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思想政治教育本科专业在我国高校虽然已有30多年历史，但相对于哲学、经济学、法学、社会学等其他专业而言，仍是一个年轻的专业。正由于专业发展历史不长，因而专业的培养目标、学科发展、人才培养、专业特色等方面还未形成比较成熟的思路与做法，实践中表现为随着我国经济社会发展对人才培养需求的变化，专业面临着一系列发展中的现实困境。
全国各个高校的思想政治教育专业的培养目标基本上还是遵循着1998年教育部制定的《普通高等学校本科专业目录和专业介绍》中的目标定位，即“培养能在中等以上学校从事马克思主义理论和思想政治教育教学与科研工作，以及能在党政机关、企业事业单位从事思想政治工作的专门人才”。客观而言，上述有关思想政治教育专业培养目标的定位有其历史合理性，它适应了20世纪80—90年代思想政治教育专业发展的现状及社会对于思想政治教育人才培养的需求。现在回过头来看，20世纪80年代、90年代毕业的思想政治教育专业本科生基本上都流向了中等以上学校和党政机关、企事业单位，而且都成了思想政治教育教学、科研与实践工作的骨干。但是随着社会对于思想政治教育专业人才质量、规格需求的变化，再加之现实中思想政治教育理论与实践工作的替代性较强，教育部拟定的培养目标事实上已经不能有效回应我国教师教育改革发展的新形势，不能很好地适应基础教育改革、经济社会发展新形势对思想政治教育专业人才培养提出的新要求，与思想政治教育专业本科毕业生的就业发展状况亦相去甚远。培养目标对社会需求的滞后性，使得各高校思想政治教育专业本身的人才培养、就业等受到了严峻挑战。
作为马克思主义理论一级学科下的二级学科，思想政治教育学科的发展明显落后于其他二级学科。一是表现为缺乏高质量有影响的思想政治教育研究成果；二是真正从事思想政治教育研究的人才缺乏，“在思想政治教育专业领域，真正搞学术研究的人少，即便有一些，最终也是挂思想政治教育的‘名’，行其他学科的研究之‘实’”。从专业与学科的关系来看，思想政治教育学科的发展特别是科学研究水平，直接制约着思想政治教育专业建设的深度与视野；反过来讲，如果思想政治教育专业不能得到其学科研究的有力学术支撑，也无法为思想政治教育学科研究提供高质量的专业人才。
影响与制约思想政治教育人才培养质量的因素主要有培养方案、教学模式、学业评价机制。从目前各高校思想政治教育专业的培养方案来看，由于专业的意识形态性使命，30多年来思想政治教育专业培养方案中的专业课程设置几乎没有多大的变化，主要还是马克思主义理论、思想政治教育为主的两大模块课程，这就使得学生的知识结构太过“专业化”，即专业口径太过狭窄，直接影响了学生的就业出路。至于教学模式，目前思想政治教育专业的教学模式仍以理论教学为主，缺乏具有现实针对性的、以增强学生社会适应性与专业实践能力为主要目标的实践性教学，这也不可避免地制约了该专业学生就业能力的发展。从学业评价机制来看，目前考察思想政治教育专业学生学业成绩和人才培养质量实效性的主要标准仍然是专业文化知识的考核，而有关社会实践、创新创业等方面能力的考核则缺乏刚性与有效的评价机制与标准。
坚持专业发展的特色是包括思想政治教育专业在内的所有学科获得可持续发展的基本做法，也是实现思想政治教育专业理论和实践创新的基本方式。相对于其他学科而言，思想政治教育专业的发展特色并不明显，尽管国内一些高校的思想政治教育专业结合自身的办学定位、学科优势、地域特点与办学资源在形成专业发展特色问题上也做出了相应的改革，如结合专业特点举办以宣讲党的理论路线与方针政策为主要任务的大学生理论宣讲团、结合专业所处院校的办学资源创新思想政治教育的形式与研究内容等，但基本上是对培养方案的补充，并不能从整体上促进人才培养质量的提升。