国家战略之一，但当前学界对于国土综合整治这一概念的认知，仍然存在很大程度上的混淆、曲解和混用，土地整治、土地综合整治、国土综合整治或是更为狭隘或宽泛的名词在文献中多有交叉出现，远未达成内涵层面上的共识。中国于20世纪80年代初明确提出“国土整治”这一概念，作为社会经济发展中一项长期、重大的战略任务，在这一阶段，专家并未对国土综合整治和国土整治进行区分，认为二者均为对国土资源的开发利用与治理保护
，强调综合性、战略性和地域性
，建立协调的区域规划结构是该阶段国土整治工作的研究要点，国土整治的内涵同国土规划、区域规划有相当程度混淆。随着资源的进一步消耗和局部地区生态环境继续恶化，经济持续、稳定、协调发展的前景令人十分担忧，故中国20世纪90年代的一项重要任务是要重视正确处理人地关系，促进整个区域经济、社会、环境的持续稳定发展，通过协调经济、社会和环境的关系，取代以往的单纯扩大资源开发规模
。在此背景下，国土综合整治内涵在原来坚持对国土资源进行开发、利用、治理、保护工作的基础上加入对人地关系协调发展的强调
。进入21世纪后，新时期的科学发展观要求统筹城乡发展、统筹区域发展及统筹人与自然，国土综合整治开始强调一体化统筹管理，其核心含义是基于统一的平台进行统一的规划和管理
，此时国土综合整治内涵相较国土整治概念更加注重系统性、战略性与综合性
；同时，此阶段的国土综合整治，很大程度上落实为“土地整治”工作，土地整治工作的蓬勃发展为“各出一盘菜，共办一桌席”的国土综合整治提供了基础平台。2010年至今，学者多将国土综合整治作为一项影响全局、事关长远的系统工程进行研究，将自然资源空间管制和国土综合整治作为国土空间规划的实施抓手，提出构建“1+ X”的规划体系
；根据区域实际和整治任务构建国土综合整治长效机制，在一定区域范围内实施开展国土综合整治重大工程，探索形成适用于不同地区的整治模式
，也有学者通过区域实践案例进行了国土综合整治分区整治对策分析
与土地利用评价研究
。总体来看，国土综合整治的概念有所细化，开始贯彻一体化统筹管理，但目前国土综合整治相关研究大部分仍集中在土地资源上，并没有对全部国土资源禀赋进行完整全面的研究诠释。
国土空间管制作为市场经济条件下政府宏观调控的重要手段，是基于特定的区划理念，将国土空间划分为不同的政策管制区域。自20世纪90年代起，中国城市规划、土地利用总体规划等将空间管制的概念纳入各自的规划体系，如城镇体系规划和城市规划将空间管制内容规定为强制性内容，对不同层次的城乡建设行为进行差别化管制；土地利用总体规划体系中划定了“三界四区”，从用途、区位和规模指标等方面对国土空间进行空间管制。此外，主体功能区规划划定了优化开发区、重点开发区、限制开发区和禁止开发区，对不同区域实施差别化的区域管制政策
。当前，中国空间管制分属多个部门。国家发展和改革委员会编制实施主体功能区规划、区域规划等。自然资源部主导土地利用总体规划的编制实施，通过土地利用总体规划、土地利用计划指标等实施土地用途管制。住房和城乡建设部借助于完善的城市规划体系，在城乡规划区内实施空间管制。此外，水利部对重点流域、主要水域实施空间管制。农业农村部负责草原的空间管制。国家林业和草原局承担林地、湿地等的空间管制。空间管制措施分散在各个部门，没有统一的空间管制主体。不同的管理主体编制不同的空间规划，不仅不利于各类空间的协调，也给空间管制工作带来冲突。各类空间规划和管制分区在分区层次、区划内容和方法、配套政策等方面缺乏必要的衔接协调机制，易出现冲突。例如，在空间管制分区的内涵上，主体功能区规划的空间管制分区是基于“区域开发强度”的理念，以行政单元为基准，进行区域开发强度的管制，并制定相应的政策体系，倾向于自上而下的区划方法；城市规划以自然资源、文物保护单位等禁、限建要素为基础，划定禁建区、限建区，再结合相关规划，划定适建区和已建区，是自上而下与自下而上相结合；土地利用总体规划是基于土地用途管制的理念对区内土地用途的转变提出不同程度的管控。主要空间管制分区在国土空间上缺乏协调，不能完全对应。由于上述空间管制措施问题，中国存在国土空间低效、无序开发等问题，并进而导致资源危机、生态环境危机、经济危机和社会危机，给国土综合整治带来较大的压力。
资源环境承载力是衡量人类经济社会活动与自然环境之间相互关系的科学概念，是度量和管理人类可持续发展的重要标准；国土综合整治是促进人类经济社会活动和自然环境协调发展的重要手段，是实现人类可持续发展和管理的重要手段
。资源环境承载力评价为国土综合整治部署提供基础依据，国土综合整治的实施则可进一步提升资源环境承载力，二者共同促进可持续发展。资源环境承载力研究一定程度上为国土开发、综合整治、分类保护等空间部署提供了战略引导，但总体上国土空间格局部署对资源环境承载力格局的体现依旧不足，国土综合整治工作部署未对国土开发与资源、环境和生态协调关系进行全面、系统的考虑，局部地区国土综合整治工作未能有效瞄准核心的资源环境问题，或对多种资源环境问题缺乏统筹、协调安排，资源环境承载力评价的限制性作用在其中体现不足。究其原因，资源环境承载力评价与国土开发利用现状、经济社会发展战略的对比和综合考虑、归因分析不够深入，导致其对区域空间可持续发展战略布局的指导力度不足。
全国各地都在不同程度地推进国土综合整治工作，国家会给予地方一定的资金支持，但并未形成固定的制度，更多是临时性、应急性的资金；同时，地方政府并没有拓展其他正式的融资渠道，资金良性造血能力不强，仍然面临较大的财政资金缺口，不利于国土综合整治工作的开展。因此，需要创新国土综合整治融资模式，按照“谁投资、谁受益”的原则，引入社会资本，探索国家扶持和市场运作的生态补偿机制，建立国土综合整治多元投资机制
。
尽管中国对国土综合整治工作十分重视，并采取了相应措施，但这些措施大部分还是临时性、应急性的，没有用制度加以规范并形成长期有效的管理机制，因此难以形成有效的多元机制
。需要建立实施国土综合整治的长效机制，走制度化、规范化建设之路。自然资源部先后开展城乡建设用地增加挂钩、工矿废弃地复垦、低丘缓坡综合开发利用等试点工作。这些试点工作需要总结模式，形成可复制、可推广的经验，并在全国推广，进而形成推进国土综合整治可操作的路径。