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企业所得税汇算清缴的一般流程可概括为：计算——填表——报送——初审——补退。
国税发〔2009〕79号文件第七条要求，纳税人应当按照《企业所得税法》及其实施条例和企业所得税的有关规定，正确计算应纳税所得额和应纳所得税额，如实、正确填写企业所得税年度纳税申报表及其附表，完整、及时报送相关资料，并对纳税申报的真实性、准确性和完整性负法律责任。
关于应纳税所得额和应纳税额的计算，企业所得税年度纳税申报表要求分三步计算，先计算利润总额，后计算应纳税所得额，再计算应纳税额。其中，对应纳税所得额的计算，企业所得税年度纳税申报表采用间接法。有关计算公式如下：
纳税调整后所得=利润总额-境外所得+纳税调整增加额-纳税调整减少额-免税、减计收入及加计扣除+境外应税所得抵减境内亏损
应纳税所得额=纳税调整后所得-所得减免-弥补以前年度亏损-抵扣应纳税所得额
应纳所得税额=应纳税所得额×25%
应纳税额=应纳所得税额-减免所得税额-抵免所得税额
实际应纳所得税额=应纳税额+境外所得应纳所得税额-境外所得抵免所得税额
本年应补（退）所得税额=实际应纳所得税额-本年累计实际已缴纳的所得税额
国税发〔2009〕79号文件第二十条要求，主管税务机关受理纳税人年度纳税申报后，应对纳税人年度纳税申报表的逻辑性和有关资料的完整性、准确性进行审核。结合有关规定，审核重点主要包括：
（1）纳税人企业所得税年度纳税申报表及其附表与企业财务报表有关项目的数字是否相符，各项目之间的逻辑关系是否对应，计算是否正确。
（2）纳税人是否按规定弥补以前年度亏损额和结转以后年度待弥补的亏损额。
（3）纳税人是否符合税收优惠条件、税收优惠的确认和申报是否符合规定程序。
（4）纳税人税前扣除的资产损失是否真实、是否符合有关规定程序。跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人的二级分支机构税前扣除的资产损失是否在向分支机构所在地主管税务机关申报的同时上报总机构。
（5）纳税人有无预缴企业所得税的完税凭证，完税凭证上填列的预缴数额是否真实。跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人及其所属分支机构预缴的税款是否与《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》中分配的数额一致。
（6）纳税人企业所得税和其他各税种之间的数据是否相符、逻辑关系是否吻合。
国税发〔2009〕79号文件第十一条规定，纳税人在纳税年度内预缴企业所得税税款少于应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内结清应补缴的企业所得税税款；预缴税款超过应纳税款的，主管税务机关应及时按有关规定办理退税，或者经纳税人同意后抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。第二十一条进一步明确，主管税务机关应结合纳税人企业所得税预缴情况及日常征管情况，对纳税人报送的企业所得税年度纳税申报表及其附表和其他有关资料进行初步审核后，按规定程序及时办理企业所得税补、退税或抵缴其下一年度应纳所得税款等事项。