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仲景之书，明《经籍志》所载凡九种，曰“《伤寒论》十卷、《金匮玉函经》八卷、《金匮玉函要略》三卷、《脉经》一卷、《五脏论》一卷、《评病要方》一卷、《口齿论》一卷、《疗妇人方》二卷、《张仲景方》十五卷”是也。 李文清《医学入门》曰：其门人卫沈撰《四逆》《三部》《厥经》，及妇人《胎藏经》、小儿《颅囟经》。今按《经籍志》无其书，岂失其传者也欤？如“其可怪也欤？”
今所行于世，但《伤寒论》《金匮玉函经》《金匮要略》三书而已，其余六种，未之见也。而观晋唐以来诸书所引仲景方论，皆出于三书，而未有引夫六种之名者焉。因想彼六种皆当后人或摘出三书之言，或自作新说，伪托名于仲景者，而其本止三书也。而《玉函》无仲景自序，《要略》亦无之，惟于《伤寒论》有序，曰“乃勤求古训，博采众方，撰用《素问》《九卷》《八十一难》《阴阳大论》《胎胪药录》，并《平脉辨证》，为《伤寒杂病论》，合十六卷，虽未能尽愈诸病，庶可以见病知源，若能寻余所集，思过半矣”云云。因窃意三书本一，仲景名之曰《伤寒杂病论》，而其名《金匮玉函经》者，盖后人推尊之称，犹夫《春秋》称《麟经》、《老子》称《道德经》之类也。然则其名虽异，而其书应同矣。今之《玉函经》仅八卷，而首一卷则王叔和之总例，其次七卷之文，与《伤寒论》大同少异，但缺《平脉法》一篇，而其所少异，不过移易条件，改换文字耳。虽间有病论所无于《伤寒论》中者数条，而亦不过剽窃《脉经》《千金》等说，其文辞卑陋，意义浅劣，殆非仲景之笔者居多焉。此盖去古既远，其书残阙，但其方论多有载于他书中者，于是好事者得夫残阙之余，而涉猎诸书、合考彼此、牵强附会、厘为八卷者，非复古之全书也。然而究其所集，则亦足以观其大体焉，但惜乎不合收《要略》三卷也。夫《要略》即《伤寒杂病论》之末六卷也，但其首《脏腑经络先后》一篇，当拾收仲景本书开卷第一篇之总论，与夫平脉辨证治法等篇之脱简者也。何以知之？今计其三卷之纸数条数，其书虽有阙漏，而稍如《伤寒论》六卷之纸数条数矣。乃合三书而求其本旨，盖前十卷万病通治之活法，而非偏为伤寒之设也；后六卷但附录前十卷之余裔，而非杂病一部全书也。 耕铭按：此即所谓《伤寒论》乃疾病之总论，《金匮》《千金》等类乃疾病之分论也。
夫仲景之为斯书也，正欲究万病之本原、极万病之变态、尽脉证治法之枢机，直与古圣四经，并行以救万世生灵之夭横也，诚可谓以赞天地之化育，以与天地参者也。故首立总论，以示万病之本源；次立平脉辨证，以示见病知源之法；次立治法一篇，以示补泻之要归，立六经以示统辖万病而施治之捷径。凡其立法也，分六经以为全篇之经，其首举中风、伤寒、温病、痉、湿、暍六病，以为全篇之纬。然太阳主表病，阳明主里实，少阳主表里之中，太阴主脾胃虚寒，少阴主肾气虚寒，厥阴主肝虚寒热否格，以为纲领。更述表实表虚、里实里虚、半表里热、上实下实、内热痰饮、酒客宿食、气滞瘀血诸证，以为小目。乃制汗、吐、下、渗、冷、热、补、泻诸方，以尽针灸药饵、标本气味、奇偶逆从之妙用。又立坏病诸条，以示救误之法；立《劳复差后》一篇，以示收功之道。其立六经以为经，举六病以为纬，而述诸证以为纲目者，示万病虽多而感于外者不过六气，伤于内者不过饮食、劳倦、七情，而至其为病则不过于在表里上下而为寒热虚实也。 耕铭按：此即耕铭之前一直强调的病理次第和阴阳属性。 此岂啻为伤寒之设哉？然其中又有脉证参差难以六经统辖者，故又附录其脉证治法，以为后六卷耳矣。
序曰：虽未能尽愈诸病，庶可以见病知源。夫六经要略之诸方，固不足以愈诸病，且脱亡者亦有之。然而深得其本旨，由存忖亡，推此扩彼，则万病之多，可见即知其源矣。源已明，则其脉证虽或异于二书所述，而或直用其方，或加减用之，或准其方而用后贤之方，或效其法自制方，俱取的中矣。夫二书固无眼目、小儿、外科等方论，而今遇此诸病，详其脉证，以六经方法治之，得效如神者甚多。且《痉病篇》中无桂枝加附子汤、乌梅丸证，《疝气篇》中无八味丸、当归四逆汤证，《疟病篇》中无小建中汤、理中汤、各半汤、小青龙汤、四逆汤等证，而予用之取即效、起危废者数十百人。如此之类，不可枚举矣。故序曰：若能寻余所集，思过半矣。夫思过半矣者，尽其道之谦词耳，且“能寻”二字甚重，便足以见乎非能寻其所集、默识心通者，则不能思过半矣，岂寻常之士所能及也哉？昔在晋，王叔和卤莽灭裂，不能寻其所集，但厌其简帙之多，妄分乎说六经者十卷，或名《伤寒论》，妄立之例，以为伤寒之全书，或名《金匮玉函经》，立复杂之总例，以为诸病证治之格式，而分乎其末六卷，名《金匮玉函要略》，以为杂病之治法。其名“要略”者，以略出《金匮》之要也；其略载《伤寒》之论者，存其古迹也。 今本无之者，宋孙奇、林亿等删去也，见宋板《要略》序。 于此一者分而为二、为三，遂使其全部书不传于后世，可胜叹哉！是以后之注《伤寒论》、解《玉函要略》者，不胜其多，晋唐以来无算之医籍，不引用二书方论者鲜矣。其所注解、其所引论，率错舛迂曲，全合其本旨者几希矣。是无他，徒为叔和所惑，以《伤寒论》为伤寒一部全书，《要略》为杂病一部全书，不能复自极力寻其所集，或牵师承，或逞自见故也已。此余《类编》之所以不得已而作也。