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根据《城市规划法》，城市规划应当规定土地利用方面的很多内容。其中，最基础性的制度是划线制度和地域地区制。
划线制度是土地利用方面的起始制度，成为城市规划的重要内容。为防止无序的市街化，实现有规划的街区化，城市规划可以将城市规划区域区划为市街化区域和市街化调整区域。市街化区域是已经形成市街地的区域和十年内优先推进市街化的区域，市街化调整区域是应该抑制市街化的区域。划线制度的详细情况由后述专章介绍。
地域地区制是土地利用方面的另一项重要制度。该制度包括两大方面，一是用途地域，一是其他地域地区。用途地域就是从用途角度对土地分划区域，形成低层居住专用地、中高层居住专用地、居住地、商业地等共12类，也就是“用地分类制度”（详情另述）。其他地域地区包括特别用途地区、特定用途限制地域、特例容积率适用地区、高层居住诱导地区、高度地区或者高度利用地区、特定街区、《城市再生特别措施法》第36条第1款的城市再生特别地区或者第89条的居住调整地域或者第109条第1款的特定用途诱导地区、防火地域或者准防火地域、《密集市街地建设法》第31条第1款的特定防灾街区建设地区、《景观法》第61条第1款的景观地区、风致地区、《停车场法》第3条第1款的停车场建设地区、临港地区、《古都历史风土保存特别措施法》的历史风土特别保存地区、《明日香村的历史风土保存与生活环境建设特别措施法》第3条第1款的第一种历史风土保存地区或者第二种历史风土保存地区、《城市绿地法》第5条的绿地保护地域或者第12条的特别绿地保护地区或者第34条第1款的绿化地域、《流通业务市街地建设法》第4条第1款的流通业务地区、《生产绿地法》第3条第1款的生产绿地地区、《文化财产保护法》第143条第1款的传统建筑群保存地区、《特定机场周边飞机噪音对策特别措施法》第4条第1款的飞机噪音障碍防止地区或者飞机噪音障碍防止特别地区。用途地域是一般性的，适用于规划区域内所有土地，其他地域地区则是特列，是零散性的，具有针对性，两者可以叠加，即在用途地域上可以再设定其他地域地区。当然，也可以在没有进行过用地分类的地区设定其他地域地区。
其他地域地区大体可以归纳为五大类。
第一类是为补充用途地域制，实现特色利用的地域地区，包括特别用途地区、特定用途限制地区。第二类是为高度利用城市中的特定土地，实施有别于一般管制的地域地区，包括特例容积率适用地区、高层居住诱导地区、高度地区、高度利用地区、特定街区、城市再生特别地区。第三类是城市中特别需要注意防火的地区，包括防火地域与准防火地域、特定防灾街区建设地区。第四类是城市中需要保护各种城市环境的地区，包括景观地区、风致地区、高度地区、历史风土特别保存地区、第一种或第二种历史风土保存地区、传统建筑群保存地区、生产绿地地区、绿地保护地域或特别绿地保护地区或绿地地域。第五类是保障特别必要设施的地区，包括停车场建设地区、临港地区、流通业务地区、飞机噪音障碍防止地区或飞机噪音障碍防止特别地区。
特别用途地区，是指为了增进用途地域内一定土地利用更加符合该地区特性，为了保护环境等，补强该用途地区而设定的地区。事实上，十二项用途地域或者十二类用地分类无法从用途角度管控全国的市街地。用途地域制实施的是消极管控、底线管控，适用最小限制，面对建筑规制更加细致、品质要求更高的街区建设时无法应对。对此，特别用途地区制可以作为用途地区制的补充予以应对。根据《建筑标准法》第49条，在特别用途地区内，地方条例规定用途地域之用途规制事项以外的、旨在实现地区指定目标的建筑物限制禁止的必要事项；在特别用途地区内，都道府县或者市町村认为为实现该地区指定目的而有必要时，在获得国土交通大臣认可后，可以通过制定条例来放松用途地域之用途规制方面的管制。根据第50条，对指定目的之实现而言有必要的、特别用途地区内建筑物基地、结构或者建筑设备的限制，由都道府县或者市町村的条例规定。截至2010年3月底，日本全国共有394个城市指定了特别用途地区，面积合计为10万余公顷。
以前，法律法规规定了十一类特别用途地区，即中高层居住专用地区、商业专用地区、特别工业地区、文教地区、零售店铺地区、事务所地区、福利地区、娱乐休闲地区、观光地区、特别业务地区、研究开发地区。1998年城市规划法修改，特别用途地区的类型不由法律法规预先限定和规定，由市町村在具体的城市规划中规定。这体现了城市规划领域的地方分权精神。有利于发挥地方的积极性，有利于地方政府通过更加细致的用途管制，建设更具特色的街区。国土交通省《城市规划区域、市街化区域、地域地区的决定状况》（日文为“都市计画区域、市街化区域、地域地区の定状癋”）显示，截止到2010年3月底，在上述十一个类型中，特别工业地区体量最大，共有222个城市实施了指定，面积约为2.67万公顷。为了保护当地具有特色的中小企业，地方政府可以将某区域指定特别工业地区，将特色中小企业集中于该工业区内。例如，有的地方以纺织业为地方特色产业，有的工厂、小作坊深居居民区内，对此，地方政府可以在该原居住类土地上再指定为特别工业地区，规定只允许纺织类工厂进驻。
特定用途限制地域，是指在没有规定用途地域的土地区域内，为形成和保持良好环境，符合地域特性地合理利用土地，而限制特定建筑物用途的地域。近年来，在没有划线、没有设定用途地域的地方，像弹子球店、风俗设施等给当地居住环境带来不良影响的建筑物，像大规模店铺、旅游悠闲设施等给公共设施带来巨大负荷的建筑物不断出现。另外，2000年《城市规划法》修改，划线成为地方的自主选择，在从划线变为不划线的地方，以前的市街化调整区域成为无用途管制的“白地”，在此就有可能建设影响周边环境的建筑物。为了克服这种现象，在确立“划线选择制”的同时，新设了特定用途限制地域制。“对这样的白地，若有市街化倾向的，本来应该指定为用途地域，但其只是建设单体的大规模零售店铺，将其规制于特定利用之上即可解决问题。用途地域具有‘面对集中于市街地中有限土地的各种需求，让其做何用途’这一资源分配手段的性质，而特定用途限制地域具有与既有土地利用相协调的性质，在性质上与用途地域略有不同。”
用途地域与特定用途限制地域具有互补的意义，两者的恰当配合很重要，所以在指定特定用途限制地域时，可以对应现实需求，一起指定或者变更用途地域。截止到2010年3月底，日本全国共有29个城市指定了特定用途限制地域，面积合计为7.9万余公顷。
特定用途限制地域制的最大问题是难以进行预防性应对。例如，在白地上建设大规模零售店铺的规划确立公布后，再指定特定用途限制地域，进行调整是不现实的，因为特定用途限制地域需要城市规划规定，而城市规划出台需要相当的时间，而且出台城市规划若只针对个案的话，也会招致各种批评。所以，需要在事先进行预测，将盖然性高的地区指定为特定用途限制地域，而且还不能指定大片区域。另外，在没有发生问题的阶段就推进指定程序也会有困难。
特例容积率适用地区，是指具备适当配置与规模之公共设施的第一类中高层居住专用地、第二类中高层居住专用地、第一类居住地、第二类居住地、准居住地、近邻商业地、商业地、准工业地、工业地内的土地。根据《建筑标准法》第52条第1款至第9款，在建筑物容积率限度内还有未利用容积的，为促进该未利用容积利用和土地高度利用，而指定的地区。在该地区可以实施容积转移，即一地块未利用的容积转移至同地区内另一地块上，由此实现地区内土地的高度利用。国土交通省《城市规划区域、市街化区域、地域地区的决定状况》显示，截止到2010年3月底，共有1个城市（东京都）指定了特例容积率适用地区，面积为116.7公顷。
特例容积率适用地区制度创设于2005年。由于容积转移时，并不要求转出地与接受地相邻，所以与美国的TDR（Transferable Development Right，即可转移开发权）相似。容积转移会给该地区空间，尤其是接受地的空间带来很大影响，所以适用地区非常有限，适用条件严格。适用时需要满足两个物理条件，一是地区内以交通设施为代表的城市基础设施十分完善，容积转出地和容积接受地共享这些完善的基础设施；一是容积接受地上的建筑物不得妨碍交通、安全、防火、卫生等。此外，还要满足目的条件，即容积转出地一般有如下情况，有应该保存或者复原的历史建筑物；为完善教育设施，维护文化环境，从用途和周边状况看，文化设施最好不使用很高的容积率；为了形成良好的街区景观，建筑物的最高限度被地区规划所限定。运用特例容积率适用地区制度的典型例子就是东京火车站开发事例。
根据《建筑标准法》第57条之2，特例容积率适用地区内的两个以上地块的所有权、地上权或使用权等的权利人，可以向特定行政机关申请认定该两个以上地块各自适用的特别容积率的限度；特定行政机关在考虑该地块上建筑物利用的必要性、周边状况等后，认为符合法定要件的，应当指定特例容积率的限度。
高层居住诱导地区，是指为适当分配居住和居住以外用途，引导建设便利性高的高层住宅，在第一类居住地、第二类居住地、准居住地、紧邻商业地或者准工业地的城市规划中，在《建筑标准法》第52条第1款第2项规定的建筑物容积率400％或者500％的土地上，规定建筑物容积率的最高限度、建筑物建蔽率的最高限度和建筑物基地面积最低限度的地区。在大城市的中心城区，正在出现居住功能降低、人口空洞化加剧、生活场所与工作场所日渐远离、公共公益设施闲置等问题。在中心城区中指定高层居住诱导地区，有利于缩短生活场所与工作场所的距离，实现商务功能、商业功能、文化功能与居住功能相协调，把中心城区建成宜居地区。1997年城市规划法修改，崭新创设了高层居住诱导地区制度。截至2010年3月底，日本全国共有1个城市（东京都）指定了高层居住诱导地区，面积为28.2公顷（东京都港区内的9.3公顷、江东区内的18.9公顷）。
高层居住诱导地区内的建筑物，住宅比例超过三分之二的，可以采取如下建筑限制方面的合理措施：（1）住宅容积率方面的奖励，即在该建筑物所在的用途地域内的指定容积率（400％或者500％）以上，其1.5倍以下，对应住宅建筑面积的比例而计算出的数值范围内，在该高层居住诱导地区的城市规划中规定容积率；（2）因前面道路宽度而放松容积率限制，即在第一类、第二类居住地与准居住地内，其容积率适用与商业地等其他用途地区相同的数值，也就是，从“道路宽度×0.4”变为“道路宽度×0.6”；（3）放松斜线限制，即在第一类、第二类居住地与准居住地内，其道路斜线限制和邻地斜线限制适用与商业地等其他用途地区相同的数值。
在高层居住诱导地区内建设高层住宅时，为了不损害该地区居住环境的最低标准，应当对应该地区实情来规定建筑物的建蔽率的最高限度和基地面积的最低限度。其中，设定建蔽率的最高限度的目的是，地区内公园等空地不足时，通过强化建蔽率，可以获得更多的空地，切切实实地保护市街地环境。基地面积的最低限制的目的是，在因地价上涨而使基地不断缩小的情况下，防止基地细分化，促进基地的整合，从而保障市街地环境。
高层居住诱导地区内允许容积率的大幅度提高，故原则上其处于基础设施已经完善的地区，如街区道路宽度过半数超过八米，或者绿水环保而具有较高的独立性，给周边影响少等。高层居住诱导地区制度创设时的建设省通知暗示，不仅作为大城市，还作为地方城市的中心市街地空洞化对策来应用它。但现实是很多地方城市的中心城区已经丧失了聚集人口的能力，通过奖励容积率来增加住宅供给，还是很有疑问的。
高度地区，是指为维护市街地环境或者增进土地利用，在用途地域内规定建筑物高度的最高限度或者最低限度的地区。高度地区分为两类，即最高限高地区和最低限高地区，前者在建筑密度有可能过大的市街地区域、交通等城市功能有可能降低的商业地内，或者为保持居住地内适当的人口密度和良好的居住环境而被指定；后者出现在市街地中心区的商业地区、车站周边、周边住宅地等，旨在促进土地利用。最高限高地区被广泛应用于大城市居住类用途地域内，通常多以斜线限制的形式实施，目的是保护低层建筑物间的日照等，但最近出现了为保护景观而被应用的情况（京都市、小田原市）。
实践中极少指定最低限高地区。国土交通省《城市规划区域、市街化区域、地域地区的决定状况》显示，截止到2010年3月底，共有204个城市指定了高度地区，面积合计约为40.9万公顷，其中最高限高地区面积40.5万公顷，最低限高地区面积0.4万公顷。
高度利用地区，是指为合理且健康地利用高度利用用途地域内市街地土地，或者为了更新城市功能，而规定建筑物容积率最高限度与最低限度、建筑物建蔽率的最高限度、建筑物建筑面积的最低限度、墙面位置限制的地区。由于限制内容对地区内土地利用影响重大，所以应当在充分考量项目前景、建筑活动影响、土地利用状态等后作出指定。尤其是根据《城市再开发法》上的市街地再开发项目的城市规划可以在高度利用地区内实施，所以在指定高度利用地区时，应当留意与市街地再开发项目的关联。
截止到2010年3月底，日本全国共有271个城市指定了高度利用地区，面积合计为1816.4公顷。
特定街区，是指为建设和改善市街地，就进行街区建设的地区，规定该街区内建筑物容积率与建筑物高度最高限度以及墙壁位置限制。早在1961年，特定街区就在城市规划法上被制度化，主要作为在商业地上建设高层建筑物的手段得到应用，如东京霞关大厦、东京都政府大楼等。
国土交通省《城市规划区域、市街化区域、地域地区的决定状况》显示，截止到2010年3月底，共有17个城市指定了特定地区，地区数111个，面积合计约为186.6公顷。
《建筑标准法》第60条规定：“特定街区内的建筑物的容积率与高度应当在与特定街区相关的城市规划规定的限度以下。特定街区内建筑物墙壁或作为其替代物的柱子的建设，除建筑物地盘面下部门以及国土交通大臣指定的走廊柱子及其他类似物外，不得违反与特定街区相关的城市规划规定的壁面位置的限制。特定街区内的建筑物不适用第52条至第59条之2，以及第60条之3第1款的规定。”这样，特定街区内不适用用途地域内的容积率、建蔽率、高度、斜线限制等一般性限制。根据《城市规划法》第17条第3款，与特定街区相关的城市规划案必须获得土地所有人等利害关系人的同意。这显示出特定街区制度对利害关系人影响更大，与一般的地区地域制度相比，增加了利害关系同意这样更高的要求。市町村可以制定特定街区相关城市规划。国土交通省制定《城市规划运用指针》，其中规定了特定街区的运用标准、容积率缓和标准等。市町村根据这些标准来规定具体应用标准。具备下列条件的，在考量有效空地面积对街区面积比等因素后，决定容积率增加程度：（1）建设地方政府认为应该鼓励进入该地区的建筑物时；（2）安排旨在提高市街地环境的有效空地时；（3）建设广域性公共公益设施时；（4）保护历史建筑物时；（5）城市总体规划中鼓励住宅建设地区中，建筑物一定比例用于住宅时。容积率转移也适用于特定街区内土地。
根据2002年制定的《城市再生特别措施法》，为通过城市开发项目，紧急而有重点地推进市街地建设，可以设置“城市再生紧急建设地域”。为激活民间资本和智慧，引导其从事城市开发活动，有必要在城市规划上，构建起能对应民间计划的、松绑既有用途地域内限制的、事前透明性更高的机制，为此，建立了城市再生特别地区制度。城市再生特别地区就是处于城市再生紧急建设地域内，贡献于城市再生，促进土地合理、健康、高度利用的区域。国土交通省《城市规划区域、市街化区域、地域地区的决定状况》显示，截止到2010年3月底，共有13个城市指定了城市再生特别地区，地区数为49个，面积合计约为96.9公顷。
在城市再生特别地区内，适用一般地区的容积率限制、斜线限制、日影管制、高度地区的高度限制、用途管制等不再适用，取而代之，可以特别规定应鼓励的特别用途、容积率的最高限度（数值为400％以上的）和最低限度、建蔽率的最高限度、建筑面积的最低限度、高度的最高限度、壁面位置。城市再生特别地区内建筑物必须符合该地区的城市规划所规定的内容。关于用途管制，可以规定既有用途地域的城市规划没规定的用途，但不得限制既有用途地域的城市规划所认可的用途。实践中的城市再生特别地区有个共同特征，即几乎都处于城市商业性的用途地域内，被指定为高容积率，一般城市规划中几乎见不着的超1000％的容积率也出现的比较多，大阪角田町地区等地区还出现了1800％的情况。
防火地域或者准防火地域，是指为防止和排除市街地火灾危险而规定的地域。在防火地域，原则上三层以上或者建筑面积一百平方米以上的建筑物必须是耐火建筑物，除此之外的建筑物必须是耐火建筑物或者准耐火建筑物。在准防火地域，原则上四层以上或者建筑面积一千五百平方米以上的建筑物必须是耐火建筑物，建筑面积五百平方米以上，一千五百米以下平方米的建筑物必须是耐火建筑物或者准耐火建筑物。三层以上建筑物必须是耐火建筑物、准耐火建筑物或者防火必要标准的建筑物。截止到2010年3月底，日本全国共有743个城市指定了防火地域或者准防火地域，面积合计约32万公顷，其中，防火地域面积3万余公顷，准防火地域面积约29万公顷。
防火地域多指定在商业地上，一是从面上指定于建筑物密集地区，以防火灾扩大，一是指定于干线道路沿线，以起到阻燃作用。在防火地域，建设耐火建筑物成为义务，由耐火能力弱的大量传统木质建筑物形成的老街区就面临着消失的危险，防火安全与传统景观保护的调整成为大难题，好在建筑标准方面导入了性能、整体防火等措施，提高了地区防火能力，使两者得以兼顾，当然，有的地方为了保护历史木质建筑街区，解除其防火地域的指定。
景观地区是指为维护建设市街地良好景观而规定的地区。其由《景观法》2004年创设，并在城市规划法中不断发展。在景观地区内，必须规定建筑物的形体设计，可以规定高度的最高限度或最低限度、壁面位置、基地面积的最低限度。根据《景观法》第63条、72条、73条等，建筑物形态设计是否符合景观形成标准，由市町村长认定，不经过市町村长认定，不得建设建筑物；为形成良好的景观，地方条例可以对景观地区内的开发行为等实施必要的管制。景观地区制度不但可以应用于已经形成了良好景观的地区，还可以应用于今后将形成良好景观的地区。国土交通省《城市规划区域、市街化区域、地域地区的决定状况》显示，截止到2010年3月底，共有19个城市指定了景观地区，地区数31个，面积合计约为1.9万公顷。
除上述之外，还有风致地区、停车场建设地区、临港地区、历史风土特别保存地区、特别绿地保护地区、生产绿地地区、流通业地区、传统建筑群地区、飞机噪音损害防止地区、休闲土地转型利用地区、受灾市街地复兴地区等。