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在中国政治体制的基本构架中，全国人大是最高国家权力机关，国务院与最高国家权力机关的关系是：①国务院由全国人大组织产生；②国务院接受全国人大及其常委会的监督；③国务院对全国人大及其常委会负责并报告工作。在全国人大开会期间，国务院对全国人大负责并报告工作；在全国人大闭会期间，国务院对全国人大常委会负责并报告工作。
国务院在国家行政系统中处于最高地位：①负责统一领导全国的经济、政治、社会、文化等行政工作。在国务院担负的各项工作中，最为重要的是经济工作。②国务院统一领导各职能机构、直属机构和办事机构的工作。③负责规定中央和省级行政机关的职权划分，统一领导地方各级国家行政机关的工作。④负责制定的行政法规、发布的决定和命令，对各级国家行政机关具有普遍约束力。总之，国务院负责统一领导全国经济、政治、社会、文化等各领域的行政事务管理工作，负责统一领导国务院各部、委、局、行、署、办等组成机关、直属机关和办事机关，负责统一领导地方各级国家行政机关。
1982年宪法第86条明确规定：“国务院实行总理负责制。各部、各委员会实行部长、主任负责制。”所谓总理负责制，即总理对国务院工作中的重大问题具有最后决策权，并对这些决定以及其所领导的全部工作负全面责任。总理负责制主要包括以下几个内容：①总理全面领导国务院工作，“副总理、国务委员协助总理工作”，国务院各部部长、各委员会主任、行长、审计长、秘书长负责本部门的工作，同时对总理负责。②总理负责召集和主持国务院常务会议和国务院全体会议，并对重大问题拥有最后决定权，该权力不受“少数服从多数”原则的限制。③总理拥有人事提名权。总理有权向全国人大及其常委会提名国务院组成人员人选。④总理代表国务院向全国人大及其常委会负责并接受其监督。
国务院总理由全国人大选举产生。选举的基本程序为：全国人大选举产生国家主席，国家主席提名国务院总理人选；全国人大在协商和讨论的基础上，进行投票表决，候选人获得过半数代表的同意便当选为总理；当选总理由国家主席签署主席令予以公布。国务院总理的选举程序具有以下特点：坚持社会主义民主原则；坚持党的领导原则；实行等额选举制度；实行间接选举制度。
宪法规定，国务院每届任期同全国人大每届任期相同。总理、副总理、国务委员连续任职不得超过两届。国务院总理的罢免权属于全国人大。罢免案应在全国人大会议期间提出。如果在全国人大闭会期间提出总理罢免案，必须在全国人大常委会认为必要的情况下，或者有1/5以上的全国人大代表提议，召开全国人大临时会议，然后依法提出罢免案。
从1949年新中国成立至今，国务院的机构几经变革，政府职能、政府机构设置、人员配置等发生了重大变化。目前，国务院现行机构是根据2008年《国务院机构改革方案》设置的。改革后的国务院机构设置如下。
国务院组成机构又称国务院职能机构，它在国务院的统一领导下，相对独立地行使某方面的国家行政权力，负责领导和管理国家该方面的行政事务。其行政首长均为国务院组成人员。除国务院办公厅外，国务院组成机构共有27个。根据承担职能和管理领域不同，它们可分类为宏观经济调控部门、专业经济管理部门、社会保障和资源管理部门、政务部门、教科文卫管理部门等。
国务院办公厅是国务院的综合性日常办公机构，其主要职责是在总理的领导下处理国务院的日常工作。如协助总理密切与国务院各部门、各省、自治区、直辖市政府的联系，为国务院领导提供信息、反映情况、传达政令、办理文电和会议事务，承办不属于部委业务范围的交办事项，处理人民来信来访等。
国务院直属机构是国务院根据工作需要设立的、由国务院直接领导的机构，负责领导和管理全国某一方面的行政事务。直属机构的业务具有独立性、系统性和专门性的特点，其机构的设立、撤销或合并，由国务院常务会议决定。其行政首长经国务院常务会议讨论决定，由总理任免，不是国务院的组成人员。直属机构可以在其权限内规定行政措施，发布全国性的规范性文件。与国务院组成机构相比，直属机构的工作量较小或比较单一，其行政级别一般为副部级，称为“总局”的直属机构则为正部级。
国务院办事机构是国务院根据工作需要设立，协助总理办理专门事项，直接向总理负责的工作机构。办事机构的设立、撤销或合并由国务院决定。其行政首长由总理任免，不是国务院的组成人员。办事机构只负责某一方面事务的调查研究、政策分析、组织协调等工作，以及承办国务院交办的有关事宜。办事机构自身没有独立的行政管理权，不能对外发布规范性文件。其机构的行政级别未做出统一规定，一般为正部级。
目前，国务院国有资产监督管理委员会（简称国资委）是国务院唯一直属的正部级特设机构。国资委的主要职责是：依照公司法等法律和行政法规履行出资人职责，指导推进国有企业改革和重组；代表国家向部分大型企业派出监事会；通过法定程序对企业负责人进行任免、考核并根据其经营业绩进行奖惩；通过统计、稽核对所管国有资产的保值增值情况进行监管；拟订国有资产管理的法律、行政法规和制定规章制度，依法对地方国有资产进行指导和监督。
部委归口管理的国家局是由主管部委管理的、负责国家某方面工作的行政管理机关。它们既接受主管部委的领导，又具有相对独立性，不是主管部委内设的职能司局。主管部委通过部长（主任）或部长（主任）召开会议的形式，对国家局工作中的重大方针政策、工作部署等事项实施管理，并由主管部委部长（主任）对国务院负责。国家局可以根据有关法律法规，在其权限范围内拟订部门规章、指示或命令，经主管部委审议通过后，由主管部委或国家局发布。
除上述列入国务院行政序列的机构外，国务院还根据实际工作需要设有一些法律上未做出明确规定的机构。这些机构主要有三种类型：直属事业单位；议事协调机构和临时机构；具有国务院名义的机构。
国务院有权根据宪法和法律，制定在全国范围内具有普遍法律效力的规范性文件，即行政法规。国务院各部委有权根据法律和国务院的行政法规、决定和命令，在本部门的权限内，制定行政规章。此外，国务院还接受全国人大及其常委会的授权，制定某些具有法律效力的暂行规定或条例等。
国务院有权就以下事项向全国人大及其常委会提出议案：国民经济和社会发展规划以及规划执行情况；国家预算和预算执行情况；必须由全国人大常委会批准和废除的同外国缔结的条约和重要协定；必须由全国人大或全国人大常委会决定的任免；其他必须由全国人大或者全国人大常委会以法律规定的事项。
国务院作为最高国家行政机关，统一领导全国各级国家行政机关的工作。国务院主要通过以下途径行使行政领导权力：有权发布决定和命令；有权规定各部委的任务与职责，统一领导各部委的工作，并且领导不属于各部委的全国性行政工作；有权统一领导地方各级国家行政机关的工作，规定中央与省级国家行政机关的职权划分；有权统一领导和管理全国经济、政治、社会、文化、外交、国防等各方面的行政事务。
国务院有权改变或者撤销各部委发布的不适当的命令、指示和规章，有权改变或者撤销地方各级国家行政机关的不适当的决定和命令。
国务院有权审定行政机构的编制，依照法律规定任免、培训、考核和奖惩行政人员。国务院进行人事任免的范围为：国务院组成部门的副职领导的任免，国务院直属机构、办事机构、部委归口管理的国家局、国务院直属事业单位正职、副职领导的任免。
在中国历史上，单一制的主导地位从未发生过变化。“充分发挥中央和地方两个积极性”这一原则的地位，及其相应的基本管理模式也从未发生过变化。宪法明确规定：“中央和地方国家机构职权的划分，遵循在中央的统一领导下，充分发挥地方的主动性和积极性的原则。”
当代中国在国家结构形式方面发展的唯一前途，不是分散主义，也不是对旧体制的修修补补，而是在“维护中央权威”和“尊重地方权益”这两大基石上发挥“两个积极性”，建构中央和地方关系的新格局。依据上述原则，党和中国政府在60多年的政治实践中摸索和形成了一系列旨在尽可能充分体现中央和地方“两个积极性”这一“互动”原则的机制性手段。
在坚持国家法制统一，即只有一部宪法的基础上，允许地方政府可以根据本地方的社会发展，在和国家宪法、法律、政策、法令不抵触的前提下，制定和颁布地方性法规，并报全国人大常委会和国务院备案。这种制定法律的“二级立法”体制，包括省、自治区、直辖市的人民代表大会，省、自治区人民政府所在地的市和经国务院批准的较大的市的人民代表大会。现在的实际情况是，各省级人大和有关城市在地方立法方面具有非常明显的积极性，也在做着积极的探讨。
严密的党的领导系统和严格的党的纪律，是党中央对各中央国家权力机关、对地方各级党的组织进行控制和管理，使中央政令在全国得以有效地贯彻实施的基本保证。用一句话来概括，就是“全党服从中央”。“下级服从上级”的纪律规定，则为地方各级党政领导机构的独立工作留有了一定的余地。
自从1954年6月当时的中央人民政府撤销了大行政区委员会时起，就在全国范围内确立了增设和加强中共中央和中央人民政府的各职能部门，以部门管理为中央领导地方的基本线索的体制，至今没有发生根本性的变化。
与多数国家“块块”实，“条条”虚的情况不同，中国的“条条”和“块块”都“掌握中央精神”，都分别通过自己的机构系统把中央精神和自己的业务政策传达、贯彻到地方和基层。但是，由于“条条”作为中央的代表性机关，掌握着涉及国计民生的各种重要资源、机会的分配权，从而在实际上可以起到有力地分割“块块”的作用，使表面上统一的、逐级“排列”的地方党政系统被几十个“条条”在相当的程度上切割开来。
总体上说，不论是法律的约束，还是党内干部管理权限的约束，都最终要体现在中央对地方、上级对下级领导干部任用上的有力控制。从1984年7月开始，中国的干部管理权限由过去的“下管两级”改为“下管一级”。这就为地方在遵循中央确定的干部政策的前提下，加大干部任用上的自主性因素创造了条件。当“下管一级”的政策与“差额选举”的制度结合之后，地方、基层和群众对地方主要干部的任用，尤其是对副职的任用和各权力机关组成人选的确定的实际影响明显增强。
新中国成立以来，中国一直采用高度集中的中央指令性计划体制进行国民经济管理。今后，在建设社会主义市场经济体制的条件下，中央仍然会继续加强宏观调控，并以新的方式利用社会发展规划、“五年计划”、年度计划、产业政策等来指导经济建设，包括保留一部分地方和部门必须完成的指令性计划。但是，由于中央政府指令性计划调控范围缩小，调控方式更加灵活，地方间经济差距拉大，发展市场经济过程中所必定出现的许多新“空当”，都可能会使地方政府的经济自主性进一步加大。
在中央实行统一财政管理体制的基础上，中国政府探索出了“分税制”的制度创新。分税制的实施，扩大了地方固定收入的范围。这有利于促进地方合理地组织经济，有效地利用资源，提高经济效益，最终做到既增加了地方的收入，也能增加中央的收入，实现财政、税收上的“两个积极性”。
坚持民族的团结和统一，是实现国家强大的基本前提，既是中央的重要工作目的，也是绝大多数中华民族成员的愿望。新中国成立以来实行的民族区域自治制度，充分保护了各民族，包括汉族，也包括各少数民族在文化、风俗习惯等方面的特殊性，保证了民族地区经济的繁荣和各民族群众生活的幸福。
“一国两制”是中国政府为解决历史遗留问题，实现祖国统一，促进回归地区繁荣发展的新的制度安排。其中，“一国”是强调国家的不可争辩的统一性，即“一国两制”是一个统一国家内部的两种不同的制度，实行特殊制度的地方是统一国家不可分割的组成部分，不能单独行使国家主权。“两制”是着眼于肯定港澳台地区的特殊性，保持特别行政区的繁荣和稳定，使这些地区的居民安居乐业，以调动这些特殊地方的积极性。在这个方面，基本的原则和做法是尊重那里的现实和现行制度。
党对军队的绝对领导，是维护中央权威，维护中国共产党的领导地位，维护国家统一和各民族团结的重要力量。
当前，解决中国的中央与地方的关系这个问题，不能靠简单强调中央集权，也不能靠过度地强调地方分权，而是要根据不同层次、不同地方的不同情况，不拘一格，集分并举，在层次非常清晰的条件下，在国家总体继续实行中央集权的同时，在有些环节上可以实施政治性分权，在有些环节上可以实施行政性分权，在基层实施一定程度的自治，在处理国家结构形式的领域走出中国自己的道路和特色来。