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AVRmega16 上，JTAG的 4 个端口与PC口中的 4 位使用相同的引脚（TDI/PC5、TDO/PC4、TMS/PC3 和TCK/PC2），如果使用JTAG口的功能，一旦设置JTAG接口处于使能状态，那么PC[5:2]就不能作为通常的I/O口使用了，这就意味着减少了可用的I/O口。
在AVRmega16 中，使用两个熔丝位（JTAGEN和OCDEN）和MCUCSR寄存器中的JTD位对JTAG进行控制。其中JTD位可以由程序指令进行改变。表 2-5 给出 3 个控制位对JTAG的控制。
表2-5 3个控制位对JTAG的控制
注：JTD控制位上电复位的初值是“0”，同时为了防止意外开启或关闭JTAG口，需要使用特定的指令操作时序对JTD进行设置：必须在 4 个时钟周期内对JTD位重复两次写入，才能将JTD标志设置成所希望的值。