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M68HC08 系列MCU的CPU时钟等于总线时钟。其总线时钟既可以通过对外接高频时钟 4 分频后得到，还可以使用内部时钟生成器模块（CGM，Clock Generator Module）对外接的 32～100 kHz范围的低频时钟进行倍频得到。HC08 系列MCU的总线时钟频率最高可达 8 MHz。
HCS08 系列的CPU时钟频率是总线时钟频率的 2 倍。HCS08 最高总线频率可达20 MHz，CPU速率可达 40 MHz，未来新型号的HCS08 MCU还可以达到更高的频率。
和M68HC08 系列MCU类似，HCS08 系列MCU的总线时钟除了可以对外接高频时钟2 分频得到外，也可以利用内部时钟生成器（ICG，Internal Clock Generator）模块对外接的32～100 kHz低频范围时钟或 1～16 MHz高频范围时钟进行倍频得到。两种方式都可以得到高达 20 MHz的总线时钟频率。
利用外接低频时钟源获得较高的内部操作时钟，是Freescale MCU的特点和优点之一，这样可以大大降低系统的高频噪声，提高系统的EMC性能，增强系统的可靠性和稳定性。
例如，AT89S51 MCU没有内部时钟生成器，内部CPU时钟只能通过对外接晶振 12 分频得到，外接最高时钟为 24 MHz，因此最高CPU时钟频率为 2 MHz，不仅CPU频率不高，而且外接的 24 MHz晶振有可能会作为高频干扰源，影响系统中的其他电路正常工作。而对于HC08 或者HCS08 系列MCU，要想得到 2 MHz总线时钟频率，只需外接 32 kHz晶振；利用 32 kHz还可以倍频得到更高的总线时钟频率。
有关HCS08 系列MCU时钟配置详情请参看第 6 章。