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对企业来说，系统运行安全是至关重要的。
1.系统运行监控
以系统管理员身份注册进入系统管理后，可以查看到两个部分内容，一部分列出的是已经登录的子系统，还有一部分列出的是登录的操作员在子系统中正在执行的功能。这两部分的内容都是动态的，它们都根据系统的执行情况而自动变化。
2.注销当前操作员
如果需要以一个新的操作员身份注册进入，以启用系统其他功能，就需要将当前的操作员从系统管理中注销；或者操作员需要暂时离开，而不希望他人对系统管理进行操作的话，也应该注销当前操作员。
3.清除系统运行异常
系统运行过程中，死机、网络阻断等都有可能造成系统异常。针对系统异常，应及时予以排除，以释放异常任务所占用的系统资源，使系统尽快恢复正常秩序。
4.上机日志
为了保证系统的安全运行，系统会随时对各个产品或模块的每个操作员的上下机时间、操作的具体功能等情况都进行登记，形成上机日志，以便使所有的操作都有记录。
5.设置自动备份计划
在用友ERP-U8中提供了设置自动备份计划的功能，其作用是自动定时对设置的账套进行输出（备份）。利用该功能，可以实现定时、自动输出多个账套的目的，既有效减轻了系统管理员的工作量，又保障了系统数据安全。
6.升级数据
任何一个应用系统的功能拓展和完善都是无止境的。随着信息技术的不断发展，应用系统的开发不断融入新的技术和更为先进的管理思想，这样就出现了对老系统的数据进行更新的问题。为保证客户数据的一致性和可追溯性，用友ERP-U8应用系统在系统管理中提供了升级工具，可以使用此功能一次性将数据升级到新产品中。