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本书的研究力图从小处着手，大处着眼，将宏观分析与微观的研究有机结合。在研究方法上将质化研究与量化统计，实证分析与理论思辨相融合从而推进知识生产与更新。
①宏观着眼与微观着手（big thinking and small doing）：由于居委会处于国家与社会链接的节点上，本书从小处着手通过聚焦于城市居委会组织的建立、发展、失范、恢复、重构的历时性研究，折射出城市基层治理的结构与变迁，在此基础之上置身于城市基层社会的“现场”——如何通过有效的基层治理以实现社会和谐，推进民主生长的共时性研究，从而实现国家与社会之间的相得益彰与良性互动。对于城市基层治理的研究置身于中国的现代化与社会转型的大历史（macro-history）背景下思考，提供有全球意义的地方性知识。
②质化分析与量化研究（qualitative and quantitative analysis）：质化研究的优点在于深描（deep description），以深入社区观察为起点，采用问卷调查、深度访谈、重点关注组等方式获得第一手资料，将研究建立在学术积累，反思、比较、批判和严格完整的逻辑推理基础上；量化分析在运用统计技术的基础之上，收集相关实证数据，考察事物“量”的规律性，在数据的框架下予以精准分析。
在研究过程中笔者重点对下列五组人进行深度访谈：社区居委会成员、社区党委成员、社会组织成员、相关政府部门的公务人员、社区民众。对于特别合作、了解情况的重要受访人，进行多轮访谈。首先是开放性访谈，鼓励访谈对象畅所欲言。该轮访谈的主要目的是发现基层治理相关的问题，特别是现有研究没有注意到的问题。这轮访谈也将有助于建立受访人对访谈人的信任。其次是半开放的，根据对第一轮访谈的分析，进一步拟定对各个受访人的采访问题，亦将跟进访谈中出现的重要话题。第三轮访谈是深化性的，通过此轮访谈进一步把握细节性问题。
透过质化与量化研究的结合，试图从城市基层社会真实世界的经验材料中寻找一种结构性的变迁轨迹，以期解释实际运行中的社会现象，分析治理变迁中的因果规律。
③实证分析与理论思辨：以微观的基层社会和民众为切入点，从中国实际中提炼问题意识和分析模式，在第一手资料的基础之上构建研究的结果与理论，运用档案文献与实证调查具体剖解国家干预如何影响和形塑基层治理运作的价值取向和政治格调，将研究建立在对经验的观察与思考基础之上。
在宏观维度层面，运用国家与社会关系理论的逻辑思考，梳理城市基层治理的历史渊流、衍变过程，取用市民社会理论、博弈论、治理理论、范式理论以探索如何通过优化基层治理，构建社会和谐与政治民主有效生长的路径依赖。