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依据国税发〔2009〕79号文件第三条第一款的规定，凡在纳税年度内从事生产、经营（包括试生产、试经营），或在纳税年度中间终止经营活动的纳税人，无论是否在减税、免税期间，也无论盈利或亏损，均应按照《企业所得税法》及其实施条例和本办法的有关规定进行企业所得税汇算清缴。具体来说，实行企业所得税汇算清缴的纳税人有：
（1）按查账征收方式征收企业所得税的居民企业。国税发〔2009〕79号文件第十三条明确，实行跨地区经营汇总缴纳企业所得税的纳税人，由统一计算应纳税所得额和应纳所得税额的总机构，按照上述规定，在汇算清缴期内向所在地主管税务机关办理企业所得税年度纳税申报，进行汇算清缴。
因此，实行企业所得税汇算清缴的纳税人根据是否在中国境内跨地区设立分支机构，又可分为汇总纳税企业和单一纳税企业。居民企业在中国境内跨地区设立不具有法人资格的分支机构的，该居民企业为汇总纳税企业。
（2）按核定应税所得率征收方式征收企业所得税的居民企业。
目前，不实行企业所得税汇算清缴的纳税人有：
（1）跨地区经营汇总纳税企业的各分支机构。国税发〔2009〕79号文件第十三条要求，跨地区经营汇总纳税企业的分支机构不进行汇算清缴，但应将分支机构的营业收支等情况在报总机构统一汇算清缴前报送分支机构所在地主管税务机关。总机构应将分支机构及其所属机构的营业收支纳入总机构汇算清缴等情况报送各分支机构所在地主管税务机关。
（2）实行核定定额征收方式征收企业所得税的纳税人。
（1）按有关规定需进行完整年度纳税申报的跨地区经营企业分支机构，也应按规定填报企业所得税年度纳税申报表，但不属于标准的汇算清缴，其计算的应纳所得税额，有的按比例就地缴纳，有的不就地缴纳。
（2）依据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号发布，国家税务总局公告2018年第31号修改，以下简称税务总局公告2012年第57号）第十一条的规定，汇总纳税企业汇算清缴时，总机构除报送企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表、各分支机构的年度财务报表和各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明；分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表（只填列部分项目）外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。因此，跨地区经营汇总纳税企业的各分支机构尽管也要报送企业所得税年度纳税申报表（只填列部分项目），但不属于汇算清缴。