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学科成立的首要问题则是有独立的研究对象和特定的研究内容。所谓独立的研究对象，是指学科的研究对象必须是区别于其他学科对象而独成单元的、具科学属性而又是专指对象的事物或人。因此说，“一门科学之所以能成为特别的学科，是因为它研究的现象是其他学科所不能研究的。”
研究对象是学科赖以建立的基础，研究任务是学科得以发展的依据。研究对象为研究任务所规定，研究任务受研究对象的制约。
“称一个研究范围为一门‘学科’，即是说它并非只是依赖教条而立，其权威性并非源自一个人或一派，而是基于普遍接受的方法和真理。”
任何一门学科都应该有自己明确的研究对象和核心概念。对于农业文化遗产学的理论体系而言，“农业文化遗产”显然是最核心的研究对象和基础概念。当然，农业文化遗产学的研究对象并不限于农业文化遗产本身，还包括农业文化遗产的价值诠释、管理、保护、开发利用等。
我们今天所说的“农业文化遗产”其实是一种“话语”（discourse），是一个极具鲜明时代“语境”（context）特征的概念，是一种特定时代背景下“人的观念”的“行动诉诸”。对“农业文化遗产”应从特定的历史语境中去认识，首先，要以历史的眼光来看待“农业文化遗产”的演变，其产生发展不能脱离其特定的时空背景和特定的共同体环境；其次，它是我国本土的“农业遗产”概念在与外来的“全球重要农业文化遗产（GIAHS）”概念碰撞后的产物。所谓“农业文化遗产”，狭义指“全球重要农业文化遗产”，广义指农业遗产。“农业文化遗产”概念的提出和GIAHS项目的实施为我们提供了一个新的研究视角和重新审视我国农业文化遗产保护问题的契机和动力。农业文化遗产学研究的对象应该是包括狭义农业文化遗产的广义农业文化遗产，包括物质、非物质以及物质与非物质融合的综合体系，包括农业生产系统和农业生活系统，包括农业生产的主体、客体、环境、过程以及结果等，包括不同形态、不同种类的农业文化遗产，包括农业遗址、农业物种、农业工程、农业景观、农业聚落、农业技术、农业工具、农业文献、农业特产、农业民俗等。
当然，研究各类农业文化遗产已经产生了许多严格的分支学科，如农业历史学、农业考古学、农业生态学、民俗学等。农业文化遗产学必须考虑与相关学科进行有机的结合，系统地考虑农业文化遗产的概念界定、性质特点、价值功能、抢救发掘、保护传承、开发利用与管理体制问题，揭示其发生、发展、消亡的规律；注意学科交叉之后所产生的新问题和在实践中的创新与发展，注意保持农业文化遗产在现实生产和生活中的活态传承，才能适应时代的要求和农业文化遗产保护实践发展的内在要求。
“农业文化遗产学”作为一门新兴学科，应包括各种基础理论研究，如农业文化遗产调查方法和研究方法，农业文化遗产资源及价值评价，与农业文化遗产保护、利用、管理相关的基础理论，农业文化遗产的相关法律研究等；也包括各种应用性研究，如农业文化遗产保护的方法、农业文化遗产开发利用的途径、农业文化遗产的管理体系等；同时还包括各类具体的农业文化遗产的研究，如聚落类农业文化遗产的内涵、外延、功能、特征、传承、演变、价值、生存环境、保护方法、利用形式等方面的研究。