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政府投资科技项目管理的本质是计划和控制一次性的工作，在规定的期限内达到预定目标。一旦目标满足，项目就失去其存在的意义而解体。因此，政府投资科技项目具有较明确的阶段顺序和可预期的生命周期。总的来说，政府投资科技项目的生命周期包括三个阶段：立项阶段、实施阶段、验收阶段，详见图1-1。
图1-1 政府投资科技项目的生命周期
政府投资科技项目的立项阶段一般包括选题征集、项目申报与受理、立项评审与批准立项四个环节。在选题征集过程中，通常由政府科技主管部门或其委托机构公开向社会发布科技项目选题征集通知，申报单位组织课题组推荐科技项目选题，政府科技主管部门组织专家筛选项目选题并编制、发布科技项目申报指南。在政府投资科技项目申报与受理过程中，首先由项目申报单位组织课题组根据项目申报指南编制项目申请书，政府科技主管部门或其委托机构受理并汇总各课题组的项目申请书。在项目立项评审过程中，通常是由政府科技主管部门或其委托机构组织同行专家对各课题组的项目申请书进行评审，依据评审结果确定拟批准的政府投资科技项目及申报单位（对于重大和重点项目，一般还需要组织几个申报同一主题并通过评审的科技项目的课题组进行答辩，并按答辩结果确定拟批准的科技项目），拟批准的科技项目的申报单位提交科技项目计划任务书，并经政府科技主管部门审核后正式批准被资助的科技项目及申报单位。
在政府投资科技项目的实施阶段，承担科技项目的课题组依据科技项目的实施方案开展科技活动，按项目计划任务书所规定的时间节点提交阶段科技成果，按科技经费预算与科技项目的实际情况合理使用科技项目经费，政府科技主管部门或其委托机构对科技项目的阶段成果进行验收，政府科技经费管理部门或其委托机构定期对科技项目经费的使用情况进行阶段审核。在科技项目实施过程中，如因各种主客观原因导致科技项目无法按计划执行或需要调整科技项目经费预算的用途时，课题组需要及时向科技主管部门或科技经费管理部门通报情况，并提出项目任务书或经费预算的相关变更申请，如变更申请客观可信，政府科技主管部门或科技经费管理部门可根据相关规定批准变更申请 [6] 。
在政府投资科技项目的验收阶段，政府科技主管部门或其委托机构组织与执行对政府投资科技项目最终成果的验收工作，政府科技经费管理部门按需要对科技项目经费使用情况进行审计。在项目成果验收过程中，需要遵循公开、公正与公平的原则，以科技项目立项时所设定的目标为依据，对政府投资科技项目的最终成果做出客观的验收结论。
对于政府投资的一般科技项目而言，其生命周期一般只包括立项、实施、验收三个主要阶段。然而，对于政府投资的重大或重点科技项目，最终成果验收完成后，一般还需要进行跟踪。在政府投资科技项目的跟踪阶段，政府科技主管部门或其委托机构重点考察与评价政府投资科技项目后续的科学技术价值、经济效益与社会效益等。