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要理解地方治理体制的结构，特别是不同层级地方政府在地方治理实践中的相互关系，我们首先必须明确各级地方政府在治理实践中的实际职能和工作重点。
一般而言，中央和层级较高的地方政府都存在相对制度化的内部分工，由某一部门专门负责某个方面的具体工作。这些高层级地方政府内部不同部门的职能，往往是通过正式规章乃至法律法规加以确定的。然而，“上头千根线，下面一根针”。乡（镇）政府与村两委作为国家治理体系的末梢，往往需要接受来自不同类别上级机关的各类政令，职能涵盖的范围极广。
但是，乡（镇）政府所掌握的人力、物资等又是相当有限的。因此，在治理实践中，它们必然会根据自身工作重点，针对不同领域有选择地分配资源与精力。可见，理解当代中国治理实践中各层级地方政府之间的实际关系，首先应当从乡（镇）入手。而要理解乡（镇）在地方治理实践中的实际职能和工作重点，我们除了要考察乡（镇）政府在多大程度上会落实上级所交派的各项任务，也要分析乡（镇）政府的指令在多大程度上能够继续向下传导。为此，我们也必须了解作为乡（镇）政府下级的村两委在地方治理实践中的实际职能与工作重点。
事实上，理解乡（镇）政府和村两委的工作重点，不仅是理解当今中国基层治理主体实际职能的关键，也是分析当今中国地方治理结构变化特征的基础。既有文献针对这个问题，已经展开了一些富有启发性的讨论。例如，于建嵘（2002）、沈延生（2003）及陈剩勇、孟军（2006）等都从不同视角出发，对乡（镇）政府和乡村治理结构的历史演变做出了综述，赖海榕（2006）则对中国的地方治理结构进行了国际比较研究。此外，通过饶静和叶敬忠（2007a）对地方政府行为特征和职能类型的相关文献所进行的详细综述，我们可以得知：包括乡（镇）在内的当今中国各级地方政府，在地方治理中所扮演的角色大致分为两类：一类是侧重执行上级政令的“压力型政策实施者”；另一类则是侧重维护与实现本位利益的“谋利型政权经营者”。此外，马明洁（2000）也指出，地方干部的职能，可能同时包含“执行压力型政策”、“谋求资源与利益”和“提供公共服务”等方面的内容，而各种角色之间未必总是相互冲突。
另一些文献关注了分税制改革和农村税费改革所带来的财政体制变化，并分析了这些变化如何影响地方政府工作重点的转变。例如，吴建南等（2005）指出，分税制改革之后，由于财政收入匮乏，乡（镇）政府往往会削减公共支出，以确保自身的生存与运转，在地方治理实践中从公共物品提供者沦落为“赢利型经纪人”。同样，徐勇和吴理财（2004）也指出，农村税费改革客观上削弱了地方政府提供公共服务的实际能力。周飞舟（2006）强调，税费改革以前，在传统的分级投入体制中，乡（镇）政府需要向农民征收税费，从中“汲取”开展地方治理所需要的部分资源；而税费改革以后，上级转移支付成为乡（镇）政府的主要资金来源，导致一些乡（镇）领导专注于“跑钱”和借钱，使一些乡（镇）政府成为“悬浮型”政权，这一转变深刻影响了农村基层的国家与社会关系。饶静和叶敬忠（2007b）认为，税费改革改变了中国乡村的利益格局。改革后，乡（镇）政府在事实上沦为县级政府的派出机构，而乡（镇）政府的这种“依附型政权”特征，迫使在其中工作的某些干部向“谋利型政权经营者”靠近。赵树凯（2005）通过对税费改革前后乡（镇）政府的结构和职能变化进行跨区域比较，指出“维持社会稳定”是乡（镇）政府机构改革的重要约束力。
以上讨论有助于我们理解乡（镇）政府和村两委在当代中国地方治理中的工作重点。但是，这些研究要么是纯粹的理论分析，要么仅依据个别乡（镇）案例就得出了结论；即便部分学者的调研覆盖了一定数量的乡（镇），往往也没有充分考虑样本在总体中的代表性问题。就我们所知，迄今为止，在相关领域的研究文献之中，尚没有通过大样本随机抽样调查获取数据、系统反映乡（镇）政府和村两委在当代中国地方治理中实际工作职能的先例。中国科学院农业政策研究中心在2000年、2004年和2007年开展的六省连续跟踪调查数据，为我们填补这一研究空白创造了良好的条件。在分析上述实证数据的基础上，本章主体部分将分别总结当代中国乡（镇）政府和村两委在地方治理中的实际职能与工作重点，并对二者进行比较。