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本书所介绍的研究成果，全部建立在社会科学实证分析的基础之上。在这一基本方法论范式框架之下，我们针对具体子论题要求，有选择性地使用了统计描述、计量分析和案例研究等方法。其中，统计描述是指利用典型统计指标描述地方治理的情况与结构；计量分析是指通过构建统计模型来分析地方治理的机理和因果关系；案例研究则是指通过剖析代表性的个案，展现与分析地方治理体制的作用机制和变迁过程。
本书所涉及的统计描述和计量分析，除特别说明外，数据都源于中国科学院农业政策研究中心在2000年、2004年和2007年开展的六省连续跟踪调查。这三轮调查所使用的问卷既存在重合的部分，又各有侧重，但除在某些年份由于不可抗因素而必须放弃的个别样本外，所覆盖的样本完全一致，都是在第一轮调查开始以前通过分层随机法确定的。
首先，为确保样本具有比较好的代表性，以便我们能够通过样本资料比较准确地推断出全国情况，我们从近代以来中国的治理传统出发，以行政区划为主，结合经济状况，将全国划分为东北、华北、西北、西南、东部与南部六个大区，并在每个大区内随机选取一个省份作为样本，最终样本包含吉林、河北、陕西、四川、江苏和福建六个省。
其次，在每个样本省内，我们综合采用分层抽样与随机抽样的方法，分别确定了五个样本县。具体来说，我们首先对样本省内所有县（包含县级市）按人均工业产值从高到低排序，并将由此产生的列表平均分成高、中、低三段。如果列表上县的数量比3的整数倍多1，我们在中段多加一个县；如果列表上县的数量比3的整数倍多2，我们则在高段和低段分别多加一个县。在此基础上，我们在列表中的高、中、低三段内分别随机抽取两个县，得到6个备选样本县。在6个备选样本县中，我们将人均工业产值最接近的两个县提取出来，随机剔除一个，最后在每个样本省内得到5个样本县，在全国范围内得到30个样本县。
遵循类似的逻辑，我们又在各样本县内抽取了样本乡（镇）。具体来说，我们首先对样本县内的所有乡（镇）按人均工业产值从高到低进行排序，然后将排序所得的列表平均分成高、低两段。在每段列表内，我们随机抽取一个乡（镇），在每个样本县内得到2个样本乡（镇），在全国范围内得到60个样本乡（镇）。
最后，我们按照类似的方法在每个样本乡（镇）内抽取了两个样本行政村，其中包含若干因城市化而在最近改设为居民委员会的村级行政区。具体来说，如果样本乡（镇）中包含的行政村数目不超过15个，我们按人均纯收入对所有村庄从高到低进行排序，形成备选样本列表；如果样本乡（镇）中包含的行政村数目多于15个，我们则随机抽取15个村进入备选列表，并将列表上的村庄按人均纯收入从高到低进行排序。在此基础上，我们将经过排序的备选列表平均分为两段，并在每段中抽取一个村作为样本。如果被抽中的行政村是调查前新近合并的，为确保能够获得足够的数据，我们会在该村所在的那段列表中重新抽取一个新近未经历过合并的村庄作为正式样本。这样，我们就在全国范围内确定了120个样本村。由于我们的调查遭遇了自然灾害等人力无法抗拒的因素，2000年和2004年的两轮调查实际覆盖了所有样本中的116个村庄，2007年的调查则覆盖了119个村庄。
在每轮调查开始之前，我们都会亲自走访部分样本村庄进行预调查，一方面对问卷草稿进行测试，另一方面则针对我们特别关心的地方治理问题进行深入访谈。在进行预调查时，我们往往也会走访与样本村相邻的其他村庄，围绕访谈中产生的问题和疑惑进行比较性访谈，以便更加全面地收集信息。以2004年预调查为例，我们先后走访了河北东部、四川西部、江苏南部、吉林东部的多个县、市，并在每个县内选取了不少于4个村庄进行访谈，完成了近10万字的调查记录。在2007年展开的调查中，我们则走访了河北东部、江苏北部和福建北部的数个县、市，进行了数十次、上百个小时的深入访谈，访谈对象涉及乡（镇）干部、村干部和普通村民。这些一手资料和实地经验为我们厘清研究思路、完善调查框架提供了重要素材，在很多情况下也为我们解释通过统计分析找到的结构性框架提供了鲜活的案例。
我们的正式调查全部采取实地问卷访谈的形式。针对不同的调查话题与调查对象，我们准备了若干套不同问卷。例如，针对乡（镇）政府的问卷，除收集乡（镇）基本情况外，还通过专门性指标测量了乡（镇）与上级和下级政府的实际工作关系。在村庄层面，我们针对村支部书记、村委会主任和比较了解村庄情况的一般干部和党员（例如村会计、村小学校长等）设计了不同问卷，分别收集他们最为了解的那部分数据。此外，在2007年的调查中，我们还专门设计问卷，向村庄社区中的积极分子了解群众社团以及宗族和宗教活动的情况。我们在每个样本村庄中，还随机抽取了一定数量的农户和村民，不仅收集了个体层面的相关数据，也通过他们了解一些干部可能不太愿意透露的信息。
在每轮调查中，中国科学院农业政策研究中心都组建了一个包含数十名调查队员的大型队伍。除了带队的专业研究人员外，调查队员主要是国内各高等院校的教师与学生，还有中国科学院农业政策研究中心的研究生。例如，2005年参与调查的队员分别来自北京大学、复旦大学、西北大学、中国农业科学院、南京农业大学、中国农业大学、沈阳农业大学、吉林农业大学等单位。在正式开展实地调查前，所有队员都接受了专门设计的相关培训。在调查过程中，围绕实际发生的问题，调查组定期开会讨论，充分保证了调查的准确性与可靠性。
考虑到三轮调查在省、县、乡（镇）、村四个层级上的样本完全一致，针对这些样本单位的数据，无论是通过针对干部的问卷直接收集的，还是在针对村民的个人问卷基础上汇总的，在三轮调查中都予以收集，它们都能够构成村级以上单元的面板数据。本书中的大量实证分析，都是基于这些村级以上单元的面板数据做出的。总体来说，这些数据涉及乡（镇）和村庄的基本社会政治经济状况、县乡（镇）关系、乡（镇）村关系、村两委关系、农民负担、公共产品供给、村级财务状况、民间社团和宗族/宗教活动等多个方面的信息，为我们界定和分析当代中国地方治理中的政府间关系提供了实证基础。此外，为增强调研的可操作性，我们在每轮调查中都重新抽取了样本农户与村民，因此所有农户层面的指标都不能构成面板数据，而这些指标在本书中也较少被使用。
本书中案例研究所涉及的定性数据，除了来自我们在预调查过程中进行的深入访谈，其中有一部分也来自我们针对有代表性的特定地区所进行的专项调研。在这些调研中，我们一般通过非结构化的开放式深度访谈收集证据，访谈对象主要是直接接触地方治理实践的干部和群众。一般而言，针对地方治理结构的某个具体方面，我们会首先通过理论分析和描述性统计推导出计量分析所需验证的命题，然后利用大样本数据检验这些命题，并在必要的时候通过案例研究进一步对相关机制和过程进行直观说明；在分析地方治理体制的变迁时，我们则主要围绕典型案例展开，以期揭示相对复杂的作用机制。