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1368年，蒙古贵族被逐出中原后分裂为鞑靼、瓦剌和兀良哈三部。兀良哈部有朵颜、泰宁、福余三卫，与明朝在开原、广宁进行马市贸易，定期朝贡。瓦剌与鞑靼则互相争雄朔漠，战乱不已，为有明一代北部的严重边患，明王朝先后筑九边以御之。明朝中叶，达延汗（1474—1543）兴起，蒙古各部复归统一。
达延汗将整个蒙古分为六个万户。分左右翼：左翼三万户为察哈尔万户（今内蒙古锡林郭勒盟一带），乌梁海（即兀良哈）万户（今内蒙古赤峰市和河北承德一带），喀尔喀万户（今蒙古人民共和国喀尔喀河一带）；右翼三万户为鄂尔多斯万户（今内蒙古伊克昭盟），土默特万户（今内蒙古乌兰察布盟和呼和浩特一带），永谢布万户（今张家口北一带）。大汗驻于察哈尔万户内，统率左翼三万户，派副汗即济农驻鄂尔多斯万户境内统率右翼三万户。达延汗有子十一人，分别执掌六个万户。而察哈尔万户实为蒙古各部之首。明朝后期，右翼三万户中的土默特万户俺答汗兴起，向西发展，攻取青海，并派兵侵入西康与西藏，向东兼并了朵颜卫，逼使察哈尔部东迁至辽东西拉木伦河以北，吞并了福余泰宁卫，驻牧于从宁前广宁到开原一带。自努尔哈赤兴起，即与蒙古各部发生了矛盾。
后金天命四年（1619）七月，后金军进入铁岭时，蒙古喀尔喀五部贝勒宰赛父子和札鲁特部的巴克兄弟，还有科尔沁部的明安之子桑噶尔寨率兵一万，伏击后金军，结果大败，宰赛父子等人被俘。
天命四年十月，察哈尔部林丹汗即遣使致书努尔哈赤，声称“四十万蒙古国主巴图鲁成吉思汗诏旨，问水滨三万人诸申主昆都仑庚寅汗平安无恙”，警告后金不要西向广宁方面发展，否则“我将阻止你”
。当时林丹汗已愤于女真的强大，开始了统一蒙古内部的斗争。
天命十年（1625）十月，察哈尔派兵攻取科尔沁珠尔根城，科尔沁被迫向后金求援。蒙古科尔沁部从此倒向后金，反对察哈尔。
天命十一年正月，努尔哈赤在宁远被袁崇焕打得大败而回，喀尔喀的巴林部便乘努尔哈赤败退之际进行截杀。努尔哈赤二月末回沈阳后，稍事休整，四月初便亲率大军出十方寺堡西渡辽河，分兵八路，征巴林，遇炒花（巴林部酋）于阳石木河，杀其侄台吉囊努克，并追炒花于西拉木伦河以北，获人畜五万六千余。此时正当努尔哈赤在宁远受挫，本来是蒙古各部遏制后金的一大好机会，但喀尔喀部恐怕察哈尔吞并自己，不敢请察哈尔助兵。喀尔喀各部又不能与明朝联合一致行动，反而被努尔哈赤打败。
皇太极即位后，和蒙古的矛盾进一步尖锐了。因为后金据有整个辽东以后，原来在开原、铁岭、广宁、辽西一带蒙古诸部与明通贡接受抚赏之地全被后金所夺，同时明廷也加强了对蒙古的联络工作，增加赏金，用蒙古来抵御后金，实行所谓“以西夷制东夷”的政策。但是，此时蒙古内部形势发生了很大的变化。林丹汗在从事统一蒙古的战争中，对所属各部过于残暴，遭到了各部的强烈反抗。他在征讨首先倒向后金的科尔沁失败以后，便移兵西向，征讨喀尔喀、喀喇沁和右翼土默特俺答汗后裔诸部，内部矛盾空前尖锐。这给皇太极征服漠南蒙古造成了可乘之机。
天命十一年八月，努尔哈赤死。十月，皇太极即汗位不到两月，就派代善、德格类、济尔哈朗等“率精骑万人”征札鲁特，并遣副将楞格哩率兵袭击巴林，使之不能与札鲁特互相策应。札鲁特与巴林原系达延汗子阿尔楚博罗特之后，左翼三万户喀尔喀万户之一五卫喀尔喀或喀尔喀五部。札鲁特之祖乌把什亦称伟征诺颜，明人称曰委正，与巴林之祖苏巴亥明人称曰速不亥者系亲兄弟，同为泰宁卫酋长，是喀尔喀中的强部，屡次反对后金，劫杀后金使者，并将所杀之人献首于明。在努尔哈赤宁远之役失败以后的退军过程中，札鲁特又出兵助明，进行杀掠。此次，皇太极乘其不备，俘札鲁特贝勒巴克、戴青、多尔济、桑噶尔寨等十四人，尽俘人民牲畜而还。往巴林之偏师亦大胜而回，俘人二百七十，马羊千余。不久，札鲁特与巴林因遭察哈尔林丹汗的侵袭，举部北投了科尔沁。次年，两部又分别从科尔沁出来投降了后金。
天聪元年二月，皇太极利用察哈尔与属下喀尔喀等部的矛盾，致书于敖汉与奈曼议和，共敌察哈尔。敖汉与奈曼原为达延汗长子图鲁博罗特之后，服属于察哈尔，其孙贝玛土谢图（明人称鬼麻）长子岱青杜稜（明人称小歹青）号所部为敖汉，次子额桑伟征诺颜（明人称额参委正）号所部为奈曼，同驻牧于义州边外、老哈河左岸。岱青子索诺木杜稜（明人称都令）、额桑伟征诺颜子衮出斯巴图鲁亦称洪巴图鲁（明人称为黄把都儿）受赏于义州大康堡。广宁、义州失而移于宁远前屯卫。天聪元年三月，林丹汗以兵相逼喀尔喀与喀喇沁，喀喇沁被迫从原牧地叫奢儿城迁出，向明廷求援。明廷以“我兵若助哈酋（喀喇沁），插（察哈尔）必肆螯，不助则哈复致怨，合令边臣选敏办通官，和解而罢之”
。敖汉与奈曼也被迫从原牧地迁出，都令与黄把都儿本来打算投降明朝，明廷也曾派人前去招抚，但是迫于察哈尔的兵威，怕明朝不能保护，便于天聪元年五月举部二万余人投降后金
，声称“我们的察哈尔汗，不认兄弟，败坏道统，所以来求淑勒汗（皇太极），我们要住在什么地方，随汗的意见”
。当时皇太极在宁远、锦州被袁崇焕打得大败，留守沈阳的诸贝勒对敖汉与奈曼的投降疑信参半，不令其渡河。其部众不愿东投者，一部分西奔察哈尔，一部分南下投降了明朝。六月初皇太极回沈阳后，亲率诸贝勒将士一千五百余人，出城西渡辽河十里外迎接，行抱见礼、大宴、准其入境，随处驻牧。同年十二月，皇太极将其妹哈达公主嫁给敖汉的索诺木杜稜。从努尔哈赤临终到天聪元年，正是后金两次在宁远受挫时期，蒙古各部本可与明联合起来遏制后金。但是由于蒙古内部的矛盾，敖汉与奈曼却举部投降了后金，使蒙古失去了统一的可能。
在后金与明、察哈尔的斗争中，喀喇沁居于较重要的地位，它界于后金、明与察哈尔之间，察哈尔若征服了喀喇沁，即可东与后金抗衡，后金若据有喀喇沁，即可越过宁前，直达蓟镇边墙，进至明境北边。喀喇沁原为达延汗右翼三万户永谢布万户之一部分，俺答汗之弟巴雅思哈喇（亦称老把都）所统永谢布七鄂朵克（部）喀喇沁，后向南发展，据有朵颜卫，故明末与朵颜卫同称，有三十六部，故称喀喇沁三十六家。其强酋有苏布地，驻牧于蓟镇喜峰口边外会州（青城）诸处。天启七年（1627）春，察哈尔在吞并了喀尔喀五部之后，又西击喀喇沁、俺答顺义王卜失兔诸部，克归化城，虏顺义王妻，夺金印，顺义王走避河套。崇祯元年（1628），喀喇沁纠卜失兔，鄂尔多斯济农以及西北邵卜诸部（俺答从子永邵卜大成驻甘镇边外），与察哈尔汗战于土默特之赵城（今张北县北），杀其兵四万，使察哈尔的统一事业大受挫折。崇祯二年（1629）二月，苏布地与其弟万旦伟征便遣使致书皇太极，请求归附，说察哈尔根本已经动摇，求后金发兵共击察哈尔。皇太极得信后，当即选少数精骑破察哈尔多罗特部兵于敖木林（大凌河上源），俘获万余人。当时塞外蒙古大饥，喀喇沁向明请粟。崇祯皇帝认为：对蒙古各部的抚赏是徒费金钱，又得知喀喇沁与后金相通，坚不与粟，又尽革其赏金。喀喇沁在与察哈尔的斗争中，屡向明朝请援而得不到帮助，在遭受饥荒时又得不到粮食，天聪三年（1629）六月，其首领苏布地遂携同族左翼土默特台吉善巴与右翼土默特台吉俄木布楚虎尔投降了后金。喀喇沁投降后金以后，大大孤立了察哈尔，使明蓟镇边外千余里失去了屏障。自此，后金便以蒙古人为向导，南入明边进行骚扰，西击察哈尔，取得了一个接一个的胜利。
天聪五年（1631）十一月，皇太极刚从大凌河班师回来，得知察哈尔派兵至西拉木伦河北侵扰阿鲁蒙古部落（阿鲁，山阴之意，曾居于杭爱山之北者），即派贝勒萨哈廉、豪格率兵五百前往。隔日皇太极又亲率大兵两千继后。结果，察哈尔只得退兵。后金军前锋曾追过兴安岭，不及而还。天聪六年（1632），由于蒙古诸部反对林丹汗者纷纷与后金相联络，皇太极遂决定利用这种机会大规模讨伐察哈尔，下令归降的蒙古各部科尔沁、敖汉、奈曼、札鲁特、巴林、喀喇沁、土默特、阿鲁等皆以兵相从。四月一日皇太极与代善、莽古尔泰、阿济格、济尔哈朗、岳托、多尔衮率大军从沈阳出发。四月二日西渡辽河，当时正值河水泛涨，人马浮水而过者两昼夜始尽。此役内外兵数计约十万
。四月十七日兵至哈喇木伦河（西拉木伦河支流，黑河）哈纳崖地方，有两蒙古兵私逃，向察哈尔报告了满洲大军来征的消息。林丹汗闻讯后大惧，遍谕诸部，令民凡有二牛以上，尽携之去，弃故土，渡黄河西奔。其部属多不愿往，十散七八。皇太极率军过兴安岭至达尔湖后，得知林汗丹远逃至库里得勒地方，自达尔湖约为一月程，便转向归化城进军。途中军粮殆尽，黄羊遍野，便命军士围杀黄羊数万只以充军食。时值炎暑，其地无水，士卒渴甚，多有仆于道者，行至深夜始得泉水。有次日至者，以黄羊一只易水一碗而饮
。五月甲子至归化城，顺义王卜失兔子俄木布与其部头目古禄格、杭高举众投降并献明朝赐封的顺义王印信。此役皇太极追袭林丹汗四十一日，称雄于宣云塞外的林丹汗不战而逃。所部在奔逃途中，一部分投降了后金，一部分南下投降了明朝。皇太极为了使军士有所俘获，便趁机南略明边宣府、大同，于七月旋军。这是皇太极对察哈尔最大的一次用兵，从此漠南蒙古的主体察哈尔部被基本摧毁，宣府、大同塞外均归入了后金的版图之内。
天聪七年（1633）六月，皇太极以征明及朝鲜、察哈尔何者为先，令诸贝勒各陈所见。诸贝勒为了掠夺明朝的财物，多数主张朝鲜已在掌握之中，察哈尔远遁，应以征明为先，从山海关进军，或入腹里，直取北京。但皇太极却决定进军宣、大，兼收散处于明边的察哈尔余部。天聪八年（1634）五月戊申（二十三日）皇太极与代善、阿巴泰、阿济格、多尔衮以及新投降的孔有德、耿仲明、尚可喜等率大兵，备一月粮，从沈阳出发，仍沿西拉木伦河前进，途中收抚察哈尔余部。七月初直抵宣、大，分别从上方堡、得胜堡、独石口进入明边，大掠宣、大、朔、代各州，并致书明臣，不许收降察哈尔余部。当时林丹汗已逃至青海大草滩地方，病痘而死。其部属闻后金军复至，纷纷率众前来投降，其中有察哈尔汗的土巴济农，四大宰桑，察哈尔的八大福晋之一高尔土门福晋等约四五万口。此役，蒙古的茂明安部、四子部落、克西克腾部、浩齐特部见察哈尔衰败，亦纷纷举部来投，曾为其子娶努尔哈赤所聘叶赫老女之喀尔喀贝勒巴噶达尔汗也弃察哈尔前来投降了后金。
林丹汗虽死，部众离散，而林丹汗的儿子额哲（明人称曰黄鹅儿）仍盘踞在黄河以西，所以在天聪九年（1635）二月，皇太极又派多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格四贝勒率精兵万人往收额哲。二月二十六日从沈阳出发，三月十日过西拉木伦河，四月二十日西渡黄河，二十八日至额哲驻地托里图地方。当时天昏黑，额哲国中无备，多尔衮恐其警觉而逃，伏于近处，按兵不动，派叶赫金台什贝勒之孙南褚去见其姐——察哈尔林丹汗妻苏泰太后与子额哲，告以满洲贝勒派大兵来招之意。苏泰太后在大兵压境的情况下，便率子额哲及部众一千余户投降了。时河套的鄂尔多斯济农已与额哲盟誓，令其受己约束。早晨刚刚离开，多尔衮即派大军往追，拘鄂尔多斯济农额琳臣，令其送还察哈尔降民一千余户。额琳臣惧，亦请内附。鄂尔多斯明称套部，东西北三面距黄河，东西广袤二千余里，南北八九百里，边城雄固，有鱼盐之利。达延汗三子巴尔斯博罗特之后，吉囊有九子分牧而住，为塞外西北强部。至此，亦归属后金。
在多尔衮收降林丹汗子额哲时，又得到了元朝的传国玉玺“制诰之宝”。据传此玺为元顺帝从北京逃亡时携出，元顺帝死于应昌，此印遂失。后为俺答汗之后卜失兔所得，卜失兔为林丹汗所灭，此玺又为林丹汗所有。林丹汗死在苏泰太后所。多尔衮收降苏泰太后时，便索取了此印。这件事对后金的统治者以及归降的蒙古诸部影响很大，他们认为这是天命所归的象征。所以，多尔衮携玉玺与林丹汗子额哲返沈阳时，约定九月六日皇太极率诸贝勒大臣大猎于辽河以西的阳石木河，迎接这块玉玺与额哲。给额哲以崇高的礼遇，并将次女马喀塔公主嫁给他。由于皇太极对察哈尔的胜利，是年十二月称雄于漠北的喀尔喀车臣汗也遣使通好。天聪十年（1636）初，来朝的漠南蒙古十六部四十九贝勒在沈阳召开大会，决议承认金国汗皇太极继承蒙古大汗的大统，奉上博克达、彻辰汗（Bokda Secen Qagan，宽温仁圣皇帝）的尊号。
皇太极之所以能够统一漠南蒙古，第一是由于蒙古内部处于四分五裂的状态，林丹汗虽想统一蒙古，但其强暴压榨，反而加速了蒙古内部的瓦解，使之纷纷倒向后金。第二是由于蒙古各部尤其是林丹汗不但不想与明朝实行真正的联合，反而借后金之威胁，向明朝挟赏，既削弱了明朝，也毁灭了自己。第三是由于皇太极善于抓住有利时机，实行了“慑之以兵，怀之以德”的软硬兼施政策。崇德元年七月，皇太极同大学士希福、刚林、范文程的谈话中曾说：“科尔沁国土谢图额驸有名马，号曰杭爱，我曾以甲一副易之，彼不与。蒙古察哈尔汗向彼索马，势如抢夺，止予一胄，竟取之，从此科尔沁诸贝勒为之解体。察哈尔汗又以一胄送阿禄部济农，索马千匹。阿禄济农曰：岂有一胄而易马千匹者乎！此直欲起衅而来侵犯我耳，不可不与。遂与马五百匹，从此阿禄诸贝勒亦为解体。科尔沁卓礼克图亲王有一鹰，能横扑飞鸟，察哈尔汗又遣人往索，卓礼克图亲王欲不与，土谢图额驸劝令与之。既取其鹰，一无所偿，并送鹰之人，亦不令见。如此贪横，人心安得服耶？今各处蒙古每次来朝，厚加恩赏。因此俱不忍离我而去。”
这虽是皇太极的自诩和矜夸之词，但也确实反映了后金国主与林丹汗二人之优劣以及造成胜败不同结局的原因所在。皇太极在征服了漠南蒙古以后，即将原来八旗中的蒙古左右翼两旗，仿满洲八旗扩大改编为蒙古八旗，与满洲八旗同成为清王朝的主要军事力量。