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现在嵌入式系统的软件开发一般都会按照以下几个层次来开发。第一层是用户界面函数，因为每个嵌入式系统的硬件所提供的用户界面不一样，虽然现在大多采用LCD屏幕及触摸面板的方式，但还是有屏幕尺寸不同的问题，所以有关界面的设计，必须根据每一个平台的不同而有所调整。第二层是环境界面函数，因为每个操作系统所提供的系统调用不一样，甚至因为硬件及编译器不同而造成数值的长度不一样。例如int这个变量声明，可能在16位CPU上是2B，在32位CPU上会是4B，所以直接用int做运算时，会因为不同的平台而出现不一样的结果，甚至发生死机的情况。
另外，开发的程序需要大量的CPU运算。例如MP3播放程序，除了要定义基本的CPU运算能力外，有些地方还必须使用汇编语言及最优化的方式来处理。这类程序的移植工作一般都比较困难，甚至还必须和操作系统共用核心模式。