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国家治理体系和治理能力建设成为全面深化财税体制改革的总体出发点。公共财政作为公权力实现公共职能的载体和途径，将被赋予更加丰富的战略内涵。在全面深化改革新时期，通过深化财税体制改革提升国家治理能力，发挥财政国家治理基础性、支柱性作用将是一个重要的现实选择。但是，建立现代财政制度、深化财政体制改革，仍面临一些障碍和阻力。
1994年的分税制改革是我国社会主义市场经济发展中宏观间接调控体系的奠基性改革，终于实现了从反复探索而总走不通的行政性分权向可以使路径走通的“经济性分权”的决定性转变，成效显著、影响深远。之后20年间，在财政体制方面又进行了多次调整与完善。但是，仍然存在诸多问题和改革障碍，需要我们进一步研究分析，以求“对症下药”地做出改进。第一，由于受到一些客观条件的制约，1994年财税体制改革并不完整，仍留下一些制度性问题没有解决，比如事权与支出责任、政府间收入划分、转移支付制度、省以下财政体制等仍存在问题。第二，政策优化、绩效提升所需的管理制度、机制支撑不足问题。比如在实现预算全口径、发展绩效管理与问责机制、优化政府会计制度、审计与监督制度等方面亟待改进。第三，经济发展阶段的转换对财政的可持续问题也提出了新的挑战，诸如经济进入“新常态”、财政收入增速下滑、可能面临的“刘易斯拐点”出现、财政风险的积累等。第四，法律现状方面的制约和缺失，以及路径依赖所产生的惰性、约束将成为推进改革的障碍。特别是既得利益者已经成为改革最大的风险和阻力，财税改革中既得利益者则很可能包括政府及政府部门自身。