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近代以来，由于工业化、城市化的兴起，人们对长达万年以上的农业文明采取了漠视甚至否定的态度，大量农业遗产未曾列入研究和保护的范围。随着工业化和城市化带来的种种弊端的凸显，人们开始重新审视和重视农业文明社会中积累的尊重自然、与环境相协调的循环经济形态，讲究建立与环境相和谐的居住空间和居住形式，追求“天人合一”的理念，通过适度的水利工程改善居住环境和生产条件以及那种恬适自然有所节制的健康生活态度和相关信仰、知识系统等种种成就，并试图将这些成就给予永久性保护和合理的利用。
2002年8月，在南非约翰内斯堡召开的可持续发展全球峰会上，联合国粮农组织（FAO）提出并发起了“全球重要农业文化遗产伙伴关系计划”，旨在保护和维持这些濒临灭绝的具有重要价值的农业系统。同年，联合国粮农组织（FAO）在全球环境基金（GEF）支持下，联合有关国际组织和国家发起了“全球重要农业文化遗产（Globally Important Agricultural Heritage Systems,GIAHS）”保护与适应性管理项目，旨在建立全球重要农业文化遗产及其有关的景观、生物多样性、知识和文化保护体系，并在世界范围内得到认可与保护，使之成为可持续管理的基础。
2005年，联合国粮农组织在6个国家选择了5个不同类型的传统农业系统作为首批GIAHS保护试点，其中我国浙江的“青田稻鱼共生系统”被列为首批保护试点之一。截至2014年5月，全球已经有13个国家具有典型性和代表性的31个传统农业系统被评选为GIAHS保护试点，其中中国有11个，位居世界各国之首。
中国是最早响应并积极参与GIAHS项目的国家之一，并且农业文化遗产及其保护工作走在世界前列。自2004年开始，在联合国粮农组织的支持下，在GIAHS项目秘书处、FAO北京代表处，有关地方政府的积极配合、相关学科专家和遗产地人民的积极参与下，我国的农业文化遗产保护工作在示范点选择与推荐、保护利用与经验推广、科学研究与科学普及等方面开展了卓有成效的探索，初步培育了农业文化遗产这一新兴的多学科交叉的重要研究方向，成为国际农业文化遗产研究的重要力量。中国科学院地理科学与资源研究所、南京农业大学、中国农业博物馆、华南农业大学、浙江大学、中国农业大学、中国艺术研究院等科研究机构和高等学校，围绕农业文化遗产的史实考证与历史演进、农业生物多样性与文化多样性特征、气候变化适应能力、生态系统服务功能与可持续性评估、动态保护途径以及体制与机制建设等内容开展了较为系统的研究。相关学术交流平台也逐步建立起来，在Journal of Resources and Ecology、《资源科学》、《中国农史》、《中国农业大学学报（社会科学版）》、《中国生态农业学报》等学术期刊上开设“农业文化遗产专栏”；《中华遗产》、《世界遗产》、《人与生物圈》、《中国国家地理》、《生命世界》、《世界环境》等科普杂志也刊发“农业文化遗产”专栏或专题文章，《农民日报》也开辟了“全球重要农业文化遗产”专栏；专家学者在PANS、Tourism Geography、Frontier of Environmental Sciences等期刊发表了百余篇中英文研究论文；出版了《农业文化遗产研究丛书》、《江苏农业文化遗产调查研究》等专著、论文集20多部。
自2009年GIAHS项目在中国正式启动以来，在保护途径探索与试点经验推广、GIAHS的选择与推荐、中国重要农业文化遗产发掘、管理机制建设、科学研究与科学普及、公众宣传与能力建设、国际合作等方面开展了系统工作，通过举办学术研讨会和论坛、培训、生产标准化、市场开拓、示范户带动、基础条件改善、媒体宣传等多种形式，指导试点地区进行项目实施发展，顺利完成了项目设定的各项目标，取得了良好的社会效益、生态效益和经济效益，得到了粮农组织的高度赞赏，也为其他试点国家提供了经验。目前，全球重要农业文化遗产（GIAHS）作为一种新的文化遗产类型已经得到了国际社会的广泛关注，其保护理念已经得到了国际社会和越来越多国家的认可。联合国粮农组织（FAO）已经将其写入理事会会议报告等重要文件中。2012年农业文化遗产保护的重要性写入联合国安理会第二委员会第67次会议的决议中。2014年FAO章程及法律事务委员会第九十七届会议报告赋予了全球重要农业文化遗产（GIAHS）在FAO组织框架内的正式地位，这标志着GIAHS将变成FAO的一项常规性工作。
2012年3月，农业部启动了“中国重要农业文化遗产”发掘工作，建立了国家农业文化遗产（NIAHS）评选体系，使中国成为世界上第一个开展国家级农业文化遗产评选与保护的国家，在国内外产生了良好影响，为世界各国开展全球重要农业文化遗产的保护和管理起到了示范作用。2013年5月，农业部公布了“第一批中国重要农业文化遗产”名单，共19项。2014年6月，农业部公布了“第二批中国重要农业文化遗产”名单，共20项。
从国际和国内实践来看，通过研究与试点，已经在农业文化遗产价值挖掘、保护与利用途径探索、保护理念与经验推广、遗产地文化自觉和产业发展等方面开展了大量工作。经过十年探索，我国农业文化遗产保护已逐步制定出“保护优先、合理利用，整体保护、协调发展，动态保护、功能拓展，多方参与、惠益共享”的原则，建立了“政府主导、分级管理、多方参与”的管理机制，在政府的推动和各遗产地的配合下，以农业部门为核心，联合文化、环保、科技等多个部门共同参与的管理体系逐步完善，推动了我国农业文化遗产工作开始进入正轨，遗产所在地的生物多样性、自然景观及农耕文化等得到有效保护，影响正日益扩大。
在近一个世纪的发展历程中，中国农业文化遗产研究和保护工作经历了跌宕起伏的发展变化。21世纪初，“农业文化遗产”概念的提出和GIAHS项目的实施为农业文化遗产学科发展提供了一个新的机遇，一个促使我们重新审视我国农业文化遗产学科发展和保护实践创新的契机和动力。一些学者开始对“农业文化遗产学”学科建设表现出一种强烈的学术自觉和历史使命感，农业文化遗产的理论研究与保护实践不断发展创新，并体现出多学科合作、理论研究与实践探索并重、保护与利用相互协调的特征，其综合性的研究领域与开阔的研究视野也为这门新学科构建起自己的学科体系创造了条件。