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徐世昌就任总统后，国内和国际的政治局势都有了进一步的变化。1918年11月11日，德国代表在巴黎东北部康边森林福煦将军的行军火车上接受了投降条件，第一次世界大战正式结束。国际上这时候出现了一股和平的潮流，而国内人民由于饱受内战的磨难，也十分渴望南北统一，一时间和平的空气也甚为浓厚。徐世昌为了提高自己声誉，巩固地位，决定抓住这个机会做一番和平统一的功夫。因此，他上任后做的第一件大事就是积极筹措南北和议。
徐世昌热衷于此，主要还是针对段祺端和安福系的，这也是他联合桂直以制皖的具体步骤。早在段冯相约下野前，直系和桂系之间已经结成联盟，到了吴佩孚崭露头角后，这种联盟就已经完全公开化了。他们主和的目的就是为实现桂系和直系军阀的政治分赃，美其名曰“和平统一”。但段祺瑞别有野心，因此在这一问题上就产生尖锐激烈的冲突。与此同时，孙中山的“护法”主张也为西南军阀所不容，在他们的排挤下，孙中山只好愤而离开广东回上海。当时直系希望通过和议进一步打击、削弱段祺瑞和皖系，而西南桂滇军阀则希望利用这一机会彻底排斥孙中山。在这一问题上，双方又进一步加强了联盟。至于徐世昌的用心那就更清楚了，即审时度势，再收渔利之功。
南北和议的召开，对段祺瑞和皖系来说，是政治上的又一次挫败。但潮流所趋，加上国内国际的压力，段祺瑞不便公开反对，同时由于吴佩孚在前线“倒戈”，战事已进行不下去了。段祺瑞也想借和议之机喘息一下，一切留待参战军训练好后再作筹划。不过，对徐世昌、直系和西南军阀的暗中活动，他很警惕。为了确保自己的利益在和议中不受损害，他采取了一个关键的措施，即在北方代表中安插了不少安福系的人。首批代表中，总代表朱启钤为徐世昌所派，直系占二人，皖系占二人，其余五名皆为安福系或附属于安福系的，由吴鼎昌为首，暗中左右，听命于段祺瑞的指挥。
北方代表各自为政，南方代表更为复杂。当时广州军政府有七个总裁，代表着各派系的利益，此外，广东、福建、贵州、四川、陕西、湖南六省的地方势力又各成系统。代表由每省推派，各为其主，无法统辖。
为了对抗直桂联盟，段祺瑞和皖系中的一些人都觉得有必要联络孙中山，与国民党结成同盟。他们认为皖系和国民党有共同的敌人，在这一问题上是可以合作的。因此，在和会期间，段祺瑞先后两次派吴鼎昌和王揖堂去拜会孙中山。这是皖系联合孙中山的第一次试探，但由于孙中山坚持以恢复国会为先决条件，这次试探没有得到结果。
5月8日，徐世昌的亲信钱能训在学潮和安福系的夹攻下提出辞职，6月13日，财政总长安福系龚心湛暂代国务总理，同时又增补了几位安福系阁员，此时的内阁实际上已成了清一色的安福系内阁。徐世昌完全被架空了。
直系当然不肯甘心，大肆展开抨击。吴佩孚又一次打先锋，长江三督也摇旗呐喊。龚心湛被迫辞职。9月24日，原陆军总长靳云鹏出任总理。
靳云鹏上台是直皖及各派系斗争的一个微妙的结果。
靳云鹏是段祺瑞手下的亲信之一，但同时又是曹锟的结拜兄弟，与张作霖系儿女亲家，徐世昌和他的关系也不坏，因此在总理人选相持不下时，他就成了几方面共同认可的人物。更重要的是，靳云鹏和徐树铮及安福系是死对头，曹锟、张作霖和徐世昌都想利用这一点来对付他们共同的敌人。靳云鹏上台后，就连直系中公开唱“红脸”的吴佩孚也打来了贺电，这就很能说明问题。
安福系虽然极力反对靳云鹏上台，但由于上述原因，且段祺瑞也同意此事，这一努力未能奏效。
靳云鹏和安福系的矛盾早在组阁前就已是短兵相接。这首先是由于他和徐树铮的矛盾造成的。在钱内阁里担任陆军总长时，他就经常受到安福系阁员的围攻，财政总长龚心湛还多次在内阁会议上当面和他争吵谩骂。但每次闹到段祺瑞那里后，段祺瑞总是偏向安福系的时候多。有一次内阁会议上，靳云鹏站在陆军部的角度，就各军欠饷问题又和财长龚心湛大吵起来，争吵中涉及到了参战军军费的秘密来源。这是十分敏感的问题。安福系立即向段祺瑞告状。段祺瑞很恼火，便把靳云鹏找来狠狠地训斥了一顿。靳云鹏想解释，段祺瑞也不听。他气呼呼地指着靳云鹏的鼻子说：“你混蛋！你吃里扒外！”
靳云鹏感到很委屈很窝囊。段祺瑞笃信徐树铮和安福系，渐渐使他产生脱离皖系的念头，这次组阁时，他暗中和徐世昌、曹锟、张作霖等联起手来，就是打算搞垮徐树铮和安福系。对于安福系提出的名单，他当然不同意。为了压服安福系，他将自己提出的名单事先征求曹锟、张作霖等各省实力派的意见，得到了他们的支持，并取得徐世昌的同意，与此同时他又面见段祺瑞，请其审定。在这份名单中皖系居多，段祺瑞当时也没有异议。靳云鹏的腰杆便硬了起来。
安福系见靳云鹏不接受条件，尤其是他们垂涎的财长一职由他人占据，于是便扬言要在国会中否决靳内阁，同时派人进一步和靳云鹏讨价还价。然而，靳云鹏的态度十分强硬。他说：“内阁名单已定，宁可辞职决不更动一人！”
曹锟、张作霖等实力派纷纷来电，支持靳云鹏，电报中不乏对安福系的威胁之辞。一贯受段祺瑞支持而目空一切的安福系，对于靳云鹏搬动督军的做法，更加愤怒。双方进一步对峙，剑拔弩张，互不相让。
本欲做总理的徐树铮这真是偷鸡不成反蚀把米，他万没想到靳云鹏竟会采取这么激烈的手段，这时徐树铮正在库伦代表北京政府解决外蒙独立问题，11月17日，库伦当局接受了北京的条件，正式宣布外蒙取消独立，仍归属中国，并声明前与沙俄政府所订各项条件均为无效，消息传回北京，徐树铮的所谓“兵不血刃”解决了外蒙独立之事，被视为了莫大的功劳，不少人对此大加赞扬和吹捧，一时间，徐树铮成了英雄，段祺瑞乐得嘴都合不上了，马上发了贺电给徐树铮。这安福系和靳云鹏争执不下，早使徐树铮“身在曹营心在汉”了，接到段祺瑞的贺电后，他决定趁热打铁，即日便回了北京。
徐树铮回到北京后，立即就靳云鹏利用督军压国会的做法，在段祺瑞面前对靳去鹏进行了攻击。他说，靳云鹏压制国会就是压制督办。他又列举了靳云鹏和曹锟、张作霖、徐世昌等人私下来往的一些事情，进一步挑动说：“靳云鹏哪里还像是督办的部下？简直成了曹锟、张作霖的狗腿子。”
安福系的人更是公开散布，靳云鹏背叛了长官，背叛了段督办，是个无耻小人。
段祺瑞对这些话虽然并不全信，但也不能完全不信。靳云鹏和曹锟、张作霖素来往密切，他早有觉察，加上曹锟和张作霖等为了支持靳云鹏组阁，不断有电报来施加压力，段祺瑞心中本来不悦，徐树铮回京后，把这些事联系起来一分析，他就觉得事情是有预谋的，靳云鹏想挟外力以自重，不禁大为恼火。靳云鹏提出的内阁名单原先是征求过他的意见的，这时候他也突然间不同意了。
靳云鹏很意外，亲自跑来找段祺瑞。段祺瑞说：“这事你心里还不明白吗？”
靳云鹏知道其中必有缘故，便说：
“名单不是事前呈送督办看过，督办也同意的吗？是不是有人又在督办面前说了什么？”
“还用别人说吗？”段祺瑞突然拿起几份电报摔到靳云鹏面前。这些电报都是曹锟、张作霖等人打来，劝说段祺瑞支持靳云鹏的。“你自己看看吧！好嘛，你也学会到处搬救兵了！”
靳云鹏有口难辩。过了几天，他又去段府，请段祺瑞就阁员名单具体示下。段祺瑞说：“我不管。你是总理，你自己看着办。”
靳云鹏知道段祺瑞的屁股又一次坐到徐树铮那边去了。他不接受安福系的条件，阁员名单就不可能得到通过。于是，在组阁问题上一直僵持不下的局面发生了根本的逆转。
徐树铮重新占了上风，权势越加显赫，几乎到达一手遮天的地步。他不仅能够操纵国会、内阁，而且还公然以“西北王”号称，与四省经略使曹锟、“东北王”张作霖相提并论。
北洋政府时期的官制是相当混乱的，一些头衔完全是因人或因实力而随心所欲地制定。袁世凯当政时，为了笼络张勋和陆荣廷，曾先后任命他们为长江巡阅使和两广巡阅使，这就出现了高于督军的巡阅使职务。段祺瑞发动二次南征时，为了拉拢曹锟为自己出力，别出心裁地设置了四省经略使委给曹锟，这就使曹锟的职位在原先节制两省的巡阅使之上又升高了一步。张作霖统一东北后，北京政府封他为东北巡阅使，其地位也高于原先节制两省的巡阅使。这样，曹锟和张作霖的地位便不相上下，成为各省军阀中地位最高的。但是，就在这前后，徐树铮也被任命为西北筹边使，同样节制四省，这就使曹锟和张作霖感到不满了。尤其是张作霖，认为徐树铮节制四省，地位已超过了他，更是耿耿于怀。
最使曹锟和张作霖担心的是，参战军的三个师四个旅已经筹建完毕，并有进一步扩展之势，这对他们实在是一个严重的威胁。张作霖本来和曹锟互争雄长，敌意甚深。在主战、主和之争时，他也积极支持段祺瑞，一度和徐树铮扯在一起，打得火热。当时张作霖还没有统一东北，他需要借助段祺瑞和皖系来实现这一目的，同时在他心目中，直系尤其是曹锟始终被认为是一个潜在的最大的对手。但是，随着徐树铮实力的不断扩展，张作霖认识到徐树铮是一个比曹锟更可怕更危险的敌人。
因此张作霖和曹锟进行了一次秘密的会谈，1919年秋，瑟瑟的落叶已经预示着冬天就要来临了，政府大楼里，张作霖和曹锟在经过一系列试探后终于在这碰面。曹锟直瞅着张作霖，满含深意地说：“我看徐树铮现在是越来越风光了，政治上有能量，军事上有实力，而且又是段督办身边的大红人，这以后，看样子真就是姓徐的天下了。”张作霖明白曹锟的意思，可也不敢先就把反皖的意思说明，所以也拐了个弯说：“从秦皇岛截械和枪杀陆建章，就可以看出，徐树铮确实是心狠手辣，果敢妄为，此公要是成了气候，必无别人立足之地！”曹锟一看时机已到，便说：“我知道你张大帅是个值得信托的人，现在，如果让徐树铮继续发展下去，必将危及我们的利益，所以我们敞开窗户说亮话，现在徐树铮是我们的共同敌人，希望我们能联手抗徐。”张作霖一听这话正合心意，两人一拍即合，这样，秋冬之季，七省反皖同盟就在这个背景下秘密成立了，七省反皖同盟首先是直系四督曹锟、李纯、陈光远、王占元所控制的直隶、江苏、江西、湖北四省，外加张作霖所控制的东北三省，七省反皖同盟的成立，预示着一场更大的风暴即将来临。
1920年1月17日，曹锟将吴佩孚请求撤防的电报转给北京政府，电文苦诉全体将士远离家乡，缺粮断饷的困难处境，坚决要求立即撤兵。
北京政府不予批准，曹锟决定同意吴佩孚采取自由行动。30日，南方军政府决定秘密接济直军开拔费60万元，吴佩孚遂与南方军政府相约，直军开拔后，由湘军接收防地。吴佩孚还与南军共同组织所谓“救国同盟军”，相约倒段后共组南北统一政府。
吴佩孚采取自由行动的呼声日紧。对皖系来说，这是极严重的事情。
皖系开始行动起来，暗中调兵遣将，2月中旬，段祺瑞借口河南督军纵容其弟赵杰卖官鬻爵，强迫靳云鹏撤换赵倜，改派吴光新为河南督军、王印川为河南省长，同时密电吴光新令其率长江上游警备军速开信阳。这是段祺瑞阻止直军北归的一个重要步骤。河南是湖南通往京津的必经之途。
这一举动立即遭到直系和反皖同盟的激烈反对。2月26日，段祺瑞指使内阁会议强行通过对吴光新和王印川的任命。但徐世昌却拒绝盖印发表，他只同意改派河南省长，不同意更动河南督军。他说：“我是河南人，别的事可以不管，但河南的事一定要管。我不能眼看着河南父老惨遭战火蹂躏。”
结果，这一计划没能实现。但是却把赵倜逼上了反对面。他决定加入反皖同盟，于是七省反皖同盟开始变成八省反皖同盟，声势进一步壮大了。
段祺瑞知道事情严重了，但他仍然想挽回局面，使这场迫在眉睫的公开决裂能够避免。3月18日，段祺瑞秘密到达保定，要求曹锟制止吴佩孚自动撤防，在中央未有明令以前，不得自由行动。
但是，就在同日，北京接到张敬尧的电报，说吴军撤防已经开始。电报说：
“前线防线顿行空虚，务恳查照迭电所传，速拔军队前来填防。”
看来，事情已无可挽回了，段祺瑞回到北京，立即召集亲信密议。徐树铮和一些幕僚们认为，直军北归势必危及京津，参战军将处于直奉军夹击之下，腹背受敌。因此，他们主张先下手为强，迅速调集张敬尧和吴光新的部队，在洞庭湖一线布防，切断吴佩孚北返路线。
1920年3月上旬，吴佩孚派人将官军七百余家眷护送北归，并电请张敬尧准备派兵接收直军防地。曹锟从保定向北京政府连打六电要求准允官军撤防，段祺瑞在毫无办法的情况下，干脆用北京政府的名义直接命令曹锟，不准直军撤防，又用陆军部的名义命令吴佩孚，在中央未有明令前，不得自由行动，曹锟遂电北京政府：“现该军眷属业已北上，归志已决，无法挽回，务请速发欠饷及开拔费，并电令湘督接防，迫切待命。”吴佩孚撤防北归，即意味着直皖一战，南军可以随时随地北伐进攻，这样就使段祺瑞的“武力统一”政策破产，同时也会直接形成对控制中央政权的皖系军人集团的致命威胁。因而，3月上旬，段授意安福系补选曹锟为副总统，以挽救直军撤防所造成的严重政治危机。也就是说如果曹锟接受当副总统，便要保证吴佩孚不撤防。但曹锟对此已不感兴趣，八省联盟的督军都指使本省籍议员不得出席副总统选举，安福国会虽开会要选举副总统，却两度流产。
直军在湖南撤防之前，段祺瑞早已估计到这不仅仅是撤防的问题，下一步定然会发展到直皖两系你死我活的斗争，因此，积极采取步骤，准备先发制人。4月下旬，在陕西的奉军许兰洲部忽然向华阴、潼关观音堂移动，段祺瑞怀疑奉军目的在于移向河南平原，策应直军北进，他曾指使陕西省长刘镇华派兵偷袭奉军。镇嵩军一度与奉军发生冲突，但因其兵力单薄，冲突随即停止，5月17日，段祺瑞召集紧急“团河会议”，一方面决定逼迫总统徐世昌电嘱曹锟劝阻吴佩孚撤防；另一方面作了一系列军事部署。首先召徐树铮，并将全部西北边防军调到北京附近；令湘督张敬尧即派暂编第二师师长兼湘南镇守使吴新田赴衡阳商洽接防；再是决定段祺瑞亲自出马担任川陕剿匪总司令，率领边防军第一、三师向陕西出发，“讨伐”陕西民军和川滇靖国军。段祺瑞的这一布署，实际上是声东击西的策略，真正目的并不是向陕西进兵，而是准备在郑州设立总部，先驱逐河南督军赵倜，然后派军防守京汉路南段，堵塞直军归路。如果直军敢于强行通过，就在河南平原予以迎击。段祺瑞认为在河南平原同直军作战，不但北京根据地不致受到战火的威胁，而且山东、安徽两省皖系军队可以出兵侧击直军。就在段祺瑞准备带兵出征陕西时，消息传到关外，张作霖立刻借口边防军出动、北京防务空虚为由，要求奉军开进关来“拱卫京师”。如果北京让奉军来“拱卫”，段祺瑞只能成为张作霖手中的高级政治俘虏，这个争取主动作战的计划只得被迫放弃。
5月17日，段祺瑞在南苑团河举行军事会议，商讨迎战吴佩孚。出席会议的有皖系高级将领段芝贵、魏宗瀚、边防军第一师师长曲同丰、第二师师长马良、第三师师长陈文远等。段祺瑞当时有一个想法，即把边防军主力迅速调往河南，赶走赵倜，然后在平原地带和吴佩孚的直军展开决战。这样做的有利因素是，一旦战争打响，安徽的皖军可以从东边出动，展开侧击。但是，就在这时候，张作霖的奉军已在华阴、潼关一带集结。如果边防军主力调往河南，北京空虚，极易为奉军所乘。因此，段祺瑞不敢贸然采取这一行动。
正在犹豫间，吴佩孚部已渡过洞庭，越过岳阳，6月11日到达汉口，这里已是王占元的地盘。吴佩孚得到接济后，大宴三军，鼓舞士气，接着长驱直入，6月7日进驻河南郑州，一边与驻扎在洛阳的西北边防军展开对峙，一边摆开一副虎视直隶、随时直捣京津的架势。
战争一触即发。