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胚胎种植后，身体的内环境也会影响到怀孕。首先，体内孕酮的分泌是否足够。怀孕早期，孕酮由黄体或妊娠黄体分泌，如果孕酮分泌不足，则无法维持胚胎的种植，可能出现不孕或胚胎停育等情况，此时应该及时补充外源性孕酮。
其次，身体的状态，包括心理状态和物理状态。紧张焦虑的情绪可能会影响卵子质量，进而影响怀孕。当身体存在代谢异常、内分泌异常、自身免疫性疾病及凝血功能异常等情况时，也不利于受孕和胚胎胎儿发育。出现这些情况时，要及时调整和治疗。有生育要求的夫妇应提前调整生活方式，让自己的身体处于一种平衡健康的状态，这样更容易受孕。