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早在1957年，因疏浚海尾河时偶然发现了剑川海门口遗址，并对它进行了发掘，出土了大量石器、青铜器，经碳十四测定这批东西的年代距今约3115年±90年，自此，确立了剑川海门口遗址为云南青铜文明的起源地之一； 1978年4月，云南考古工作者第二次对海门口遗址进行发掘，在215平方米的发掘面积中，亦发现了建筑遗迹和石器、陶器、青铜器等文化遗物，结合第一次发掘的资料研究，认为剑川海门口遗址应为青铜时代早期的文化遗址。两次发掘后，剑川海门口遗址被普遍认为是红土高原的远古文化中，上承新石器文化，下启青铜文化的重要遗址。可是，因各种原因，两次发掘均未形成正式的考古报告，同时在时间确定、地层断定等相关方面都还有不同的意见，因而，半个世纪以来，海门口遗址一直是考古学者甚为关注的一个重点。
距离海门口遗址第二次考古发掘，时间又过去了近30年，剑川发生了翻天覆地的变化，为了保护生态和发展旅游业，建设一个更加秀美的剑川，剑川县委县政府决定将剑湖的水位自2008年起提高到2188米，这意味着，在汛期中，这个遗址将大部分被湖水淹没。为此，云南省文管所报经国家文物局批准，对剑川海门口遗址进行抢救性考古发掘。
剑湖是剑川人民的母亲湖，剑川海门口遗址离剑川县城8公里，就在剑湖的边上。2008年4月27日，当记者赶赴剑川海门口遗址发掘现场时，微雨中的剑湖，沃野似毯，绿柳如茵，天开云镜，烟锁翠岚，好一派诗意的田园风光。
一路走来，整个环湖公路都很热闹，到了遗址现场，才发现旁边就是剑川县的烤烟育苗基地，正赶上烤烟的大田移栽，来来往往的育苗基地旁边，就是沉睡了近3000年的剑川海门口遗址。
远眺遗址，只见黑褐色的淤泥堆了几大堆，土堆旁偶尔有人走动，走近了，才发现原来真正的工作是在地表以下的发掘探方中。
省考古所领队闵锐介绍说，整个考古发掘工作从2008年的1月8日起，到现在已接近尾声，整个发掘工作共开挖了28个探方，共1350平方米，探方错落排列，每个探方都是正南北方向，5米宽，10米长，大都发掘到了地表以下2～3米左右。现场看到的几个大的探方是随着工作的进程，由原先的小探方连成了更大的探方，才成了现在我们看到的样子。在坑底，还有来自省、州（市）、县的十几位专业人员带着民工在工作，听闵队长介绍，最多的时候，每天都有近百位民工，分头在地表以下工作。
当记者站在探方边上，看到地表以下的图景时，第一感觉就是震撼。每个探方中，都有密密麻麻的木桩柱，它们有的是单独直立，有的是下方还有桠叉相连，大多布满砍削痕；它们挤挤挨挨，朝天而立，仿佛一个个巨大的惊叹号，简直无法想象古人类是如何把它们打夯入地下，又如何用它们建起赖以生存的家园。
一边的泥地上，几个救灾用的帐篷、几只小方凳，就是考古队的临时“办公室”，旁边还散落着零星的碎陶片等，记者还看到了几颗粟子似的东西。记者跟着省考古所领队闵锐在几个探方间穿梭，闵队长边走边说：“仔细脚下！要是不小心掉下去，你可就一下穿越到3000年前了！”
此次发掘共开挖了28个探方，发掘面积1350平方米。通过这一阶段的发掘，确定了剑川海门口遗址的文化内涵和层位关系，根据出土的文物及层位判定，遗址的年代为新石器时代晚期，起着承上启下的重要作用。从新石器时代晚期到青铜器时代，再到铁器时代并延续到元明时期的4000年来，一直有人类在该遗址地生产生活，繁衍生息。同时，发现了重要的文化遗迹，出土了2000多件重要文物，出土文物不仅数量多、种类全，而且具有较高的历史、艺术和科学研究价值。
主要出土文物如下：
1.铜器：箭头、锥、凿、镯、箍、铃、饰片、铜料等。其中最有代表性的有箭头、铜铃和铜料。
箭头：有三翼和两翼的各一个。三翼箭头长5厘米，头部为三翼，造型精美，箭身为中空的圆管形。三翼设计符合空气动力学原理，飞行较两翼更加平稳，精确度更高。表明海门口遗址青铜器时代的铸造技术已相当高超，设计更加科学。这在云南省内的青铜文化遗址中颇为少见，具有很高的历史、艺术和科学研究价值。
铜铃：在第六个地层中发现，保存完整。铃口为椭圆形，底部有一横条，横条上系有横铜舌。铜铃外一面刻有三个圆孔。摇动铜铃时铃音清脆，悦耳动听。
铜料：出土3块。铜料和石范的出土，证明了剑川海门口的青铜器均在本地铸造。
2.石器：有范、斧、锛、凿、刀、镞、锥、针、磨盘、环形器、纺轮、砺石、石饼，并有玉刀、玉锛、玉珠等。砺石的出土，表明所有的石器均在海门口就地加工生产，而磨盘、石饼的出土，有力地说明了当时剑川海门口的农耕文化已得到了较高水平的发展，才导致专门用于农作物的石器的出现。
石范：出土于第五层，为合范。石范发现的重要意义在于，目前云南省所有的青铜时代文化遗址中，一直没有发现铸造青铜器的模具，青铜器的铸造地点不明，而海门口石范的出土，就破解了云南青铜文化发源地的问题。
玉刀、玉锛：共发现4把，保存完整，刃部锋利。
3.陶器：以夹沙陶为主，还出土了彩绘陶器，器形有钵、缸、杯、盘、纺轮、网坠、单耳罐、双耳罐、穿孔罐等，并出土了大量的陶泥及绘制彩陶的红颜料。
彩陶罐：共出土3个，其中完整的有2个。彩陶罐均为双耳罐，彩绘颜色为红色，非常鲜艳。在同时期的遗址中，完整的彩陶罐在云南遗址发掘中为首次发现。
新石器时代的陶片：出土于第八至第十层中。陶片上饰有花纹，表面非常光滑，已经打磨过。此外，在第八层中也首次发现了彩陶碎片，此类陶片为海门口遗址三次考古发掘中首次发现，具有极高的历史价值。
颜料：出土于第六层中，颜色为红色，色彩艳丽。周围有大量的碳屑，陶片和红烧土证明彩陶罐是在海门口烧制的。
4.木器：以生产工具为主，有勺、拍、杵、刀、铲、耜、耙、桨等。说明当时海门口的生产以农业和渔业为主，稻作文化已比较发达，农耕文明已发展到了一个较高的程度。
5.骨角器：矛、凿、铲、锥、针、骨饰、骨簪、骨梳和牙饰等。出土数量较多，为生产工具和装饰品两大类。牙饰品多用獠牙加工而成，牙根部钻圆孔作为悬挂用。骨铲、骨针加工精细，既是生产工具，也是精美的艺术品。
6.遗骸：有鹿、牛、狗、家猪、野猪、麂等动物骨骸。表明当时以农耕为主，但捕猎也是一项重要的工作，人与人之间已存在一定程度的分工，而且食物的种类来源比较丰富。首次发现非墓葬人骨。
7.农作物：有碳化稻、麦粟、坚果、梅核和桃核。从农作物出土的层位和数量来看，剑川海门口遗址种植农作物已经有较长的历史，而且碳化麦的发现，更具有非常重要的意义，它是民族文化交流的重要物证之一。
8.建筑装修构件：出土了门的转轴、门销等木构件。
9.建筑桩柱：出土了“干栏式”建筑2000多根桩柱和一些榫卯结构的木构件，充分证明了这是一个建筑群，而非构筑物加固的防洪木桩柱。3000多年前成片大规模的桩柱至今保存完整，是建筑史上的一个奇迹，是研究建筑史非常重要的实物资料，有待研究和揭秘。
第一，剑川海门口遗址是国内历史信息保留最完整的独特遗址。探方的历史层位及其出土文物表明，海门口遗址从新石器时代晚期到铜器时代再到铁器时代，都有人类在此生产生活，是国内历史信息从未间断、延续时间最长的遗址。
据考古队队长闵锐介绍，此次发掘的最大收获就是将遗址的层位顺序判定清楚。以前的两次发掘只分了四个地层，因而出现了“铜石并用”的结论；第三次的发掘，从上到下共分了九层，第一层为耕土层；第二层为明清时代，出土了一些清代的铜钱和明末清初的青花瓷片；第三层为元明时代，出土了陶釜、管状网坠、红陶器；第四层至第七层为铜器时代，出土物为铜器、石器、陶器；第八层至第九层为新石器时代，出土物为彩陶、纹饰陶器、角器及打磨石器。有的探方还出现了第十层，究竟早到什么时候，没有经过科学的测定，现在还不好说，但在这个地层里发现了新石器时代的陶片，可以说在那时海门口遗址里就有人类活动。由此可见，海门口遗址上堆叠了近4000年的历史信息，是几十年不遇的重要遗址。
第二，海门口遗址是全国最大的“干栏式”建筑遗址。海门口第三次发掘，在1350平方米的探方内，出土了“干栏式”建筑2000多根木桩柱、横木和木构件，构成了庞大的建筑群体。
早在半个世纪以前，第一次考古时，就因施工原因清理了中部410平方米的地段，凸现了224根木桩柱，当时认为这些木桩柱有可能是古代用于防洪的设施，之后，有关木桩柱，也有过许多争论。
此次发掘的28个探方中，无一例外地都有密集的木桩柱。闵队长指着一根根木桩让我们仔细观察，我们看到木桩上清晰的卯榫和穿斗结构以及类似门转轴、插门栓的东西。他说，据此可以肯定，它们就是房屋建筑遗迹，有些是梁、柱，有些是“干栏式”房屋的柱桩。闵队长还让我们辨认遗址中出现的白色的石头为何物，他说原先也不得其解为何有石头在其中，后来才猜测可能是“三块石头垒眼灶”，这也与“房屋”相吻合。
海门口“干栏式”建筑遗迹到底有多大范围？云南省考古所闵锐队长、大理州博物馆研究员田怀清等专家都认为要超过浙江河姆渡遗址。其中，田怀清曾有幸参加过1978年海门口第二次考古发掘，他介绍当时调查过的海门口遗址的范围，是从海尾河以北沿剑湖南北长8公里、东西宽1.5～3公里的范围内，当时这一带都有陶片和木桩柱。近年来，在剑湖沿岸、西湖沿岸的村庄中，时常有村民在挖土方时发现木桩柱的消息，这与田怀清介绍的海门口遗址的范围相呼应。
第三，海门口遗址保留了全国规模宏大、最为完整的3000多年前的木桩柱。在遗址发掘现场，最直观的发掘成果就是这些木桩柱。它们在地下沉睡近3000年，一旦从泥和水中剥离出来，还不适应3000年后的阳光和空气，因为裸露在外会使它们加速腐朽。在现场，看到工人不停地往木桩柱上浇水，就是为了给它保持湿度而不被腐朽，它顶端缠绕的麻绳也是用来保持湿度的。
闵队长说，可能是因为遗址就在海尾河边上，木桩柱深陷淤泥之中，与氧气隔离，才会历经千年而不腐，这简直就是一个奇迹。
第四，海门口遗址是南北文化的重要交汇点。第三次考古发掘出土了碳化麦，这是西南地区首次发现此种北方作物，同时，耒等具有北方特点的生产工具及作为北方文化典型代表的双耳彩陶罐的出土，都说明了当时的民族文化交流是频繁的，剑川海门口是一个民族文化交流的节点。
第五，海门口遗址在中国同时期遗址中首次发现非墓葬人骨，具有较高的研究价值。
第六，海门口遗址是云南青铜文化的发源地之一，这是半个世纪前就已经定论的。在第三次考古发掘中出土的铜渣、铜料和石范，可以确定海门口出土的铜器为当地制作，是云南唯一发现的青铜铸造地，是云南省迄今为止出土青铜器年代最早的古遗址，标志着云南地区利用金属的开始。
闵队长还给我们讲述了1978年海门口遗址发掘中，在一个探坑中曾发现了一把青铜斧头，它砍在一根木桩上。如果这一情景能被完整保存，对了解青铜器的使用方法，了解和还原当时人们的生产生活情状，无疑都是最好最生动的实证。但遗憾的是，这把斧头最终被从木桩上取了下来，收藏在博物馆里。
第一，遗址中发掘出大量“干栏式”建筑，附近还会不会有墓葬和冶炼地？如果有，能不能证明这里曾长时间地成为了古人类的聚居地，甚而是一个“干栏式”的古村落？
第二，遗址中发掘出玉刀、玉锛共4件，可剑川及其周边地区到目前为止没有发现玉矿，那么制作玉刀、玉锛的材料从何而来，又是如何带到剑川海门口的？又或者，这里早在几千年前就是玉石流通的一个通道？
第三，第三次考古发掘出土的碳化麦、粟、陶器等实物，都具有十分明显的与西北各民族文化交流的痕迹，这是否证明了洱海地区古人类在很早以前就与南下的氐羌文化有了相当程度的交流与融合？
第四，此次发掘，在多个探方中发现了11根股骨、2个下颌骨、60多个趾骨、盆骨碎片，但却没有人的头骨，那么，是什么造成了遗址中的这些没有头骨的非墓葬人骨，是某种离奇的非正常死亡，或者是早期人类的相互杀戮，还是原始宗教祭祀？
眼下雨季即将来临，汛期剑湖水位提高，考古现场极可能被淹没，因而，对考古发掘现场的保护已迫在眉睫。2008年4月28日，州政府在剑川召开的海门口遗址现场办公会提出，建议暂时对考古发掘结束后的现场做保护性回填，同时，尽可能地保留具有代表性的1～2个探方，并积极筹措资金，启动遗址博物馆建设的前期准备工作。为扩大剑川海门口遗址的影响力，州县两级人民政府还将积极筹备申报海门口遗址为第七批全国重点文物保护单位和2008年全国“十大考古发现”。
会上还确定在5月中旬召开“剑川海门口遗址第三次发掘成果研讨会”，届时将邀请国内知名考古专家亲临剑川海门口遗址发掘现场，对遗址今后的保护、利用进行研讨。
可以肯定的是，海门口遗址携带的丰富的历史信息，将不断在未来的岁月中带给我们更多的惊喜！