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我们在多种多样的意义上问一件事情的所以然。若问钟表的指针为什么转动，我们得打开表盖，查看里面的齿轮发条，这里问的是钟表的机制；我们问武松为什么杀死潘金莲，问的是他的动机。前面说，你开车追尾，交警不会问你为什么，因为你并没有追尾的动机，但是交警可以在另一意义上问为什么，比如车速过快或刹车失灵。究竟有多少种为什么，至少得写一篇博士论文来加以讨论，不过，粗说起来，我们大致可以把为什么分成机制和理由。顾城把妻子杀了，就算刑侦人员把他怎样实施谋杀的每一个细节都调查清楚，甚至我们设想生理学家把顾城当时的内分泌变化都调查清楚，我们可能还是不明白他为什么会做出这样的事来。
古人追问事物的所以然，并不把机制和理由分得清清楚楚，这多多少少是由于，在古人看来，事物之所以具有这样那样的机制，本来是有理由的。这有点儿像我们在研究生物机理时的想法，长颈鹿为什么脖子这么长？我们是在问长颈鹿脖子越来越长的机制，但这个机制背后还有一个进化论的理由。
由伽利略、笛卡尔、牛顿等新哲人发展起来的近代科学对所以然的理解发生了根本的改变。伽利略明确宣称，科学只问事物的怎样，不问事物的目的和理由，前人把这两种所以然混在一起，结果，对世界的认识始终含含混混，不可能取得实质性的进步。
从前，天下形形色色的道理是通过理由连成一片的，现在，科学放弃了对理由的追问，但科学并非退回到零零星星的所以然。科学也追求整体性，不过，这个整体不再是网络式的融会贯通，而是建筑式的层层还原。世界这个大机制的最基础的一层是量子物理学，其上是化学，其上是生物学，其上是生理学，其上是心理学。每一个层次的所以然，由下一个层次的所然来解释。粉笔为什么是白的？因为粉笔是由碳酸钙做成的，碳酸钙吸收红外波段和紫外波段的光线，不吸收可见光，所以，各种可见光都从粉笔反射回来，合在一起就是白色。为什么碳酸钙只吸收不可见光呢？因为原子和分子所吸收的光子的能量必须与它们自身能量级别之差相应。为什么原子和分子的能量级别是离散的？这要用描述原子和分子行为的波函数方程来解释。这一层一层构成了世界的整体机制，世界就是这样一个大机器，这个世界机器没有目的。天下的事情不再被分成有些事情有缘故有道理而有些事情只是偶然如此，在一个层面上偶然如此的事情，从更基础的层面上看，其实“必然如此”。你好像偶然忘记钥匙放在哪儿了，但我们可以在潜意识里找到遗忘的原因。