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把零星道理连成一片，使之贯通或一致，是论理自然而然产生的进一步要求。
我们格这一物悟出一个道理，格那一物悟出一个道理，这些道理，也许互相支持，也许“并行而不相悖”；也有可能，东一处西一处的道理，本来都言之成理，放到一起，却互相抵牾。《列子·汤问》里面有“两小儿辩日”：一个小孩说太阳早上出来的时候挺凉的，到了中午就热起来，热的东西当然是离我们越近越热，可见太阳在中午离我们近些；一个小孩说，太阳刚出来的时候那么大，到了中午就变小，什么东西都是离我们越远就越小，可见太阳中午离我们远些。两个孩子各自所持的道理都是再自然不过的常理，这个故事妙在找到一个焦点，让两种显然各自成立的道理互相冲撞。
穷理的基本努力在于贯通道理 ，把不相连通的道理连通，找出矛盾的症结，把它松解。陆九渊批评朱熹，说他不是见真道的功夫，今日格一物，明日格一物，便支离了。这个批评偏颇。朱熹原是以贯通来解说格物致知的，“所谓致知在格物者……一旦豁然贯通，众物之表里精粗无不到，吾心之全体大用无不明” 〔《大学章句》〕 。一个没有把种种道理融会贯通的哲学家叫什么哲学家呢？
在系统说理的努力中，穷理者最需要培养的一种敏感，是觉得出何时道理贯通，何时只是面子上把话说圆。
自圆其说
、
把话说圆
这些话有双重含义。正面的意义是把道理贯通。另一个是贬义，大致是说“仅仅把话说圆了，道理没有圆”，相当于说，天花板渗水，我不去修补天花板，只是抹上一层白灰让我们看不见水渍。想当然地在图纸上把道路都连在一起，不等于道路已经连通。道理的贯通并非只是在道理世界中连通，融会贯通，是要让道理在事中贯通，所要贯通的是事理，即世界的道理，并把这些道理融会在我们的经验、情感、行为之中。唯融会贯通的道理才是真道理，否则成了没有体悟的“从概念到概念”。
系统说理通过一套原理贯通各种具体问题。一部论理著作，洋洋洒洒数十万言，读者有时觉得，其中心思想可以用五百言说清楚。不少作者的确啰唆，经常，啰唆是由于问题没想清楚，这些且不去说他。但洋洋数十万言不一定都是啰唆。根本的道理，也许三言两语就说尽了，甚至不说也罢。难倒难在碰上具体的困惑，那套原理怎样来解惑。原理在它解释具体困惑的范例中呈现其力量。道理原从事上才真切理会得到，所以， 穷理必依乎格物 ；“耻一物之不知”这个要求也许过高，但确实可说“非真积力久，与多学而识，则固无所据为一之贯也” 〔章学诚，《原道》下〕 。原理并不是几个现成的句子，原理的力量端在于打通这处那处的困惑：“故必推极其虚灵觉识之知，以贯彻无间于天下公共之物，斯为儒者之学。” 〔黄宗羲，《明儒学案·甘泉学案六》〕 今日格一物，明日格一物，确有支离的危险，但若不面对这危险，必流于些空道理。独自关在屋里想得头头是道，一片得道之感，到了实际生活中，事事不得其道，学儒以为治道在胸，不知钱米，学佛超乎色相之外，遇事慌张焦虑。贯通不是顺顺溜溜发展，而是克服。
贯通起步时，是用已经确实明白的道理来解释尚不明白尚不确实的，“学者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之” 〔朱熹，《大学章句》〕 ，但已经确实明白的道理并非现成不变，它只有在贯通的进程中才变得更加明白，更加确实。贯通和格物循环往复，周行不殆。要把一个棚子搭建结实，一开始立下的木桩必须比较牢固，但唯当这些木桩经由整个构架连成一体，它们才真正立牢，不再摇摇晃晃。我们努力贯通各种理解，各种理解的互相支持使得每一种理解更加确实。