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农业文化遗产与一般意义上的自然或文化遗产不同，是一类典型的生态—经济—社会—文化复合系统及其组成部分，更能体现出自然与文化的综合作用，也更能协调保护与发展的关系。它集自然遗产、文化遗产、文化景观、非物质文化遗产的多重特征于一身，既包括物质遗产部分、非物质遗产部分，也包括物质与非物质遗产融合的部分。农业文化遗产的物质部分所对应的是其自然组成要素，而非物质部分则主要呼应其文化组成要素。物质遗产部分包括各类农业遗址、农业工程、农业工具、农业文献、农业物种、农业特产等；非物质部分包括农业文化遗产系统内部的各类文化现象，如农业技术、农业民俗；物质与非物质遗产融合的部分包括农业景观（农业生产系统）、农业聚落。从概念上来看，狭义的农业文化遗产更接近于文化景观，其特点是更加清晰地体现出文化景观中农业要素的重要性，是人与自然在农业地区协同进化的典型代表，体现了自然遗产、文化遗产和文化景观的综合特点，是一类复合性遗产。而广义的农业文化遗产包括了农业生产系统、生活系统及其组成部分，既包括农业景观（农业生产系统）、农业聚落这样的复合系统，也包括农业工具、农业物种、农业特产、农业技术、农业民俗等组成部分。
与其他遗产类型相比，狭义的农业文化遗产最大的不同在于它是一种活态遗产，不是被封闭起来保护的，而是以传承、发展和创新的形态存在，这些历史悠久的传统农业生产系统是发展着的，它联系着过去和未来，至今仍然具有较强的生产与生态功能。狭义的农业文化遗产是农业社区与其所处环境协调进化和适应的结果，如果将狭义的农业文化遗产看作一个整体的系统，这种系统就是有生命力的、能持续发展的活态系统，而不是固态、不变的系统。这种可持续性主要体现在这些农业文化遗产对于极端自然条件的适应、居民生计安全的维持和社区和谐发展的促进作用。
农民既是农业文化遗产的重要组成部分，也是农业文化遗产重要的保护者、传承者和践行者，随着外界环境条件的变化，对遗产系统作出因应这种变化的调整和改变，使系统能够适应自然、社会、文化环境的变化。农业文化遗产保护的是一种农民仍在使用并且赖以生存的生产方式和生活方式，是众多农民的生计保障和乡村和谐发展的重要基础。农民就是以“村民”的身份真实地呈现给游客，而不是变成景区内的“演员”。世界遗产委员会对遗产保护的总体趋势已经体现出从“静态遗产”向“活态遗产”的转变，文化景观的出现就是活态遗产的典型代表。农民是农业文化遗产的重要组成部分，因为他们不仅是农业文化遗产的重要的保护者，同时也是农业文化遗产保护的主体之一。农民生活在农业文化遗产系统中，并不意味着他们的生活方式就要保持原始状态，不能随时代发展。农业文化遗产保护传统农业系统的精华，同时也保护这些系统的演化过程。农业文化遗产地居民的生活水平和生活质量需要随社会发展而不断提高。因此，农业文化遗产体现出一种动态变化性。
农业文化遗产还是一种战略性遗产，这一特点从本质上体现出农业文化遗产的重要意义。在2001年11月联合国教科文组织大会第三十一届会议通过的《世界文化多样性宣言》中，就明确指出“文化遗产”乃是“创作的源泉”。
文化遗产不仅关乎过去、现在，更重要的，是与人类未来紧密相关。同样，农业文化遗产不是关于过去的遗产，而是一种关乎未来的遗产。农业文化遗产强调对农业生物多样性、传统农业知识、技术等文化多样性的综合保护，对调整人与环境资源关系、应对经济全球化、全球气候变化、保护生物多样性、生态安全、粮食安全、摆脱贫困等重大问题的解决，促进农业可持续发展和农村生态文明建设具有重要的借鉴和科研价值。一旦这些农业文化遗产消失，其独特的、全球和地方水平上的农业生产、生活系统以及相关的环境和文化利益也将随之永远消失。因此，保护农业文化遗产不仅仅是保护一种传统，更重要的是在保护未来人类生存和发展的一种机会。从这个意义上来看，保护农业文化遗产是一种战略行为，是国家和地区可持续发展的重要组成部分。农业文化遗产是人类长期适应环境的产物，是人类优秀传统农业的杰出代表，其形成需要悠久的历史。漫长的历史发展过程中积淀的农业生产和生活经验对人类未来的发展具有重要意义，这也是全球重要农业文化遗产评选的重要标准。
多功能性即农业文化遗产具有多样化的物质性生产功能和突出的其他方面的功能，兼具食品保障、原料供给、就业增收、生态保护、观光休闲、文化传承、科学研究等多种功能。农业文化遗产长期以来一直在为人类的发展默默地履行其食品保障、原料供给等生产职能，而人们却忽视了其重要的生态保护、观光休闲、文化传承、科学研究等功能，这些功能在后工业社会的价值已日益凸显，重视农业文化遗产的多功能性是实现其更大价值的基础。例如，由于传统农业生产方式注重保护生物多样性，并充分利用临近农业系统周围的自然生态系统，这使得农业文化遗产地保存了良好的生物多样性、基因多样性和生态系统多样性，这些多样性又产生了多样的生态功能。
农业文化遗产通过内部要素间的相互作用与互利共生机制，表现出自然生态、经济、文化与社会子系统的适应性。历经千百年传承至今的农业文化遗产，随着自然条件变化、社会经济发展与技术进步，为了满足人类不断增长的生存与发展需要，在系统稳定的基础上，因地、因时地进行结构与功能的调整，充分体现出人与自然和谐发展的生存智慧。农业文化遗产是一类典型的生态—经济—社会—文化复合系统及其组成部分，具有多样产出的经济系统、结构合理的自然生态系统和“天人合一”的文化系统，是人地和谐、可持续发展的典范。如中国的“稻田养鱼”是种植业与养殖业有机结合的生产方式，是融合我国传统的精耕细作农业、生态农业和现代高产低耗高效农业为一体的集约型综合生产方式，稻谷可为鱼类提供遮阴和有机物质，鱼类又可以通过搅动水起到增氧的作用，吞食有害昆虫，有益于养分循环，是典型的和谐发展的农业生产—生态系统。
濒危性主要是指由于工业化、城镇化、现代化，以及社会经济发展阶段性比较效益的变化等原因，使得许多农业文化遗产面临着被破坏、被遗弃、被抛弃等不可逆变化，主要表现为农业生物多样性的减少和丧失、传统农业技术和知识体系的消失以及农业生态系统结构与功能的破坏等方面。
全球化也加重了这些传统的、以小规模为主的农业系统的压力。全球商品驱动型市场的渗透使得农业文化遗产地的生产者或社区不得不与世界其他地区的集约化补贴农业生产的农产品竞争。所有这些威胁和问题可能会造成独特的全球重要农业生物多样性和相关知识的丧失、土地退化以及贫困化，从而威胁到许多农村和传统农业社区的生存和食物安全。