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农业文化遗产学要成为一个学科，首先面临的是与其他既有学科的关系问题。农业文化遗产学与诸多相关学科的研究内容有关联但又具有独立性。目前参与农业文化遗产研究的学科很多，包括农业历史学、农业生态学、农业考古学、民俗学、民族学、管理学等，领域也很广泛，不同学科将各自的理论、方法和手段大量渗入、移植到具体的农业文化遗产研究中，因此，农业文化遗产研究显得庞杂，学术取向也不一致。
“在某一学科领域内，学科体系是指‘母学科与子学科的学科系统之间相互制约而构成的整体’。由此可见，学科体系本质是学科门类（学科群）构成的系统……”
农业文化遗产学是文化遗产学的一个分支。文化遗产学是文化学的分支，是传统史学、考古学、科技史学、公众教育学与现实的经济管理、文化管理等学科混融交叉的学科。
文化遗产学作为一种知识体系，反映了20世纪以来人类对传统、当代和未来的关系，对人与自然的关系，以及追求生态平衡与和谐发展等方面的全方位思考。
它探讨的是文化遗产学的学科体系、学科性质、研究对象、研究方法以及文化遗产的概念、文化遗产的保护等。
相对于文化学的“归纳、提炼”式的研究而言，文化遗产学应当是“呈现式”的。从路径上讲，文化学是从广阔的文化事象走向归纳的文化规律，呈现出从“大”到“小”的理论范式，仿佛将铜矿加以提炼，最后铸成精美的青铜器，青铜的本质固然得到了彰显，但每一块矿石所独有的特质却在冶炼过程中被抛弃了；而文化遗产学是通过对文化遗产独特样态的描摹，构建出丰富而多样的文化遗产群貌，呈现出从“小”到“大”的理论范式，就像缝制“百衲衣”一样，当然有一件衣服的全貌（文化遗产群貌），但每一小块布料独有的形状（每个文化遗产的特质）却得到了保留。
作为文化遗产学的分支，农业文化遗产学与文化遗产学在研究方法、基础理论方面存在一致性。但两者也有明显区别：两者的研究对象不同，文化遗产学的研究对象涉及人文科学、自然科学和工程技术科学，农业文化遗产学的研究对象属于文化遗产学研究对象的一个部分；两者在研究的侧重点和着眼点方面也有明显不同，如农业文化遗产学更侧重于考虑生物多样性和文化多样性同时并存、动态保护传承等。
农业历史学作为一门相对独立的学科历史并不长，国际史学界真正用“农业史”一词作为一部著作的名称，距今不过一百多年。早在1775年德国哥廷根大学经济学教授JohannBeckmann（1775）就曾将农业史定义为农业生产的历史。农史研究作为一种学科化的努力始于二十世纪初期。1902年，第一种农业史的专门刊物《历史农业论文》在德国出版，后来这一刊物改名为《农业史与农村社会学杂志》，可说是农史方面世界历史最悠久的杂志。同样是在德国，1904年第一个“农业历史与文献学会”宣告成立。我国科学意义上的农业历史学研究，即以近代自然科学和社会科学为指导进行的农史研究，则始于20世纪二三十年代。
农业历史学研究的出现既与近代农学的形成和发展有关，也和近代史学尤其是经济史学的形成发展有关。学者在农史学科的定位上的认知存在相当大的差别。有人认为它是历史学的分支，因为它由历史学派生而来；有人认为它是大农学的分支，因为它研究的是历史时期的农学；有人认为它是经济学或农业经济学的一个分支，事实上，不少大学的经济系及社科院的经济所都将农业史作为他们研究的重点；还有人认为它是科学史的一个分支，是从科学史分化而来的。学者们的这些看法各有依据，反映了对农业历史学概念认识的分歧。就学科队伍建设发展情形而言，世界各国不尽相同。在欧洲和美国，农史学会很早是国家历史学会的分会，研究队伍多从史学中分化而来，研究工作偏重于农村社会史和农业经济史，学者多为史学家、社会学家、人类学家和经济学家。
在中国，农业历史学研究发轫于古代农学著作的整理，早期工作多偏重于农业生产力即古代农学研究，学者多为农业科学和技术专家，或兼具史学和农学背景的学者，研究农业历史学的专业机构也多分布在农业院校，所有农业史的博士和硕士学科点都在农业院校。在1997年以前，农业历史学一直是大农学下的一个独立的二级学科，农业历史学专业研究生所授学位也都是农学，中国农业历史学会最早就是在中国农学会的框架下成立的，与中国历史学会毫无渊源和现实连接，今天它已成为独立的国家一级学会。但在1997年国家教育部所作的学科调整以后有了变化，农业历史学被归入理学门类下的科学技术史一级学科，成为其一个研究方向，同时因其学科特点既可授理学学位又可授农学学位。
农业历史学是一门介于自然科学与社会科学之间的一门交叉学科，它运用自然科学与社会科学相互交叉、农业科学与历史学相互结合的方法，探讨农业产生和发展的动因、动力、影响及规律。农业历史学是以政治、经济、文化等综合的观点研究农业生产与技术、农业经济、农村社会及农业思想历史演进及其规律性的一门交叉学科。
正是由于农业历史学的这种交叉性和辐射性，有关农业历史学的教学与研究不仅散布于历史学、经济学、社会学、人类学等人文社会科学的各个系科，甚至存在于农业科学和技术科学的许多科系。
综上所述，两者在研究对象和研究方法上存在一定重合，但也有明显区别：农业历史学的研究对象主要是农业生产与技术、农业经济、农村社会及农业思想，而农业文化遗产学的研究对象包括了农业文献、农业技术、农业民俗等众多类型的农业文化遗产。农业历史学偏重于理论研究，其研究任务一般不涉及农业文化遗产的开发利用和具体管理，而农业文化遗产学偏重于应用研究，开发利用和具体管理是其研究的重要领域。此外，农业历史学的研究能够为农业文化遗产学的研究提供重要例证。
生态学是研究生物与周围环境（包括非生物环境和生物环境）之间相互关系及其作用机理的科学，侧重在整体水平上探讨生命过程与环境条件的关系。从学科划分来看，生态学属于理学类下的一个一级学科。生态学原本是研究生物界动态平衡的过程、机制和制约条件，以生物为主要研究对象，属于生物系的一个学科。20世纪70年代以来，保护环境、保护野生动物的呼声越来越高，生态学更注重研究动物、植物、生态系统的环境协调性。生态学逐渐发展成为生物学与环境工程相结合的学科。生态学的基本原理，通常包括四方面的内容：个体生态、种群生态、群落生态和生态系统生态。
农业生态学是生态学在农业领域的应用，属于应用生态学的分支之一。主要是用生态学和系统论的原理和方法，将农业生物与其自然环境作为一个整体，研究其中的相互作用、协同演变，以及社会经济环境对其调节控制的规律，促进农业全面持续发展的学科。农业生态学侧重研究建立良好的大农业生产体系，以达到物质循环和能量流动的动态平衡，使农业生产取得最佳效果。
农业生态学的研究对象是农业生态系统，与狭义农业文化遗产即农业生产系统关系密切；而农业文化遗产学的研究对象是广义的农业文化遗产，同时包括农业文化遗产的价值诠释、管理、保护、开发利用等多个方面。农业生态学能够为狭义农业文化遗产的研究提供理论基础和研究方法，但农业文化遗产学研究对象和研究范围明显要比农业生态学宽泛许多。
考古学是通过发掘和调查古代人类的遗迹遗物和文献来研究古代社会的一门人文科学。传统上，考古学是文化人类学的一门分支学科，但是现在它越来越独立，成为了一门独立的学科。考古学研究的对象是实物。主要是物质的遗存，或者说是遗物与遗迹。
农业考古学是考古学的一个分支。是通过对考古发掘的遗址、遗迹及其生态环境信息和出土的农业实物资料进行研究，来探讨人类农业历史的学科。研究考古调查发掘所获中有关农业及林、牧、渔业的遗迹、遗物，并结合有关文献，探讨农业的起源和发展、农业区的形成和变迁以及农业生产过程的规律等问题。
农业考古学的研究对象是各种农业遗存，即遗址类农业文化遗产，这也是农业文化遗产学研究对象的组成部分，农业考古学的研究能够为农业文化遗产学的研究提供重要的例证。
民俗学是研究风俗习惯、口承文学、传统技艺、生活文化及其思考模式，并阐明这些民俗现象在时空中流变意义的一门社会科学。民俗学的名称和概念，始创于19世纪中叶的英国。当时，英国经过产业革命成为新兴的资本主义国家，它的社会文化和风俗习惯与过去以农牧业为主的封建社会形态有很大的差异。这种现象引起了不少学者的注意，产生一种从科学上给予解释的需求。
民俗学研究所涉及的领域，也随着时间的发展越来越广泛。今天在有些国家里，它已经扩展到全部的社会生活和文化领域。从各种经济活动和相应的社会关系，到上层建筑的各种制度和意识形态，大都附有一定的风俗行为和有关心理活动，尽管它们之间在程度上和分量上有所不同。
农业民俗学作为民俗学的重要分支，其研究对象是与农业有关的民俗事象，包括各种农业民俗事象的性质、结构、社会功能及其发展变化。而农业民俗也是农业文化遗产学研究对象的重要组成部分，但其研究角度则侧重于保护和利用。
民族学是以民族为研究对象的一门社会科学，它将民族这一族体作为整体进行全面的考察，研究民族的起源、发展以及消亡的过程，研究各族体的生产力和生产关系、经济基础和上层建筑。英国的“社会人类学”、美国的“文化人类学”和当前合称的“社会文化人类学”，在研究对象和范围上与民族学相近。
民族学者比较重视民族的起源、发展和它的迁移、混合、分化等问题的研究，研究对象有时是跨国界的，而农业文化遗产学一般不关注这些，其主要关注与农业发展有关的部分。对于研究某些少数民族的农业文化遗产而言，农业文化遗产学与民族学在研究对象和内容上有很大的重合，如研究红河哈尼梯田就与研究哈尼族的起源、发展存在着密切关系。
中国作为世界上重要的农业文明古国、负责任的发展中大国，在农业文化遗产学的学科建构与理论发展方面，承担着不可推卸的责任。我们相信，农业文化遗产学在21世纪的学科体系中将拥有它的一席之地，并将通过不断发展显现其重要的实践价值和理论价值。