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也就是在这样的情况下，他走上了在19世纪的美国最能依靠自己创业的那些人的奋斗道路。但在这里也存在着一种差别，那就是在他自己意识中或在别人看来，他仍然是中国人。
这些矛盾在1886年（毕业的第二年）他回国的问题上急剧地表面化了。在大学里，同学们都喜欢他。有一个美国同学回忆道，“他脑子灵，力求准确而流利地使用英语，通常充满机智和幽默，脾气也好”。但一位虔诚的教授却找出了他的毛病：“看不出他对宗教有任何认真的兴趣。”但范德比尔特大学的头头脑脑们对他的兴趣所在正是要他作为一个宗教上的改宗者去向其他的中国人传道。校长马克谛耶主教——他同时负责南方卫理公会在中国的教会工作——坚持要把他尽快地送到上海去传教。
宋耀如自己在他的保护人卡尔的支持下却有另外的想法。他想继续去学医，然后作为一名教会医生回国。但马克谛耶不需要他做医生，也不愿意他过多地受教育或过多地美国化。他对上海的教会作了透彻的指示：“在他到中国人中去努力工作之前，不要把他身上那种‘中国佬’的味道都磨干净。”他还写道，不要让宋去当教师（虽然这是早先答应过的），而是让宋当一个名符其实的定期巡回传教士，“没有轿子就走着去”。他又进一步坚持只付给宋一个当地雇佣的中国人的工资，比一个只念过中国书的人还不如，虽然宋有一个美国大学的学位而且是从美国派下去的。马克谛耶带着一种吝啬加偏见的情绪写道，这样做是为了保证不把宋惯坏，成为一个“失去了民族性的中国佬，除非得到非分的报酬就不满意、不舒服……”换句话说，宋不但应该被置于“中国佬”的地位，并且不许有任何“傲慢”的想法。
就这样，宋被派出去传教，每月报酬只有15美元，传教的地方是上海郊区农村，那一带的方言他还听不懂。即使他想先回一趟海南去看望十年不见的家属的请求也被专横地拒绝了。
但这个年轻人不是马克谛耶主教或当地教会首脑林乐知（艾伦）博士所能轻易驯服的。宋查理在给美国一个朋友的信上写道：他不愿意被人看作“不忠诚的卫理公会教徒”。但他接着写道，“当时机成熟的时候，我将打掉目前这位上级以权威自居的态度……以及他对本地牧师的憎恶态度……他就是那个无视我一切应得权利和平等地位的人……”
宋查理对中国人爱国心和自尊心的维护可能部分地是出于对当时正在升级的对在美华人迫害的反应。在以前几十年间，大量华人被运送到太平洋彼岸去修筑横跨美洲大陆的铁路或开矿。现在他们被赶出一切行业，只能开洗衣作坊或种菜出卖；在许多西部城镇，他们被殴打、虐杀。
1882年，当宋查理还在美国念书的时候，美国国会通过了种族主义的排华法案。表决时201票赞成，37票反对，另有51人根本不把这事放在心上，没有来开会。赞成的国会议员们不仅来自反华的西部各州，也有来自南方各州的（宋在南方念书）。
事情正好是循环了一圈。1868年，美国还需要中国劳工时，以“行动自由”是“一种人权”为名，迫使清廷取消了往海外移民的禁令（尽管绝大多数华工远涉重洋都是由于外国募工者的强迫或欺骗）。现在，时间只过了16年，最繁重的体力活（如修筑铁路）都已干完了，“行动自由”就被遗忘了，门被关上了（特别是对东方人），而对于已经在美国的中国人来说，生活变得非常苦痛，他们只能“自愿”离去。
宋在美国期间，除了一些微不足道的受气的事之外，他自己没有受什么罪。尽管有许多美国人对他友善热诚（这是他会铭记在心的），他对其他华人的悲惨遭遇是不可能视若无睹的。回到自己的国家里，他的感受也没减弱。他回国的那年，即1886年，在中国爆发了一场反对教会的运动，以报复美国对华人的虐待。在北京的外国外交官们，像他们在那时习惯所做的那样，以威胁态度要求中国朝廷进行镇压。1887年，媚外惧外的清廷下令中国人须“与基督教士和睦相处”。宋查理在范德比尔特大学一个同学步惠廉的儿子詹姆斯·伯克这样写道：“美国教会称赞中国方面‘志愿’实行宗教信仰上的容忍，但美国却仍然让中国居留民去忍受暴徒们的肆虐，且不说用排华法案去羞辱中国。”
由于这些原因，宋查理从来没有表示过想再到国外去居住的念头。尽管他决心让他所有子女去美国上大学，他却从不鼓励他们中任何一个人在国外定居。相反，当子女们在国外留学的时候，他总是想尽办法使他们了解国内的事情，有时写信、有时寄剪报去。他这样做是为了使子女们产生对中国伟大过去的崇敬之情，为它当前所受的羞辱和所处的落后状态感到不满，并且相信只要取得进步，中国的未来仍将是伟大的。
他肯定是不愿意让他的后代完全变成洋人的——特别是那种挥霍成性的洋人。当他发现在某个子女身上有这样的苗头的时候，曾大发雷霆，对他的一个朋友说：“别送你的孩子出国。他们回来就什么都看不上眼了。……‘爸爸，我们为什么不要一所大一点的房子？爸爸，我们为什么不装修一间现代化的浴室？’听我的话：把孩子留在国内。”
在上海，正如他同教会头头们打交道的经历所显示的那样，他遇到了曾在美国见过但却以另一种更加骇人听闻的形式出现的双重标准。在这里，他没有在美国那么多的外国朋友，而外国人那种自以为高人一等、对中国人颐指气使的态度更难令人容忍——因为这里究竟不是他们自己的国家。虽然他不排外，他的民族主义思想加上他渴望中国在世界上获得平等地位，使他成为一个中国现代化的促进者。他对基督教的信仰仍然保留着，但这使他只是越来越紧密地同中国的基督徒联结在一起，而同外国传教士的关系却越来越疏远了。
这位年轻中国传教士在上海早年的日子是不容易熬的。他很穷，穿着从国外带回来的洋服，显得“怪模怪样”——而且这些洋服也越穿越破旧了。实际上有些中国人把他当成洋人。“外国人把我作中国人对待，而在这里，中国人却说我是个外国人”。据记载，他对美国老同学步惠廉诉苦时就是这样说的。
他布道时，别人几乎听不懂，因为这里的方言同他的海南话完全不一样。他到一个“上等家庭”去教英文，但因为他的样子同中国传统的硕学大师的形象太不一样，学生们就在背后取笑他。（他当时教过的学生中有一位是后来备受西方政界和学界尊崇的中国学者和外交家胡适博士。）
在上海，有一件事情对他的未来起到了关键作用，那就是他同在波士顿碰到的两位留学生牛尚周和温秉忠保持了友好关系。他们带挈他同城里一些富裕的中国基督徒家庭相识，特别是同倪家（牛、温两人都娶了倪家的姑娘）。这个倪家同当地一个古老而独特的名门望族，即明代著名学者、礼部尚书、文渊阁大学士徐光启（1562—1633）的后裔联姻。徐光启早在1603年就接受外国耶稣会士的传教，信奉天主教。更重要的是，他是把西方科技引入中国的先驱者。他是第一个把欧几里得几何学以及其他西方三角学、水力学、天文学和地理学著作译成中文的人——多数情况下是同著名的意大利传教士利玛窦合作的。他还独立写出在应用数学方面中西方法比较研究的著作。他还在他的出生地上海市郊徐家汇筹建天文台和气象台。徐家汇天文台后来享有国际声誉，几经扩建后至今仍是中国主要的天文研究中心之一。
倪家有一部分人继承了祖上信奉天主教的传统，几乎每一代都有男人当了传教士。另一部分则改信基督教。倪桂珍的父亲是耶稣会牧师，母亲就是前面提到的徐光启的后裔，两个姐姐分别嫁给牛尚周和温秉忠。牛、温两人都觉得宋耀如会成为一个好丈夫，就为他们的小姨做媒。