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无土栽培虽然避免了土壤的污染，但由于植物生长的环境不是严格消毒后的真空，所以仍然会有病虫害的问题。空气中的真菌、细菌、病毒等都可能使植物发生病变；蚜虫、介壳虫等也可以随风飘至室内吸取植物的汁液；飞蛾等在植物上所产的卵孵化成幼虫，也会啃食植物的嫩叶。
由于无土栽培的植物大多摆放在室内，因此发生病虫害之后不宜使用大量化学农药，因为化学农药虽然能起到杀灭病虫的作用，但同时也会污染环境。所以，无土栽培植物的病虫害防治应该以预防为主。
★ 在挑选无土栽培的植物时，应该尽可能选择生长茂盛、无病虫害的健康植株。
★ 如果在养护的过程中发生病虫害，可采用人工捕捉的方法，或者用自来水冲洗清除病虫害。
★ 无土栽培不易发生侵染性病虫害，如果在少数叶片上发现褐色病变、坏死、不规则圆形湿渍状病变，则可以将整片叶片摘除，防止其蔓延。
★ 非侵染性病虫害是由不适宜的环境引起的，如夏季的高温、冬季的寒冷、空气干燥、阳光的直射、阳光不充足、空气不流通、营养液浓度过高等都可能造成无土栽培的植物叶尖焦枯、发黄脱落。
★ 夏季温度过高时，很容易使水中的溶氧急剧下降，诱发根腐病。此时，在茎节下端3厘米处切取尚未腐烂的枝条，插在清水中养护，待其长出新根后即可成为独立的植株。
