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政府投资科技项目除了具有一般项目的特征外，还有一些独有的特征。
1．创新性
科技活动是一种具有探索性、独创性、新颖性、实践性的人类活动。科技项目不同于一般项目的最基本特征就是它的创新性。这一特征首先反映在项目的进行阶段或可交付成果的创新性上，其次反映在对科研项目创新的管理上。任何一个项目的管理都没有一成不变的模式与方法可供参考，故需要创新以促进科研项目的创新实现。
2．复杂性
政府投资科技项目一般由多个部分组成，工作跨越多个组织，需要运用多个学科的知识来解决问题；其研究的主题往往没有或很少有以往的经验可以借鉴，执行中有很多未知因素，每个因素又常常带有不确定性；还需要将具有不同经历、来自不同组织的人员有机地组织在一个临时性的组织内，在技术性能、成本、进度等较为严格的约束条件下实现项目目标。政府投资科技项目的复杂性主要体现在以下三个方面。
（1）科学活动的复杂性。现代科学的学科分类异常复杂，不但有自然科学、人文社会科学的区分，而且科学正在向分化与综合两极发展，这就决定了科学活动的复杂性。不同学科不但在科学系统中的地位有差别，在经费、期刊、人员等资源上有很大的差异，而且成果周期、数量、效用和特点也有不同。同时，科学的发展受科学思想和研究群体的复杂动力学支配，科学的动力学表现为由复杂性不断增加的分叉树中的相变实现。科学不仅仅是一个有自己的规则、规范和价值的，有团结、竞争和冲突的独特微观社会，不仅仅是一个只受到外部社会制约或社会影响的微观社会，而且也是社会的一部分，它本身就以全息方式包含着社会的全部。而什么是科学，什么是科学的，哪种科学、哪类科学问题最重要，什么样的科技成果是最好的等问题受科学传统、社会文化、经济发展、军事需要、意识形态等复杂的语境支配。科研活动也是一个复杂的过程，科学探索具有长期性、不确定性、不可预见性和突变性，科技成果的产生没有统一的模式可循。
（2）科学成果的复杂性。科学成果评价主要是指对科学成果的科学性、创新性及其科学价值、社会价值进行检验和判别的活动过程。在广义上，它包括论著的审定发表过程，但一般地，它主要指对已发表论著、鉴定项目的再确认、再评价过程。从分类来看，科学成果可分别分类为自然科学成果、人文社会科学成果、软科学成果；理论成果、实验成果、应用成果、技术成果；论著、专利、鉴定项目、科学会议主旨发言等；常规科学中的原创性成果、阐释性成果、应用性成果、交叉性成果、超常规科学成果等。这些分类方式不但复杂多样，而且其次级分类也很复杂，如著作包括专著、编著、教材、译著、科普、工具书，论文包括研究论文、研究报告、调查报告、应用模型、技术咨询、方案论证、软件、译文等。从特征来看，科学成果是创造性的认识成果；具有一定的学术价值和社会价值；是经过研究者探索研究的；是用科学方法产生的；是经过鉴定的，等等。中国关于科学技术研究成果管理的规定中，确认科学成果的范围为：① 为解决某一科学技术问题而取得的，具有一定新颖性、先进性、独立应用价值和学术价值的阶段性科技成果；② 在重大科学技术项目研究进程中取得的，具有一定新颖性、先进性、独立应用价值和学术价值的阶段性科技成果；③ 消化、吸收引进技术取得的科技成果；④ 科技成果推广应用过程中取得的新成果；⑤ 为阐明自然现象、特性或规律而取得的，具有一定学术意义的科学理论成果。这说明只有具有一定独创性的认识、发现才能被视为科技成果，成果形式本身（如论文、著作）不足以表明它是“成果”，判断是否属于“成果”，需要考察成果的实质内容。而科学成果内容无疑是具体、丰富、个性化的，这就决定了对一项科学成果进行评价时的主观性、复杂性及其结论的多样性 [4] 。
（3）科学成果评价活动的复杂性。作为一种社会现象，科学成果评价活动涉及的因素极多，尤以偶然性因素为多，呈现出错综复杂、瞬息万变的状态，因而难以像自然科学那样，通过严格的实验、精密的测量和计算，揭示因果关系，获得规律性的理论认识，并能做出科学的预测。对于社会中发生的事情，可以通过总结历史事实或现实表现描述记载下来，按照某种观点加以解释，也能给人提供一种总的思路、说明或社会观，但是好像难以找到一种可靠有效的方法，总结出规律性、必然性的东西，并形成逻辑严密的理论体系，更不容易做出比较准确的预测。
3．不确定性
科研项目的外部环境不断变化，科技创新自身也有很大的难度和复杂度，加上科技人员和科研管理者的能力也是有限的，这些都增加了科技项目失败的概率和不可预见性。科技创新的风险不但是客观存在的，而且贯穿于科研项目进程的整个阶段。政府投资科技项目高风险的原因有以下三个方面。
（1）科技活动过程与结果的不确定性。科技活动过程与结果的不确定性要比其他项目活动的不确定性大得多，科技活动无论时间进度、成本预算还是质量都是很难把握的，执行中有很多未知因素，到底能出什么结果往往难以预料。
（2）技术的不确定性。技术的不确定性指的是技术本身的因素，如技术不成熟作为科研的不利因素，已被国外众多学者的实证研究所验证。当一项技术还不是很成熟时，不仅会加大科研的工作量和难度，也会增加科技项目失败的概率；与此同时，即使拥有先进的技术，也不一定会对所进行的科研项目产生良好的效果，因为有些先进的技术并不具有运作的可行性。
（3）科技成果评估标准的不确定性。评估一般项目基本的标准是看项目是否在预定时间和预算成本内达到合同所规定的质量要求，大部分产品可根据其特性做定量评估；而科技成果多为定性的且不易量化的，增加了制定、实施科技成果评估标准的不确定性。
4．公共性
政府投资科技项目的公共性表现在两个方面。首先，功能的公共服务性。政府投资科技项目是政府履行公共服务职能，提供公共产品的一种重要手段。从根本上说，政府投资科技项目都是以服务社会大众为根本目的的。其次，资金的公共性。由于政府投资科技项目是为了满足公共需要，承担着公共服务的职能，其产出也具有较强的公共物品属性和较强的外部性，因此科研项目的投资资金一般来源于国家或地方财政，从根本上讲是来源于广大纳税人，纳税人是政府投资科技项目的事实上的主人。
5．政府主导性
政府投资科技项目从本质上讲是政府受公众委托进行投资，虽然名义上全体公民是科研项目的真正主人，但由于实际的主体人数众多且分布分散，集中起来进行决策的成本十分高昂，公民只有将政府投资科技项目的决策权和管理权委托给政府，政府再根据公共利益，运用社会公共权力进行科研项目的投资决策并监督检查其执行情况。
政府投资科技项目是政府运用公共权力参与配置社会科技资源的重要方式，也是政府履行公共管理职能，为社会公众提供公共科技产品和公共科技服务从而实现国家科技和经济发展目标的有力手段，同时还是政府通过资金运用和政策调控，组织和协调各类科研机构的活动，解决对国家发展有重大意义的科技问题的重要措施。
在增强国家科技竞争力的过程中，政府投资科技项目起着十分重要的引导作用和支撑作用，其战略性基础研究对国家保持科技研究水平、巩固国防力量、争取经济和政治地位起着关键作用，也是支持面临国际竞争的关键产业和有前景的高新技术发展的必要手段。
在政府投资科技项目实施过程中，聚集了大量的资金、人员和设备，能够进行大投入的基础研究与开发，培养了大批的新生科研人才，促进了科学技术领域的突破，支持了一大批大型试验研究设施、国家实验室、国家—企业联合研究开发机构、企业研究开发机构的建设，建立了相关科研基地与基础设施，制定了公共科研基地及设施的管理制度，为科学技术的进一步发展奠定了物质基础，有力地保证了基础科学研究成果的产生 [5] 。
政府投资科技项目的立项和实施已成为政府推动科技事业的一项规范性工作。在多年的实践中，我国政府探索出了一套适合本国科技与经济发展的科技项目决策、实施、管理、评价的方法。目前，较为科学的方法是决策、实施、管理和评价之间相对分离，形成一种相互制约、相互协调的机制。政府投资科技项目促进了政府科技管理工作的科学化和制度化，是政府科技管理工作的重要组成部分。
政府投资科技项目所要解决的重大科技问题往往需要依靠产学研多方力量共同参与才能完成。政府通过组织产学研多方力量共同实施计划，以及制定专门的产学研联合研究开发计划，形成了各具特色的产学研联合研究开发机制。
综上所述，政府投资科技项目影响着科学技术及相关社会、经济领域未来发展的方向，在科技宏观管理中具有重要的地位和作用。政府投资科技项目集中反映了国家的科技发展目标、科技政策、科技战略，以及调整科研结构、促进技术创新等各方面的内容，为国家在一个时期内科学技术事业的总体发展提供支撑，也是政府把握国家科学技术战略资源发展速度和方向的手段。